LOC110533434 (LOC106603775)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110533434
gene name LOC106603775
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048574.1
NCBI id CM023228.2
chromosome length 87811138
location 17520259 ~ 17545622 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021617631.2
CACTTTGGTGCATGGGATTTTAAAGCAACTTTACCGTCTGGTGCTCCGCGTGAGATAAATCGAGTGCACATTATATGTCATCGTCTTTCCAGTCATGCTAGTGCGTTTTCCTGTGTTTTTTTACACACAGGAGGAGGGTGCTTTGAGCAGCTGAACGTTGGCTAATGTTGGACCAAAAAACAGGGAGGGGGAGATATTGATGCGTTCTAAATTATGGAGCTAAGGAGGAGAAACCTCGCGTGCAATTGTGTTTTACTATATGGAATAACGTTATGTCTCTTTTTCGGTACAAATCTAACAGCGGCCATAGAGTTGTATGCCCCGGCGGAGGTGCTGGTTGAGAATGGCACCACGGGGATCCTCAAGTGTTCCTTCAAGTCCAGGGAAGTGATCAGCAGCGCAGCCACAGTCACCTGGTCGTTTCGTCCAACGGGATCCGACCCCGGAAGCGCTGTTTCCattttcTATTACACTTCTGGCAAGCACTACCCAGGGAGCGTGGCTCAATTCAAAGACAGGGTGAAATGGGCGGGAGATCTGAACAAAAAAGATGCCTCTGTCCATTTAATTGAGGCGCAGTTCAACGACAACGGCACCTACTCGTGTGCCGTGATTAACCCGCCTGACATATCTGTCACCGCCGCTCAGACACAGCTCAAAGTCGTCATCAAAGAGTCTCTCCCTCAGAACAGCACGGCTGTCATAGTGAGCGCCGTGTGTGGCGCTGTCATCGGGCTCATTCTCATCGCTGTTGTTACCTGCCTGATCATCAAGAGGCATCAAACCAGTCATGAATACGAAGGCTGCACTTCAGTGGCGAGTGTGAGCTCCCACGCCACACGCCCGGGGGGGAAGAAGCACGAATCCAGCTTGGAGGGCTCCAGGTGTAGCAGCCCCTCCGCCCCGGTCCAGGGGCCGGTGATATACGCCCAGTTGGATCACTCGGGCACCAAGAACCCCAACTCATTCCACAAGATGGAGCCAGTGGTCTACGCTGACATAAGGAAAAACTGAAACGGGGGTGGGGGGAGAACTGGAGACGAAAAGGGAAAGGCCACCATCGCTCGCTGCTTTGGGGTGGGTGGGGAATGTTTAAATACAGGGGGGGGATTGATGCGGTTtagaatgcttttttttttttttgtctcataAAAACCCTTGTCTGCTGAAAGCATATATTGCATGTTCATGTGTGTGATACAAAATGTATGCTACCAATGCTTTCAATACAACACAGAGATTAGAGAAACACTTAATACATTAACTGCATGCTTAGtaactgtaaaatacataggTTCAAGTCGTTTTTTTACAATACAGGTTAATAACATGTTAACAATCATCTCAGTCCAACATTTTGGATGTTAAATTTACGGTTTAGACATAGGGTTTGGATATAGAATAGGATACCTGAAATACATTGCCGTTTTGGCTGCAATCATGCTACCTTCATCTAATCATGTATACATGTTTACAAGGTAACAATCACGTTAACACCATATAATATCACTCTGGTACACAGCCATGGAAAGCTTCTTGGTGAAATTACTTCAGTGTACAGTTTGTttattgtgctgtagaatttaaCATTGCATTGTTATATCTATGACTAAAACACTGCCTGCCACTGGGTTCGAAACTGAACTGTTCAGCTGAAACAATGATACAAAAcaaatttatattttttacattgtttttatTGTACAGAAATGTATACACTGTTTGCATGTAATTTATTAACTAACCACAACTAATCATGGCAATAACCACGTTTGACACATTTTAGTTTTAACATCCGTTTTAGATTATGTAGGTTTGACGTGATCATGTGAGAGAGATAATATCATCAAATCTTCTCTTCCGTCTTTCAGAAGCAATGGACCAAATATCTTCCGTTAACAAAACTACTTTGATATATCACTGTGCTTTAATATAAAAAAAGTTGACATTCCAAGTCTTATTTTACGTTAAAAAGCCAAATGTTTCTGTTCCAATGACTCACTCTCAATCATGTTTGATTGAAGCGATGCATTAATAATCAGTTCAAATGCTGTATTAATCCCTTCCATATTAGAATGCAGTAGTCTTACCCCAACCAACATATATGGATAGTTAACTATGTAAGATCTAGAGCTTGTTACTGTAATTCATTCCTTTCTGGTCAATGGTAGTATCTCTTGGTGTTTTAACAAAATAATCAGTTATGTGTTTCAGAATTCCAATTTGATATTGTGTCATTTTTGTCAACTAGTTTGAAAAAGCATGGCTGGTGCTCTGTCTTGATGCTATACTTCACACTGTCACGTCTTAAAAATCCTTTAATTCTTTACCCACTGGGggcactggttgaatcaatgaaattacattcaaccaatgtggaatagatgttgacgtgacatctgtgcccagtgggtagcgcTTTAGTGTTTTTAACTGTATATTTTTGCAGTTGACAAAATGCTTCTGATCACACGAGAGCTAGAGGAGGTGTCATTCCTGTTTTCCAAAGCTGCCTCATCCACTAGTCCTGCAAAAGTAATTGTTAGTCTACATTCCTAAAAATGAATCAAATGCTGGCGCTTATCTTGCGGCCTCGTGCTTGTGCAGTATTAGTATATTTGTGTAGTAGTTGTTGAGTAGCGATATTAGCATGTGTAATTTGGTGCTTGTTTATATATCTTATGTTGCAAAACATGCACTATGTCCTGCGTATCAAAGACCACATGCACTATATGATTTAA
>XM_021617630.2
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>TU981076
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>TU981078
GAGCAGCTGAACGTTGGCTAATGTTGGACCAAAAAACAGGGAGGGGGAGATATTGATGCGTTCTAAATTATGGAGCTAAGGAGGAGAAACCTCGCGTGCAATTGTGTTTTACTATATGGAATAACGTTATGTCTCTTTTTCGGTACAAATCTAACAGCGGCCATAGAGTTGTATGCCCCGGCGGAGGTGCTGGTTGAGAATGGCACCACGGGGATCCTCAAGTGTTCCTTCAAGTCCAGGGAAGTGATCAGCAGCGCAGCCACAGTCACCTGGTCGTTTCGTCCAACGGGATCCGACCCCGGAAGCGCTGTTTCCGGGCCGGTGATATACGCCCAGTTGGATCACTCGGGCACCAAGAACCCCAACTCATTCCACAAGATGGAGCCAGTGGTCTACGCTGACATAAGGAAAGGCCACC

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021617631.2 False 2741 mRNA 0.42 6 17520579 17545620
XM_021617630.2 False 2755 mRNA 0.42 6 17520579 17545622
TU981076 False 1912 lncRNA 0.34 1 17520259 17522170
TU981078 True 418 TUCP 0.52 4 17522261 17545476

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118936917 klhl35 coding downstream 27048 17492108 ~ 17493531 (-)
LOC110533431 LOC106603773 coding downstream 82096 17429250 ~ 17438483 (-)
dcps dcps coding downstream 196557 17314602 ~ 17324022 (-)
LOC110533427 st3gal4 coding downstream 215943 17251703 ~ 17304636 (-)
kcnj1b kcnj1 coding downstream 281464 17237915 ~ 17239115 (-)
rad51d rad51d coding upstream 1065453 18611075 ~ 18622700 (-)
si:ch211-209a2.2 LOC106603750 coding upstream 1414281 18959903 ~ 18975879 (-)
rcc1l rcc1l coding upstream 1462610 19008232 ~ 19022135 (-)
ncf1 spd2b coding upstream 1478273 19023895 ~ 19040794 (-)
LOC110533448 LOC106603743 coding upstream 1520616 19066238 ~ 19162147 (-)
G861067 NA non-coding downstream 11816 17508520 ~ 17508763 (-)
G861060 NA non-coding downstream 21794 17495908 ~ 17498785 (-)
G861058 NA non-coding downstream 32782 17486358 ~ 17487797 (-)
G861039 NA non-coding downstream 61411 17458663 ~ 17459168 (-)
G860807 NA non-coding downstream 93224 17427103 ~ 17427355 (-)
G861171 NA non-coding upstream 148253 17693875 ~ 17756940 (-)
G861216 NA non-coding upstream 221254 17766876 ~ 17767403 (-)
G861310 NA non-coding upstream 324087 17869709 ~ 17870392 (-)
G861338 NA non-coding upstream 352583 17898205 ~ 17898527 (-)
G861802 NA non-coding upstream 477846 18023468 ~ 18023903 (-)
G859594 NA other downstream 1063732 16456548 ~ 16456847 (-)
LOC110533421 LOC106603793 other downstream 1377842 16141284 ~ 16185730 (-)
LOC110534856 LOC106603798 other downstream 1482756 16018538 ~ 16057861 (-)
G858015 NA other downstream 2402550 15117422 ~ 15118029 (-)
LOC110533380 LOC106603823 other downstream 2947675 14557109 ~ 14794250 (-)
G862071 tmem132e other upstream 855873 18401495 ~ 18405409 (-)
G862927 NA other upstream 1479720 19025342 ~ 19027578 (-)
G863863 NA other upstream 2313448 19859070 ~ 19860611 (-)
G865899 cssa04h11orf63 other upstream 4146141 21691763 ~ 21693197 (-)
G865988 LOC106578276 other upstream 4213502 21759124 ~ 21759852 (-)
LOC110533434 LOC106603775 other upstream 91 17520259 ~ 17545622 (-)

Expression


Co-expression Network