G948545


Basic Information

Item Value
gene id G948545
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048575.1
NCBI id CM023229.2
chromosome length 86280908
location 16136747 ~ 16173715 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1081599
cctaccactacaatacagacactaccactacaaaacagactctaccactacaaaacagacactaccactacaaaacagacactaccactacaatacagacactaccacaatAATACAGACACTGCCACataatacagacactactacgacaatacagacactagcaCGACAATACTgacactagcacgacaatacagacactagcacgacaatacagacactagcacgacaatacagacactgcactacaatacagatattacagtaccactgcaatacagacactacactacaatacagacactaccactacaatacagacactaccactacaatacagacactatactagcactacaatacagacactatactagcactacaatacagacactacactcccactacaatacagacactcccactacaatacagacactcatactacaatacagacactcccaCTGCAATACACACTACACTAAAACTGCAATACagccactacactacaatacagacaatacactaccactacaatacagaaactacactacaatacagacactacactaccactacaattgacactacactaccactaaaatacagacataaccactacaatacagacactaccactacaatatagacactacactaccactacaatacagaaactacactaccactaaaatacagacacaaccactacaatacagacactaccactacaatacagacactacaactacaatacagacaatacCACTACTAAACAGACACTACAACAACAATACAGACacaaccactacaatacagacactcaactacaatgcagacactaccactacaatacagacactaccactacaatagagacactacactaccactacaatagagacactacactaccactacaaaacagacactacactaccactaaaatacagacactacactaccactacaatagacACTACAATtccactaaaatagacactaccactacaatacagacactaccactacaatacagacactaccactacaatacagacactaccactacaatacagacactacactaccactaaaatacagacacaaccactacaatacagacactaccactacaatacagacactaccactacaatacagacactacaactACAATACAGACAAAACCACTACTAAACAGACACTACaacaacaatacagacactaccactacaatagacactaccactacaatgcagacactaccactacaatgcagacactaccacaacaatacagacactacactaccactacaatacagacactacactaccactgcaatacagacactacactaccactgcaaaACAGACACTaacctacaatacagacactaccattaaaatacagacactacactacaatacaaacattaccactacaatacagacactaccacgataatacagacactaccactacaatacagacactaccactacaatacagacactaccactacaatacagacactacactaccactacaatacagacaataaACTACCAATAcctctacaatacagacactacactaccactacaatacagacactacactaccactgcaatacagacactacacttcaactgcaatacagacactaccactacaatacagacactacactaccactatcaaatttatttatagtgccttgcgaaagtattcggcccccttgaactttgcgaccttttgccacatttcaggcttcaaacataaagatataaaactgtatttttttgtgaagaatcaacaacaagtgggacacaatcatgaag
>TU1081604
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>TU1081602
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acagacactaccactacattacagacactaccactacaatacagacattaCCACTACATTACAGACACTTCCACTACAATATAGACA

Function

NR:

description
PREDICTED: SH3 domain-containing protein C23A1.17-like isoform X3

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1081599 False 1847 lncRNA 0.39 11 16136747 16173715
TU1081604 False 298 lncRNA 0.41 2 16136747 16141454
TU1081602 True 5087 lncRNA 0.39 8 16157571 16171306

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
sh3kbp1 LOC106579452 coding upstream 38248 16073315 ~ 16098499 (+)
zdhhc23b zdhhc23 coding upstream 271347 15858519 ~ 15865400 (+)
gramd1c LOC106579449 coding upstream 278982 15841848 ~ 15857765 (+)
atp6v1ab LOC106579446 coding upstream 296963 15817375 ~ 15839784 (+)
boc LOC106579445 coding upstream 336232 15747150 ~ 15800515 (+)
ccl20b LOC100135878 coding downstream 36276 16209929 ~ 16211192 (+)
tfr1b LOC106579454 coding downstream 67866 16241581 ~ 16253322 (+)
tnk2a LOC106579455 coding downstream 80294 16254009 ~ 16274994 (+)
adipoqa LOC106579495 coding downstream 115229 16288944 ~ 16290744 (+)
LOC110535372 mynn coding downstream 153678 16327393 ~ 16338373 (+)
G948542 NA non-coding upstream 47773 16088465 ~ 16088974 (+)
G948494 NA non-coding upstream 131827 16004710 ~ 16004920 (+)
G948486 NA non-coding upstream 150968 15984758 ~ 15985779 (+)
G948482 NA non-coding upstream 156020 15980520 ~ 15980727 (+)
G948554 NA non-coding downstream 577 16174292 ~ 16174572 (+)
G948583 NA non-coding downstream 92431 16266146 ~ 16278483 (+)
G948577 LOC106579456 non-coding downstream 124641 16298356 ~ 16298602 (+)
G948626 LOC106579456 non-coding downstream 125223 16298938 ~ 16299177 (+)
G948524 NA other upstream 82109 16054065 ~ 16054638 (+)
atp8a2 LOC106579514 other upstream 477285 15594416 ~ 15660363 (+)
rnf6 LOC106579512 other upstream 546971 15587284 ~ 15593900 (+)
G948587 NA other downstream 149635 16323350 ~ 16326407 (+)
LOC110535387 LOC106579475 other downstream 370100 16543682 ~ 16565783 (+)
G948710 NA other downstream 380485 16554200 ~ 16601892 (+)

Expression


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