G942543


Basic Information

Item Value
gene id G942543
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048575.1
NCBI id CM023229.2
chromosome length 86280908
location 10835041 ~ 10837927 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1074973
cctcattccaaTGACGAGCGTTACAGACAGGGTGTGTCTAGTATTTTCTGCATTACAACAGGGTGCGGCCCGTATTTTATGTGTTAGGACAGAGTGTTGCTCGCAAATGTGTTAGGACACAGTGTTGCTAGTATTTTGTGTTAGGACAGTGTTGCTAGTATTTTATGTGTTAGGACTGTGTTGCTAGTATTTTATGTGTTAGGACAGTGTTGCTAGTATTTTATGTGTTAGGACAGAATGTTGCTAGTATTTTATGTGTTAGGACAGAGTGTTGCTAGTATTTTATGTGTTTGGACAGAGTGTCGCTAGTATTTTGTGTTAGGACTGTGTTGCTAGTATTTTATGTGTTAGGACAGTGTTGCTAGTATTTTATGTGTTAGGACAGAGTGTTGCTAGTATTTTATGTGTTAGGACAGAGTGTTGCTAGTATTTTATGTGTTAGGACAGAGTGTTGCTCGCAAATGTGTTAGGACACAGTGTTGCTAGTATTTTGTGTTAGGACAGTGTTGCTAGTATTTTATGTGTTAGGACTGTGTTGCTAGTATTTTATGTGTTTGGACAGAATGTTGCTAGTATTTTATGTTAGGACAGAATGTTGCTAGTATTTTATGTGTTAGGACAGAATGTTGCTAGTATTTTATGTTAGGACAGAATGTTGCTAGTATTTTATGTGTTAGGACAGAATGTTGCTAGTATTTTATGTTAGGACAGAATGTTGCTAGTATTTTATGTGTTAGGACAGAATGTTGCTAGTATTTTATGTGTTAGGACAGAATGTTGCTAGTATTTTATGTTAGGACAGAATGTTGCTAGTATTTTATGTGTTAGGACAGAATGTTGCTAGTATTTTATGTTAGGACAGAATGTTGCTAGTATTTTATGTTAGGACAGAATGTTTCTAGTATTTTATGTAGTAGGCCATTAAATGAAAAAACAAAGAGACACTTATTTTCAAAAGTCACAACTAGCCATTAGGGCAACTAGTACCAActtcttttttgtttttttatttgtagcTCACATCAATGAAAATAATTCAATTTACTGTCTTTGACTGCAGAGGATGGGCTCACTTTAATGGCTGGAAAAGTATGAATGCATCAAACACATGCAAATGAAAGTAAAATTATCAttacgcgcgcacgcacgcacgcacacgcacacacgcacacacaaatactaTTATCCATGAGCGCTGTAAAGGTAAAGATGACACCATGACAGCAGCTTGGGAATATATAGCAGGCCCACTTGAAGCGCTGCATGaaaaaatcatatatatatatatatatatattctttaacATACCACTAGATGGTGCAAAAAGACGGCATTGTGTATTTATCGGAGCCTACACAGCCATTTGATACAGCAGCCAATGCATGGTCATGAGGTGATCTCAAAATGTCATGCTTTACCTCCCAATTACTAGGCCACATGTGACTCACATCATTAGATGTCCACATGTCATTCTGTGCGCACACCTTGTCACATTGATGTGGGTTATACAGTAATGGAGCTGGGTATGACTAAGACGAGGAGTCATATATCTTATTTGTGGACCTGGGGGGAGGGGGCGCCCCGGCTCACTGATTGTTATTCAAGTTAATGTGTGGGATGCTGAACGGCTTTTTCACCTCCGAAAATGGAAGCTGTAAGCTGTGCTTGGACAGACCTACGAGCTGTTGCGCTGCACTGATGCGCAAGTGatggtgacagggagagagagcggtacaGAGAGATGCTGCTAGATGTTTGGGCGTGTTATATAAACGGCATCTGTCGTTACATAATCCAACTCCGGTCTTAGCAGAAACATCACTCTGCATCTAACCCCTTTTCCTTTTAAAGGTGAACATGGGTTAACTCCTTCCACGGTTAACACTTTCTCACTAAGCGACTGTTTTGATGATGCATAGGTTGTTGATTCTACTCGCCCGAAGTCTTAAGTGTCACATTCCTGATGGTAACACAGTTCCCTGAAAAAAATATTCTATTAACATAAACACTAACAACACACTGGTGTGGGTGGAAATCTCAGGTGGAAATGCCCACTTAGTGAACTGTTCTTATGTTTTTAAAGTTGTCTTGGCCTACAAAAATATGACAGGCGGG
>TU1074974
gcacacgcacacacgcacacacaaatactaTTATCCATGAGCGCTGTAAAGGTAAAGATGACACCATGACAGCAGCTTGGGAATATATAGCAGGCCCACTTGAAGCGCTGCATGaaaaaatcatatatatatatatatatatattctttaacATACCACTAGATGGTGCAAAAAGACGGCATTGTGTATTTATCGGAGCCTACACAGCCATTTGATACAGCAGCCAATGCATGGTCATGAGGTGATCTCAAAATGTCATGCTTTACCTCCCAATTACTAGGCCACATGTGACTCACATCATTAGATGTCCACATGTCATTCTGTGCGCACACCTTGTCACATTGATGTGGGTTATACAGTAATGGAGCTGGGTATGACTAAGACGAGGAGTCATATATCTTATTTGTGGACCTGGGGGGAGGGGGCGCCCCGGCTCACTGATTGTTATTCAAGTTAATGTGTGGGATGCTGAACGGCTTTTTCACCTCCGAAAATGGAAGCTGTAAGCTGTGCTTGGACAGACCTACGAGCTGTTGCGCTGCACTGATGCGCAAGTGatggtgacagggagagagagcggtacaGAGAGATGCTGCTAGATGTTTGGGCGTGTTATATAAACGGCATCTGTCGTTACATAATCCAACTCCGGTCTTAGCAGAAACATCACTCTGCATCTAACCCCTTTTCCTTTTAAAGGTGAACATGGGTTAACTCCTTCCACGGTTAACACTTTCTCACTAAGCGACTGTTTTGATGATGCATAGGTTGTTGATTCTACTCGCCCGAAGTCTTAAGTGTCACATTCCTGATGGTAACACAGTTCCCTGAAAAAAATATTCTATTAACATAAACACTAACAACACACTGGTGTGGGTGGAAATCTCAGGTGGAAATGCCCACTTAGTGAACTGTTCTTATGTTTTTAAAGTTGTCTTGGCCTACAAAAATATGACAGGCGGGCCTACCACTGGAAAACAGGGCTACATACCTAATCAGACCCATATCTGTGGTTCAGAGCCTACCTTATAGTAAGTCATGTGATCATACTGTAATATATTCATGCTTCCTAATTTATTCAGACTTGATTTCCTCTGAGTCACTGACACTAAATAGTTGAATGCAAATGTTTACCAGGCTTTCCTAATACTGTCAACATGAGGAATCCAGGCTTATTTTATTTTTCAGCACGATGTGCCTGCTATGATGATAAAACGTCCATAACATTTTGATTGGTCCAAGCAGATCCTCAATGTCATTTACAACAAGTGCAGTAAACTTGATTTGGCATGTCAGTGGCATGTCAGACGATCTGTCATGTAGATCAGATGTTCCTGACAGACATGGGATGTAAAACAATGTGACTGTCGATACTCTCATTGCGTCACGTCAAATTTACTGAGACGAGCTGAACGTGGGATAGATGTGCCGCTTTTATCACTGTCAAATAAATTCAGATGTAGAGATTCTCGAAGGAAATGTATTACAAATCCAGAAAAGTAGGTTTAATGAAGacaatagtatatagtatagtaaggATTACCTGTGTGCTGTCCCTGTATACCTTGGTGAACATTAAGATGAAGTACTTTTGTTTGTATATCTTATCTGAACATAAACGGGGCCAGGGAGAGGATGTTGGAAAGGGGTGGCAATAAGCCTACGGTTGAGATAAAAATGTAACATGAGGAATGTATTTCTCTTCCAGGTGAAGAAGCCTATATGCCATCGGTCT
>TU1074975
CAGCCAATGCATGGTCATGAGGTGATCTCAAAATGTCATGCTTTACCTCCCAATTACTAGGCCACATGTGACTCACATCATTAGATGTCCACATGTCATTCTGTGCGCACACCTTGTCACATTGATGTGGGTTATACAGTAATGGAGCTGGGTATGACTAAGACGAGGAGTCATATATCTTATTTGTGGACCTGGGGGGAGGGGGCGCCCCGGCTCACTGATTGTTATTCAAGTTAATGTGTGGGATGCTGAACGGCTTTTTCACCTCCGAAAATGGAAGCTGTAAGCTGTGCTTGGACAGACCTACGAGCTGTTGCGCTGCACTGATGCGCAAGTGatggtgacagggagagagagcggtacaGAGAGATGCTGCTAGATGTTTGGGCGTGTTATATAAACGGCATCTGTCGTTACATAATCCAACTCCGGTCTTAGCAGAAACATCACTCTGCATCTAACCCCTTTTCCTTTTAAAGGTGAACATGGGTTAACTCCTTCCACGGTTAACACTTTCTCACTAAGCGACTGTTTTGATGATGCATAGGTTGTTGATTCTACTCGCCCGAAGTCTTAAGTGTCACATTCCTGATGGTAACACAGTTCCCTGAAAAAAATATTCTATTAACATAAACACTAACAACACACTGGTGTGGGTGGAAATCTCAGGTGGAAATGCCCACTTAGTGAACTGTTCTTATGTTTTTAAAGTTGTCTTGGCCTACAAAAATATGACAGGCGGGCCTACCACTGGAAAACAGGGCTACATACCTAATCAGACCCATATCTGTGGTTCAGAGCCTACCTTATAGTAAGTCATGTGATCATACTGTAATATATTCATGCTTCCTAATTTATTCAGACTTGATTTCCTCTGAGTCACTGACACTAAATAGTTGAATGCAAATGTTTACCAGGCTTTCCTAATACTGTCAACATGAGGAATCCAGGCTTATTTTATTTTTCAGCACGATGTGCCTGCTATGATGATAAAACGTCCATAACATTTTGATTGGTCCAAGCAGATCCTCAATGTCATTTACAACAAGTGCAGTAAACTTGATTTGGCATGTCAGTGGCATGTCAGACGATCTGTCATGTAGATCAGATGTTCCTGACAGACATGGGATGTAAAACAATGTGACTGTCGATACTCTCATTGCGTCACGTCAAATTTACTGAGACGAGCTGAACGTGGGATAGATGTGCCGCTTTTATCACTGTCAAATAAATTCAGATGTAGAGATTCTCGAAGGAAATGTATTACAAATCCAGAAAAGTAGGTTTAATGAAGacaatagtatatagtatagtaaggATTACCTGTGTGCTGTCCCTGTATACCTTGGTGAACATTAAGATGAAGTACTTTTGTTTGTATATCTTATCTGAACATAAACGGGGCCAGGGAGAGGATGTTGGAAAGGGGTGGCAATAAGCCTACGGTTGAGATAAAAATGTAACATGAGGAATGTATTTCTCTTCCAGGTGAAGAAGCCTATATGCCATCGGTCT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1074973 False 2115 lncRNA 0.39 1 10835041 10837155
TU1074974 False 1735 lncRNA 0.42 1 10836193 10837927
TU1074975 True 1515 lncRNA 0.42 1 10836413 10837927

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
vapa vapa coding upstream 163049 10666207 ~ 10671992 (+)
LOC110535252 LOC106579643 coding upstream 195619 10631364 ~ 10639422 (+)
LOC110536547 LOC106579641 coding upstream 211021 10395438 ~ 10624020 (+)
LOC110535248 LOC106579638 coding upstream 467362 10305885 ~ 10367679 (+)
LOC118937312 NA coding upstream 565622 10267264 ~ 10269419 (+)
LOC110535262 LOC106579655 coding downstream 187710 11025637 ~ 11064599 (+)
LOC110535263 lrrc30 coding downstream 317753 11155680 ~ 11158395 (+)
LOC110535264 LOC106579657 coding downstream 340405 11178332 ~ 11497838 (+)
trnaa-ugc-48 NA coding downstream 497583 11335510 ~ 11335585 (+)
LOC110535269 LOC106579659 coding downstream 662045 11499972 ~ 11541498 (+)
G942541 NA non-coding upstream 320 10834449 ~ 10834721 (+)
G942141 NA non-coding upstream 101956 10730729 ~ 10733085 (+)
G942146 NA non-coding upstream 119409 10715001 ~ 10715632 (+)
G942140 NA non-coding upstream 121289 10709833 ~ 10713752 (+)
G942138 NA non-coding upstream 128143 10706585 ~ 10706898 (+)
G942547 NA non-coding downstream 16653 10854580 ~ 10854782 (+)
G942540 NA non-coding downstream 35025 10872952 ~ 10873755 (+)
G942570 NA non-coding downstream 59106 10897033 ~ 10897998 (+)
G942677 LOC106579654 non-coding downstream 239261 11077188 ~ 11077489 (+)
G942678 LOC106579654 non-coding downstream 239937 11077864 ~ 11078117 (+)
G941893 NA other upstream 589535 10245109 ~ 10245506 (+)
LOC118937463 NA other upstream 1979604 8845565 ~ 8855476 (+)
G940376 NA other upstream 2182520 8651504 ~ 8652993 (+)
G940313 NA other upstream 2294174 8532540 ~ 8540867 (+)
G940247 NA other upstream 2395266 8439480 ~ 8439775 (+)
G942702 NA other downstream 272799 11110726 ~ 11111336 (+)
G944957 NA other downstream 2549623 13387550 ~ 13394875 (+)
G946426 ramp3 other downstream 3226621 14064548 ~ 14065869 (+)
LOC110535304 NA other downstream 3317427 14154784 ~ 14202999 (+)
G946644 NA other downstream 3472648 14310575 ~ 14314318 (+)

Expression


Co-expression Network