XLOC_027203


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_027203
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 14162343 ~ 14167862 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00057671
CAGCACGAGGCTCACCTTTGGCTCTCTGTAAACAACACGACGCTTGACCATAGTCAAAACAAACCTTTCTGACCGTTTTAAAGATATAAAAGTACATTTCCTGCAGGTGACAGTCAGTGagagccattaaatgtcacttattAGCACACATTTCAGCCCTTTCAAGCAAAAACATGCGACTATCACTGGATAATGTGCAGGAATGCTGGACACTCCATCACCTGTAAGTAACTTTACACTTGTGTCGTTAAAGGATTATAAAGCAATGCTTCATTTGCATTTAATCGTTAATGATGTTTGTATTGAGGTGATTCCTGTAAAGTTTATCAtgtagaataataatattaagcagTAGTGCTGTTTGTTTTGTCTGCAGTCTAGTGAATTCATGTCTTCATCTGCATGACAGCATCATGACATCTTTATTTTTAAGCTTCTGGTTATGATTCATCCAGAATTAATGATTTGTGTGTCCAGTTTCATGTTATAaactttaatatataaatataatgatacATGTTTAAATTGTACACATTTCCTCATCAACACAACTGCTTTGTTTAACACTGTAAACTAGTTGCCATTTGATTGTGTTATGTGgcaatattattttcttcttgtAAATCATGTTATAAATGGTACTAAAAACACagaatatagaaataaatatttatatagatataaaaTCATGTAATACATATAGCCTTGAATACTTAACATGTATTTCACTACATGAAAATAACAAAATAGACATGCAAGTAATGAAATAgatctaaaataataatgtaacttTAAATGTAATAGTAATTATATGCAATATACAAACAGAGATTCttagttttatttatggattCATGTATTTCTCCTTAACTTCAAAAATACAGtggaataatttatttattgatgtttttcCCTGCAGAGTTTGTGTTTGGACGCATGGACAGTCAGTCGCTGTAATTATGGTCATCTGCTCATCATGCTGAGGTAATTTGTCTctacttttctgttttttttttgttattaaaaagcCTGAAGACTCGATGAATGTGTGTTGTAGAATAGATCACACAAATATAGTGATGATAACTTTCTCAACCTCATGTCATTCTTATTGGAACATGGAAAAATATTTAGCatcaagttattttatttattcattttttctacACAGTGGATATTTTTTCACCACTGATTAACGTCATTCAGGCTTATAAAGACATACGGGTTGAACAGCTCTTTTCAGTAGCTGTCCATTCATCTTTTCACGCGTTCATAAATATGATTTACTCTTTTCGTTTCACATTGTAGCAGTTGAAACATTTGTATTTGTCAGGATGTTTGCTGTTATGTTATTTATTCCCATCATTTAGTATTGAATTTTTCTATAGGAAGAATTTGTCTATAGTGAGATTAATTTGTCAGTAGTATTTTTTACACCTTTAAATTCTGAATatgtctttaaataattttaagaatTTAAGTATTAACTgttctaataatattatttatataatttaaagtcatttaattaattgtaattattttagacctttttttgtaattatattaaataattgaacaggtttaaaatgaaaataacatgaATTTTTTatccaattttcactttttttttttttataaatctgtgGAGGAGTGGTATCTTTAAATACAACAAACGAACAGTTGTTAGTATGAGAAACTGGTGGTTGAGTGGTCAGAGCTCTCGGTTAGAGATCCAAGCCTGATGCAGCAGACCAGGGTTCAAATCACCACGCTGATACTAGTTTTGggaatttttgcaaaaaaaaggtgttttttttccaaaaaaaaagttttccctCCTTTCTTTTCAACTCTTCCTTCTCCTCTCTCTGTTCAGCCTCTCCCTGCTCCACCTCTTTCATTGTTCCACCTCTCAGTCCAGCTTACCTTTCTGTCTTACTGCCCTAGGTTTGTCCGAGCCATCACCTCTGTGTTGATTTACCGCCTCAGGATGGTCCTAGCCTTTGCCGCTCAGTTGTCTTACCGCCCCAGGTATGTTTCTGATCTGGTCCGTGTTTCACTGTATGCTCGTGAGCCTTTGATCTCCACCCTCTGCTCAGCCCTCTGTTCTGTTATACCGCCCCAGGTATTGTCTTTGGTGTATTCCGCACACCTGAGGTGAGTTTCGTACCCACGACTCTTCGTAGCCTTGTCCACAGCCAACGTGTGTTACCAGTCGTGCCATCCTGGCTTTCACATTAACACCTGCTTTTTGGcgcattttgtttgtttaatgatgGCAATTAAACCAAAGAAATAGTGAGATTTGAACTCGGGTCTCCAAGATGAAAGCCTAGTGCTTTATGTCCTGAGCCACTGAAGCTCTGGAGTTTATAAGGTGTTTTTCTGTATATTTAGTGATGCAGTATTCTGAGTTTgcataagaaagaaagaagataGTATCTGCAGGATTCGAACCCATACTATTAAGCACAATAACTGAATATTCTCCCACTGAGCCACAAGCTTACTGACGCATTGCATGTTTCTTATTGCAGTTTTATCAGCTGTATAGGAATTTTATAAAAGCAgtagtgggatttgaacccgggtctccaaGATGAAAGCCTAGTGCTTTACATCCTGAGCCACTGAAACTCTGGAGTTTATGAAGTGTTTTTCTGTATATTTAGTGATACATTATTCTGAGTTTgcataagaaagaaagaagataGTATCTGCAGGATTCGAACCGATACTGTTAAGCACAATAACTGAATATTCTCCCACTGAGCCACAAGCTTACTGATGCATTGCATGTTTCTTATTGCAGTTTTATCAGCTGTATAGGAATTTTATAAAAGTAgtagtgggatttgaacccgggtctccaaGATGAAAGCTCAGTGGTTTTATCACTGAGCCATTGAATCTGGAGTCTTGCAATGCTTTTAGATCtggttttgattaaaaaaaaatatatgacaaaAAAATTTTAGCTAACAGAAGTAAACACTGGCaatagtgggatttgaacccggaTCTCCAAGatgaaaactcaaataaatttacCACTGGGCCATTAATTCTGTGAGGTTAGGAAGCTTTTGGACAAGGTTTTGTTGAAAGCTTTACTTCATATGAATAAAAACttttagtttacaaagttaaacgTTTGCaatagtgggatttgaacccgggtctcAAAAAATGCAACTTCAAAGATTTTACCACCAGGCCATTGAAGCAGTGAGCCACACTTGATTTGAACAGggctttgttaaaaaaattattttgtaggGCCAAAAATGTTTAGTTTGCAGAGTTAAATACCTGCaatagtgggatttgaacccaggtcaCTAAGAAGAAAGATCAAAGATTTTACCACTAGACTATTGAATCCGGCAGCTTCATATGGTTTTGGTCAGAGTTTTGTtgaaagttttaatttatttgaccaaaattgtTTAGTATTTTTGTTAGACACTTGCATCAGTGGGATTTGAACATGGGTCTCCAAGTTTAAAGCTTAAAGATTTTACCACTGGGCCATTGAATGTATGGGTTTGAATATGTTTTGGACAGAGTTTTGGTGAAAGCTTTAATTTATATggttaaaatgttttagtttataGGGTTAAACACTTACATTTGTGGGATTTGAACCTGGGTTACTTGGGTCTCCAAGTTATATGCTCAAAGATTTTACCCCTGAGCCACTGAGTCTCAGGTTCCCCCTATGTTTTGGACTTCTCTTTTATAGGCAGCTTTCAGAAacagcatttacatttataaaactaaaaacaaatgctcattcaaaactgcttttagcTTCACAGCTTCAGTAGCTCAAGTATTAACGCATCAAGTTTTGAATCCTTgagacccgggttcaaatcccactctTGCAGAGCTATCGAGTCTGAGAGTTGTTTAAACcgaagttttgttttatttgtgtttgtctATTTGATAACGCACATATATGAAGTGGAGTCTTCAAGTATGATCACCCATACTCTAGCCTGTTTTTAATTTATCCAAGCTCTGCCGGGATTGAGAATGCAACCTTTCGATTACAAGTCCAAATCCCTAACCACTAGGCCACAGCTGCCTCCTATACACAGCAATCGTTGCATTTGAAACTCctctcattaattttttttttttcaattaggaGTTTATGTACAATATTTAGTGGATGAGCAGAAGTGGATTTAAACAACTTTTAATCAGTTTATGTTGAAATATTGAGCTTGACATTAGATTTGGACACATTGTGGAATTTAAACGTGACGTTTGACTGAGGATTttgaaatgttataaaaataatgttttttgttataattttaggATTTGTTTACATTTCTTAATTCATGGTTCACCTCATAAGCCTTAACAGATGTACAGCATAATATTTCCATCCTAATTTTTCTATCACTTCTAGATGAGCTTGTGATTCATTGAACACAGCTGGCAGATCCTTTAGGGTTCATCAGTCCAACTGCTTCTGAGCTGGACCTGAGAGAGACATCTAGTGCTCAATGCTGAAATTACagctcattcacaaacaaatgagTGGAATATTGTTGCAGGTAAGGTAAAAAACACAATCATCATGACAAttgtaaataaactttttaataaaaatacgGCTCCTCATATTTGACGTTTTTTAGTCTCTAAACACTTTTAATCAGTGTCATTGAGTAACCTATGAAAGATTAGTCTTCATAATCTCTCCGAGACACACAGTAGCGTAGCAGGACGCCTCCAAGTCAAAGTTTAGTGACAGACAGTGTGTGTTAGACTCGTCTGATGAACTCGTCTGCAGGCTATATGTGATGTTCTGTGGCTTAGCGAGCAGGGGTCGATAACATCCAGGGACGTTGAGTTTAAGGGGAGTCACTCTGAATCGGCAGGACTCCAAACCGTCTTGAGCCAATCGGTCTTGATACCATTGACCCAAAAGGTTTTCTGGATACTTGACACTATTTCCTGGCATAGGAAGAATCACCTGGATGAAAAACCACAGAGGCACAATAAGAGACTGATGGGTAAGAGTTACTGTAGCAGACATACAGAGCAATGAAAGACATCTGAAACAGTACCTGGTCTAATGAGAAAACCTCATTCTTCTCCTCATCTGAAGCCACAACATGGATCTACAGCACAGAAAACAAgtgaaaatgaatggaaaacCACAAATAAGAACAAGaaacaataatacaaatgtacAATCATTCAACATACCTGCATTTATGTACACACACTcttctttaataaaatatttgaaagatttatgcatgtttaatttatatatacatttttaaaatacttcttTACAAAGTAGActcaaataatcaaacaaatgttTCTTAAAGTTGTATTTCAGGGTAAATGTTAGGATATTATTAGATTGAAATTTACTCTGAATAAAGTgcgtgtttgttttattcttatgATTTATTTCACCCAATTCAATCTAAACACAAACCGTTTCTGGCTATTATTTAGCAATAACTAAATCAAGAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00057671 True 5520 lncRNA 0.35 1 14162343 14167862

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_027202 NA coding upstream 4315 14150060 ~ 14158028 (+)
XLOC_027201 CU469420.2 coding upstream 42784 14116366 ~ 14119559 (+)
XLOC_027200 CU469420.1 coding upstream 53533 14106511 ~ 14108810 (+)
XLOC_027199 pphln1 coding upstream 198903 13901458 ~ 13963440 (+)
XLOC_027198 NA coding upstream 272252 13876904 ~ 13890091 (+)
XLOC_027204 CR786571.4 coding downstream 6505 14174367 ~ 14176401 (+)
XLOC_027205 NA coding downstream 17304 14185166 ~ 14188729 (+)
XLOC_027206 prl2 coding downstream 175844 14343706 ~ 14348811 (+)
XLOC_027207 nuak1a coding downstream 192510 14360372 ~ 14372843 (+)
XLOC_027208 BX571705.1 coding downstream 231610 14399472 ~ 14408298 (+)
XLOC_027191 NA non-coding upstream 576160 13584054 ~ 13586183 (+)
XLOC_027211 BX571719.2 non-coding downstream 557212 14725074 ~ 14725214 (+)
XLOC_027213 BX571719.4 non-coding downstream 565121 14732983 ~ 14733123 (+)

Expression


Co-expression Network