XLOC_028660


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_028660
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 15444352 ~ 15454665 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00058146
TTGATTTCTGCACGTGTTTAACAAACTGATCAAATCTCGCGGAGTTACACCTGCTCGTAAATCAAATCACTGTAAACGCCAGGTGTCGCGCTGAAGCGTCGAACCGCGCCgttggatttttgtttttgtcatgaaTTTATTGTTCATCTATAAGTTTGTCTAACTTTTACAAACAAACTATCAAACACGAGTGTAAGTGCAGCAGACAACAAACGACAACATGTTTCATTTTGAGAGAAGAATAACGGTAGgtgattttcactgacagcatTACATTTGTTTGTCGTTTATGCATAACAATGTCTAATTCaacattttaatgcacattttaattttaaatattaatgccggtctgtttatctatctactttttatttcattatgctgttcgttcattcattccgTCGTTTTTTCCGTCGTTTGGCCATTAATGGTTATGATCACTTATTTAGGCTAATTGTTTGCTTGTCAGTCTATTCATTCATCCCTTGTGTCCTGTCTATCTATTCATTTGATCTATAATTtgctttaaattaataatatatctcGCTGtttattctgtctttatattgttttttcCCCTCTAACATTGGTCATTGTATTGTGCTGTAAATTCATGTTTCATTGTGCGTTCAATTTGTCATTCAGGCCATCAATCCCCACGTCCTTCAATTTACTTGATGCTAAATGAACATCGTTGAGTACAGTTACTTTTAAAGGTAATGTATTACTGTGAATTACGTTTTTAAAGTGTGAAAGTCTATTTATTTCTTTGGCAGAAgagtgtacattaattagcattgcTGCAAATGCAACAGGCTATGTCCCTAATCAGATGCTAAAATTGTCACTCTAAAAAccataaaaaattatacaagagCAATTCAAGCTATAtgcatgtgacatttgcagtgaatactcaaaacataaatttgcatagaaattatatgttaacattatattgaaatatctctttatattttccagaacaactgaccacagagttaagtgatcagaaaaatatcaaactGCAaatatgttttgtactttaaatgaggaaaataaacatgcattatagatgtgacagaaaaaaaatctgaaggtTTACTGTATACAGCATACtttgtaaaaattctgtgaattaaactgcacaacccaaagaAGCAATGATAATCAAAAGGTTTTCTAGTTGGCTctctaaaacaaaaatgattgggtttattttatttaatattttcacatttatgcggaaaaagtgtcgttatgggtGTGACATCtctgcattatggatgtgacagatgtgaaattgccacttgtgtgactttggtaaatcgtttgaaaacattgacagatgcaatTTTGAGTATATTTGAAGTACTGTAACATACTTTCTCATACTTAAAACCCAGAAATTGTTTCCGTActttggtgaaaactttttttcagggcaaggttgacatttgcacgaaATTGCTCTCAAGTAATCAGGCGTAACTAAGGAGCACTAAACTAGACATAgttaaataaatcttaataagtgaaatgtatatgaacaaaataaactaaaaacactaGCAATATGTGAAGGAGATGAGATTATTTAAAACATACTTAAACAAATCATTAGTATGGCAGGCACTAGTGGTAACACGATAGGTAGGTACATGCTTATACGAGTGATGACACGTCTGATGTTCTATAAACCAGATTTTTAGATATTGTAAGTGGTCATTTCTATGATGCCCTCAAGAAAGAGTTCCACCCCTTTGCagtgttatgatttttttttttctgcattttatttttaagattaagCTTAAACTTTTTTACGCAACACTTTAAATAAGATCAAGTCTAATATAAAGTACACATCCCAACAATTCCATTCTGTTCCCATACAGTGGACAGGACAGGAAGCACCTCCGCCTATGACCCTAATGGGTCAGGGGGCAGTTTACAATCAAACTATTAGTGGTGAAAAATTATCCTCGCCTGCATCCCTGGGCAACACACTGACCTATTAATGCCAATCAAGTCCCACGCAGACCAGAGAGAGATTATGATCTAAGCAGGCCAGAGATGGAGCGATGCTATCAGCTCTCTGCTTTCAATCAATACAGGCTGATTCTAATAGGCATTGATTGCATCAAAACCTTGATCCCAAATCGCAGATGTGATTATGTAATGGGGCGCCGTGACACTTTATTGAAAACAATGAGTCTGACTGTACGGACTGGAGGAAATATTAATCTTACTGTGTCATGTTACTGAACCCTGTCACTCCTTTGTGGTCATTTTTtgatttatgtttgtgtgtgtgtgtttgagcgatTAGTTGTGACGGCTGAGGGGCTGTCTAACAGTAATCGGCTACAGTAGACACTTATAGAAATGTGCTTTGCGGCTGAATTGCTTTTGTTATTCATGAATAATGTCATgtcattgaatttaattaaactgtTGGGTTCTGgacataaaaactttttattacCCTAAGGGAAAGCAATTTCTTTCAGTAACTAATAGAAGttttttgtactttaaaatgttgtttttattattattattttgttttgaggGCATTGGTTGCATCTGTTTGCATTAtatttaactaatttttaatacaAATGTGTGTAATAGTATGGGTTTTTCaggcagaaaaactaaattgttaCATGTTTCGCCGTGATAGCACAGTGTAATAAATCTTTAGTTTTGACATTTCAAATGAATCTCTCTCTGATTAAGTTAAAACGGTCTCACTGTGATTTTGAATATTTGTATAAATGATTGTATTCCAGTTATTTCTCCCATTAAAgctaatgatttattttgttatatacatGTTGAGATTCTCCTAGTTAATCAGTTTGGTTCATAccttaaagcataggtctcaaacccAATTCCTGGGTggctgcagctttgcacagttttgctccaactttaatcaaacacagctgatgcaactaatcaagcTGTTCAGACTCTTTTGAACAACTTGATTATTTGTATCagctgtttgattagggttggagcaaaactgtgcagggctgtggccatccaggaattgagtttaaaatCCATGCCTTatagggatgtaaacaaaaaaaaaaaacatacttttccAATGGCCTTTTTTTATGTTATGGCAATTAACATAACATGAACATAACTATTTTTCTCTTGAGAGACTACAAATGACCCAGAATACTTAgttgatgagttttttttcttcttctttttttttttaggttagaCTGGGGTTAGTTGGTCATGTGGAATTTGGTTACACAAGAAGGTTGATCACAGCAGGACTGTATCTTGGTAAGtagaaattagtttttatgtCACTTTCTAGGTAAGCTTTTACATGAGTTCAGTTACtcgtaaaatattttttaaaaagtatatatatatatatatatatatatatatatatatgtgatatatattatatgtgatatatatatatatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttaaatatatatatatgttaaagtcagaattattagcccccacccccccccccaccctccctgaattattagaccccctgtttatttttgcctcattttctgtttaatgaagaggatttttttcaacacagttttaaacacaattattttttaaaagtacaaaggggggctaataattctgaattcaactgtatgtataggATAAATAAATTAGCAATTGTCTTTTCCTTTAAAAGTTTAGCTTAGTcagctgcatttatttgtatACTGTGTAAATTTGAGGATTTGAAGAAATTTAATATGAGTCTATGCAGAACTTCAAAAGTGAACCTTCCTAAAAATCATTCAGCAGACTGAAATCCAAGTCCAtcacaatataattttatatgaatatttaGCTATACTGGTATTTGTTAATACTTTGGATGAACATTTATGTTTTAAGCCTTTAAGTTTATGTATGCACAACAACAatgtatataatacaaaaaaaaaaaaaaaaaaaccttatgtGTTTTGAAAGGTTCTGCATACAAATGACTGTGTTGTCAAAATCATTTTCACACTGTGAAACTGACTAAATATTTggtatatatttactttttttatatatttgtattttggaAAACGTTTTGGGAAGTTTGTGTTTTTAGGCCCCAAAAGGccactgttttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtaatttcAGCACTTTCTCCTAATCTTATTTGGAATATATagttattaatgtaatattttgttaTGGCTACAGAAAACTTTTAACAATAGTCTATGTCTAGTGTAATACCAGTCTATGACCACCTTATAAATAGATAAGAATATAGTAGAATAAAGAAAAATTTAGACAAGGCCATTTGACACTTTATAATTTCTCATTAACAGTGATGGATTGATCCATAAAGAAATACAGCAATTCCCCTTTTCTCTTTTCATATAATGAACaggcatttgtttttgtgaaatttCTGTTCCAGTCTGAGAGAGTAAGAGATAGATGGAGAAAATAATAGTGTTCTGGCATAATGACAAAGTTTGAGTAAATGAAAACGGCCAAATATAAAATCTGAGATCTATATATCAGCTCAAGAAAGAGTGAGTGagattgatttttttaatatatatattttgcaaaaacTTTCAGTCAGCATAACAAATTAAATCTACAATAAGATGCGCATTCAATCAGTCTCAACAGCATAGAATAGCACAAATGAATTCACACTCCAGCACTGAACAAAAGATATCATTACAGATGTACTATTGTTCATATGTTTCTCTATATCTCATTGCTTTGTGCTGCTGTATTTAAATTGAAAGATGATTGCAGACTTTCTCAAAAGCTTTAAACAAAACTGTAATGCCCTGACCATGTGATAAATGGCTTCTCCAACTCTGCAAAATACACATTTATCAT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TGATCATCCCTCGGCAGACTCGACCTGTCTGAAGAATCTATCTTCAGGTGTCAGCGGAGAAAAATTTATGAACTTTAAATCTACTTCACTGCTCACACACTGATCATTCGAGCGCCGCTAGATTGTACCGCTCTGTCataaactgaaataatatatCTTAACTAGATTCTTATCTGGAGTAACTGACACAAAATCACTGCAGACACTGAATTCACGACAGAGGACTGTATCATACTGATATGACATGTGAAAGGAATGTATGTTATTACAGAATGTGTACACGTAATGATGAATAATATAAGTAGTGAAATAGG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00058146 True 10314 lncRNA 0.31 1 15444352 15454665

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_028659 plxna4 coding downstream 23900 15217929 ~ 15420452 (-)
XLOC_028658 NA coding downstream 237949 15201109 ~ 15206403 (-)
XLOC_028657 AL590150.2 coding downstream 304128 15135239 ~ 15140224 (-)
XLOC_028656 nrf1 coding downstream 340656 15081385 ~ 15103696 (-)
XLOC_028655 BX571796.1 coding downstream 437652 15006216 ~ 15006700 (-)
XLOC_028661 NA coding upstream 14622 15469287 ~ 15472194 (-)
XLOC_028662 chchd3a coding upstream 35550 15490215 ~ 15603588 (-)
XLOC_028663 NA coding upstream 302770 15757435 ~ 15760591 (-)
XLOC_028664 NA coding upstream 458500 15913165 ~ 15974147 (-)
XLOC_028665 mest coding upstream 541569 15996234 ~ 16001215 (-)
XLOC_028653 NA non-coding downstream 463976 14975332 ~ 14980376 (-)
XLOC_028648 NA non-coding downstream 551111 14764350 ~ 14893241 (-)
XLOC_028666 NA non-coding upstream 549235 16003900 ~ 16025255 (-)
XLOC_028667 NA non-coding upstream 579632 16034297 ~ 16037857 (-)

Expression


Co-expression Network