LOC110534220 (LOC106602898)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110534220
gene name LOC106602898
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048574.1
NCBI id CM023228.2
chromosome length 87811138
location 50463950 ~ 50482534 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021618941.2
TTTTTCTCTACGGAAGTGACAGTGAGACAGTTATGGCGGCACTCTGTCCAATTCCTGATTTCTTTGAAAGTTGCGTTGACGGCGTCTAGTTGGGACTTTTGCCATATTTCGTAAAATAACTTATTTATCAACGAAACTAAGCAAGGTTAGAAGGGCATTGTTTGCATTTCATAAAGACGTCTTTTCACACTTTAATGAAAGTCTAGCTTGCTAGGGCTAGGTAGTGACCGAGAACCAGTGAATGTAATTCGTCTGGATTCCTCGCTTTCGTATTTAATGACGGTTTTGCGTTGTAGGCTACTTTTTAcgttttattttttcattttcagTGGAGTGTGGCGAAAGTGAGATTTGAACTGAGCCCACGATTGCCATTGGCCAGTGTCTACTCGACCTGCAGTTTCGGGAGGGAAGAGGCTGGGGTCCCGACTCAACTGGAGTCGCTCGGGTTGTACCATGCTGAAGACACGTCACCGCTTACTTGGCATTCACACTTTCGTCGGAGTTACATCTAGAATATGGGGGTTTATTCTGTACATACTCAGGAAGCATTTACGGACGATAATCCAGTACCAAACGGTGCGTTATGACACACTACCTCTGTTGCCTGTGTCCAGAAACAGACTCAATGCAGTCAAGAGGAAGATTCTGGTGCTGGACCTTGACGAGACCCTAATCCACTCCCACCCTGATAGGTTGGTGAGACCCAAAGGGAGACCCAAAGTGAGACCAGGCACTCCACCTGACTTCATCCTAAAGGTGGTGATCAACAGACATCCTGTCAGGTTTTTAGTCCATAAAAGACCGCATGTGGACTTCTTCTTAGAAGTGGTGAGTCAGTGGTATGAGCTGGTGGTTTTCACGGCCAGTATGGAAATATATGGCTCAGCCGTGTCTGACAAGCTAGACAGAGACATCCTTAAACGAAGATACTACAGACAGCACTGTACATTGGATCTGGGTAGCTATTTTAAAGATCTTTCTGTGGTGCACAATGATCTATCTAGCATAGTCATCCTGGACAACTCGCCTGGAGCCTACCGCATCCACCCTGACAATGCAATACCCATCAAATCGTGGTTCAGTGACCCAAGCGACACAGCTCTACTTAACCTGCTTCCCATGCTAGATGCACTTAGGTTCACCTCAGATGTCCGATCCGTCCTCAGTCGAAAACTCCATCAGGATCGGCTATGGGGATTCGTCCATCGGGACTAGTATCAGCACCTCCACTTCCTCTCCTTTTTAGAATGCCCTTTCTCCTGGTTTGCACGACCCCTTCCTCTGCTCTGCCCACATCTCTCAATCTCCATGGTGTGACCCTTTTTAAGAAGAGGGAGGACAAAGACTGGGGGCCACAaataaagaggggggggggctaCGTATTATAAAAACAAAGTGGAGAGggcaaggttttttttttttcctgaatGGAAACTCTTGCCTTTACAGTCCTTGGATTCTGGGAGTTCGAGTGTTTGTATAAATTTGTGAGTCGacttcttttaaaaaaaattttttttagatAAATTATGTAATCTTTTTAACTATTGACTGGAGATATTGATGATATGAGACTAAAGAAACCAGTCATTTCTTATTTCCCATCCCATCTTTTAGTTTATGCCCCTAGAACTcaactctctctccactactataCCCAGTCTATCATTCTCTCTCAACATGTCTGTTAATCTTTTCTGTTTATCATCTACCTTCTCAGGTAAGGGTGCTTTTAATAGTTTTGGTTCTGGAGTTAAAGTTAAGATTAAGGAACAACTAATAGATAACTGATCAACAAGCCTAAATATAACTATATTTACTCAGTGGTTAGGGATGGACTGGGTCGGGCCAGTTTGGCAATATCTTTCAATTATTGGGATATGTGGATTTTTACTGAGGGGTCAACAGGGTGGTTAAGTAATGAGTTATTTTCTCCCTTTGTTGAGAATATTTTTTTACTCTTAAATAATTTGTATTCTATTCAGAGATTTACAGAAATAACTGAATTACTTGAACGTTTAGTTGATAGAGAAGACTTACCGTACTTCTCCATCCACAGAGCAAAGATGGGTTTTCTGATTGATTATTCAACAAGCATTCTATTCATGAGCACGTTTTCTTCCTTATACTTTTTAAAGCCTGATTTACACCCATTCACTTTCCACCATGTACACATTATCACATTTCCTTCAATGTAACCCCAACATCCCAGCCCATTGAACAATGTACGCTAAGGCCTTGGTTGGGTTTCTGTGTCGCTCAAAATCACATCTAGCAGTGTTTCCAATAAAATGCTAGGCATCAcacttttttattattttttttatttaaaaaaaaaaacattttactgACTTTTAGATCATGATCGTCTTATGTAGATTATTCTATTACTATTTTATTTTGTGAGCTTAACTTGCTGCATTCCATGGTGAATGTCAAACTAAATTCAGAGCAATCTTTTTAATGGAGAGTTTCGAGTAAGTGACTATAATACAGGTCCCTGGACCAAAGCTTCTCTGGTCTAACAGGGACGGTTGTCACTAGTTAACAGTCAGAATTATGGTTTAACCCTTCAATTTAtcttaacattttattttaaaacgaaccttaaccacactgcaaaCCTTATACGTAACCTTTAAATTAACACCAAAAAGCTAATTTGTTAGCCAATTTTTTTACTTTGCTGGTTGAATCTGACTTATCTAGTGGAAACTCTGGAGCATGAAATATGAAATAACTGGATGGAAATCGGAAATATGCTCTTCTGACTATGCTCTTCAAGGGGTGATTGGTATtctaaacaaacatttattgaacAATCCCTTAAACGGCATGTAGGTTTT
>XM_021618942.2
ATGTTTTTCTCTACGGAAGTGACAGTGAGACAGTTATGGCGGCACTCTGTCCAATTCCTGATTTCTTTGAAAGTTGCGTTGACGGCGTCTAGTTGGGACTTTTGCCATATTTCGTAAAATAACTTATTTATCAACGAAACTAAGCAAGTGGAGTGTGGCGAAAGTGAGATTTGAACTGAGCCCACGATTGCCATTGGCCAGTGTCTACTCGACCTGCAGTTTCGGGAGGGAAGAGGCTGGGGTCCCGACTCAACTGGAGTCGCTCGGGTTGTACCATGCTGAAGACACGTCACCGCTTACTTGGCATTCACACTTTCGTCGGAGTTACATCTAGAATATGGGGGTTTATTCTGTACATACTCAGGAAGCATTTACGGACGATAATCCAGTACCAAACGGTGCGTTATGACACACTACCTCTGTTGCCTGTGTCCAGAAACAGACTCAATGCAGTCAAGAGGAAGATTCTGGTGCTGGACCTTGACGAGACCCTAATCCACTCCCACCCTGATAGGTTGGTGAGACCCAAAGGGAGACCCAAAGTGAGACCAGGCACTCCACCTGACTTCATCCTAAAGGTGGTGATCAACAGACATCCTGTCAGGTTTTTAGTCCATAAAAGACCGCATGTGGACTTCTTCTTAGAAGTGGTGAGTCAGTGGTATGAGCTGGTGGTTTTCACGGCCAGTATGGAAATATATGGCTCAGCCGTGTCTGACAAGCTAGACAGAGACATCCTTAAACGAAGATACTACAGACAGCACTGTACATTGGATCTGGGTAGCTATTTTAAAGATCTTTCTGTGGTGCACAATGATCTATCTAGCATAGTCATCCTGGACAACTCGCCTGGAGCCTACCGCATCCACCCTGACAATGCAATACCCATCAAATCGTGGTTCAGTGACCCAAGCGACACAGCTCTACTTAACCTGCTTCCCATGCTAGATGCACTTAGGTTCACCTCAGATGTCCGATCCGTCCTCAGTCGAAAACTCCATCAGGATCGGCTATGGGGATTCGTCCATCGGGACTAGTATCAGCACCTCCACTTCCTCTCCTTTTTAGAATGCCCTTTCTCCTGGTTTGCACGACCCCTTCCTCTGCTCTGCCCACATCTCTCAATCTCCATGGTGTGACCCTTTTTAAGAAGAGGGAGGACAAAGACTGGGGGCCACAaataaagaggggggggggctaCGTATTATAAAAACAAAGTGGAGAGggcaaggttttttttttttcctgaatGGAAACTCTTGCCTTTACAGTCCTTGGATTCTGGGAGTTCGAGTGTTTGTATAAATTTGTGAGTCGacttcttttaaaaaaaattttttttagatAAATTATGTAATCTTTTTAACTATTGACTGGAGATATTGATGATATGAGACTAAAGAAACCAGTCATTTCTTATTTCCCATCCCATCTTTTAGTTTATGCCCCTAGAACTcaactctctctccactactataCCCAGTCTATCATTCTCTCTCAACATGTCTGTTAATCTTTTCTGTTTATCATCTACCTTCTCAGGTAAGGGTGCTTTTAATAGTTTTGGTTCTGGAGTTAAAGTTAAGATTAAGGAACAACTAATAGATAACTGATCAACAAGCCTAAATATAACTATATTTACTCAGTGGTTAGGGATGGACTGGGTCGGGCCAGTTTGGCAATATCTTTCAATTATTGGGATATGTGGATTTTTACTGAGGGGTCAACAGGGTGGTTAAGTAATGAGTTATTTTCTCCCTTTGTTGAGAATATTTTTTTACTCTTAAATAATTTGTATTCTATTCAGAGATTTACAGAAATAACTGAATTACTTGAACGTTTAGTTGATAGAGAAGACTTACCGTACTTCTCCATCCACAGAGCAAAGATGGGTTTTCTGATTGATTATTCAACAAGCATTCTATTCATGAGCACGTTTTCTTCCTTATACTTTTTAAAGCCTGATTTACACCCATTCACTTTCCACCATGTACACATTATCACATTTCCTTCAATGTAACCCCAACATCCCAGCCCATTGAACAATGTACGCTAAGGCCTTGGTTGGGTTTCTGTGTCGCTCAAAATCACATCTAGCAGTGTTTCCAATAAAATGCTAGGCATCAcacttttttattattttttttatttaaaaaaaaaaacattttactgACTTTTAGATCATGATCGTCTTATGTAGATTATTCTATTACTATTTTATTTTGTGAGCTTAACTTGCTGCATTCCATGGTGAATGTCAAACTAAATTCAGAGCAATCTTTTTAATGGAGAGTTTCGAGTAAGTGACTATAATACAGGTCCCTGGACCAAAGCTTCTCTGGTCTAACAGGGACGGTTGTCACTAGTTAACAGTCAGAATTATGGTTTAACCCTTCAATTTAtcttaacattttattttaaaacgaaccttaaccacactgcaaaCCTTATACGTAACCTTTAAATTAACACCAAAAAGCTAATTTGTTAGCCAATTTTTTTACTTTGCTGGTTGAATCTGACTTATCTAGTGGAAACTCTGGAGCATGAAATATGAAATAACTGGATGGAAATCGGAAATATGCTCTTCTGACTATGCTCTTCAAGGGGTGATTGGTATtctaaacaaacatttattgaacAATCCCTTAAACGGCATGTAGGTTTT
>XM_036933325.1
ATGTTTTTCTCTACGGAAGTGACAGTGAGACAGTTATGGCGGCACTCTGTCCAATTCCTGATTTCTTTGAAAGTTGCGTTGACGGCGTCTAGTTGGGACTTTTGCCATATTTCGTAAAATAACTTATTTATCAACGAAACTAAGCAAGTGGAGTGTGGCGAAAGTGAGATTTGAACTGAGCCCACGATTGCCATTGGCCAGTGTCTACTCGACCTGCAGTTTCGGGAGGGAAGAGGCTGGGGTCCCGACTCAACTGGAGTCGCTCGGGTTGTACCATGCTGAAGACACGTCACCGCTTACTTGGCATTCACACTTTCGTCGGAGTTACATCTAGAATATGGGGGTTTATTCTGTACATACTCAGGAAGCATTTACGGACGATAATCCAGTACCAAACGGTGCGTTATGACACACTACCTCTGTTGCCTGTGTCCAGAAACAGACTCAATGCAGTCAAGAGGAAGATTCTGGTGCTGGACCTTGACGAGACCCTAATCCACTCCCACCCTGATAGGTTGGTGAGACCCAAAGGGAGACCCAAAGTGAGACCAGGCACTCCACCTGACTTCATCCTAAAGGTGGTGATCAACAGACATCCTGTCAGGTTTTTAGTCCATAAAAGACCGCATGTGGACTTCTTCTTAGAAGTGGTGAGTCAGTGGTATGAGCTGGTGGTTTTCACGGCCAGTATGGAAATATATGGCTCAGCCGTGTCTGACAAGCTAGACAGAGACATCCTTAAACGAAGATACTACAGACAGCACTGTACATTGGATCTGGGTAGCTATTTTAAAGATCTTTCTGTGGTGCACAATGATCTATCTAGCATAGTCATCCTGGACAACTCGCCTGGAGCCTACCGCATCCACCCTGGTTCACCTCAGATGTCCGATCCGTCCTCAGTCGAAAACTCCATCAGGATCGGCTATGGGGATTCGTCCATCGGGACTAGTATCAGCACCTCCACTTCCTCTCCTTTTTAGAATGCCCTTTCTCCTGGTTTGCACGACCCCTTCCTCTGCTCTGCCCACATCTCTCAATCTCCATGGTGTGACCCTTTTTAAGAAGAGGGAGGACAAAGACTGGGGGCCACAaataaagaggggggggggctaCGTATTATAAAAACAAAGTGGAGAGggcaaggttttttttttttcctgaatGGAAACTCTTGCCTTTACAGTCCTTGGATTCTGGGAGTTCGAGTGTTTGTATAAATTTGTGAGTCGacttcttttaaaaaaaattttttttagatAAATTATGTAATCTTTTTAACTATTGACTGGAGATATTGATGATATGAGACTAAAGAAACCAGTCATTTCTTATTTCCCATCCCATCTTTTAGTTTATGCCCCTAGAACTcaactctctctccactactataCCCAGTCTATCATTCTCTCTCAACATGTCTGTTAATCTTTTCTGTTTATCATCTACCTTCTCAGGTAAGGGTGCTTTTAATAGTTTTGGTTCTGGAGTTAAAGTTAAGATTAAGGAACAACTAATAGATAACTGATCAACAAGCCTAAATATAACTATATTTACTCAGTGGTTAGGGATGGACTGGGTCGGGCCAGTTTGGCAATATCTTTCAATTATTGGGATATGTGGATTTTTACTGAGGGGTCAACAGGGTGGTTAAGTAATGAGTTATTTTCTCCCTTTGTTGAGAATATTTTTTTACTCTTAAATAATTTGTATTCTATTCAGAGATTTACAGAAATAACTGAATTACTTGAACGTTTAGTTGATAGAGAAGACTTACCGTACTTCTCCATCCACAGAGCAAAGATGGGTTTTCTGATTGATTATTCAACAAGCATTCTATTCATGAGCACGTTTTCTTCCTTATACTTTTTAAAGCCTGATTTACACCCATTCACTTTCCACCATGTACACATTATCACATTTCCTTCAATGTAACCCCAACATCCCAGCCCATTGAACAATGTACGCTAAGGCCTTGGTTGGGTTTCTGTGTCGCTCAAAATCACATCTAGCAGTGTTTCCAATAAAATGCTAGGCATCAcacttttttattattttttttatttaaaaaaaaaaacattttactgACTTTTAGATCATGATCGTCTTATGTAGATTATTCTATTACTATTTTATTTTGTGAGCTTAACTTGCTGCATTCCATGGTGAATGTCAAACTAAATTCAGAGCAATCTTTTTAATGGAGAGTTTCGAGTAAGTGACTATAATACAGGTCCCTGGACCAAAGCTTCTCTGGTCTAACAGGGACGGTTGTCACTAGTTAACAGTCAGAATTATGGTTTAACCCTTCAATTTAtcttaacattttattttaaaacgaaccttaaccacactgcaaaCCTTATACGTAACCTTTAAATTAACACCAAAAAGCTAATTTGTTAGCCAATTTTTTTACTTTGCTGGTTGAATCTGACTTATCTAGTGGAAACTCTGGAGCATGAAATATGAAATAACTGGATGGAAATCGGAAATATGCTCTTCTGACTATGCTCTTCAAGGGGTGATTGGTATtctaaacaaacatttattgaacAATCCCTTAAACGGCATGTAGGTTTT
>TU1023349
CTATTTGATTTATAATTTTGTGCATTTTTGGTGGATCTCTTGGCTGTTTGTGAGATGTAACTCGATTTTTTTTTAGGTGAGTCAGTGGTATGAGCTGGTGGTTTTCACGGCCAGTATGGAAATATATGGCTCAGCCGTGTCTGACAAGCTAGACAGAGACATCCTTAAACGAAGATACTACAGACAGCACTGTACATTGGATCTGGGTAGCTATTTTAAAGATCTTTCTGTGGTGCACAATGATCTATCTAGCATAGTCATCCTGGACAACTCGCCTGGAGCCTACCGCATCCACCCTGACAATGCAATACCCATCAAATCGTGGTTCAGTGACCCAAGCGACACAGCTCTACTTAACCTGCTTCCCATGCTAGATGCACTTAGGTTCACCTCAGATGTCCGATCCGTCCTCAGTCGAAAACTCCATCAGGATCGGCTATGGGGATTCGTCCATCGGGACTAGTATCAGCACCTCCACTTCCTCTCCTTTTTAGAATGCCCTTTCTCCTGGTTTGCACGACCCCTTCCTCTGCTCTGCCCACATCTCTCAATCTCCATGGTGTGACCCTTTTTAAGA
>TU1023350
GACAATGCAATACCCATCAAATCGTGGTTCAGTGACCCAAGCGACACAGCTCTACTTAACCTGCTTCCCATGCTAGATGCACTTAGGTTCACCTCAGATGTCCGATCCGTCCTCAGTCGAAAACTCCATCAGGATCGGCTATGGGGATTCGTCCATCGGGACTAGTATCAGCACCTCCACTTCCTCTCCTTTTTAGAATGCCCTTTCTCCTGGTTTGCACGACCCCTTCCTCTGCTCTGCCCACATCTCTCAATCTCCATGGTGTGACCCTTTTTAAGA

Function

NR:

description
CTD nuclear envelope phosphatase 1A-like isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021618941.2 False 2849 mRNA 0.40 8 50463950 50482531
XM_021618942.2 False 2668 mRNA 0.41 9 50463950 50482534
XM_036933325.1 False 2583 mRNA 0.40 8 50463950 50482534
TU1023349 False 577 TUCP 0.46 4 50465467 50471878
TU1023350 True 279 lncRNA 0.50 2 50465467 50465873

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110534218 LOC106602900 coding downstream 9665 50452453 ~ 50454285 (-)
LOC110534217 LOC106602903 coding downstream 21871 50400786 ~ 50442079 (-)
tp53 tp53 coding downstream 64262 50387948 ~ 50399688 (-)
slc25a35 slc25a35 coding downstream 110664 50341116 ~ 50353286 (-)
LOC118936704 NA coding downstream 113955 50346522 ~ 50349995 (-)
slc25a15b slc25a15 coding upstream 143596 50626130 ~ 50637048 (-)
LOC110534228 NA coding upstream 239156 50721690 ~ 50767820 (-)
si:ch211-215c18.3 NA coding upstream 470634 50953168 ~ 50962186 (-)
LOC110534238 bco2b coding upstream 974562 51457096 ~ 51559902 (-)
LOC110534240 bco2b coding upstream 1116093 51598627 ~ 51656987 (-)
G899533 NA non-coding downstream 99133 50364563 ~ 50364817 (-)
G899527 NA non-coding downstream 107149 50356340 ~ 50356801 (-)
G899524 NA non-coding downstream 112642 50331401 ~ 50351308 (-)
G899518 NA non-coding downstream 140863 50322836 ~ 50323087 (-)
LOC110534213 LOC106602908 non-coding downstream 203578 50246298 ~ 50260435 (-)
G899616 NA non-coding upstream 23106 50505640 ~ 50505849 (-)
G899620 NA non-coding upstream 26564 50509098 ~ 50509346 (-)
G899626 NA non-coding upstream 39033 50521567 ~ 50611065 (-)
G899636 NA non-coding upstream 71180 50553714 ~ 50618858 (-)
G899421 NA other downstream 281162 50182396 ~ 50182788 (-)
G899409 NA other downstream 307048 50156192 ~ 50156902 (-)
LOC110534172 LOC106602940 other downstream 1579875 48881449 ~ 48907973 (-)
G896841 NA other downstream 2474874 47987761 ~ 47989076 (-)
LOC110534118 LOC106603020 other downstream 3230904 47203241 ~ 47234608 (-)
G899727 NA other upstream 238452 50720986 ~ 50721603 (-)
G899739 LOC106602890 other upstream 260624 50743158 ~ 50750233 (-)
G900070 NA other upstream 488229 50970763 ~ 50981750 (-)
G900807 NA other upstream 972966 51455500 ~ 51455942 (-)
G902519 NA other upstream 2419660 52902194 ~ 52937648 (-)

Expression


Co-expression Network