G883242


Basic Information

Item Value
gene id G883242
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048574.1
NCBI id CM023228.2
chromosome length 87811138
location 36083771 ~ 36086700 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1005039
AGAAAGCTTTAATGTATTCATATAAAAAGTACATGTACAGAAAATGACTTCACCAGAATGTACACACTGCCCATCCCTTATCACACATTGTTTCATACACGTAACAGATTTTTATAAATAATACAAATGAGCAGACAAAACATCAATATAAACCAATGAAGATAAGTGCTTCACAATTAAAATAAGATGACATGTTCTCAAAATAATTACTACTGCAGTGCATTCTTGGTTGATGCATAGTTAACCCTGAgtgtaaaaaattataaaacatTGACAAAAAACATGTAGTGGCTTTTTGACCTTTCTCACTCCTATTGGAATAGGGCCGTGATATGACATAATGGATTAGAGTCGTATCATGGCTAATTGTAACAGTGTCTTTGTTTTATCCCAATGTGTTGGCCATTGAGGATGGCTCAATTGGGATAGTTAAATTGTATTTTATGATATGAATGCATCCTGGAATATACATTTTTGGCATTAATTTGCATGTTTCAGTTGGTCGACACCATAAATTCCCTCTTACTGCATTATATGCGACATTAAAACGCTTCAGAATGCTATAACTCATTAGCTTTGAATGTCTGTACATTTGAAGCAAACTTGCCTATTCACAGCATTTTCGTCAACGTTCCACACAAAGTTTCAAGAAGCACAATTGTGACCTTTAAACAATTCAATAGtattaaattcattttttttttaaatggctcaATTTAACTTGACCTTAATGTATATGCATACAAAATCTTTACATTCAAGTTTTATTTACACATGCTACTCAATTGGATTTAACAGCATCTAAAAAATTGCATTGAATTATATTGAGTATTTCATATCTTGATAAATATACAATTATTCAAGAGCATACAGACTATTAAATTGGCAGATCCAGAGGTCGGAAATGTAGAACTATTACATTATAAAGATGACTTGAAACATATAACCCGAAGTCTATAAATATtgtacagtatacaaaaacagagGTGTCGGTAGAGATCAGCATGAAACAAAGAGGCTAAAGGACTATCTTCAAACAGAAATGATAATCCATTCTGTAACATAGCAAGAATGATATTCACCATACCAGACCTAGTACCTGAAAAATCCAAAATATAACGTGACATGCTTGGGTTGGGTTGTGTCACCATGACAATGTCATGAGCAGGTTCAAAACATGAAAACCAAAATTAAAACAAGCACAGGTGACAGAAATTTCCAAAATTACACTCAGGTTTCATTTTTGTGCAATAGCCTGAAGGATTGTGGGGTCTCAGCAGTCTTGTGGCAGTAATGTGAACCTATGTTTAGAACAAGAAAATGTATACAGCAGCACTGTGGGGGCTTGCACACTAGGGGGCAGcataatgttttattttcatcATACTTCCAGTAGGTTAGCAGGTATGGGCAACATTGATGGGAGTGGGGGCCACAAAGAAACTCTGAATTTATCCTGATGGGCCACAGTGGCTTGCGGATCTGCGTACTCACATCCATACCCATACATGCAGTCAACTGATTTGTTCAATCAATCCATTTGTGCAGTTCATTTACTTAAGAGAGTTAAGTAGTTTAACTAGTGGTGAGGAGGACGCTACCGTGTCCGGACCGTGTCCACCATTCATTTTATGGATTCAGTTTTACTCAAATATCGTTTTAATCTTTGTTTTACTATTGACAGTTACAGCTGATTTTTGGATTGTATATCAATTTGCTCTCCTTAAATTTGTGCCATCTGATGTACTCATGTCAGTGTCTGAATGGTTTAATCTAACTTTCCCCCACTAGCTCCTGATATTAGGGCATAAAAGCTACAATCTCTGTGTCCTGAACTAGCCTAGTGCACATGTGCACCCAGCTATATCCTGTTCAGAGCTTGTTTTCCATGGTTCTCCCTTTTTACTAATattgtcttactttttaactctgcattgttgggaaaggactcgtaagtaagcatttcacagtcggcgcatgtgacaaaatttgatttgactaaaCTAGCTGGCTACAACTATGCTAGTTTGGCTGGATAAATGACTTCCGGAGAGTATGGGTCCAAAAAGCTCCTCCTGTGTTTAAACACGGAGTGTACAgatattaggaacacctgttctttccataacatcgactgaccaggtgaatcaaggtgaaagctatgatcccttattgatgtcacctgttaagtccatttcaatcagtggagatgaaggggaggaaacaggttaaagaaaatatttaagccttgagacaattgagacatggattatgtatgtgtgccatgcagagggtgaatgggcaaggaaCAATATTGaaatgcctttgaatggggtatggtagtaggtgccaggggcaccggtttgagtgtgtcaagaactgcaacactgctgtgtttttcacacacaacagtttcctgtgtgcatcaagaatggtccaccactcaaaggacatccagccaatttgacacaactgtgtgaatcattggagtcaacatgggccagcatccctgtggaacactttcaacaccttgtagagtccatgccctgacaaattgagactattctgagggcaaaacgtggtgcaactcaatattaaggtgttcctaatgttttttacactgAAGTGGGTTTTTTTCTGTAGAGCTTTGAGATAACGCTTATGAAAAGCACAATACAAATAAATAGTATTATTATTCAGACACACATCACTGGTGAAAGTTGTAAGGAAACTGTTCTTTGGTTAGATCAGATGGTGGCTCTACTTCCCTCCGTACATTCTCTCTATATCAGTCTGAAAGTGATTCTTCAGCTCCTTCCTCTTCAATTTGAATGCATCTGTCACCAGGCCAGTCTCAGGAGTCCAGGGCTCTGGGCTTAGACGCACTTTCACTGGGATCTCAAAACGCT
>TU1005040
AGAAAGCTTTAATGTATTCATATAAAAAGTACATGTACAGAAAATGACTTCACCAGAATGTACACACTGCCCATCCCTTATCACACATTGTTTCATACACGTAACAGATTTTTATAAATAATACAAATGAGCAGACAAAACATCAATATAAACCAATGAAGATAAGTGCTTCACAATTAAAATAAGATGACATGTTCTCAAAATAATTACTACTGCAGTGCATTCTTGGTTGATGCATAGTTAACCCTGAgtgtaaaaaattataaaacatTGACAAAAAACATGTAGTGGCTTTTTGACCTTTCTCACTCCTATTGGAATAGGGCCGTGATATGACATAATGGATTAGAGTCGTATCATGGCTAATTGTAACAGTGTCTTTGTTTTATCCCAATGTGTTGGCCATTGAGGATGGCTCAATTGGGATAGTTAAATTGTATTTTATGATATGAATGCATCCTGGAATATACATTTTTGGCATTAATTTGCATGTTTCAGTTGGTCGACACCATAAATTCCCTCTTACTGCATTATATGCGACATTAAAACGCTTCAGAATGCTATAACTCATTAGCTTTGAATGTCTGTACATTTGAAGCAAACTTGCCTATTCACAGCATTTTCGTCAACGTTCCACACAAAGTTTCAAGAAGCACAATTGTGACCTTTAAACAATTCAATAGtattaaattcattttttttttaaatggctcaATTTAACTTGACCTTAATGTATATGCATACAAAATCTTTACATTCAAGTTTTATTTACACATGCTACTCAATTGGATTTAACAGCATCTAAAAAATTGCATTGAATTATATTGAGTATTTCATATCTTGATAAATATACAATTATTCAAGAGCATACAGACTATTAAATTGGCAGATCCAGAGGTCGGAAATGTAGAACTATTACATTATAAAGATGACTTGAAACATATAACCCGAAGTCTATAAATATtgtacagtatacaaaaacagagGTGTCGGTAGAGATCAGCATGAAACAAAGAGGCTAAAGGACTATCTTCAAACAGAAATGATAATCCATTCTGTAACATAGCAAGAATGATATTCACCATACCAGACCTAGTACCTGAAAAATCCAAAATATAACGTGACATGCTTGGGTTGGGTTGTGTCACCATGACAATGTCATGAGCAGGTTCAAAACATGAAAACCAAAATTAAAACAAGCACAGGTGACAGAAATTTCCAAAATTACACTCAGGTTTCATTTTTGTGCAATAGCCTGAAGGATTGTGGGGTCTCAGCAGTCTTGTGGCAGTAATGTGAACCTATGTTTAGAACAAGAAAATGTATACAGCAGCACTGTGGGGGCTTGCACACTAGGGGGCAGcataatgttttattttcatcATACTTCCAGTAGGTTAGCAGGTATGGGCAACATTGATGGGAGTGGGGGCCACAAAGAAACTCTGAATTTATCCTGATGGGCCACAGTGGCTTGCGGATCTGCGTACTCACATCCATACCCATACATGCAGTCAACTGATTTGTTCAATCAATCCATTTGTGCAGTTCATTTACTTAAGAGAGTTAAGTAGTTTAACTAGTGGTGAGGAGGACGCTACCGTGTCCGGACCGTGTCCACCATTCATTTTATGGATTCAGTTTTACTCAAATATCGTTTTAATCTTTGTTTTACTATTGACAGTTACAGCTGATTTTTGGATTGTATATCAATTTGCTCTCCTTAAATTTGTGCCATCTGATGTACTCATGTCAGTGTCTGAATGGTTTAATCTAACTTTCCCCCACTAGCTCCTGATATTAGGGCATAAAAGCTACAATCTCTGTGTCCTGAACTAGCCTAGTGCACATGTGCACCCAGCTATATCCTGTTCAGAGCTTGTTTTCCATGGTTCTCCCTTTTTACTAATattgtcttactttttaactctgcattgttgggaaaggactcgtaagtaagcatttcacagtgagcgcatgtgacaaaatttgatttgactaaaCTAGCTGGCTACAACTATGCTAGTTTGGCTGGATAAATGACTTCCGGAGAGTATGGGTCCAAAAAGCTCCTCCTGTGTTTAAACACGGAGTGTACAgatattaggaacacctgttctttccataacatcgactgaccaggtgaatcaaggtgaaagctatgatcccttattgatgtcacctgttaagtccatttcaatcagtggagatgaaggggaggaaacaggttaaagaaaatatttaagccttgagacaattgagacatggattatgtatgtgtgccatgcagagggtgaatgggcaaggaaCAATATTGaaatgcctttgaatggggtatggtagtaggtgccaggggcaccggtttgagtgtgtcaagaactgcaacactgctgtgtttttcacacacaacagtttcctgtgtgcatcaagaatggtccaccactcaaaggacatccagccaatttgacacaactgtgtgaatcattggagtcaacatgggccagcatccctgtggaacactttcaacaccttgtagagtccatgccctgacaaattgagactattctgagggcaaaacgtggtgcaactcaatattaaggtgttcctaatgttttttacactgAAGTGGGTTTTTTTCTGTAGAGCTTTGAGATAACGCTTATGAAAAGCACAATACAAATAAATAGTATTATTATTCAGACACACATCACTGGTGAAAGTTGTAAGGAAACTGTTCTTTGGTTAGATCAGATGGTGGCTCTACTTCCCTCCGTACATTCTCTCTATATCAGTCTGAAAGTGATTCTTCAGCTCCTTCCTCTTCAATTTGAATGCATCTGTCACCAGGCCAGTCTCAGGAGTCCAGGGCTCTGGGCTTAGACGCACTTTCACTGGGATCTCAAAACGCT

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1005039 False 2909 lncRNA 0.38 2 36083771 36086700
TU1005040 True 2909 lncRNA 0.38 2 36083771 36086700

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110533760 LOC106603380 coding upstream 94109 35887135 ~ 35989671 (+)
LOC110534918 cchcr1 coding upstream 211561 35865115 ~ 35872210 (+)
LOC110533751 LOC106603389 coding upstream 379698 35697166 ~ 35704073 (+)
LOC110533748 prps1 coding upstream 397456 35674201 ~ 35686573 (+)
LOC110533745 LOC106603391 coding upstream 422312 35627608 ~ 35661459 (+)
LOC110533766 LOC106603376 coding downstream 39380 36126080 ~ 36138679 (+)
LOC110533099 pde2a coding downstream 54969 36141669 ~ 36183062 (+)
LOC110533767 mtmr2 coding downstream 96535 36183235 ~ 36194217 (+)
fam76b LOC106603374 coding downstream 107874 36194574 ~ 36202847 (+)
LOC110533770 LOC106603373 coding downstream 132667 36219367 ~ 36246315 (+)
G883202 NA non-coding upstream 90439 35990569 ~ 35993332 (+)
G883158 NA non-coding upstream 180637 35902820 ~ 35903134 (+)
G882828 NA non-coding upstream 214302 35818068 ~ 35869469 (+)
G883277 NA non-coding downstream 73005 36159705 ~ 36159908 (+)
G883412 NA non-coding downstream 74680 36161380 ~ 36161595 (+)
G883425 NA non-coding downstream 87785 36174485 ~ 36174897 (+)
G883421 NA non-coding downstream 90465 36177165 ~ 36177404 (+)
G882624 NA other upstream 667533 35414975 ~ 35416238 (+)
mogat3b LOC106603399 other upstream 761970 35307753 ~ 35321801 (+)
G882300 NA other upstream 848546 35225097 ~ 35264333 (+)
G882265 NA other upstream 920265 35161348 ~ 35163506 (+)
G883473 om-i other downstream 206614 36292302 ~ 36295572 (+)
LOC110533788 NA other downstream 712685 36799376 ~ 36801589 (+)
G883966 NA other downstream 762946 36849646 ~ 36851153 (+)
LOC110533845 LOC106603305 other downstream 2668809 38755443 ~ 38815017 (+)
G889906 LOC106603262 other downstream 5625627 41712327 ~ 41717292 (+)

Expression


Co-expression Network