XLOC_027184 (BX470116.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_027184
gene name BX470116.1
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 13270792 ~ 13274635 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00053569
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>TCONS_00053568
GCTTTTACTGCAAGTGATActacagagcatttgattggtcagaagatctgTTTGAAAAACTACTGATTCATATTGGCTATAACTGCTTATGttttctaaatgtctttgtttacaGATTGCCTTAATGCTGATATATTGATACTAATAAACAAACGCAATTAGTTAGGATTAAGTCAGACTGCAGACTTTTTATTGTATGCTATTTCttcctaaaaaaatttaaaatatttaaataaataaaggtcacgctttattttgatagtccgtttgttgaattgaaATTACATAGCGACAtaccaactaattttcattagattataagtagactgttaggttagggttggggtttgggttagggttagtgtaagttgacatgtactgtacactgttagacatttctgtaaattacacagttatttactgtatttcacccagtgtaatactgcaaattccttttacggtaaataactgtatttaccgttgcattatgggaatttagtgtgacgtcgaacaacatatacagcgatgtactgtatttgtaaaaattcgtgtattatactgtattttccacaactgcttcaacgccaccttgcggcgattcgactactctgcaccacattttgcctgaggaccctggagcaattctggagtacaatttattagtgtgcctgaagaacatactggatttaacaaactttactctggtaagctgaggcagtgtttcattttacagaatgttttgtggacgagaatagaacaaagtaaagtataaagttggctattattattttctctggcttggcgttatttcgcccatttgagaaatatatcatctattaagatgttacctttatttaatttattacattaacactactattactttaaataagactgtttatgactattagccattgttctcgtcatatctttttatttatttacataggaaccggtgttgcagcgggttttggtttaggagggaaccagaggtatgcagacagttttgggggacacttagcacgagacaacggtccggcagagagtgttttcccccagaagaatatgaatgaaagaccaacaaataatccagatatggcactggcacagcagcaggttttgtctgaagaaacaaacagcatttcagaggaacatcttgatcagcacagccttatgcttaaaaaataagcaagaccagtaagcaaccaaggtaaacaaataaaaaaaattgtgtggaggttgtggattgtagcatggtattcttatctgtatttttggcttttttatggtctcaatatagaatactgggagcctgcctgtgcaaactggacctcatacaacagtaagtactgtacatctatttgtttctcaatatattaacgttacttttaatacaaaatgtgtcacatgtttagttgctagctaaataaaaaaatcgttttcccttttttattaaaccatttagtaggttttttttcatctttgtttataatatttttgagcagattgaggtctgtcatgggtcagacatttcaaaatacaataattagtattgggatacatgcatttgtctatgtattaaatgtctttttccccatttcatgttgcctaaatattttgtaataaataaaataatacaattttttgtataaataattccagaggatgaaacaaaatgcacagcaacaaccagagtgagccagaagatagcaggagaagtactgaagagaatgacaaccatgaacaacagtgagttatccttctttcaccagccagctaactgagaacttggattaggtgagacactctcaatagttttatcagtattcagtcagttttagtttattaggaatacataaaacaaatagtctaatctgtcctgctgtgaatcaacccatcacaaatgctacaatgtttttgtaaaaccttgttaggggaaaaataaacaggacattctggttagttatcttttaaacatggtagtgagcaggttatgagcaggagccagttgctcagtaccagctgaaaactaccccaacctagctgccatgcttcaaaataattaaccagtatatgatttatttttttaaacaagcttcttctatgcttatgttagtctgtttgtccttatccagagttcttcataatcctggactgggccaaatcctgaccagatgctgtggtggtcatggaggagtgaatcctaaaagacacacgtgatcaatgagtttccgcattgatccaatgggccagcctgaccacccactggtgaactttcaagcctccggtgcctagactgcggccttgcacaagtttggctagaggagaactggtcgtgcccaactgagcctggtatctctcaagggattttattctacactttcgtcagttggtgaagtttgttccatgccactgtcgccactggatcacttggctacgattggtggatcggtggatttgctcttcagtgtttagactttcagcagtgacatttactgcttcaattctgaaaactggactgaagcagcttcaatttacaagaacttctatgttaagctgctttgacatcattgatctacattgtaaaagtgcaatagaaataaagatgaattgcatttaaacatgtgaattcagaccttgttgagcatttgacaccagaactagtaatattttaaagttgggttgtttctgagtcggctaatagttacaaatatttatttttccaacaatatgcaattcagaagtttaaatttttattgtacatgtatgttctagtgctttgtgtgatttatttatttttaatgtgttgattttattgcttaatgtaattttcacacattttccttaaatgctttaagcattattaatgttttaaagaatggaatattttgtaattgtgtctggtttaatgtcagtagtacttagtacaattggggttttttttctcaacaatatgcaggtcagacacttaagttagttttgtacatgtatgttaatgtgctttgtcattttcaatgtttttttttcttaaaataaaatattttgaatgattgaaatgtaatgtttttacacatttttaagcttgttttaagcatctccaatgttttaaataaagagtgtttatttt
>TCONS_00057133
tttgtaataaataaaataatacaattttttgtataaataattccagaggatgaaacaaaatgcacagcaacaaccagagtgagccagaagatagcaggagaagtactgaagagaatgacaaccatgaacaacaagttcttcataatcctggactgggccaaatcctgaccagatgctgtggtggtcatggaggagtgaatcctaaaagacacacgtgatcaatgagtttccgcattgatccaatgggccagcctgaccacccactggtgaactttcaagcctccggtgcctagactgcggccttgcacaagtttggctagaggagaactggtcgtgcccaactgagcctggtatctctcaagggattttattctacactttcgtcagttggtgaagtttgttccatgccactgtcgccactggatcacttggctacgattggtggatcggtggatttgctcttcagtgtttagactttcagcagtgacatttactgcttcaattctgaaaactggactgaagcagcttcaatttacaagaacttctatgttaagctgctttgacatcattgatctacattgtaaaagtgcaatagaaataaagatgaattgcatttaaacatgtgaattcagaccttgttgagcatttgacaccagaactagtaatattttaaagttgggttgtttctgagtcggctaatagttacaaatatttatttttccaacaatatgcaattcagaagtttaaatttttattgtacatgtatgttctagtgctttgtgtgatttatttatttttaatgtgttgattttattgcttaatgtaattttcacacattttccttaaatgctttaagcattattaatgttttaaagaatggaatattttgtaattgtgtctggtttaatgtcagtagtacttagtacaattggggttttttttctcaacaatatgcaggtcagacacttaagttagttttgtacatgtatgttaatgtgctttgtcattttcaatgtttttttttcttaaaataaaatattttgaatgattgaaatgtaatgtttttacacatttttaagcttgttttaagcatctccaatgttttaaataaag

Function

GO:

id name namespace
GO:0001704 formation of primary germ layer biological_process
GO:0001706 endoderm formation biological_process
GO:0007492 endoderm development biological_process
GO:0021571 rhombomere 5 development biological_process
GO:0021572 rhombomere 6 development biological_process
GO:0010467 gene expression biological_process
GO:0043170 macromolecule metabolic process biological_process
GO:0035987 endodermal cell differentiation biological_process
GO:0005634 nucleus cellular_component
GO:0003676 nucleic acid binding molecular_function
GO:0097159 organic cyclic compound binding molecular_function
GO:1901363 heterocyclic compound binding molecular_function

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000117423

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00053569 False 3037 lncRNA 0.35 3 13270792 13274635
TCONS_00053568 False 3127 lncRNA 0.35 2 13270792 13274635
TCONS_00057133 True 1113 lncRNA 0.35 2 13273125 13274623

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_027183 NA coding upstream 72927 13178158 ~ 13197865 (+)
XLOC_027182 NA coding upstream 246771 12997120 ~ 13024021 (+)
XLOC_027180 BX119963.3 coding upstream 272081 12979653 ~ 12998711 (+)
XLOC_027181 NA coding upstream 285745 12980696 ~ 12985047 (+)
XLOC_027179 NA coding upstream 290467 12979512 ~ 12980325 (+)
XLOC_027185 cand1 coding downstream 137395 13412030 ~ 13425447 (+)
XLOC_027186 si:dkey-39a18.1 coding downstream 154358 13428993 ~ 13434027 (+)
XLOC_027187 dyrk2 coding downstream 175140 13449775 ~ 13462784 (+)
XLOC_027188 NA coding downstream 193956 13468591 ~ 13469897 (+)
XLOC_027189 NA coding downstream 215047 13489682 ~ 13493356 (+)
XLOC_027176 NA non-coding upstream 451415 12813200 ~ 12819377 (+)
XLOC_027191 NA non-coding downstream 309419 13584054 ~ 13586183 (+)
XLOC_027198 NA non-coding downstream 602269 13876904 ~ 13890091 (+)
XLOC_027200 CU469420.1 non-coding downstream 831876 14106511 ~ 14108810 (+)

Expression


Co-expression Network