LOC118937380


Basic Information

Item Value
gene id LOC118937380
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048575.1
NCBI id CM023229.2
chromosome length 86280908
location 68918586 ~ 68924491 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005034727.1
accgtaacaaaatgtggaaaaagtaatttggtctgaatactttcaaagGCAATGTATCGTACGAATTGCCCCAAAAGATGTTGTTGCAAgaggtaacatatcatacaaaatggataaCATAGTACACAATTGGATAACGTAGTACACAAGAAAATGTGTGCCGTTTTGCCTATGTGAGTACCactcaaaactactggctgaaattatacagtTCCGTAACATCCCTTTTGGGCAAAACAATTAAATGATATGTTAAAACAAtaagtatatgtgtgtatattgtATAACTGTGGTGTACACTGAAATACATTATCGTCtataatttcatttaaaaaagATGTGCATTGTTTTACAATGTTTTTTATTGACAGATCCACTGGTCCGTCCCCATGATCAAGTGTAGAAAATATTTCCTGTCTAATTTCCTGAGGAAAATAAATGTCTTGTCAACCTAGCCAGCACTTTATTAAAAAGACCACATTTCATGTTTACAAATTCCAGAAGAATACGATTTCTCTTTGATTCCTATATTTTTGAGAACCCTTGATTACAGAGTTAGAGTTAGCGAGGTAATGTTAATAGTATGAAAACCTGTTTCCTGGTGGTATTTCCAGTGTAAACTCTTAGAGCAGATCCCAGCCACAGACTAAACACACTAAGGGAATTTACCATGATGGTCTGGCTTTACACACTCTGGTTTGTCTTTCTCCCTGTACTATCTGGGTCAATCCACAAAAGTATTcccttttgcatccctttgacattttaagtagaaattgtgcaccaatttAGAATTTTAAAAGCaagttatattaaatgaagtaccctttaatatagaccacatgtcAACTGAAATAAATCTGTTTTTTTAGTTTGCTAAAGTGACAAAATGCTGAATTCTGGcatgttcctctgtggagttgaATATTGTAACCCGCTTAACCCCAAAGTTCCTCCACGTTTTCACCATCATTGAAAAGCTCGCATTCACGTGAAATCGGAGTTATCGGAAAATCCTAGTTCCGCCTGAAAAAATATAGTTGCCGAGTTGTGACGTTTCACCACTTACCTTTTCAACCAAAAGATTGCAACCTTAAAaatatggatcatttagctaatTTGACCATATCATcaatgttaagcaAGCTAGCTAACCTTATAATTAATAACAGTATCAAGCTAGCTAACCTTATAATTAATAACAGTATCAAGCTAGCTAACCTTATAATTAATAACAGTATCAAGCTAGCTAAAGTCATATTGGTTGAAGAATTTGTTCTGACAAAAAAGcacatgaatgaaacaaagtTGACATCACAACTAGGAAATAGGAAGTTCTGACGAGCATGTGAATGcggccctagttattttgttgttttgaagaAGTCATTTCTGGagattatttatttcatgtgattagcaATTCATTTTTAAGGGTATTTTTTAAAAAAAGCTTCCATTCCTCCTTTCAgaaggggatttatggctgatttaatattgaaatcgtcaaccctgttacggtcaaccctgttacggtcaaccctgttacggtcaaccctgttaccttaTTTTGCACTTAATAGGTACATactattgtattttttttcattGAAACTCTTGTGatggaaaacatattttttattaagttgaacatgtgctccttatgacagaatgttaaaatgatgTGAGTACACTACCCAAAAGGGACTCATTTCGTGGAACGACCAATCTGTGTCCCAAAATACCTCACTATTAGGAGCACCCATGGAGAAAAGAAGTGGATAGGTTCTCACTACATAGCTGTGGGCATCCCAATATAATGTACTATACACTCAGTGGACAGTTTATTATGTGCACTACCCTGTTCACAAAAATGTTTTGCCCTCCTACAGACAGTTGAGTCATGTggctgtggcttgctatataaagcagacatcaaggcattcagttactgtttgattgaatgttaaaatgggcaaaacgagtgacctatgcaactttgagcatggtatgatcgtcggtgccaggtgcgccggttccagtatctcagaaacggccagCTTCCTGGGCTTTTCCTACAGAGAATAGGGTGACAAACAAACGTTTCTAATTTTGCCAGAAAgtaattttcatttcaagttaaagtgtactgttagcgagctagctaacattaactggctggctagctagctaatgttatgtgtatgatctgtgtagtgaTATTATTTGCatttcagagccatttgcattgctagttatagcctaatgttagctacgTGCAGATTCATtcagggtagtaacgttatgagttgggattaggGTTCattctttagctagctagctacatgtctaaacaaaagactccactatgcaagtaactatttcaatagaatgtttttGATGTCACagcgacaactgtcgatagacgtagctggtaaattcgctctggctaactactccgatttcagaacactctcatctgagtgtgctaGAGAGCAGAATATCTGACAAAATGTACAAACGCTCAACACcctttgaatatggccggtgtcagtaaac
>TU1149534
GCGAATATTGGGTGGTAACTGAGAGAACCTGTTTGGGTCCTGAGGCAAAACCAGTGGCTACTCTGATCTAGGCTACACTCCGACCATGGCTGATGGAAAAACAGCTCATGCCTGTGAAATAGAACAAGGCTACTCTGATGCGCTCCTCAGACTACAACAAAATCACCAACTCTGGCTTGAAGTTAGATTTGGTTTGATTCATTGAAAGGGACTGTAATTATGTTGATTCAATCCCAATGAACACAGTAGAGTGAAAATATTATCTGTTTTAAGCCAGGAAAGATAGTGTACATTTTAGTGAAGTTCAATCTTGTGTGTTTCTGCACGTAACTTCTCCAGGAGCTGCGTGGCCAGGCTGGCACGCAGCTTAGCGGGAACATTGACCAAGACACACTTTTAGCCACGCAAGGGCAACAAGTCATAAAACGTGTCCTAACCTTTCCACCCATATAACTGTCTCACAACACATTcctcacattatacacacatggAGAAGCATCATTTGTGTGTTGAAGAGAATGACATGGAACACTTGTTATGGACTCAATGTTTACTGACAGAATGTCTCTACACCAACTATACTGGATGGTATTGAATACAAACCATGATAACCCTTCAACTCTGAttatgaatatgtacatatttcAAATGTGTTAATACAATCTGAGTAATGGTCTGTAAACTGATCATTGTGGTTGTTAGATTCTGTACATTGGCTGACTTAAAGATGCAGTCCGGGATCTTGAGCACAACAAATAtcttaacatattgtacaaattggaTTTGTAACATACAgagcctttggaaagtattccgacccgttgacattttccacattttgttacagtgcagccttgttctaaaattgatttaaaataaaatactcagcaatctacacacaataccccataatgacaaagcaaaaactgtttacaaataacaaacagaaatattacatttacataagtattcagaccctttactcagtactttgttgaagcacctttggcagcgattacagtctcaagtcttcttgggtttgatgctacaaactttctcccattcttctctgcagttcctctcaagctctgttaggttggatggggagcgttgctacacaggtctctccagagatgttggatctggttcaagtccgggccctggatggaccactcaaggacattcagagacttgttccgaagccactcctgccttgtcttggctgtgtgcttagtgtcatttccctgttggaaggtgaaccttcacccaagtctgaggacctgagcgctctgaagcaggttttcatcaaggatctctctgtactttgctccgttcatattttgcttgatcctgactagtctcccagtccctgccactgataaacatccccacagcataatgctgccaccatcatgcttcaccgtagggatggtgccaggtttcctcccgacgtgacgcttggcattcaggccaaagagttgaatcttggtttcatcagaccagagaatcttgcttctcattgtctgagagtctttaggtgccctttgacaaactccaagcaggctggcatttgccttttactgagacttgcttccgtctggccacactaccataaaggcctgattggtggagtgctgcagagatggttgtccttctggaaggttctcccatctccacagaggaaatctagagctctgtcagagtgaccatcgggttcttggtcacctccctgaccaatacACTTCTCCCCCAATTTCTCAATTTGGCCGGgtcgccagctctaggaagagtctaggttgttccaaacttcttccatttaagaatgatggtggccactgtgttcttggggaccttcaatgctgcatacattttttggtacccttccccagctctgtgcctcgccacaatcctgtctctgagctctacggacaattccttcgacctcatggcttggttttcactctgacatgcactgtgaactgtgggaccttgaattgacagatgtgtgcctttccaaatcatgtccagtcaattaaatttaccacaggtggactccattcaagttgtagaaacatctcaaggacgatcaatggaaacaggacgcacctgagctcaatatcgagtctcatagcaaagtgtctgaatataAGGTATTtaagttgtattttttatatatctGCAAaggtttctaaaaacctgtttttgctttgtcattatggggtattgtgtgtagatggctgaggatttgtatttatttgatccattttagaataaggctgtaccgtaacaaaatgtggaaaaagtaatttggtctgaatactttcaaagGCAATGTATCGTACGAATTGCCCCAAAAGATGTTGTTGCAAgaggtaacatatcatacaaaatggataaCATAGTACACAATTGGATAACGTAGTACACAAGAAAATGTGTGCCGTTTTGCCTATGTGAGTACCactcaaaactactggctgaaattatacagtTCCGTAACATCCCTTTTGGGCAAAACAATTAAATGATATGTTAAAACAAtaagtatatgtgtgtatattgtATAACTGTGGTGTACACTGAAATACATTATCGTCtataatttcatttaaaaaagATGTGCATTGTTTTACAATGTTTTTTATTGACAGATCCACTGGTCCGTCCCCATGATCAAGTGTAGAAAATATTTCCTGTCTAATTTCCTGAGGAAAATAAATGTCTTGTCAACCTAGCCAGCACTTTATTAAAAAGACCACATTTCATGTTTACAAATTCCAGAAGAATACGATTTCTCTTTGATTCCTATATTTTTGAGAACCCTTGATTACAGAGTTAGAGTTAGCGAGGTAATGTTAATAGTATGAAAACCTGTTTCCTGGTGGTATTTCCAGTGTAAACTCTTAGAGCAGATCCCAGCCACAGACTAAACACACTAAGGGAATTTACCATGATGGTCTGGCTTTACACACTCTGGTTTGTCTTTCTCCCTGTACTATCTGGGTCAATCCACAAAAGTATTcccttttgcatccctttgacattttaagtagaaattgtgcaccaatttAGAATTTTAAAAGCaagttatattaaatgaagtaccctttaatatagaccacatgtcAACTGAAATAAATCTGTTTTTTTAGTTTGCTAAAGTGACAAAATGCTGAATTCTGGcatgttcctctgtggagttgaATATTGTAACCCGCTTAACCCCAAAGTTCCTCCACGTTTTCACCATCATTGAAAAGCTCGCATTCACGTGAAATCGGAGTTATCGGAAAATCCTAGTTCCGCCTGAAAAAATATAGTTGCCGAGTTGTGACGTTTCACCACTTACCTTTTCAACCAAAAGATTGCAACCTTAAAaatatggatcatttagctaatTTGACCATATCATcaatgttaagcaAGCTAGCTAACCTTATAATTAATAACAGTATCAAGCTAGCTAACCTTATAATTAATAACAGTATCAAGCTAGCTAACCTTATAATTAATAACAGTATCAAGCTAGCTAAAGTCATATTGGTTGAAGAATTTGTTCTGACAAAAAAGcacatgaatgaaacaaagtTGACATCACAACTAGGAAATAGGAAGTTCTGACGAGCATGTGAATGcggccctagttattttgttgttttgaagaAGTCATTTCTGGagattatttatttcatgtgattagcaATTCATTTTTAAGGGTATTTTTTAAAAAAAGCTTCCATTCCTCCTTTCAgaaggggatttatggctgatttaatattgaaatcgtcaaccctgttacggtcaaccctgttacggtcaaccctgttacggtcaaccctgttaccttaTTTTGCACTTAATAGGTACATactattgtattttttttcattGAAACTCTTGTGatggaaaacatattttttattaagttgaacatgtgctccttatgacagaatgttaaaatgatgTGAGTACACTACCCAAAAGGGACTCATTTCGTGGAACGACCAATCTGTGTCCCAAAATACCTCACTATTAGGAGCACCCATGGAGAAAAGAAGTGGATAGGTTCTCACTACATAGCTGTGGGCATCCCAATATAATGTACTATACACTCAGTGGACAGTTTATTATGTGCACTACCCTGTTCACAAAAATGTTTTGCCCTCCTACAGACAGTTGAGTCATGTggctgtggcttgctatataaagcagacatcaaggcattcagttactgtttgattgaatgttaaaatgggcaaaacgagtgacctatgcaactttgagcatggtatgatcgtcggtgccaggtgcgccggttccagtatctcagaaacggccagCTTCCTGGGCTTTTCCTACAGAGAATAGGGTGACAAACAAACGTTTCTAATTTTGCCAGAAAgtaattttcatttcaagttaaagtgtactgttagcgagctagctaacattaactggctggctagctagctaatgttatgtgtatgatctgtgtagtgaTATTATTTGCatttcagagccatttgcattgctagttatagcctaatgttagctacgTGCAGATTCATtcagggtagtaacgttatgagttgggattaggGTTCattctttagctagctagctacatgtctaaacaaaagactccactatgcaagtaactatttcaatagaatgtttttGATGTCACagcgacaactgtcgatagacgtagctggtaaattcgctctggctaactactccgatttcagaacactctcatctgagtgtgctaGAGAGCAGAATATCTGACAAAATGTACAAACGCTCAACACcctttgaatatggccggtgtcagtaaacttgGCCAAAAAAGCGTACTCACATTTTTtgcagcagcacagttgcagtcaccaacgctctggataacataaaaacagcctaaccagctctgctagggtgagtaaaatggtcagagtgagctgttctctcatttgtgtctggaagtagctagtcaatgttagccagttagcatgggtgcttga

Function

NR:

description
TC1-like transposase

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005034727.1 False 2559 mRNA 0.37 2 68920866 68924309
TU1149534 True 5021 lncRNA 0.40 2 68918586 68924491

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110535101 LOC106580561 coding upstream 73533 68687221 ~ 68847333 (+)
LOC118937485 NA coding upstream 259064 68661750 ~ 68661802 (+)
LOC110536292 LOC106580550 coding upstream 309366 68590709 ~ 68611500 (+)
LOC110536291 LOC106580540 coding upstream 333732 68584627 ~ 68587134 (+)
LOC110535098 LOC106580534 coding upstream 507653 68364480 ~ 68413213 (+)
LOC110536296 cbwd3 coding downstream 266912 69191221 ~ 69206345 (+)
LOC110536644 LOC106580559 coding downstream 283353 69207662 ~ 69209332 (+)
LOC110536297 LOC106580555 coding downstream 286241 69210550 ~ 69259917 (+)
LOC110536300 LOC106580593 coding downstream 474226 69398535 ~ 69400234 (+)
ercc8 ercc8 coding downstream 511010 69435319 ~ 69456823 (+)
G1010591 NA non-coding upstream 2473 68918165 ~ 68918393 (+)
G1010587 NA non-coding upstream 7553 68913096 ~ 68913313 (+)
G1010586 NA non-coding upstream 7966 68912624 ~ 68912900 (+)
G1010584 NA non-coding upstream 13089 68907453 ~ 68907777 (+)
G1010583 NA non-coding upstream 14179 68906456 ~ 68906687 (+)
G1010594 NA non-coding downstream 3341 68927650 ~ 68928002 (+)
G1010595 NA non-coding downstream 3740 68928049 ~ 68928349 (+)
G1010596 NA non-coding downstream 4652 68928961 ~ 68929188 (+)
G1010598 NA non-coding downstream 7472 68931781 ~ 68932108 (+)
G1010638 NA non-coding downstream 75869 69000178 ~ 69000425 (+)
G1008017 NA other upstream 2038615 66881799 ~ 66882251 (+)
LOC110536267 LOC106580513 other upstream 2122649 66774135 ~ 66798230 (+)
G1007556 NA other upstream 2507931 66412574 ~ 66412935 (+)
G1011336 NA other downstream 709192 69633501 ~ 69633876 (+)
sb:cb288 NA other downstream 781125 69705334 ~ 69711411 (+)
LOC110536323 LOC106580573 other downstream 980639 69904948 ~ 69917078 (+)
LOC110536331 LOC106580567 other downstream 1077160 70001416 ~ 70009325 (+)

Expression

LOC118937380 Expression in all Baseline Samples

Bar chart with 20 bars.
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying values. Range: 0 to 8.
End of interactive chart.

LOC118937380 Expression in each Bioproject

Bar chart with 21 bars.
LOC118937380 Expression in each Sample
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying Expression. Range: 0 to 30.
End of interactive chart.

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