XLOC_027205


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_027205
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 14185166 ~ 14188729 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00057672
GTCATTTTCAGTCTGTCCTGTAGAAAGTGTGCAGTTCTCCTTCCAATCCGCTAGAGGCGCAGGAGACCTCACGTTCAGCACGAGGCTCACCTTTGGCTTTCTGTAAACAACACGACGCTTGACCACAGTCAAAACAAACCTTTCTGAGCGTTTTAAAGATATAAAAGTAAATTTCCTGCAGGTGACAGTCAGTgagagcctttaaatgtcacttatcaGCGCACATTTCAGCCCTTTCAGGTAAAAACATGCGACTATCTCTGGATGATGTGCAGGAATGCTGGACACTCCATCACCTGTAAGTAACTTTACACTTGTGTCGTTAAAGGATTATAAAGCAATGCTTCATTTGCATTTAATCGTTAATGATGTTTGTATTGCGGTGATTCCTGTAAAGATTATCAtgtagaataataatattaagcagTAGTGCTGTTTGTTTTGTCTGCAGTCTAGTGAATTCATGTCTTCATCTGCATGACAGCATCAtgacatctttattttttaagcttCTAGTTATGATTCATCCAGAATTAATGATTTGTGTGTCCAGTTTCATGttataaactttaaaatatataatgataCATGTTTAAATTGTACAACTGCATTGGTTAAAATTATACTAAACACTGTAAACCAGTTATCATTTGATGGTGTTATGTGGCAATGCTATTTTCGTataaaattaatgttatttattcccATGATTTAGTATTGAACTGTGAAGTGTCATTTGTTACACTTTTAAATTCTGAATAtgtctttacatttttaaaatattattaaaataatacctaaatacttaaaataaagttgttcaattaattgtaattattttagacCCTTTATTTGTAACTACATTAAATAACTGAACAGGTTTATTGGTAGTATAATATGTAGTTTgactttttttgcaaaaacataaattctttatcatattttcactttttttttttataaatttgtggAGGAGTGGTAACTTTAAATACAACAAACGAACAGTTGTTAGTATGAGAAACTAGTGGTTGAGTGGTCAGAGCTCTCGGTAAGAGATCCAAGCCTGACGCAGCAGACCAGGGTTCAAATCACCACGCTGATACTAGTTTGaggaattttttcaaaaaaaaaggttttttttccaaaaaaaaaaattttccctTCTTTCTTTTCAACTCCTCCTTCCATTCTCTCAGCTCCGCCTCTCCTTGCGCCGCCTCTCCTTGCTCCACCTCTCTACTTGTCCCGCCTCTCAGTCCAGCCTCTCAGTCCAGCCTACCTTTCTGTCTCACCGCTGCAGGTTTGTCCGAGCCATCACCGCTGTGTAGTCTTACCGCCCCAGGATGCCTTTGCCGCTCAGTTGTCTTACCGCCCCAGGTATGTTTATGATCTGGTCCGTGTTTCACTTTGTGCTTTTGGTTTCCACCCTCTGCTCCGCCCTCTGTTCTGTTATACCGCCCCAGGTATTGTCTTTGGTGTACTCCACACACCCGAGCTGGGTTTCGTACCCACAACTCTCCGTAACTTTGTCCTCAACCAACGTGTGTTACCAGTCGTGCCATCCTGGCTTTCACATTGACACCTGCTTTTTGGcgcattttgtttgtttaatgatgGCAATTTAACCAAAGTAATAGTGAGATTTGAACTCGGGTCTCCAAGATGAAAGCCTAGTGCTTTACGTCCTGAGCCACTGAAGCTCTAGAGTTTATGAGGTGTTTTTCTGTATATTTAGTGATGCATTATTCTGAGTTTgcataagaaagaaagaagataGTATCTGCAGGATTCGAACCCATACTGTTAAGCACAATAACTGAATATTCTCCCACTGAGCCACAAGCttagtaatgttttatttttgtcttattgcAGTTTTATCAGCTGCATAGGAGTTTTATAAAAGCaatagtgggatttgaacccgggtctccaaGATGAAAGCTCAGTGGTTTTAACAATGAGCCATTGATTCTGGAGTCTTGCAATGCTTTTGGATCTGGTTTTGATCAAAAATTTGTTTATGTGTCTAAAAATTTTAGTTTACAGGAGTAAACACTGGCAATAGTGGGGTTTGAACCCGGATCTCCAAGATGAAAACTCAAAGATTTTACCACTGGGCCATTGAAGCAGTGAGCAAGAGCTCTTTTGAACAgggttttgttaaaaatatattttgtagggccaaaaatgtttagtttacagagTTAAATATCTGCAAtggtgggatttgaacccaggtctCTAAGAAGAAAGGTCAAAGATTTTACCACTAGACTATTGAATCTGATGGCTGTATGTGGTTTTGGACAGAGTTTTGttgaaagttttaatttatatggTTAAAATGCTTTAGTAAATAGGGTTAAACACCTGCATTTGTGGGATTTGAACCTGGGTTACTTGGGTCCAAGTTGTATGCTCAAAGATTTTACCCCTGAGCCACTGAGTCTCAGGTTCCCCATATGTTTTGGACTTCTCTTTTATAGGCAGCTTTCAGAAacagcatttacatttataaaaccaacaacaaatgctcattcaaaactgcttttagcTTCACAGCTTCAGTAGCTCAACTATTAACACATCAAGTTTTGAATCTTTgagacccgggttcaaatcccactctTGCTGAGCTATTGAGTCTGAGAGTTGTTTAGGATgaagttttatttgtttgataaCGCACATACATGGTAGATTATCTTCAAGTATGATTACCCACACTCGAACCTGCTTTTGATTTATCCAAGCTCGGCCAGGATTGAGAATGCAACCTTTCGATTACAAGTCCAAATCCCTAACCACTAGGCCACAGCTGCCTCTTATAATCAGCAGTCGTTGCATTTGAAACTcctctcattcattcatgtttttttcaaTTAGGAGTTTATGTACAATATTTAGTGGATGAGCAGAAGTGGATTTGAACTACTTTTAATCACTTTATGTTGAAATATTGAGCTTGACATTAGATTTGGACAAACATTGTGGAATTTAAACATGACGTTTGACTGAGGATTttgaaatgttataaaaataatgttttttgttataACTTTAGGATTTGTTTACATTTCTTAATTCATGGTTCGCCTCATAAACCTTTACAGATGTACAGCATAATATTTCCATCCTAATTTTTCTATCACTTCTAGATGAGCTTGTGATTCATTGAACACAGCTGGCAGATCCTTTAGGGTTCATCAGTCCAACTGCTTCTGAGCTGAACCTGAGAGAGACATCTAGTGCTCAATGCTGAAATTACagctcattcacaaacaaatgagTGGAATATTGTTGCAGGTAAGGTAAAAAACACAATCATCATGACAAttgtaaataaactttttaataaaaatacagctcCTCATATTTGACGTTTTTTAGTCTCTAAACACTTTTAATCAGTGTCATTGAGTAACCTATGAAAGATTAGTCTTCATAATCTCTCCGAGACACACAGTAGCGTAGCAGGACGCCTCCAGGTCAAAGTTTAGTGACAGACAGTGTGTGTTAGACTCGTCTGATGAACTCGTCTGCAGGCTATATGTGATGTTC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00057672 True 3564 lncRNA 0.37 1 14185166 14188729

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_027204 CR786571.4 coding upstream 8765 14174367 ~ 14176401 (+)
XLOC_027203 NA coding upstream 17304 14162343 ~ 14167862 (+)
XLOC_027202 NA coding upstream 27138 14150060 ~ 14158028 (+)
XLOC_027201 CU469420.2 coding upstream 65607 14116366 ~ 14119559 (+)
XLOC_027200 CU469420.1 coding upstream 76356 14106511 ~ 14108810 (+)
XLOC_027206 prl2 coding downstream 154977 14343706 ~ 14348811 (+)
XLOC_027207 nuak1a coding downstream 171643 14360372 ~ 14372843 (+)
XLOC_027208 BX571705.1 coding downstream 210743 14399472 ~ 14408298 (+)
XLOC_027209 abcc9 coding downstream 472040 14660769 ~ 14713773 (+)
XLOC_027210 kcnj8 coding downstream 528773 14717502 ~ 14719854 (+)
XLOC_027211 BX571719.2 non-coding downstream 536345 14725074 ~ 14725214 (+)
XLOC_027213 BX571719.4 non-coding downstream 544254 14732983 ~ 14733123 (+)
XLOC_027214 NA non-coding downstream 579253 14767982 ~ 14770585 (+)
XLOC_027223 NA non-coding downstream 882745 15071474 ~ 15076052 (+)

Expression


Co-expression Network