XLOC_028493


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_028493
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 7020450 ~ 7024297 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00058046
AGTGTCCTCTCACCAGCAGCAGCTGCCATCTCCTGATTCAGGTAAGCTTTGTTTTAGCTTTATTATCAAAATTAATCTAAATAGCGTGCAAAtctaaagtaaaatgtaatgttatgttcCCAAAAAACTAAGTTACATCGTGTGAAGATCATTTCTGACAAGCTCGGGCTAACAAGCTAGCCACCTGTGAAGTTAGCTTTATTTAAAGGACTGTTTAACGTTAATTTGCTTCTTAAACTGGAGGGAAATGTAGTGAAATATTGTTGTTGCAAACAGACATATCTGAGCGGCCGGTCACCACTGTATTGTTAACCCTGTTGTGTCTGTATTAAAACAGCAATGCgataacattaacattattttatgattatttagtTGGCATACATTAACCATTTATGAGTTAAgtaacatgtatgtatgtattatttaaatcttctctttttatgtttgcaatatttattttatattgtgctttttaaaaacatcagtttAATTCATGAAAACAATTTGACctgcaatgttacatttttatttacttttttataggtTTGGAATGCAGTGTAAGTTTTGCAAATTTGTGAACAGTAGCTGAGAAGTTACACTACAGACTACATCGCTATCAAGGACCATCCTGGCAGCAGCCTTGTTTGTTCGCAGACTGCTTCTGCACTTTAAAGACTGTAGGTGCATTAAAATCACATTTGACATTAGCACATTAACAGTCTGCTGCAGTTACTgactatttgatttttttatcctCCTGTAGCTGATGTCCGAAAACAGTGGCCTGCATGTTTTTGGGAGTTTAGGCAAGTTTGCATTTGAgataatttatttcaaaatgtataaccCTTGTTCACAATTCATACTATTCATTTTTTATGGTCTGCTTGTAGGTCTATGCTGAGTTTTACAGGATTACTCAAACCAACCTCAAAGATACCTTCTCTTTTTCGGATGAATACGCTATCAAGTTTTATGGATCATGTGGTGGGCGATATGGAGAGATAATAAGGACCGCCCTGGACCAACTGGACAATCAAGTAATTATTTAGCATTCAATCATATCACTGATTAAAGGGGGGCATATTAAACTTTATGGCGTTTACCATGGAGTTTCTCTTTTTGTGTGCAATATTGGAATTCATGCAGGTAATTAATCTTTGAAGTTACAAAACAGTTTGTTCCCTAATAGAAAAGTTTGTAGCACTGTTTTCACCTATGTAAAGGATGCTAAATTTTCATCACTTAGTCTTTAGTAGAACAACCATGACTGAGTCCGGCTGACCAGGGATGGAAAACAGGTGCTGCAACATTAATTGtaaagcaaatttcatttttaataattaaaacatgttgGGAATTTCTGATCAAAATGACTAACCTGTGAATAACCATAATTAATGCCCTTCAATTGTAAAGTGGTGCCACCTGTCATCTCTCAGGGTCTGAGCATCTGGTTTAATGTGACAATAGCTGATGacctatggcaagccgttttaacttttattctatAGCCCGTACTAGtattagtacttatttattagatactagttcttatttatttgttactagtacttatttattagatactagtacttatttattagatactagtacttatttattagatactactacctatttattagatactagtacttatttattagatactagtacttatttattggATACTACTAcctatttattagatactagtacttatttattagatactagtacttattaaatagatactagtacttatttattagatactactacctatttattagatactagtacttatttattagatactagtacttatttattagatactactacctatttattagatactagtacttatttattagatactactacctattttttagatactagtacttatttattagatactagtacttattaaatagatactagtacttatttattagatactagtacttatttattagatactactacctatttattagatactagtacttatttattagatactagtacctatttattagatactagtacttattaaatagatactagttcttatttattagttactagtacttatttattagttactagtacctatttattagatactagtacttattaaatagatactagttcttatttattagttactagtacttattttaatagttctttctttctgttgtgactcgtaatgaattaaaaattttccCATTTATTTCTATGGGATCTCTAATTGAGATATcaactattcagttttgactagtatgtaTTCCAGCTGTGACTAGTGCATATTTTTTATCTACTAGTAGTTAATCATTAGGTACTAGCACCTATTACTGAGATGCTACTACCTaattaatagatactagtacttatgtaTTAGATACTAGTCTTTGCTCATTAGGTACTAATgagcttactaatgtttattcatGTAGAGTTGATGCTTAAACGGATAatcaattcactatttgctaatgcttaataaatgattcattattaTAAAAGTGTTACCTGAAAAGTTTTATAAATAGAAGGTATATAAATGACTGTGTTACTGACATTACTACCTTCCGTTTCCAAATTAAGTtgctttgcctttgctttttttttaccttgctttTTGGAGATGTTTGTGATTTAGCAGTAAAAATAGTTTTTCATCctctttttatgtttctttttactGCAGGACACAGAGCCAGAAGATATTTGCACAAAAGAGATGGAGATGGACATCCTTAGCACTGTTGAAGATGATGTTGCCACTCTTCAGACCAACCTAAATGTAAGGTGCCTGTCTGTGGTTCTGGAAGAGCAAATCGTGCTGGAAAAGATCTTCCGACAGCTGTTGTTCTCCTCTTTGGTTTGATTAATTTCCTCATTATGAACTACCCCAAAGAACTGAAACACATCTTTGAAACTATTCAGAAAGTGTTTATTGGCCTTGATCCTCAGTGCTCAGCAAGAGTCCagtctttcaaaaacaaaatgcatttgtttgtaCACTGAAATTGTGTTACTCTTGGTGTTGTCACGAAActtaaattcagttttgattttacattttcaaaatttaaaaacatccatttcccaccAATTGATTGATTGGCTGTTGTGTTCAAGCGCTCAAcacaaatgactgtgattggctgagaagtTCACCATTTCACTGCTCTTCACTGATGTTCATggagtgcaaacacacacacacacacacacacacacacacacaaactggagTGTTTCAAAACATCGCGTAGTCGATCCATCAGCGTAACACTTGTGTCAGCTTATACACAGACCAGTTGATCAATGTGAAATTCttaagtgtccctgtatctgtggttacactcagtaaacagcagtgagtttggtgaactgatgatcttcacGCCCAATCAgtcttttctgttgagcatgtgaacacaatggcaatatAACAGTGTTTAAAACATGGTCAAcaacgctcaaatgttagcaggaaatggacgtttttaaaattataGAACTGATGGGTAACAATTAAAATATCGTGACAAAACTAATTACTCTTgcactttgaaaaaaatgttgatagtgcgagctttttaaatatttcttttgcTTAACTCGAGCACTTAAAAGGCAATATAGGATTTGAGGATTTACCTTTTTGTTGCCTCTTTTCCTTCTCTGGACTGCAGTACATTTCATTTGGACAGAAAGCTGTTTGCTGAATTATCAATAAATATATTCTTTGATATTGTGTTTTATAGTGTGTTTTGTAATCTCTTAACTTCATACTTAGAGTCATACAGGTATTTGTTTGAGAA
>TCONS_00057322
TCCGAAAACAGTGGCCTGCATGTTTTTGGGAGTTTAGGCAAGTTTGCATTTGAgataatttatttcaaaatgtataaccCTTGTTCACAATTCATACTATTCATTTTTTATGGTCTGCTTGTAGGTCTATGCTGAGTTTTACAGGATTACTCAAACCAACCTCAAAGATACCTTCTCTTTTTCGGATGAATACGCTATCAAGTTTTATGGATCATGTGGTGGGCGATATGGAGAGATAATAAGGACCGCCCTGGACCAACTGGACAATCAAGACACAGAGCCAGAAGATATTTGCACAAAAGAGATGGAGATGGACATCCTTAGCACTGTTGAAGATGATGTTGCCACTCTTCAGACCAACCTAAATGTAAGGTGCCTGTCTGTGGTTCTGGAAGAGCAAATCGTGCTGGAAAAGATCTTCCGACAGCTGTTGTTCTCCTCTTTGGTTTGATTAATTTCCTCATTATGAACTACCCCAAAGAACTGAAACACATCTTTGAAACTATTCAGAAAGTGTTTATTGGCCTTGATCCTCAGTGCTCAGCAAGAGTCCagtctttcaaaaacaaaatgcatttgtttgtaCACTGAAATTGTGTTACTCTTGGTGTTGTCACGAAActtaaattcagttttgattttacattttcaaaatttaaaaacatccatttcccaccAATTGATTGATTGGCTGTTGTGTTCAAGCGCTCAAcacaaatgactgtgattggctgagaagtTCACCATTTCACTGCTCTTCACTGATGTTCATggagtgcaaacacacacacacacacacacacacacacacacaaactggagTGTTTCAAAACATCGCGTAGTCGATCCATCAGCGTAACACTTGTGTCAGCTTATACACAGACCAGTTGATCAATGTGAAATTCttaagtgtccctgtatctgtggttacactcagtaaacagcagtgagtttggtgaactgatgatcttcacGCCCAATCAgtcttttctgttgagcatgtgaacacaatggcaatatAACAGTGTTTAAAACATGGTCAAcaacgctcaaatgttagcaggaaatggacgtttttaaaattataGAACTGATGGGTAACAATTAAAATATCG
>TCONS_00057321
TCCGAAAACAGTGGCCTGCATGTTTTTGGGAGTTTAGGTCTATGCTGAGTTTTACAGGATTACTCAAACCAACCTCAAAGATACCTTCTCTTTTTCGGATGAATACGCTATCAAGTTTTATGGATCATGTGGTGGGCGATATGGAGAGATAATAAGGACCGCCCTGGACCAACTGGACAATCAAGACACAGAGCCAGAAGATATTTGCACAAAAGAGATGGAGATGGACATCCTTAGCACTGTTGAAGATGATGTTGCCACTCTTCAGACCAACCTAAATGTAAGGTGCCTGTCTGTGGTTCTGGAAGAGCAAATCGTGCTGGAAAAGATCTTCCGACAGCTGTTGTTCTCCTCTTTGGTTTGATTAATTTCCTCATTATGAACTACCCCAAAGAACTGAAACACATCTTTGAAACTATTCAGAAAGTGTTTATTGGCCTTGATCCTCAGTGCTCAGCAAGAGTCCagtctttcaaaaacaaaatgcatttgtttgtaCACTGAAATTGTGTTACTCTTGGTGTTGTCACGAAActtaaattcagttttgattttacattttcaaaatttaaaaacatccatttcccaccAATTGATTGATTGGCTGTTGTGTTCAAGCGCTCAAcacaaatgactgtgattggctgagaagtTCACCATTTCACTGCTCTTCACTGATGTTCATggagtgcaaacacacacacacacacacacacacacacacacaaactggagTGTTTCAAAACATCGCGTAGTCGATCCATCAGCGTAACACTTGTGTCAGCTTATACACAGACCAGTTGATCAATGTGAAATTCttaagtgtccctgtatctgtggttacactcagtaaacagcagtgagtttggtgaactgatgatcttcacGCCCAATCAgtcttttctgttgagcatgtgaacacaatggcaatatAACAGTGTTTAAAACATGGTCAAcaacgctcaaatgttagcaggaaatggacgtttttaaaattataGAACTGATGGGTAACAATTAAAATATCG

Function

GO:

id name namespace
GO:0015711 organic anion transport biological_process
GO:0031224 intrinsic component of membrane cellular_component
GO:0031226 intrinsic component of plasma membrane cellular_component
GO:0044459 obsolete plasma membrane part cellular_component
GO:0005887 integral component of plasma membrane cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00058046 False 3848 lncRNA 0.32 1 7020450 7024297
TCONS_00057322 False 1115 lncRNA 0.39 2 7020729 7023525
TCONS_00057321 True 1028 lncRNA 0.40 3 7020729 7023525

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_028492 ifrd1 coding downstream 211127 6799794 ~ 6809323 (-)
XLOC_028490 foxp2 coding downstream 396805 6423041 ~ 6623645 (-)
XLOC_028491 NA coding downstream 439903 6576777 ~ 6580547 (-)
XLOC_028489 MDFIC coding downstream 604036 6339572 ~ 6416414 (-)
XLOC_028488 NA coding downstream 767967 6177586 ~ 6252483 (-)
XLOC_028494 FO681358.2 coding upstream 160898 7185195 ~ 7185311 (-)
XLOC_028495 lrrn3b coding upstream 186458 7210755 ~ 7212875 (-)
XLOC_028496 CR354372.1 coding upstream 197783 7222080 ~ 7222367 (-)
XLOC_028497 si:ch211-170p16.1 coding upstream 204939 7229236 ~ 7231480 (-)
XLOC_028498 NA coding upstream 513718 7538015 ~ 7546117 (-)
XLOC_028487 NA non-coding downstream 903780 6113441 ~ 6116670 (-)
XLOC_028480 NA non-coding downstream 1280512 5739010 ~ 5739938 (-)
XLOC_028479 NA non-coding downstream 1283105 5735370 ~ 5737345 (-)
XLOC_028499 NA non-coding upstream 533117 7557414 ~ 7566507 (-)
XLOC_028500 NA non-coding upstream 554564 7578861 ~ 7581433 (-)
XLOC_028478 NA non-coding downstream 1274565 5693170 ~ 5745885 (-)

Expression


Co-expression Network