LOC118936702


Basic Information

Item Value
gene id LOC118936702
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048574.1
NCBI id CM023228.2
chromosome length 87811138
location 48837072 ~ 48838821 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036933291.1
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtggtcaggtgtgtgtgtgtgtgtggtcaggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtaggtgtatggAGAAGATGCGTGGATGGACAGGGGTGTATGTGGTCAGGTGTATGGAGAGGATGTGTGGATGGACAGGGGTGTATGTGGTCAGGTGTATGGAGAGGATGTGTGGATGGACAGGGGTGTATGTGGTCAGGTGTATGGAGAGGATGTGTGGATGGACAGGGGTGTATGTTGAGGTTGGGTGTATGTGGTCAGGTGTATGGAGAAGATGTGTGGATGGACAGAGGTGTATGTGGTCAGGTGTATGGAGAAGATGTGTGGATGGACAGAGGTGTATGTGGTCAGATGTATGGAGAGGATGTGTGGATGGACAGGGGTGTATGTGGTCAGATGTATGGAGAAGATGTGTGGATGGACAGGGGTGTATGTGGTCAGATGTATGGAGAGGATGTGTGGATGGACAGGGGTGTATGTGGTCAGATGTATGGAGAAGATGTGTGGATGGACAGGGGTGTATGTGGTCAGGTGTATGGAGAGGATGTGTGGATGGACAGGGGTGTATGTTGAGGTTGGGTGTATGTGGTCAGGTGAATGGAGAAGATGTGTATGTTGAGGTTGGGTGTATGTGGTCAGGTGTATGGAGAAGATGTGTGGATGGACAGGGCTTGAATGTTGAGGTTGGGTGTATGTGGTCAGGTGTATGGAGAGGATGTGTGGATGGACAGGGGTGTATGTGGTCAGGTGTATGGAGAGGATGTGTGGATGGACAGGGGTGTATGTTGAGGTTGGGTGTATGTGGTCAGGTGAATGGAGAAGATGTGTATGTTGAGGTTGGGTGTATGTGGTCAGGTGTATGGAGAGGATGTGTGGATGGACAGGGGTGTATGTTGAGGTTGGGTGGCCTTTTGAAGTGTCGTCACGTTGATGGTGCCACACCTCTGCTGCTCACCAAATTAACTAAATCACTCTGCTACCCAAGGCAGGAAAAGTAACACATATTATAATTGTGTGACATTTTGGTAATGACCACACTGACATTTCAGACTGACAcctttttccctctctttctttgggtacctttttttttttggtccCTTACATTTTAAAGGGTAATGATACAGAATGACGTTTTTTACGCTTTGAAAACCAGGAGCCTTCTCGCAGCTCCAAATCATCCTCTCTCGTTTTTGTTTGACCGCTTCAAGTCTCACTCACGGACCGATCAAAGAGTGTCAAGAAACACTTTCCCATGTGCCTTGTCGGCAAACCAAATGTCACCCCATTAACAGGAATCATGCTTCCCCACAGATAAGATGTGTTGAAAGGGGCCTGTTAAGTTCCCGTCTCTTCTCAAACACCGACGGAAATATTCCTCCACGACTAAATTGGCACCATTATGGCTGAGCATTTCTACCCGAAAATATGAATTTGAGTTAATGATTCAATTATTTGGTAACTTACTGTTACTAATACCCTGTTATCTAGGGATTTTTTTTCAACGGCAGACGTGAGCTGCATCCGTATAGCGGTAACATACATCATATGTTCCTGAAACATTTCAGCTAATGTCAGGTGATTCCTCCGTTGATCTTCAGTGCGACTTCTGTCCGTGCACGGCTCTCTGTAGAAATctgaacactacattacattcaTGACGCCGGTCCTTCC
>TU1020885
GTTGGGTGTATGTGGTCAGGTGTATGGAGAGGATGTGTGGATGGACAGGGGTGTATGTTGAGGTTGGGTGGCCTTTTGAAGTGTCGTCACGTTGATGGTGCCACACCTCTGCTGCTCACCAAATTAACTAAATCACTCTGCTACCCAAGGCAGGAAAAGTAACACATATTATAATTGTGTGACATTTTGGTAATGACCACACTGACATTTCAGACTGACAcctttttccctctctttctttgggtacctttttttttttggtccCTTACATTTTAAAGGGTAATGATACAGAATGACGTTTTTTACGCTTTGAAAACCAGGAGCCTTCTCGCAGCTCCAAATCATCCTCTCTCGTTTTTGTTTGACCGCTTCAAGTCTCACTCACGGACCGATCAAAGAGTGTCAAGAAACACTTTCCCATGTGCCTTGTCGGCAAACCAAATGTCACCCCATTAACAGGAATCATGCTTCCCCACAGATAAGATGTGTTGAAAGGGGCCTGTTAAGTTCCCGTCTCTTCTCAAACACCGACGGAAATATTCCTCCACGACTAAATTGGCACCATTATGGCTGAGCATTTCTACCCGAAAATATGAATTTGAGTTAATGATTCAATTATTTGGTAACTTACTGTTACTAATACCCTGTTATCTAGGGATTTTTTTTCAACGGCAGACGTGAGCTGCATCCGTATAG
>TU1020886
GTTGAGGTTGGGTGTATGTGGTCAGGTGTATGGAGAAGATGTGTGGATGGACAGGGCTTGAATGTTGAGGTTGGGTGTATGTGGTCAGGTGTATGGAGAGGATGTGTGGATGGACAGGGGTGTATGTTGAGGTTGGGTGGCCTTTTGAAGTGTCGTCACGTTGATGGTGCCACACCTCTGCTGCTCACCAAATTAACTAAATCACTCTGCTACCCAAGGCAGGAAAAGTAACACATATTATAATTGTGTGACATTTTGGTAATGACCACACTGACATTTCAGACTGACAcctttttccctctctttctttgggtacctttttttttttggtccCTTACATTTTAAAGGGTAATGATACAGAATGACGTTTTTTACGCTTTGAAAACCAGGAGCCTTCTCGCAGCTCCAAATCATCCTCTCTCGTTTTTGTTTGACCGCTTCAAGTCTCACTCACGGACCGATCAAAGAGTGTCAAGAAACACTTTCCCATGTGCCTTGTCGGCAAACCAAATGTCACCCCATTAACAGGAATCATGCTTCCCCACAGATAAGATGTGTTGAAAGGGGCCTGTTAAGTTCCCGTCTCTTCTCAAACACCGACGGAAATATTCCTCCACGACTAAATTGGCACCATTATGGCTGAGCATTTCTACCCGAAAATATGAATTTGAGTTAATGATTCAATTATTTGGTAACTTACTGTTACTAATACCCTGTTATCTAGGGATTTTTTTTCAACGGCAGACGTGAGCTGCATCCGTATAG

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036933291.1 False 1698 mRNA 0.47 2 48837072 48838821
TU1020885 False 696 lncRNA 0.43 2 48837716 48838679
TU1020886 True 765 lncRNA 0.43 2 48837762 48838679

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110534166 LOC106602946 coding upstream 212671 48587286 ~ 48624401 (+)
LOC118936701 NA coding upstream 268659 48567576 ~ 48568413 (+)
LOC110534165 LOC106602949 coding upstream 285894 48550084 ~ 48551178 (+)
LOC110534164 t185l coding upstream 287129 48545218 ~ 48549943 (+)
LOC110533135 NA coding upstream 304226 48529819 ~ 48532846 (+)
LOC110534170 frmd7 coding downstream 1783 48840604 ~ 48855932 (+)
rtn3 rtn3 coding downstream 72565 48911386 ~ 48927265 (+)
LOC110534173 LOC106602939 coding downstream 106842 48945663 ~ 48955133 (+)
LOC110534174 LOC106602938 coding downstream 140711 48979532 ~ 48980528 (+)
LOC110534176 LOC106602937 coding downstream 149518 48988339 ~ 48993933 (+)
G897237 NA non-coding upstream 168965 48666776 ~ 48668107 (+)
G897207 NA non-coding upstream 215099 48596351 ~ 48621973 (+)
G897165 atg4a non-coding upstream 297919 48538542 ~ 48539153 (+)
G897121 NA non-coding upstream 312306 48524526 ~ 48524766 (+)
LOC110534159 LOC106602952 non-coding upstream 333329 48490263 ~ 48503743 (+)
G897336 NA non-coding downstream 41726 48880547 ~ 48880763 (+)
G897337 NA non-coding downstream 42043 48880864 ~ 48881140 (+)
G897362 NA non-coding downstream 98817 48937638 ~ 48964172 (+)
G897689 NA non-coding downstream 161331 49000152 ~ 49000627 (+)
G897690 NA non-coding downstream 164209 49003030 ~ 49003245 (+)
G897244 dach2 other upstream 160007 48676257 ~ 48677065 (+)
G896217 NA other upstream 601456 48235182 ~ 48235616 (+)
G896043 NA other upstream 926097 47909716 ~ 47910975 (+)
G895658 LOC106603032 other upstream 1620001 47216407 ~ 47217071 (+)
G895652 LOC106603032 other upstream 1632230 47202925 ~ 47204842 (+)
LOC110534184 LOC106563731 other downstream 438881 49277626 ~ 49282746 (+)
LOC110534189 LOC106602925 other downstream 591578 49426785 ~ 49432958 (+)
G898894 LOC106603005 other downstream 1196169 50034990 ~ 50037685 (+)
G901849 LOC106602874 other downstream 3611397 52450218 ~ 52475365 (+)
LOC110534253 hinfp other downstream 3693907 52532434 ~ 52542498 (+)

Expression


Co-expression Network