XLOC_002729 (zgc:165539)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_002729
gene name zgc:165539
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 21541925 ~ 21545117 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00005066
AAAAACATTTACCTCCAACACTTTGCATGCTTGGATTTGTGGGTTGTTTATGGGGATTTGGAACAATAAGCAGTCAGTGTTAGAGTTTGTTGCTTGGTTTTATTAAGCCATGGATAAAAGGTGGAAAAGGTTACCCTTTTTAGTAGTCTTCCTGCTCTTTTGGAAGAATGCTCCTGCTCATGCATATTCAACTTATCCAAATGCTGGCCAATGGTGGGGTCAGCCATCTGAAAACACTTTCTTGCCTCTTGTGGTCCAGTCTTCTGTGCCAGAAGCCCCTGTCACTGGGGTTTTGCTTGAAGAAGTGGTCTCTAGTTTGCCAGAAAACAGACCTGAGTTTAATCTACTTCAGGTTGTTAAAGGTGGTGTTTCCAGCAGTTCTGACTCTACAACCCAAGCTCTATCTCCAAATACCCCCTCTTCAGCTTCTGGTATGAGTGGTTTAGCGTCACTTCAGGGCTTGTCTGGATCATCCacttcaagtggttctaaacaaaTTGTTTTTGCACAAGGGGAAGGTGGCAGCTTTGCTTTGAAGACTGGAGTTTCTGGCCAGTCCACTAATGATCAGAGCTCTCCTAGTCTGTCTAGTTCCGTTTCTCAAGGTACCACCTATGGTGTAATTACCCAAGCTCAAGGTACAAGTCAGTCTGCTCCAGGATCTTCATCCCCATATACAACCATATCATTGCCCAAATATGTTGCTAGTCAGTTCATAACTCGACCAAGTTCAAAGCAATTTACCTCTGTCTATGGCACCCAGGCAGGATCCTCTGCCCCTTTTACTTTGCAAGAAAGTACCACATATGGTGGACAAATCCAGACTCAAGATGCCACAAGTCGATTAGTTTTAGGATCTTCAACCCCTTACATATCTGTATCATCACCCCAAGTTGTTACTAGTCCGTTGACACCTGGGCCAGGTTCAAAGCAGGTTACCTCTGTCTATGGCACTCAGACTGGTTCGTCTGCTCCGTTCACTCTGCAAAAATTACTACAGGGTAAAGGTTCAAAAAGCCAGGTTGTTTCAGTACCTTCAACCCCATATGTAGCTGTATCATTGCCCCAAGGTGTTACTAGTCAGTCAACATTAGTGCCAAACTCAGAGCAGTTAACCTCTGTCTACACCACCCAGACAGGATCCTCTGCCCCTTTCACTTTGCAAGAACTACTCCAGGGTCAAGATTCAACAAGCCAGGGTGTTTATGGATCTTCAACCCCATACGTATCTGTATCATTGCCCCAAAGTGTTACTAGTCAGTCGACGGCAGTGCCAAGTTCAAAGCAGATAACCTCCATCTATACCACCGAGACAGGATCCTCTGCCCCTTTCACTTTGCAAGAACTACTCCAGGGTCAAGATTCAACAAGCCAGGTTGTTTATGGATCTTCAACCCCATACGTATCTGTATCATTCCCCCAAGTTGTTACTAGTCAGTTGACCCCTGTGCCAAGTTCAAAGCAGGTTACCTCTGTCTATGGCACTCAGACTGGTTCGTCTGCTCCGTTCACTCTGCAAAAATTACTACAGGGTAAAGGTTCAAAAAGCCAGGTTGTTTCAGTACCTTCAACCCCATATGTTGCTGTATCATTGCCCCAAGGTGTTACTAGTCAGTCAACATTAGTGCCAAACTTGGATCAGTTAACCTCAGTCTATACCACCCAGACAGGATCCTCTGTCCCTTTCACTTTGCAAGAACTACTCCAGGGTCGAGATTCATCAAGCCAGGTTGTTTATGGACTTTCAAACCCATACGTATCTGTATCAATGCCACCAGTTGTTACTAGTCAGTCAGCTGTGCCAAGTTTAAAGAAGATTACTGCTGTCTATGGCTCTCAGACAGGTTCCTCTGCTCCTTTAACTTTGCAAGGAAGCTATGGTGGACTAATCCAGCCTCAAAATGCCAAAGATGCGTCTTCTACGGGATCTTCATCTTCTGTCCTCCAAACCTCAACCGGTGACTTTTCGAATCCTTCCAGCAGCTTTTCTACCCTAAAACGTTATTACTCTGTCAAGGATTAGAAAACTGTTAAACTGCCATATGGTGCAATGTTTCcaataaaattaagattttttccaA
>TCONS_00005067
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>TCONS_00005068
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>TCONS_00005069
CAGGTTCAAAGCAGGTTACCTCTGTCTATACAACCCAGACAGGATCCTCTGCCCCTTTCACTTTGCAAGAACTACTCCAGGGTTCAGACTCAATAAGCCAAGTTGTTTATGGTTCAACCCCATACGTATCTGTATCATTGCCCAGAGTTGTTACTAGTCAGTTGACCCCTGTGCCAAGTTCAAAGCAGTTAACCTCAGTCTATACCACCCAGACAGGATCCTCTGTCCCTTTCACTTTGCAAGAACTACTCCAGGGTCGAGATTCATCAAGCCAGGTTGTTTATGGACTTTCAAACCCATACGTATCTGTATCAATGCCACCAGTTGTTACTAGTCAGTCAGCTGTGCCAAGTTTAAAGAAGATTACTGCTGTCTATGGCTCTCAGACAGGTTCCTCTGCTCCTTTAACTTTGCAAGGAAGCTATGGTGGACTAATCCAGCCTCAAAATGCCAAAGATGCGTCTTCTACGGGATCTTCATCTTCTGTCCTCCAAACCTCAACCGGTGACTTTTCGAATCCTTCCAGCAGCTTTTCTACCCTAAAACGTTATTACTCTGTCAAGGATTAGAAAACTGTTAAACTGCCATATGGTGCAATGTTTCcaataaaattaagattttt
>TCONS_00005070
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Function

GO: NA

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-030131-5478 No description available

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000027639

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00005066 False 2081 mRNA 0.44 5 21541925 21545117
TCONS_00005067 False 2079 mRNA 0.44 5 21541927 21545091
TCONS_00005068 False 599 mRNA 0.43 2 21541930 21542702
TCONS_00005069 False 622 mRNA 0.44 2 21541930 21542728
TCONS_00005070 True 528 processed_transcript 0.45 2 21543901 21544517

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_002728 fgf18b coding downstream 57860 21471316 ~ 21484065 (-)
XLOC_002727 avd coding downstream 179605 21359062 ~ 21362320 (-)
XLOC_002726 pcdh1a coding downstream 487866 20920364 ~ 21054059 (-)
XLOC_002725 BX004800.2 coding downstream 633369 20908442 ~ 20908556 (-)
XLOC_002724 NA coding downstream 653165 20842918 ~ 20888760 (-)
XLOC_002730 BX957322.2 coding upstream 25079 21570196 ~ 21573457 (-)
XLOC_002731 NA coding upstream 82690 21627807 ~ 21649728 (-)
XLOC_002732 NA coding upstream 101037 21646154 ~ 21843863 (-)
XLOC_002733 CR774179.5 coding upstream 316334 21861451 ~ 21907310 (-)
XLOC_002734 FO744833.2 coding upstream 367988 21913105 ~ 21955231 (-)
XLOC_002720 NA non-coding downstream 923112 20616776 ~ 20618813 (-)
XLOC_002716 BX294119.1 non-coding downstream 1057995 20483814 ~ 20483930 (-)
XLOC_002714 NA non-coding downstream 1085918 20448639 ~ 20456007 (-)
XLOC_002744 BX005194.1 non-coding upstream 726672 22271789 ~ 22271903 (-)
XLOC_002745 NA non-coding upstream 936041 22481158 ~ 22491458 (-)

Expression


Co-expression Network