G895839


Basic Information

Item Value
gene id G895839
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048574.1
NCBI id CM023228.2
chromosome length 87811138
location 47524694 ~ 47597056 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1019259
ctactgtatgtgttatgtgtatgttgtaattagaggggctactgtatgtgttgtaattagagtggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattagagaagctactgaatgtgttataaataGAGAGactactctgtgttataattagagaggctactctgtgttttaattagaggctactgtatgtgttataattagagaggctactctgtgttataattagagaagctactgtatgtgttgtcatgagagagtctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattatagaggttcctgtatgtgttgtaattagaggttactgtatgtgttatatttagatgctactgtatgtgttatgtgtatgttgtaattagaggggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgaatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaatttgagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattataggatactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaatgagaggcctactatatgtgttgtaatgggagacctactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattagagcctactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaatgagaggcctactatatgtgttgtaatgggagacctactgtatgtgttataattagagaggctactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaatgaaaggcctactatatgtgttgtaatgggagacctactgtatgtgttataattagaggctattgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaatgagaggcctactatatgtgttgtaatgggagacctactgcatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattagagggtactgtatgtgttgtaattacagaggctactgaatgtgttgtaattacagaggctactgtatgtgttgtaattggataggttactgtatgtgttgtaattagagactactgtatgtgttataattagagaggctactgtatgttttgtaattagaggctactgtatgtgctgtaattatttgctactgtatgtgttgtaattagaggggctactgtatgtgttgtaatgagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggttactgtatgtgttgtaattagaggttactgtatgtgttatatttagatgctactgtatgtgttatgtgtatgttgtaattagaggggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggttactgtatgtgttgtaattagaggttactgtatgtgttatatttaGAGGCTAATGTATGTGTTATATG
>TU1019257
gttgtaattagagaggctactgtatatgttgtaattagagaggctactgaatgtgttatcaaTAGAGAGactactctgtgttataattatagaggctactctgtgttttaattagagaagctactgtatgtgttgtcatgagaggcctactgtatgtgttataattagaggctactgtatgtgttgtaattataggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaattagagcctactgtatgtgttgtaattagagaggctactttaTGTGTTATGATTAGagatgctactgtatgtgttgtaattagataggctactgtatgtgtcgtaattagagcctactgtatgtgttgtaattagcgaggctactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttatagttagtgaggttaatgtatgtgctgtaattagagaggctactaaatgtgttgtaattagataggctactgtatgtgttataattagagaagctactgtatgtgttataattagagaagctactgaatgtgttataattagagaggcgacTTTGTGTTATAATttgaggctactgtatgttttgtaattagagaagctactgtatgtgttataattagagaagctactgaatgtgttataattagagaggcgacTTTGTGTTATAATttgaggctactgtatgttttgtaattagagaggctactgtatgggTTGTAAatacagaggctactgtatgtgttgtaattagagagtctactgtatgtgttgtaaacagagaggctactgtatgttttataattagagagtctactgtatgtgttgtaacgagatgcctactgtatgtgttataattagagaacactgtatgtgttgtaattagagatgCTACTtgatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaattagagagtctactgtatgtgttataattagagaggctactgtatgtttgtgttatgattagaggctactgtatgttttgtaattacagaggctactgtatgtgttgtaattataggctactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaatttgagaggctactgtatgtgttgtaatgagaggcctactgtatgtgttgtaatgagaggcctactgtatgtttcgTAATCAGAGGCctactgtatgtgttgtaattagcgaggctactgtatgtgttgtaattaaaggctactgtatgtgttatagttagtgagcttactgtatgtgttgtaattaaaggctactgtatgtgttatagttagtgagcttactgtatgtgttgtaattagataggctactgtatgtgtcgtaattagagcctactgtatgtgttgtaattagcgaggctactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttatagttagtgaggttaatgtatgtgctgtaattagagaggctactaaatgtgttgtaattagatagGCTACTGTATTTGTTGTACTTagaggctactctgtgttataattagagaggctactgtatgtgttgtaaatagagagtctactgtatgtgttataattagagaggatactgaatgtgttataattagagatgctactgaatgtgttataattagagatgctactgaatgtgttataattagagaggcgacTCTGTGctataattagaggctactgtatattttgtaattagagaggttactgtatgtgctgtaatgatatgctactgtatgtgttgtaattagaggggctactgtatgtgttgtaattagagagtctactgtatgtgttatgatTAGCGAtgctactgtatgtattgtaattagagttacagtaggctctctaattataacacatacattaGGCTCTCTAATTATAtctgttataattagagaggacaatgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattagaggctactctgtgttataattagagaggacaatgtatgtgttgtaattagagagtctactgaatgtgttataattacagaggctactgtatgtattgtaattagagaggttactgtttgtgttgtaattagagaggctactgaatgttttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttatgattagtggctactgtatgtgttgtaatt
>TU1019254
AGGACaatctatgtgttgtaattagaggggctactgtatgtgttgtaattagaggctactctgtgttataattagagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgaatgtgttgtaattagaggggttactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttataattagagaagctactgaatgtgttataattagagaggcgacTTGTGTTATAATttgaggctactgaatgtgttataattacagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgaatgggttgtaattacagaggctactgtatgttttataattagagagtctactgtatgtgttgtaatgagacgcctactgtatgtgttataattagaggacactgtatgtgttgtaattagagaggctatggtatgtgttgtaattagaaaggctactgaatgtgttataattagagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaactataggcctactgtatgtgtcgtaatgagaggcctactgtatatgttgtaattagcgaggctactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttatagttagaggttaatgtatgtgttgtaattagagagcctactaaatgtgttgtaatgagaggcctactgtatgtgtcgtaatgagaggcctactgttggtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaattagcgagcctactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaattagataggctactgtatgtgttgtaattagagcctactgtatgtgttgtaattagcgaggctactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttatagttagtgaggttaatgtatgtgctgtaattaaagaggctactaaatgtgttgtaattagagaggctactgtatttgTTGTACTTAGAGGCTACTCTGTGTTacaattagagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgaatgtgttataattacagaggctgctgtatgtgttgtaattagaggctacagtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattataggatactgtatgtgttgtaattagagccgactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtattgtaatgagaagcctactgtatgtgtcgtaattagaggctactgtatgtgttgtaattagaggcgaatctgtgttataattagagaggctacagtatgtgttgtaattagaaaggctactgaatgtgttataattacagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgaatgggtTGTAATTACAgcggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtaggttttataattagagagtctactgtatgtattgtaatgagacgcctactgtatgtgttataattagaggacactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattagaggctaatctgtgttataattagagaggctacggtatgtgttgtaattagaaaggctactgaatgtgttataattagagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattataggctactgtatgtgttgtaattagaggcctactgtatgtgttgtcatttcagaggctactgtatgtgttatagttagAGAGGTTAATGTATGTGTTGTTATTAAAGAGGCTActaaatgtgttgtaattagagagactactgtatgttttataattagagtgtctactgtatgtgttgtaatgagacgcctactgtatgtgttataattagaggacACTGTATGTggtgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattagaggctaatctgtgttataattagag

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1019259 False 1637 lncRNA 0.35 3 47524694 47541415
TU1019257 False 2278 lncRNA 0.34 5 47563534 47577294
TU1019254 True 2015 lncRNA 0.36 2 47591148 47597056

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118936698 NA coding upstream 98213 47420827 ~ 47426481 (+)
LOC110533129 NA coding upstream 104689 47409387 ~ 47420005 (+)
LOC110534120 LOC106563662 coding upstream 150122 47259241 ~ 47374572 (+)
LOC110511048 LOC106603033 coding upstream 373350 47132135 ~ 47151549 (+)
LOC110534117 UBE2D2 coding upstream 396721 47123869 ~ 47127973 (+)
LOC110534124 LOC106602984 coding downstream 260434 47857490 ~ 47887278 (+)
LOC110534126 LOC106602983 coding downstream 304503 47901559 ~ 47905308 (+)
cfb LOC106602980 coding downstream 340307 47937363 ~ 47950461 (+)
LOC110534131 LOC106602979 coding downstream 366379 47963435 ~ 47987449 (+)
rin1a LOC106602976 coding downstream 425002 48022058 ~ 48029576 (+)
G895724 NA non-coding upstream 120414 47388841 ~ 47404280 (+)
G895687 NA non-coding upstream 140460 47383066 ~ 47384234 (+)
G895709 NA non-coding upstream 181124 47292167 ~ 47343570 (+)
G895717 NA non-coding upstream 217976 47301851 ~ 47306718 (+)
G895663 NA non-coding upstream 300177 47224278 ~ 47224517 (+)
G895856 NA non-coding downstream 8332 47605388 ~ 47616102 (+)
G895862 NA non-coding downstream 9298 47606354 ~ 47614212 (+)
G895863 NA non-coding downstream 10164 47607220 ~ 47613316 (+)
G895855 NA non-coding downstream 17239 47614295 ~ 47618736 (+)
G896044 NA non-coding downstream 310183 47907239 ~ 47909591 (+)
G895658 LOC106603032 other upstream 307623 47216407 ~ 47217071 (+)
G895652 LOC106603032 other upstream 319852 47202925 ~ 47204842 (+)
G895515 NA other upstream 481911 47040514 ~ 47042783 (+)
G894437 LOC106603023 other upstream 824154 46627292 ~ 46700540 (+)
G896043 NA other downstream 312660 47909716 ~ 47910975 (+)
G896217 NA other downstream 638126 48235182 ~ 48235616 (+)
G897244 dach2 other downstream 1079201 48676257 ~ 48677065 (+)
LOC110534184 LOC106563731 other downstream 1680646 49277626 ~ 49282746 (+)
LOC110534189 LOC106602925 other downstream 1833343 49426785 ~ 49432958 (+)

Expression


Co-expression Network