XLOC_027162


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_027162
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 11946875 ~ 11950926 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00053525
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>TCONS_00053526
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>TCONS_00053527
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>TCONS_00057644
CTGTGCTCGCCTCACGCCCAGCCTGTTGATCGGTGGACGGGTAAGCGCGCATGGCATCGGAAGGAGCTCGAAAAGTATAAGGTAACTAATGAAACTAACGTGAAGCATGTTTGATGAccactttataaacacaacacctaggataatttaggagctttttattgtaataaaatgccttttgaatgacacagatttttatgttggctaggtgatgacagtaagtaacgttactgtgatttgtgatctttctggggtgttaactgtaaagcagtaagtagtatttttactcttgtatttttttaagtttgttcatggatttttgtgacaatactttgatgcataagtgttgaattcagcttctaacaatgtttttttttatcaaaatatatacaataattgtcctgctctgcatgtacattttgtttagctgtacattgaatagcaaatgttattaatttactatgagcattttacattctagACGTGATTTGAGCTATCTTTAATTAATCCTGTATGTAAGGGTCGTTTCATGCTAACGGAAATGTCTGAGCTAAGGCTAATTCCAACCTAATCATCTtcgactgcaaaaagaaaaagtttgaccACCGTTTTATGTGACACCCtggataattattatcatttaggagtatttttgtgatatagtgacttttggctaacatgatctttttttacttaattttgcttaaacgcttttatctgttattctttttcagatggataattgcgtgaaaatcaaactaaaagaa
>TCONS_00053528
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>TCONS_00053529
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>TCONS_00053530
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>TCONS_00053531
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Function

GO:

id name namespace
GO:0001704 formation of primary germ layer biological_process
GO:0048729 tissue morphogenesis biological_process
GO:0001707 mesoderm formation biological_process
GO:0007498 mesoderm development biological_process
GO:0043011 myeloid dendritic cell differentiation biological_process
GO:0036342 post-anal tail morphogenesis biological_process
GO:0001773 myeloid dendritic cell activation biological_process
GO:0048332 mesoderm morphogenesis biological_process
GO:0003002 regionalization biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000094457

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00053525 False 1963 lncRNA 0.40 6 11946875 11950926
TCONS_00053526 False 1942 lncRNA 0.40 6 11946891 11950926
TCONS_00053527 False 1881 lncRNA 0.40 5 11946895 11950926
TCONS_00057644 False 767 lncRNA 0.34 1 11947129 11947895
TCONS_00053528 False 737 lncRNA 0.42 5 11947194 11949892
TCONS_00053529 False 1645 lncRNA 0.36 5 11947267 11950926
TCONS_00053530 False 138 lncRNA 0.36 2 11947846 11948781
TCONS_00053531 True 330 lncRNA 0.47 2 11948081 11948781

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_027161 NA coding upstream 153092 11789799 ~ 11793783 (+)
XLOC_027160 NA coding upstream 174276 11761954 ~ 11772599 (+)
XLOC_027159 mkln1 coding upstream 216107 11690923 ~ 11730768 (+)
XLOC_027158 NA coding upstream 318263 11628170 ~ 11628612 (+)
XLOC_027157 BX465862.5 coding upstream 380719 11566040 ~ 11566156 (+)
XLOC_027163 cry1a coding downstream 62117 12013043 ~ 12026507 (+)
XLOC_027164 tnnt2c coding downstream 81032 12031958 ~ 12033866 (+)
XLOC_027165 NA coding downstream 88723 12039649 ~ 12052670 (+)
XLOC_027166 NA coding downstream 113065 12063991 ~ 12065363 (+)
XLOC_027167 tmem178b coding downstream 160228 12111154 ~ 12239160 (+)
XLOC_027150 BX649349.1 non-coding upstream 657092 11285929 ~ 11289783 (+)
XLOC_027175 NA non-coding downstream 801628 12752554 ~ 12755202 (+)
XLOC_027176 NA non-coding downstream 862274 12813200 ~ 12819377 (+)
XLOC_027179 NA non-coding downstream 1028586 12979512 ~ 12980325 (+)

Expression


Co-expression Network