G894133


Basic Information

Item Value
gene id G894133
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048574.1
NCBI id CM023228.2
chromosome length 87811138
location 46130941 ~ 46133731 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1017238
tgtcagcagttcctgcaagaggaaggcattgatgctatggactggcccacccgttccccagacctgaatccaattgagcacatctgggacattgtgtctcgctccatccaccaacgccacgttacaccacagactgtccaggagttggcggatgcttaagtccaggtctgggaggagatccctcaggagacaattcgccacctcatcaggagcatgcccaggcattgtagggaggtcatacaggcacgtggaggccacacacactactgagcctcattttgacttgttttaaggacattacatcaaagttggatcagcctgtagtgtggttttccattttgagtgtgactccaaatccagacctccatgggttgatacatttgatttccattgataatttgtgtgattttgttgtcagcacattcaactatgtaaagaaaaaagtatttaataagaatatttcattcagtcagatctaggatgtgttattttagtgttccctttattttttttgagcagtgtatatgttatccattttagaataaggctgtaatgtaacaaaagggGGAAgggttctgaatgcactgtatacagtgagctccaagttttgggacagtgacacacttgttgttttggctctgtactccagcactttggatttgaaatgatactatgaggttaaagtgcagacagTCTGCattcatttgagggtattttcctcCACATcgggtgaactgtttagaaattaccACACCTTTTGTACATAGGCCCCCGCACATTTTAGGGGACTAAGTGAATTTGTTCCAAAACTTTTGAAGGTGTATTAAAGTtttgtatttggtcccatattccttgcaCGCAATGATTacgtcaagcttgtgactctataaacttggatgcatttgctgttggTTTTTGTGGTTTCAGATTTTGTGCCCAatggaaatgaatggtaaataatgtattgtcatttctggagtcacttttatcatatataagaaatagaatgtttctaaacacttctaaattaatgtggatgctaccatgattacggatagtccttAATGAATTACACATTTTTCTGTCATTTCTAAACTGTTCTCCTGAGTCTTTTtattcaaatccaaaatgctggagtaaagagccaaaacaacaaatgtgtcgCTGTCCCAATACATTTGGATCTCACTGTAGTTTTTGAACATTGTACAGGATTGTTATtacatttgtttacatttgtTATTAGTATTTGTTTACGCTTTTAAGTTTCTGTTTTTCCATTGTTTCTATTGCTTTTGACACCTTTCTGGGTTTGCAAACATTGCCGCACAAGGGCGACGCTGCAAGTTGGTAGCGGAACACGGGAGTTCTTACAGAACATGCTGCTTACGAGTGCATATCACACTACTTTTGGAGTATAGTTGGATTTTAAGGCTCGTAATAATGTCCTGTTTTAATGTTTATCATcgcaaatcaactgcattacacttcaaccagtaaaatggctcTTTGGCTATCTTTTGCTACAGCCTATATCAATGAGTGTTAGCATTCTAGCTACCTGCTGCATTCAAAAGTTATTTTGCAAAGAtcacaaccaaatataatcttAACTACTGTTCAAGCAAATGTCAAAACATCCATTGTAAGCGTATGAGAacctaaatgtattttgttttagGAGTAATAAAAACGTAAATTCAGGTAAATGGGCACAGATGGCAGTGTGTCGTGTACTGTCCCCATTGCCATGTATTGTTTTTAGACGtctccttttttttcttttttttttaaagggagtTGTATGTCTGCAAGATATCTGTAAAGTATCACTTTCATAGGCAATAGGGAAGACTTAACATGGAACAATTCATCTTACTTGGGAAATGTGTTTGAACTCAACCTCAATCTTTTGAGAATATGGAATAGGTATGTGTTCACTTTATGCAAAACACACTTCTTAAATTTCTGTCTTGTTTCTGATGTCTAACTTTGTCTGGTGTCCAAAGATGAAGGGAAAAGGAAGGGTTTgaacaaaaatgttttattaaaagcATGTTTTCCATGACGAATGCTGCTTGCTTTTGACACTGATGATGATCCTGATTTTTCTAGCTATTTTATTGTTTTGTCGGGGAAAAATGTACAATGTTGAAcatgtacagcaatatttaatgTATTGAACCAAATTTGTTAATACCGGTAGGCCAGTTTCCATGTGCAGTCTTGCGTCATGTCAGTATGGACACAGACCACCAAGAGGAGGGTAAGAGCTAGGCATCGCATCTCAATGGAgaaataattattttatttcagaaGCTCTGCGATCAGGTTTCTAAAAAAAAATTCCAACGGACTATGATCTGTGTTTGGAATGTACAAGCTGTTTTGTTAACTGGGTGCATGTATGATGGTATAACACCCTATTGTGGCGTGAATGCATCATGGCTTTAACCTTCTAGTTTCAGTAACTTACATTAATGACGGATATTTTGCGCTACGTTGTATAGGCACATTTGTCGAAGTATATTCGTGGCTCCATTTCCTTTGATTTAATATTAGCATTTTATTGATTCTGTTTGCATGCGTTAGTATTTTCTAATGACATTTGTAGGACCCTGTCATACAGTTTTGGTTAATGTTTTTTCTTTTTATGTACTCCAAATTGGGAAATAGTTTGCACAAAGTTTCGTACGTCTAATACAAATGTGTATGTATTATTGTgtacatttttaataaatgtttaaTGCATTCAAA
>TU1017239
gttgtcagcacattcaactatgtaaagaaaaaagtatttaataagaatatttcattcagtcagatctaggatgtgttattttagtgttccctttattttttttgagcagtgtatatgttatccattttagaataaggctgtaatgtaacaaaagggGGAAgggttctgaatgcactgtatacagtgagctccaagttttgggacagtgacacacttgttgttttggctctgtactccagcactttggatttgaaatgatactatgaggttaaagtgcagacagTCTGCattcatttgagggtattttcctcCACATcgggtgaactgtttagaaattaccACACCTTTTGTACATAGGCCCCCGCACATTTTAGGGGACTAAGTGAATTTGTTCCAAAACTTTTGAAGGTGTATTAAAGTtttgtatttggtcccatattccttgcaCGCAATGATTacgtcaagcttgtgactctataaacttggatgcatttgctgttggTTTTTGTGGTTTCAGATTTTGTGCCCAatggaaatgaatggtaaataatgtattgtcatttctggagtcacttttatcatatataagaaatagaatgtttctaaacacttctaaattaatgtggatgctaccatgattacggatagtccttAATGAATTACACATTTTTCTGTCATTTCTAAACTGTTCTCCTGAGTCTTTTtattcaaatccaaaatgctggagtaaagagccaaaacaacaaatgtgtcgCTGTCCCAATACATTTGGATCTCACTGTAGTTTTTGAACATTGTACAGGATTGTTATtacatttgtttacatttgtTATTAGTATTTGTTTACGCTTTTAAGTTTCTGTTTTTCCATTGTTTCTATTGCTTTTGACACCTTTCTGGGTTTGCAAACATTGCCGCACAAGGGCGACGCTGCAAGTTGGTAGCGGAACACGGGAGTTCTTACAGAACATGCTGCTTACGAGTGCATATCACACTACTTTTGGAGTATAGTTGGATTTTAAGGCTCGTAATAATGTCCTGTTTTAATGTTTATCATcgcaaatcaactgcattacacttcaaccagtaaaatggctcTTTGGCTATCTTTTGCTACAGCCTATATCAATGAGTGTTAGCATTCTAGCTACCTGCTGCATTCAAAAGTTATTTTGCAAAGAtcacaaccaaatataatcttAACTACTGTTCAAGCAAATGTCAAAACATCCATTGTAAGCGTATGAGAacctaaatgtattttgttttagGAGTAATAAAAACGTAAATTCAGGTAAATGGGCACAGATGGCAGTGTGTCGTGTACTGTCCCCATTGCCATGTATTGTTTTTAGACGtctccttttttttcttttttttttaaagggagtTGTATGTCTGCAAGATATCTGTAAAGTATCACTTTCATAGGCAATAGGGAAGACTTAACATGGAACAATTCATCTTACTTGGGAAATGTGTTTGAACTCAACCTCAATCTTTTGAGAATATGGAATAGGTATGTGTTCACTTTATGCAAAACACACTTCTTAAATTTCTGTCTTGTTTCTGATGTCTAACTTTGTCTGGTGTCCAAAGATGAAGGGAAAAGGAAGGGTTTgaacaaaaatgttttattaaaagcATGTTTTCCATGACGAATGCTGCTTGCTTTTGACACTGATGATGATCCTGATTTTTCTAGCTATTTTATTGTTTTGTCGGGGAAAAATGTACAATGTTGAAcatgtacagcaatatttaatgTATTGAACCAAATTTGTTAATACCGGTAGGCCAGTTTCCATGTGCAGTCTTGCGTCATGTCAGTATGGACACAGACCACCAAGAGGAGGGTAAGAGCTAGGCATCGCATCTCAATGGAgaaataattattttatttcagaaGCTCTGCGATCAGGTTTCTAAAAAAAAATTCCAACGGACTATGATCTGTGTTTGGAATGTACAAGCTGTTTTGTTAACTGGGTGCATGTATGATGGTATAACACCCTATTGTGGCGTGAATGCATCATGGCTTTAACCTTCTAGTTTCAGTAACTTACATTAATGACGGATATTTTGCGCTACGTTGTATAGGCACATTTGTCGAAGTATATTCGTGGCTCCATTTCCTTTGATTTAATATTAGCATTTTATTGATTCTGTTTGCATGCGTTAGTATTTTCTAATGACATTTGTAGGACCCTGTCATACAGTTTTGGTTAATGTTTTTTCTTTTTATGTACTCCAAATTGGGAAATAGTTTGCACAAAGTTTCGTACGTCTAATACAAATGTGTATGTATTATTGTgtacatttttaataaatgtttaaTGCATTCAAA
>TU1017242
GTAGTTTTTGAACATTGTACAGGATTGTTATtacatttgtttacatttgtTATTAGTATTTGTTTACGCTTTTAAGTTTCTGTTTTTCCATTGTTTCTATTGCTTTTGACACCTTTCTGGGTTTGCAAACATTGCCGCACAAGGGCGACGCTGCAAGTTGGTAGCGGAACACGGGAGTTCTTACAGAACATGCTGCTTACGAGTGCATATCACACTACTTTTGGAGTATAGTTGGATTTTAAGGCTCGTAATAATGTCCTGTTTTAATGTTTATCATcgcaaatcaactgcattacacttcaaccagtaaaatggctcTTTGGCTATCTTTTGCTACAGCCTATATCAATGAGTGTTAGCATTCTAGCTACCTGCTGCATTCAAAAGTTATTTTGCAAAGAtcacaaccaaatataatcttAACTACTGTTCAAGCAAATGTCAAAACATCCATTGTAAGCGTATGAGAacctaaatgtattttgttttagGAGTAATAAAAACGTAAATTCAGGTAAATGGGCACAGATGGCAGTGTGTCGTGTACTGTCCCCATTGCCATGTATTGTTTTTAGACGtctccttttttttcttttttttttaaagggagtTGTATGTCTGCAAGATATCTGTAAAGTATCACTTTCATAGGCAATAGGGAAGACTTAACATGGAACAATTCATCTTACTTGGGAAATGTGTTTGAACTCAACCTCAATCTTTTGAGAATATGGAATAGGTATGTGTTCACTTTATGCAAAACACACTTCTTAAATTTCTGTCTTGTTTCTGATGTCTAACTTTGTCTGGTGTCCAAAGATGAAGGGAAAAGGAAGGGTTTgaacaaaaatgttttattaaaagcATGTTTTCCATGACGAATGCTGCTTGCTTTTGACACTGATGATGATCCTGATTTTTCTAGCTATTTTATTGTTTTGTCGGGGAAAAATGTACAATGTTGAAcatgtacagcaatatttaatgTATTGAACCAAATTTGTTAATACCGGTAGGCCAGTTTCCATGTGCAGTCTTGCGTCATGTCAGTATGGACACAGACCACCAAGAGGAGGGTAAGAGCTAGGCATCGCATCTCAATGGAgaaataattattttatttcagaaGCTCTGCGATCAGGTTTCTAAAAAAAAATTCCAACGGACTATGATCTGTGTTTGGAATGTACAAGCTGTTTTGTTAACTGGGTGCATGTATGATGGTATAACACCCTATTGTGGCGTGAATGCATCATGGCTTTAACCTTCTAGTTTCAGTAACTTACATTAATGACGGATATTTTGCGCTACGTTGTATAGGCACATTTGTCGAAGTATATTCGTGGCTCCATTTCCTTTGATTTAATATTAGCATTTTATTGATTCTGTTTGCATGCGTTAGTATTTTCTAATGACATTTGTAGGACCCTGTCATACAGTTTTGGTTAATGTTTTTTCTTTTTATGTACTCCAAATTGGGAAATAGTTTGCACAAAGTTTCGTACGTCTAATACAAATGTGTATGTATTATTGTgtacatttttaataaatgtttaaTGCATTCAAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1017238 False 2757 lncRNA 0.37 2 46130941 46133731
TU1017239 False 2347 lncRNA 0.35 2 46131351 46133731
TU1017242 True 1567 lncRNA 0.35 2 46132131 46133731

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110534064 LOC106603075 coding upstream 3605 46105321 ~ 46127336 (+)
phldb2a LOC106603077 coding upstream 41128 46068405 ~ 46089813 (+)
LOC110534062 NA coding upstream 89292 46030145 ~ 46041649 (+)
LOC110533125 NA coding upstream 104050 46026045 ~ 46026891 (+)
LOC110534061 LOC106603080 coding upstream 109195 46008205 ~ 46021746 (+)
LOC110534065 LOC106603181 coding downstream 9959 46143690 ~ 46151537 (+)
LOC110534066 pdk3 coding downstream 17949 46151680 ~ 46162320 (+)
LOC110534070 ccd82 coding downstream 84641 46218372 ~ 46221645 (+)
trnac-gca NA coding downstream 96233 46229964 ~ 46230035 (+)
lipia LOC106603069 coding downstream 129863 46263594 ~ 46278516 (+)
G894198 NA non-coding upstream 26316 46104355 ~ 46104625 (+)
G894197 NA non-coding upstream 26867 46103410 ~ 46104074 (+)
G894172 NA non-coding upstream 131487 45999126 ~ 45999454 (+)
G894164 LOC106603079 non-coding upstream 141621 45988266 ~ 45989320 (+)
G894212 NA non-coding downstream 5447 46139178 ~ 46139453 (+)
G894215 NA non-coding downstream 14144 46147875 ~ 46148129 (+)
G894228 NA non-coding downstream 46733 46180464 ~ 46180736 (+)
G894248 NA non-coding downstream 75730 46209461 ~ 46209884 (+)
G894321 LOC106603070 non-coding downstream 145891 46279622 ~ 46280157 (+)
G894204 LOC100136012 other upstream 12998 46116285 ~ 46117943 (+)
LOC110534056 LOC106603182 other upstream 229130 45898515 ~ 45901940 (+)
LOC110534042 LOC106603097 other upstream 487385 45622164 ~ 45654911 (+)
LOC110534033 LOC106603099 other upstream 538632 45553481 ~ 45592329 (+)
G892499 LOC106603104 other upstream 1120092 45008834 ~ 45010849 (+)
G894437 LOC106603023 other downstream 493561 46627292 ~ 46700540 (+)
G895515 NA other downstream 906783 47040514 ~ 47042783 (+)
LOC110511048 LOC106603033 other downstream 1008313 47132135 ~ 47151549 (+)
G895652 LOC106603032 other downstream 1069194 47202925 ~ 47204842 (+)
G895658 LOC106603032 other downstream 1082676 47216407 ~ 47217071 (+)

Expression


Co-expression Network