XLOC_027167 (tmem178b)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_027167
gene name tmem178b
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 12111154 ~ 12239160 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00053535
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>TCONS_00053536
GAAAAAACCCTGTTCTCTCCGTCCGCGTGCCCGGCGGGATGCGGGTGCAGGTTAAGGAGCTCTCCGTGCTGTTGTGGTGCTGACGCGGCTCTCGGTGAACGCGAGCATGGCTGCGGGGAAGTTGCTGCTCTACGCCGGTCTGTCTCTGTCCCTCTGCGCGCTTGGGATGCTGGCTGTGGCGATTTGCTCCGACCACTGGTACGAGACGGACGCGCGGAGGTACCGAGAGAGGTGTCGGAGTTTCTCCAGCCGCCGGAAGGACCCGGGTTTTATTTACATCCCCAACAACAGCCTCCCTCTGCGGGCGAGCCGCTCGCGCCTGGACCGCTGGGAGGAGAAGCTGCTGCTGGCGCGCAACAGACGGCAGCTGTTCGCCATGAGCGCCGCTGATGAGTGCAGCAAGCGCTACAACTCCACCAACATGGGGCTCTGGAGCAAGTGTCATCGGCTGGGATTTGACCAAGAAATCGAAGACCTCATCCGAAACGGGTCCATTGCGAGATGCTCCTACATCAAGTACCACTACTCTTCGGCCACAATACCCAAGGATCTCTCTTATAACATCACCAAGACCATCCGTCAGGACGAGTGGCACTCTCTACATCTGCGGAGGATGACGGCAGGGTTTATGGGAATGGCGGTGGCCATCATTCTCTTCGGCTGGATCATCGGGATGCTGGGATGCTGCTGGGACCGCGGCCTCATGCAGTATGTGGCAGGACTGCTCTTCCTTATGGGCGGCACATTTTGCATCATATCCTTGTGCACCTGTGTAGCAGGCATCAACTTCGAGCTGTCCCGTTACCCGCGCTACATATACGGCCTCCCAGACGACATCAGTCACGGTTACGGCTGGTCCATGTTCTGCGCTTGGGGCGGTTTGGGTCTGTCCCTCATCGCTGGCTTCTTCTGCACGCTGGCGCCCTCCGTACAGCCCATCCCGCGCTCTACATGCCCTAAATCACGCCAAGAAAACGGCACCGTGTGTTAAAGAGACGCCTTCTGAAATATCCCACATGCAGCTGCAGGACAATGGGAGACGAGATacattt
>TCONS_00057647
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Function

symbol description
tmem178b Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in membrane.

GO:

id name namespace
GO:0008150 biological_process biological_process
GO:0016020 membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-040718-92 Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in membrane. Is expressed in nervous system. Orthologous to human TMEM178B (transmembrane protein 178B).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000006747

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00053535 False 10605 mRNA 0.38 5 12111154 12239160
TCONS_00053536 False 1052 mRNA 0.58 4 12113105 12230144
TCONS_00057647 True 4364 lncRNA 0.36 1 12234797 12239160

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_027166 NA coding upstream 45791 12063991 ~ 12065363 (+)
XLOC_027165 NA coding upstream 58484 12039649 ~ 12052670 (+)
XLOC_027164 tnnt2c coding upstream 77288 12031958 ~ 12033866 (+)
XLOC_027163 cry1a coding upstream 84647 12013043 ~ 12026507 (+)
XLOC_027162 NA coding upstream 160228 11946875 ~ 11950926 (+)
XLOC_027168 mkrn1 coding downstream 53114 12292274 ~ 12307834 (+)
XLOC_027169 tmem121b coding downstream 69816 12308976 ~ 12312976 (+)
XLOC_027170 pimr214 coding downstream 94008 12333168 ~ 12361683 (+)
XLOC_027171 pimr170 coding downstream 109408 12348568 ~ 12352645 (+)
XLOC_027172 pimr169 coding downstream 126615 12365775 ~ 12369666 (+)
XLOC_027161 NA non-coding upstream 317371 11789799 ~ 11793783 (+)
XLOC_027160 NA non-coding upstream 338555 11761954 ~ 11772599 (+)
XLOC_027175 NA non-coding downstream 513394 12752554 ~ 12755202 (+)
XLOC_027176 NA non-coding downstream 574040 12813200 ~ 12819377 (+)
XLOC_027179 NA non-coding downstream 740352 12979512 ~ 12980325 (+)
XLOC_027181 NA non-coding downstream 741536 12980696 ~ 12985047 (+)
XLOC_027182 NA non-coding downstream 757960 12997120 ~ 13024021 (+)

Expression


Co-expression Network