XLOC_027176



Basic Information


Item Value
gene id XLOC_027176
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 12813200 ~ 12819377 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence


>TCONS_00057650
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>TCONS_00057651
TTATTGTGCTGAATAAAGAGGTGGATATGTATAAagaggactttttttttctaatacgttttcttttttgtccttttttttttttaaacaagcaagcAATTTAAGTGAAATCACAAACAGCAATACTAAGTGAAACAGCCATAATTGTTAGAAAACAAGTTATATCAAGTGAAGAAAAGCCGAGAGAGTAACCACCTAGTGATCTTTTTCCATCAGCCACAGAAACGACAAAACATTGCATAAATGTAAGACAGCGTTTTAAAAACAAGTCAAATTGTCCAGTCTCACCTAACCTGTGGCTGAGAGGCAGAGAGGTAcagtcttaattaaaaaaaaaaaagagaaagaaatccCCCcagaaacacacaaaaataaactatgaatatatatttatttatttatatatatatatttaattttaaaacttttacgcCGTTCTCTCTGGACTCAGGCACCTGAATTTAAGCAGATAGTAAGTTTGAAAAATGAGGTAACAGGAGGCCCTCTTGGAGGTAGAAAAGTGTATTCGATTGTACTAGAACATGTTGTCTTGAAAATACAACTTCATCTTCATTAAGACACCCAGAGCTGAAAGCACATGAACCAGTGGCTCCTGTGGATGCACGTTTAAACCAACACATATGAACACAAAGCCAAGTTTCAGGAGgacatttctattatacacagaTCTTATGGAAAACGACGCAAAAGGTTGAGCCGATATTCGCCGTCCATccacttaaaggaacactccacttttctTTTATTGGCTCATTTCACAAGTCACCTACAGTTGAACAGTTGAGATTTACCATTTTTGAAACCATTCAACCGATTTACGGAtccgggagcacttttagcttagcttagcataaatcattgaatcggattagaccattagcatcttgctcaaaatttttaaaaaagagagattagttcattttactatttaaagcttgactcttctgtagttacatcatgtacttaCAGCTGCTATtttctaggaactatactctcattccgGCGGTCTGATTCGCAAACTGACATTTTAACAAGAACTGTAACCATTTAGGTAGTAGCATTACAGTGTTTGAGCAACGTTTAATGTTGGTTTGTGGCAAAAGCCAAGCTGCCGCATATAAAGACGGTCATTACATGCCATTGTGAGTTCAAAAGGCATGCCAACAGTTCCATTAGCTTCCTCTGAGGCTCTACCTCAGGCCCAGTTGATATTACCATGCTAACTTTTCTTAAGGTTTTCATGGTGACAGGCTGAAAAGGTGGATTCTTTCACTACATAAGCATTACATCTGTTTGAAACCATATGACAAGGAAAGAAAATCACATTTGtgtaaagtacacacacacacacacacgaaaaaaaaaaaacaactaatcaaGTATATCTCAATATCTACTAATTTTTCAAAAACATATTCATATATGCAATATACAAAACCCGAACATATTTTTGCCAAACCTGAACGAACGTTTCaagcttcttttgtttttaatgtaatgtgtacACTGCAAAAAGTCGATTTTTGCCTCCGTTTTTAACGTTTTTCagtacaaatatagttttttcataaatttttttgggcaaaaaacatacaaatatctGCCAGAAAACTAGGAAAAATTAATTTAAAGGTAAAACATGCTTAGCTTTCTTACTCCACTGcaatacatttttgttgttttaatactGACTaaccaaatattaaataaaaaaaaaaaaaccttaacaacatttttttttttacctcaaccTCACAACTTTAGTGTGTTTATAAAACATATCAAGtaataatcatgtttttattGCCAATGCAtggactagggctgcacaatatatcgtttcagcgacgtttcgcaatgtgatcattcacaacagtcacatcgcaggatatatgCAATGTTATAATTCatcatttgcttgtgtttttgatgcctgagATTGTATAATGACCTAATATAACTTTTTATTACTATAATAACAGCATTCAGGAATAATAAATTGTACCATCTGTGACCTTAACGatgattacttttattaaaatattagtattttggtcattcagttactgtacttgaatactgttacgccccattcacacggggcttcagcgtcaacgcttgacagaggcgtgtctgaagttggggctgacgcaatcatcatagcagcgttagccaatgaaattagccagcaataggccactgtctgagccgatgtatttgcatacagcaatctgattggctgacgcttccgttgccGCTTGAAACGTTGAGAAAGTCTCAACctttgcagcgagcaacgccactgaaggggctgccgacggatccacaatgcagttcagcaatgccacctattcaaagtgaatggaaagcgttgaagctgacgctCCATGTGCATGAGGCGTTAGActcggggaaaaaataaaacactgtgtTTCAATTGTATCTCTTTCTtgtttgtatttatagattgCTATGCATGAAAATAcccacaacacatgcaaatatagaATGTattgcaaatagcacagaccacaacgaaAATGTGTTGGAGGACCCGAAAAAGTTTAAAGATTGTTTGTTAGATTTCACAAAGATGCcaatagtaaacattaattcaaTCTCCGACTAAgaatatgcatgaaaatactcacaacacatgcaaatatagaaatgcactgcaaatagcagcACAGACCACAACGAAAACACGACGTGGGGAaattttatagattgtttataagATTTCATGGAGATGCACTCCCAGTGCAGAATCATCCCCATCGATCAACCATTATACatcctttccaaatagagatcttaagtcatctggtgaaattgaattcatatcgcaatatatattgcagaataaaaaatatcGCAATAAATAATATCGCAATAAAAAACATCGCaataaaaaacattgcaataaataatatcgcaatgttagatttttccaacattgtgcagccctagcatgGACACACACTAGCataattttgctatttatttcCGAAACCAAACTAAAGTCTTCATTAATAACTCCCTTAGAAATATTTgtactgaaaaacaaaacaaatgctgaGGAAAAAAACTATTTGTGCAGCGTATTGTGTGTGTAGTTGTTTTCTAAGCCATCGTTTTCCCCAGCTGAATTAAgatgaaacaaaaaaatcaaatgtaaaaagttTGTAAAACAGGATCTTGTGCAGTCCTTAAGTCTATTTCAGTACATCGTTTGAACCCGTACTGAAAGAAACcaggcaaaaacaaacaaataaactgttTTCAAGACTGGAGGTAGGTATTTGTCAGCTGATTATTAGTCcgtttttatcctttttttttctctttttgagGTAAATATCTGAATAGTACATAACTAAAACTAGAAATTCAGAGCAATAGTGAAGAGGAGGGGAGAAAAAATAGAGAAGGAGAAGGGAAAATCCATTCGCAACATTATCATTTAGTGTCATACAAGCACTTGATCCTTAGAAACCATTGAGTAAAATCAgtacaaaatatatattcaagttaaaaatgtaaaacagacaTCCCAGCTGCAGAGACAAGAGTGTCTAGTTACAAACGTCAGATATATGCTAATGTgaaaaaaatagagagagaaatTAACTAGAAACAAACACAGTACTTTTTCTTTTCCCTTAGCTGCATGATTAGTTCTACATATGACTATAAACAGACCTCAGAATTCAGTTATTACCTGCCCGactcttataaaaaaaaagaaaaacgaaaTTCAGAGCGTTCGCCTGCCCTTACGACAAGGTTTTGTTTTCAACGTTGGCACTCGCTGCCATCCCCTGCTTTATAATGAGAACTATATAGCAGCGTGTGTCTTTCATGTGTTGGTTTGCTGGTAGAAGAAATCAGAGGTAGTTTTGAAAATGGTGAGGAGATATTGCATTGGTGACGGGTGCTGGCGTACTTTCGGATACCGTTTGACGCCATCACTGCGATTCAGGTATTTTTGTGTGTAATGAGGTATAGTGTGGTTTTTGTTCCTGTGGTTTCTTGAGGTTTCGATCAGTTTCCCTTTCGCTGAATTTTGTCAAATGGTGTTCTTAAAGCTATGCCGTACAAGAAAATAACAACACAATTATGTACATGTATGGTAATTAAGCAAAATATGTACAGTAGAGCTACTGTTCTGGAGTAATGTTGAAAACGGTCTCTAACCGAGGCGTTTAATGttgaaataaaattgaaaatcaCCACCAAGGACACAAGGGGTATGGATATATGATACTAAAGAGAgaattcaccccccccccccccccacatttTAACAGTCTGTCATTGTTCACGCATTTTAAACCTGTATGATATTCTTAGTTCTGtaaaacagaaaagaagatgatttaaaaaatgtttacgcTGCACTTTTGCATACTATAATAGTAAATGGTGACCAAGGAATTAAAGTCATGACATTTCATTCACAGTTCCAACCCATTTTTTCAGAATTGTGAGTTTATTTCTCTCAAAGGTGTCTCCATTACATAATTCTGCgagttttcccagtactggtttgcagctggaagggcatccgctgtctaaaacatatgctagataagttgacggttcattccgctgtggcgagacctgattaattaagggactaagccagagatGTCCagacaaagtttagttccaaccccaatcagacacagctgcctatctaatcaagctcttactaggcagtctagaaacatccttgctggtgtgttgaagcaagttggagctaaaatctgcaggacaccggccctccgggactAAGTTTAAACACccctggactaagccgaaggaaaattcatgaatgaataaattctgtAAGTTAAAACAGCAAGATAAGAAAAAAACTGAATCCCGCAGTTTTGTATTCTGCAATTTAGGCATTTTTCCCATGAGAATTGCAACTTTTTATCTCCAGTTTTGACATATGAATTCAAaactgc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Function


GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00057650 False 6023 lncRNA 0.36 2 12813200 12819377
TCONS_00057651 True 5493 lncRNA 0.35 2 12813576 12819377

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_027175 NA coding upstream 57998 12752554 ~ 12755202 (+)
XLOC_027174 AL954848.1 coding upstream 88796 12702440 ~ 12724404 (+)
XLOC_027173 lmo3 coding upstream 133907 12612145 ~ 12679293 (+)
XLOC_027172 pimr169 coding upstream 443534 12365775 ~ 12369666 (+)
XLOC_027170 pimr214 coding upstream 451517 12333168 ~ 12361683 (+)
XLOC_027177 wif1 coding downstream 112386 12931763 ~ 12956718 (+)
XLOC_027178 vhll coding downstream 147263 12966640 ~ 12968021 (+)
XLOC_027179 NA coding downstream 160135 12979512 ~ 12980325 (+)
XLOC_027180 BX119963.3 coding downstream 160276 12979653 ~ 12998711 (+)
XLOC_027181 NA coding downstream 161319 12980696 ~ 12985047 (+)
XLOC_027166 NA non-coding upstream 747837 12063991 ~ 12065363 (+)
XLOC_027165 NA non-coding upstream 760530 12039649 ~ 12052670 (+)
XLOC_027162 NA non-coding upstream 862274 11946875 ~ 11950926 (+)
XLOC_027161 NA non-coding upstream 1019417 11789799 ~ 11793783 (+)
XLOC_027182 NA non-coding downstream 177743 12997120 ~ 13024021 (+)
XLOC_027183 NA non-coding downstream 358781 13178158 ~ 13197865 (+)
XLOC_027184 BX470116.1 non-coding downstream 451415 13270792 ~ 13274635 (+)

Expression



Co-expression Network


Homologous


species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
eurasian perch (Perca fluviatilis) G103630 NA non-coding NC_053121.1 CM020918.1 5916553 ~ 5916864 (+)
bowfin (Amia calva) AMCG00006663 hmga2 misc CM030134.1 CM030134.1 13455432 ~ 13503228 (-)