LOC110533705 (LOC106603578)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110533705
gene name LOC106603578
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048574.1
NCBI id CM023228.2
chromosome length 87811138
location 34437126 ~ 34443357 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021618168.2
GGTCTACATACAATACTGTATGTCCTCTGACACTGCACATTGCTTAATCTGACACCCTCTCACATCTTTGAACTCTGTATTCATTCACAgaacatctccctccctctcgtcagaGGAGTAGACAATGTCCTCATGCAGCACTCCAGCCTTCTCATGTTGCAATGAATCCTCTTCGCGCAATATTCTATCTAGCCAAGGAGAGGCGCTGTAATCACAGATGACGAACTACCTCTAATTGTTGGATGACTATGTTGTAAAATCTTTCAATTAGTTATATTTCGATATAGTTCAAATGTTGGGAGATTTGGTCGATTGCGCAATTAACAACTTAACCGGAGGATGCACCACTTCAACGACCCAAAACCAAAGGTTATATTGTTGTTGAGGACAGTGCCGTTCTATTCTGACTGACTGGTTAGCTGCTAGCCAACAGTTGGAGTTGCTAGCTACCCAGCTAGCTAATCTTAAAAAGTCACGTCTCCAGCTGGCCTGCTAACCTAATTTACGTTAACATTTATTATAAGGGATATATCTCGCTAGTTTAGTGTTTTTCAATGCGTTGTTTGTTTAGCCTTTGTGCAACCATATGAATTGGGTTTCTAGGTGTTTTATTATaaggttagcttgctagctagctacgaaTAGTCGCTTGCAGTAACTGGAGCCAAAAGTCTGACTTCATTTAACAAAAATGAGATAGAAGGAAGACACCAAGTACATTTCCCGCTGATTTTAGCGGCTCTGAATTGGATCGAAAGCTTTGTGTGTGAGGCCTGCAGGTCGGGCTTTCACCGAGCTAGATTAGGGCCGTACGCCGCCTGTGAACACTCTTAGGCCGACAGCTCGCGCTGCTAGGCTGGAGGCCGGGGATTTCAACAAATGGAACGAATGGAAGTGGACCAGTGCGCAGGCGCAACTACCGGGAGCGGAGGAGGGGCCCTTCGTAGATCGAACAGCGCCCCCATGATCACAAGTGTCAGTGATGGTATGACAGTGTTCAGTCCAACTAGTTCAGCCCGGTATCGGCGGAGCAGTGTCTCTGTGAATCCCAGTTGCCCTTAtcggGCCGTCCCCTTGTCCCCTTTCTCATTGGGTGGTGAGAGACCAGACCACAAAAGGCAGGTTGAGAATATGGAGATGACACTCAGGGGGAGTCTTCAGAGACTAAGTGCTTCAAACCTGGTCCCTCCTCCTGTCAGTCACTGGCATGACCATTCATCAGGGGGATTCCATTCACAGGACAGTGGTGTCACACCCAATTCGTCCCCTAGTCCAACTCGAAGGTTTAGGGGGCCTACAGTCAGTTCTACTGTGAGATGGCCTGCCCTGACTCCACTGAAAAGGAAAGGAGGAGTGGAGTCTGATGGCCCCCCCAAGAAGCTGTTTGTTGCCGGGGTAACAGAACCTGCTCACCGGACTAGTTACACAGTCAGTGTGTCCCAGGCGTCAGCAGACTCTCCTAcaggtggtgtgtctgtgtgtgatgccAGTCCCCAGGGTAGTCCActgtccctgtctcctcccccctcttacCAGCCCAACATCTAGACACCCCAACACTAGGAGCCTATCATAGACCAGGACTACAGTCAGCCTGTCAGGGCCCTGGATCCCTCTCAACACAGCCCCACCCACCCAGTCCACCTACAGAGCCTGGGAATCAACTCAGTAAGCCTATCAGAACCTTAGTTTCTACGCAATTTGCCTATCAGGGAGCACTCCTCTCTCTCAAACCATCAGAGCCTTGGGGAAACATATTCCTTGGCTCCTGAAGTAATCAGATCTGGATTTGTAATCAAGATAATATCTAGATGTTATACAAAGACTGGCACTCGTGCTTTGTTAATCAAAAGGTTGCAGGAAATGCCTTGCTAAAGGAGTTGGTGACCAGCGCATTGTAAGGTATTGTCAGGGTGAAGAGATTGTGATGACAATGGGAAAGAACTTAGAAAATAATGGACTTCTGGACTCACTTTTCGCTGTAGTTGACATGTGGGTTGTGTTGTGATAACCAATGTCAACTATGGTTGTAATTTTCCTTGTTGGGATTTTCTTTTTCTCATATCCAGAGGTGTTACTGGTACTGTAAAACAGAATGACTTCCAATAGTCTTCCAATAGTCAAGGAAAGGCCTTGTCTGAAGTTGTGTTCAGGGGTAACGGTGAGGGAACGTTATATCCCACTGAACGGGACCCAATTGTCCAGTATTCTTTGATAGTCCAGAAGTTAGCGCTCAAACATGAGACATTAAGTCACCACAGTGGACTGCCGAGCCGGTGTATATGTGAATAGTGTATTGACATGTGAATATGAGGATATAACCAGGGCTGCCTTTATGGCCCCTCACTTTCTCTGGCTGTGGGGGTTTGTACTGTAAATATAGAATCCCCAAGCAAAGCTCTGCCCAGAGGACCCTCCCAATCCTGGTCCTTAAGGGCCCAATCCTAATGATTGTTCTGCGTGGATACTGGTAACTCAAATTTGAGCACAAATCTGTCATTAACATGACAGAGCAATTCCACTGTATCAGAGTGACAcaaaccatgtttccatccacagtttttatgccaGTAAAGTCATATTgtctaaaacatttttttttacggcAGCTGTGATGGTAACAGGATGTTTCAGTACAATTTCCTAAATGCCGACAGATAATTTGTTAATTCGACATGGGATCTTTTTGTCTGTAAAAtaaattatgcgagaaatggcttTATGCGCTAATATTGAtaaaataaccatcatatcgaagtaaacttggagtcacacgatgacgtgttgtcctcccactacaactcagggaaacaatgcagtttattagcctacagatgaaataagttatgaacttcacagggtggggaAAGTGCACAATGTTCCTTTGTAATAAATATCGAGagagtcttattctggtgacatgatgatcgatacTTGACTGCcattttgacaaataaaaatattctggctcttatccataataatctcatcatgtagactaggcAACCTGCATTGTATTGGCTAGAGCGcaggtgccaagaccagagtaggcacatttgctatttaacacaaCTGTTTGTGACCAAAGTATTGGTAGAGGGAAAACTTAAGCGAAAAAGTATGTTTTGTGTGCACTGTTATCACACACTGATTATTATCggtcagtttggtggaaacaccaccgtattttagaatattcaaatgataatctgtcaccaattggatggaaacctagctacagaCTCAGATTTTTCTATTTAAAATGTCAAacaccatacaactctatgcacaaggactactttgaacaatttcACCAGAAAATTTTACAACACATTTACTTGACGAAGGAATCACCTcttgacaggtgtgtgtgtgttctttagtTAGATAGAAAGGACCAGGACTGGGGATCTCAGTCCTCTGGGTAGAGCGTGATATTACCCTTTTTCTATATGAGTACTTTAACAGAGGTAGTCTGTGGGGtgttaacatacatttttccCATGGATTACATTGCTGACCGGTCTTATTCAAATTCTGTAAAGTGGTATGGTTATACATGCTCAGTACCCTGGTAGATAGATAACATAAGTGACATCAAGGGCATATCATGCTGTTTGGGTTGATGTAATTTATGGGAAAGTTATGTGGTTTTTAACTGACTATGTGACCTCCAGACCTTTTGACTTGTGaaatatatagtctatataaGCTGCAGTGTCTTATACAAAAACAGAATGTTATCGACAGTAACTGTAATACTCTTAATTCAAATACCCTTTCCAGAGCTGAGTTTTACTGCAAGTCTCCTTTTTGTAGACCTAATTTCACAATTTTGCACAGTATTAGTTTCACATTATTAATCAATATTGCTGTTACACGGATGGGATCATATCCTGATTTTAAGACATGCTGTTGCTTTGTATATTTTGCTTCATTTGCTCATTTCTCATCAGgttactgtctctgtcctgtctccgaGATGTGCTTGGGTCAGCAAGGGTTGAGGGTCATCTGCTGATCTTAACCACTGATTTTAGATTAGGGAATTTTGTTTTTCCTTAGTGACAATCAGTGAATTTGGAGGGAAATAAAAACCTCCAGTTCAAGTTA
>TU1003066
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

Function

NR:

description
PREDICTED: protein FAM122A-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021618168.2 False 4113 mRNA 0.43 9 34437126 34442327
TU1003066 True 5000 TUCP 0.42 8 34437340 34443357

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
hsd20b2 LOC106603577 coding upstream 1506 34422538 ~ 34435620 (+)
LOC110533701 LOC106603576 coding upstream 39892 34391710 ~ 34397234 (+)
LOC110533700 LOC106603575 coding upstream 45679 34387742 ~ 34391447 (+)
med31 med31 coding upstream 50070 34380235 ~ 34387056 (+)
LOC110533696 slc13a5 coding upstream 59186 34366052 ~ 34377940 (+)
rnasekb rnasek coding downstream 16442 34458769 ~ 34472268 (+)
LOC110534915 rps17 coding downstream 44385 34486712 ~ 34488757 (+)
taf9 LOC106603584 coding downstream 86393 34528720 ~ 34535561 (+)
LOC110533713 LOC106603586 coding downstream 104601 34546928 ~ 34589309 (+)
slc25a14 LOC106567890 coding downstream 167741 34610068 ~ 34618970 (+)
G881507 NA non-coding upstream 37770 34399060 ~ 34399356 (+)
G881504 NA non-coding upstream 39345 34397525 ~ 34397781 (+)
G881498 NA non-coding upstream 71182 34364713 ~ 34365944 (+)
G881499 NA non-coding upstream 73128 34363766 ~ 34363998 (+)
G881531 LOC100194703 non-coding downstream 52228 34494555 ~ 34562820 (+)
G881606 NA non-coding downstream 155800 34598127 ~ 34598341 (+)
G881607 NA non-coding downstream 157212 34599539 ~ 34600021 (+)
G881633 NA non-coding downstream 206220 34648547 ~ 34648928 (+)
LOC110533716 LOC106603589 non-coding downstream 231643 34622408 ~ 34674877 (+)
LOC110533688 NA other upstream 389402 34044472 ~ 34047724 (+)
G880069 NA other upstream 1135388 33300765 ~ 33301738 (+)
LOC110533672 LOC106603547 other upstream 1302212 33130843 ~ 33140211 (+)
LOC110533671 LOC106603546 other upstream 1391627 32981866 ~ 33045499 (+)
G881536 NA other downstream 47493 34489820 ~ 34494101 (+)
G882013 NA other downstream 366275 34808602 ~ 34811529 (+)

Expression


Co-expression Network