LOC110535429 (nup58)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110535429
gene name nup58
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048575.1
NCBI id CM023229.2
chromosome length 86280908
location 18790170 ~ 18802871 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

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>TU1084812
TCTCAGTGAATCTGTGGCTTTTTAAGATGATTGAAAAAGTGTAGAGTGCTCAGATTACTGGAGATGAGACTAAAAACAAGGAAGGCAGGACTCGTATCACTGGGTATTCATTCACAGCTCTCATCTGTCCCAGACACACTCTAGACTAGAATCTTTTGAATACGTGGAGGCTACATTCTCTTTGGGTTCAGTCGCTTAATTTATACTGAATGGGTTCTTGATTATCTATATTTATTGAAGGTGCTTTTTTGTGAAGCTTAACTGCTTTGGTTTTATTGACTAAAATATCATAGGTAGTTACTCTGGACTTAGTCTGGATGGTGTAATGTGGTGGTTCCAAGTGAGTGTGCTCTGTGTCTTCGATTAGGACGCAACTGTCCAAATCGGTATAGTTCGGAAATTGGGTCTCAACCTTTTATAAATTATTATTAGGATTTTCCTGAACAAACTGGTTTAGATTAGGACacagttgtgtctgtgtgttttcataAAGCAGTAATGTAGCTTTCACTGTGTGGTAGCAGTCTTGATAAGCACTTAAATCAcacactcattctctctcacacacacacacacacaccagccttcGACCAGCAGATCTCCCTTCCCAACTAGGTTGTATGTAATGATTTGTCTTTTTTTCTCAGCATCTGTCATTTTGTCTTTGATTGACATGCTTCACCTATATTTCAGGATGACATTTTAAAAGTTCAAGACGATCTGACAGTGTATAGCTTAGTGTTTAAAGAATATATTATAATTTACTGCACAGGTCTTGCATCAAAAGGGTGTTTTAATTTCAGTGAAAGATTTTAACTGTTGAACATATGCATTCCTTTTTGTAACAACGGCAGCGTCTTTAGTTGTAATAGCAATAACAGCAGGCTCTGGTTGCTAGTGGCCaggtgtgtgcttgtctgtgtgtgtgtgactgtatccGCATTGTAGACAGGACAATGACTGCCTCAGCCGGTAATAACCGTTGTACAGTGATTTTAACCACAGACAAGACACCCACTTCTACCTGACAGTCCATATCACTTTCAATTAATCACTATGCATTCTACAATAACCTTTTGACTCAGATAATGATTGTGATTTATCAGTATTTCCTACACACACTACTTAACACTGGCAGGTGGTCTACCATGCAGGTCTACCTCACTCCAGGATATAGATGGCAGAGGGGCTGATGACGCACAGTCTATCTGTACAGATGGAACCTAGTTCTCTTTAGTTCCATAATCCATTCTATTTAATAGAAGGGCTACGGTGTTACGTCACTCACTAGTTTTACAGGGGAGAAACCGAGTGAACGTGCTGCTCGTATCGACTGCCTTGGGAAGGCCAGTTGGATCATTAGTGCCAAATATCAGTATTTTTCTCTATTCAGAGTCGGCCATTTTGTGCTCCGAGATTAACCAACTGCTGCTCTGGACTGACCCGTCTGTCCTCCATTTCATGCTAGCATTCCAGAACCACTGAAACTTTGATTGTTCTAGAATGAGTAGCTAAATAGTTGTGAAACTGGAACACGTAAATTAGTTCTGGAACTCTGGTTGGTTTCTGTAAGTCGTGGTCTGCTCTACATAGCAAACTCCTGTTAATGTGACAGGGCTGGCTAACAGGACTATGATGAATGTCTTGGGGCTTTTTGAAGGGGTTCAATGAGGTCAGAAGGTCCGATagtttttttgatttttttatcccagcccccgtccctgcaggaggccttttggtaggccgtcattgtaaataagaatttgttcttaactgacttgcctacttaaataaataaatgactaCTAGTTGTGGTTGGACTGACTGGCTGAGAGACTGTCCGTCCACTCAGACAGTGTTCAGACTCAGTGGAATAGCTAGTTGGAGCCAGTGAAGTGCTGGGATGTTTGTAGAACACTGGTATTGGCTGGGGAAGGTGTATTTTCAGACAAACACAGATGCCAATTCTGTGGCCTGTTCAGGAGGGTGTGGCGTTGtagaacgttcagatagaaatgtgttGTAGAATAGGGAGTCATATCAGCTCTATTCATTACATTTCTGTCTTCAACGTACAGAACGTGTCACATCACTGAACACACCCCTCATCTTCACTCTGGTTCAGAGTGCTTTTGTTTAGAATGGTGTGTTTAATCTAAATATAACCAATGCTTGTTGTTGACGATGATGCATATATCTGATACTATATAATATTGTGTGCCTTTTGAAACTAGacatatattaataataattttgCGATGCATTTTTCCTAGCACATGCTAGTTCCTTCACTCTTGGAATCTTGAATAGTTTTGGAAAACTTGTGAAATGCAATATAGCGGCTAGGAATTAACAATCGGTTGTGTCCTTTAACTGTGTCTGTTTATATGTAAGTGGTATTGCTTTAAATTGACAATAAATCCGTTTTAAAGGAGCGACTTTgtctttgtttctttttgactgGTAAATTACTGATTTTTGAACACCCAATTGGATTTAAGAGAATTAATGAGTACACTTTTTGGATGATGCTAAAAACCAAGCTGAGTTTGCATCTCTAAAATCCAATTTGAGAAACGATACAGGTGCACGGAGGTTCAGAGTGAAGGAACTAGCAGACATGTTTCTACCACAGTCACATTTGTTTGACCATTTTATCTGTGAAAATCTATCCACAGTTGCTAATGTATTTGTAGAAATGTGTAGGGATTATCTCAAAGGGAACAACTTCGATGTGGCAGTAAGGTTAGTGTTGGGGGGAGACAGGAGGTTGGGCTTAGACGTGTAGTCTGGTGGAATGTGATACAGAACCACTGATCCACGGGGTCCTGACATGTTACTCTGTTCACTCtcttgtggacacacacacagactatatCACTCCTGAACGTTGCAGATGAGAGGGGGAACTTGACTtcagtaacacacacacgcacatacaaacGGACACTCCCTAGTCCAGAGGAGTAAGCTGtgtgctctctctgtctcagggaGCCAGGTGTCCCTGGGGTCTGGCTTGGGAAACCCCTTTGCCTTGGGAGTGGGCTCTAGCTTGGGCACCTCAGGTCTCGGAGGTACTACCTCTCTTTTTACATCTAGTCTTTTTCCTCTTCCTCATCCATCGCTACTATGTATCTTTTCTCACTGTGTTGCTTTCTTTAGATCTCACTCGCaacctccctccatttctccccctCCTTGTGTGTGGAAGACTGTTGGCAGTGTTAGGAATGTATGTGGTGTGAGTTAAGCTCTTCACTATCTAGGGCTGAAACAGTCTGCCTGTAGCTGTGGTATGTAGTGGGTCTCTATGCTTTACTCTCGTCATTGGAGACAGTTACTTCTACTATACCCTGTTTGTGAGAGCCATTACAGAGGCTTAGCTActgttctttctctcactctcttgcagtagttgtgtatgtgtggtgtgtccaTGAAGCTAAGCTCTCTCCCTCATGTAGTAGCAgcatagtgagtgtgtgtgtccctaaAGCTTggctccctcaatctctctcccctGCAGTGTTTGGTGGGGGTCCAGGTTTCGGGGGGGTAGCGACGGGGGGCTCCTCATTTGGTTTCTCCTCTGCCAGCAAGCCCTCGGGAGGGAGCCTGagtgcagGTTTTGGAAGCAACAGTAGTTCAGGGTTTAACTTCAGTAGCCCCGGCCTCAACGCGTCTGCAGGCCTGACGTTTGGCGTGTCCAACCCTCCCGCCACGGGCTTCGGCACTGGAGGTCCACTGCTGCAGCTCAAGAAGCCCCCGGTGGGAAACAAGAGGGGCAAGAGATAGAGGGGCAAAGGGAACGGGTAGGATTTggggagggtaagctgatcctagatctgtgactTCCAGAACTGTCCAAGGTTGTTTAATGGGTCACAGTCCATGTAGGTGGATTTGGGAGGGTACGTTTATTCTAGACCTGTGCCTAAGGGCGACTTCTAGAGCTGTCCAGGGGAGGTCGGGGTGTAACAGTCTGTCCCAGATCTTTATTTTTATACCTGACGGGGGAGCAGAGGGTTTGAGGGAGGGGGGTTATGCAGGACCAGGGTGGAGGGAATGAGGAGAGGGAGTCCTCGAGCAGAAAAAAAGATCAGCACATTTGGATAAGGTTCATAACCTGTGTTTTGTTCTTTTTAAATGTCCTCATTATTGTTTCATCATGATTGCTTAGTTTTTGTAGAGTTTTTATTTTATACTCTTTGtaagtgtttgttgtgtgtgcaAGGATGCATGCAAGGGAGAGAACTGGCTGTGCTGAATGTCCCACACAGCCTCAAATTAGAACCTGAAAGGGCACCAGAACACACcaaacatgcacaaacacatacGTACATTTCCTGTCAAGTGTGAatttatgcagtgtgtgtgtcaataGACCGTGGTGTTGTTTTAGGGCTGGTGGATGATGAGGGTATTACGGTCTGTGCTTTTTCGTTGTCTATTCTGATTCTCTCTGTTACCAAATAGTGATGTCATCCTGTTCTATTCATTTGAGTTGATAAGTGTAAACCTGTATTTTCAAACAT

Function

symbol description
nup58 Predicted to enable nuclear localization sequence binding activity. Predicted to be a structural constituent of nuclear pore. Predicted to act upstream of or within mRNA transport; nucleocytoplasmic transport; and protein transport. Part of nuclear pore. Orthologous to human NUP58 (nucleoporin 58).

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_021620415.2 False 3254 mRNA 0.50 14 18790180 18802871
XM_021620416.2 False 3208 mRNA 0.50 13 18790184 18802871
XM_021620420.2 False 3062 mRNA 0.49 12 18790189 18802871
XM_021620418.2 False 3159 mRNA 0.50 13 18790191 18802871
TU1084812 True 4538 lncRNA 0.43 2 18798174 18802841

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
pex2 pex2 coding upstream 586017 18192624 ~ 18204153 (+)
hnf4g hnf4g coding upstream 808273 17960186 ~ 17981897 (+)
LOC110535422 LOC106578412 coding upstream 830170 17949429 ~ 17960000 (+)
pign pign coding upstream 844966 17926634 ~ 17945204 (+)
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LOC110535436 LOC106578460 coding downstream 495708 19298579 ~ 19310732 (+)
LOC110535438 NA coding downstream 527110 19329981 ~ 19335648 (+)
ssm4 ssm4 coding downstream 539110 19341981 ~ 19345685 (+)
LOC110535439 LOC106578454 coding downstream 574264 19377135 ~ 19385929 (+)
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G951225 NA non-coding upstream 194678 18562338 ~ 18595492 (+)
G951184 NA non-coding upstream 263851 18526050 ~ 18526319 (+)
G951135 NA non-coding upstream 308404 18481066 ~ 18481766 (+)
G951340 NA non-coding downstream 9537 18812408 ~ 18812766 (+)
G951335 NA non-coding downstream 42485 18845356 ~ 18845789 (+)
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G951353 NA non-coding downstream 44100 18846971 ~ 18847197 (+)
G951362 NA non-coding downstream 69980 18872851 ~ 18873196 (+)
G948710 NA other upstream 2188278 16554200 ~ 16601892 (+)
LOC110535387 LOC106579475 other upstream 2244881 16543682 ~ 16565783 (+)
LOC110535372 mynn other upstream 2454878 16327393 ~ 16338373 (+)
G948587 NA other upstream 2463763 16323350 ~ 16326407 (+)
ccl20b LOC100135878 other upstream 2579330 16209929 ~ 16211192 (+)
G951511 NA other downstream 323794 19126665 ~ 19127085 (+)
phldb2b tcpe other downstream 958394 19740565 ~ 19799150 (+)
tlcd4a LOC106570700 other downstream 3923682 22712577 ~ 22741263 (+)
G956728 LOC106613263 other downstream 4862417 23665288 ~ 23665930 (+)
G956797 NA other downstream 4972901 23775772 ~ 23776845 (+)

Expression


Co-expression Network