ercc8 (ercc8)


Basic Information

Item Value
gene id ercc8
gene name ercc8
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048575.1
NCBI id CM023229.2
chromosome length 86280908
location 69435319 ~ 69456823 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

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Function

symbol description
ercc8 Predicted to contribute to ubiquitin-protein transferase activity. Acts upstream of or within response to UV. Predicted to be part of Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex and nucleotide-excision repair complex. Human ortholog(s) of this gene implicated in Cockayne syndrome; Cockayne syndrome A; and UV-sensitive syndrome. Orthologous to human ERCC8 (ERCC excision repair 8, CSA ubiquitin ligase complex subunit).

NR:

description
DNA excision repair protein ERCC-8 isoform X1

GO: NA

KEGG:

id description
K10570 ERCC8, CKN1, CSA; DNA excision repair protein ERCC-8

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_036936217.1 True 4408 mRNA 0.45 13 69435324 69456823

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC110536297 LOC106580555 coding upstream 175402 69210550 ~ 69259917 (+)
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G1011031 NA non-coding upstream 109356 69325727 ~ 69325963 (+)
G1011109 LOC106580587 non-coding downstream 66597 69523420 ~ 69524131 (+)
G1011315 LOC106580585 non-coding downstream 133770 69590593 ~ 69592141 (+)
G1011318 NA non-coding downstream 138225 69595048 ~ 69595470 (+)
G1011339 NA non-coding downstream 178796 69635619 ~ 69635837 (+)
G1011340 NA non-coding downstream 179346 69636169 ~ 69636381 (+)
LOC110535101 LOC106580561 other upstream 610319 68687221 ~ 68847333 (+)
LOC110536291 LOC106580540 other upstream 848277 68584627 ~ 68587134 (+)
G1008017 NA other upstream 2553068 66881799 ~ 66882251 (+)
LOC110536267 LOC106580513 other upstream 2637102 66774135 ~ 66798230 (+)
G1011336 NA other downstream 176678 69633501 ~ 69633876 (+)
LOC110536323 LOC106580573 other downstream 448125 69904948 ~ 69917078 (+)
LOC110536331 LOC106580567 other downstream 544646 70001416 ~ 70009325 (+)
G1011531 NA other downstream 562280 70019103 ~ 70019906 (+)

Expression


Co-expression Network