cnot6a (LOC106602922)


Basic Information

Item Value
gene id cnot6a
gene name LOC106602922
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048574.1
NCBI id CM023228.2
chromosome length 87811138
location 49605233 ~ 49618387 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021618910.2
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>XM_021618911.2
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Function

NR:

description
CCR4-NOT transcription complex subunit 6-like

GO: NA

KEGG:

id description
K12603 CNOT6, CCR4; CCR4-NOT transcription complex subunit 6

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021618910.2 False 6086 mRNA 0.42 13 49605233 49618387
XM_021618911.2 True 6317 mRNA 0.42 12 49605367 49618387

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
rgs14b LOC106602924 coding upstream 132704 49450868 ~ 49472529 (+)
LOC110534189 LOC106602925 coding upstream 173373 49426785 ~ 49432958 (+)
LOC110534184 LOC106563731 coding upstream 322487 49277626 ~ 49282746 (+)
LOC110534180 LOC106602932 coding upstream 378652 49218199 ~ 49226581 (+)
LOC110534179 LOC106602933 coding upstream 393103 49189943 ~ 49212130 (+)
LOC110533139 LOC106602921 coding downstream 42493 49660880 ~ 49720570 (+)
LOC110534194 LOC106602920 coding downstream 107464 49725851 ~ 49730277 (+)
LOC110534196 LOC106602919 coding downstream 126700 49745087 ~ 49753067 (+)
clk4b LOC106602917 coding downstream 182280 49800667 ~ 49810924 (+)
LOC110534200 LOC106602916 coding downstream 193042 49811429 ~ 49954007 (+)
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G898355 NA non-coding upstream 33921 49571065 ~ 49571312 (+)
G898353 NA non-coding upstream 35600 49569126 ~ 49569633 (+)
G898319 NA non-coding upstream 63541 49541284 ~ 49541692 (+)
G898318 NA non-coding upstream 64174 49540783 ~ 49541059 (+)
G898519 NA non-coding downstream 106738 49725125 ~ 49725423 (+)
G898568 NA non-coding downstream 172687 49791074 ~ 49791304 (+)
G898571 NA non-coding downstream 174665 49793052 ~ 49793358 (+)
G898574 NA non-coding downstream 179595 49797982 ~ 49798281 (+)
G897244 dach2 other upstream 928168 48676257 ~ 48677065 (+)
G896217 NA other upstream 1369617 48235182 ~ 48235616 (+)
G896043 NA other upstream 1694258 47909716 ~ 47910975 (+)
G898894 LOC106603005 other downstream 416603 50034990 ~ 50037685 (+)
G901849 LOC106602874 other downstream 2831831 52450218 ~ 52475365 (+)
LOC110534253 hinfp other downstream 2914341 52532434 ~ 52542498 (+)
G902707 NA other downstream 3897720 53516107 ~ 53519788 (+)
G902840 LOC106602714 other downstream 4051733 53670120 ~ 53674811 (+)

Expression


Co-expression Network