XLOC_002867


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_002867
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 32584685 ~ 32591462 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00006081
ACAGCTCAACAAAATGAACCACGACACCTCGGTTTCTGCGTTTGCATTTATTCAGTTCAATAAATATGAGCAAGCAAGAGAGAAATCACAATTCACATCATCACAGTTCAGTCTGAGGCTCTTTCACATAACATTGTATTTTTCTCTCATTTTTCTGCACGCATGGACTATAGATAGCACCTAtgatatgcgcacacacactgtACATGTACAACCCCGCTAGCTTTTCCTCCTCTGTCTCCCCGAAACACCTTCCCCTAATTCCCACCTTAAATGAACACCTTTATGGAGTCCCCAAAGGCTGCAAAACACAAGAAAAGGCCCTCACCTTGTGTGTGGCGTAGTCCTTTTCAGAGCACAGAGAAGAATGTGATCTAGACCAATTCATTTATTACCAATTCAATAGCTTTGTGTCAATTTCAACAAGTTCCCTGCAATGACAGTCTATAACTCTGGACTTAAAGCCTGTATTTAATACACTGACTGTATTCACAATGACTTAAAATACAGTATACaacagtcaacatttgaagtggtcaAAATAGTTTAGgaaaactttgatgaaaggttttgatctaATGCAGTgttttcccaaccctgttcctgaaggcacaccaacagtacatatttagGACGTCTTCcctatctgacccattcatttcaggtcttggagtctcttctaatgttctgacgAGTtgattcaagtgtgtttgattaggaagaggttgaaaatgtgtactgttgatTTGCCTttgggaacagggttgggaaacactggactAATGGACATTcctaaataaagtttttaaaaggcCAAGTTaaatctttctttctgtctttctgtctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttttattctatttctatttatttgtccacaagatggcaacaaagCCCCAGGGACAACCTATAATGCAAATTACCAATAAAAAGTTGTACACCAGTAGACGCGGATAACAGTGGACACAAAAATGTGTGCAAGCTACTGTGACCGTAGatgcctacactgaaaaaaataatattacaaaaagtcATGACTAAGTTTTTTATATGTTACTTTaaatttttgttaatgttatcAGGCCTCAACTACATTTGTTATGTGATGCAAAgtttaacctaatatttttaaTCAGTTTGAAGCTGAGATGACTAGAAAGGTTAATTTAAGGTTTAATTTGTTTGGTTTAaggttaacaaataaataaataaataaggcagcaatattttttacagtgtaaatggaTGAGAGATGGTTCCAAACAATTATAAATCAGCTACATTTGGACTACTCTAGCATATAATCCACTTAACAGACCTGTAGCCAGGGGAGATTCGGGTAGTTccaaagacccacccctcactgacgggtccagaatttgtcccatagaTAAGTTCTtggtcctattttgactgctacgccataataaagtataaatataaCGCATCGAAATAGggtttaagaccaagcagaatccagTGTTTCCTGTCGCTACAGAATTTGGGATTCCGAATTTGGCATTTCCATTTCTGAAGTCACGTCGTGCCAAATTCAGTGTCCCAAATTCTAACTGAGGAAAGTTAAacgtgctggccagtttgttttttgcctATATGACAATAGGccacagtttttaaattaaacaattaaattctTAATTTGAagtatttctattttttctaatgatttcatttatttttttcggctaaatccctttatttatcagggatcgccacagtggaatgaaccgctaactatccaagatatgttttacacagcggatgcccttccagccgcaacacagtactaggaaacatccatacactctcacatacactacggccaatttagtttattcaattcccctatggcacatgtatttggactgtgggggaaacccacacgaacacgtggaaaacatgcaaactccacacagtaatgccaactggcacagccaggactcgaaccagcgaccttcttgctgtgaggcaacagtattaacctctgagccaccgtgtcgccactCTTAAAAATGTATGCTTAATTTTTCTTACATGTATACATTCCGCAACAGCCTTTTATCATCTATTCCATTTCATACTGTGCATGAACACAATTATATGATGCATGTACACTAGAAAGATTCATTGAATCCAATGTTTAAAAAACATGCGATGACTTTATATGCATCCAGTCAAACGGCATAATTAAAAGGCATTTTGCATTTgaacattttgtattttccttTCACAAATGAAAACATCGGAATGTAGAAATATTCTAATTGCAGCCAAATCCAATAAACACATGCAACCTAATATTAAGTGCAGTGTTTTCAATGCTAGTGCAGTCAATCATCACTGGCCTGTCTCCCCTTCCTCACTTGCATCGCTATACCgtccaatcattcattcattctccttcggcttagtctctgttaCAGGgggcgccacagcagaatgaaccgccaactatttcaggatatgttttatacagcggatgcccttccagctgcaacccatcactgggaaacccccatacactactgacaatttagcttattcaattcacctatatcacatgtctttggactgtgagggaatccagagcacctggaggaaacccacgccaacacagggagaacatgcaaactccacacagaaaagccaactgtcCCTACTGTCCAATcatgataaaataaatgattaaaatcttTCAGGATGCATTATGTATACAGGCTTTAAGTGAATTTCTTCAACCTGGCTGTAGATCACAGACTTGCTGTGCACTGATTGCGCaaacatgacaatgagatcaCACACTTGACATACTGAAAAATGAAGACGACCTCAACGGATGAGAccagagacagagagaggatTTGCAGAGGGGGGAGGTACATGACATAAAGTAAAGCAAAGCATGATCTTACACAATGCACTCTCATAATGCCAGCAGATGAAGACagtataataaaatgaaagcaaTTCGGTCGCATGAACCATCTTCAGATCTCCCGTCATAAACTAAAGACATGAATTTGTGACAGCGTCATGTCACATGCAAGGAAAAATGATGGTCATGATTATGTGCCGTAACATGATCAGATTAAACCTACCAACATAAAATCACCTCTGTAAACGTATCGCCAAGATTTTAAGATTGTtctaaaatattgaaaataatgtcatcatttactcatccttatgCAGACAGAAAGCTTCCTATTGGGgtataaagatatttaaaatgcCTTTGAGATGACCCGATGGCATTTAGATGAATATGTTAATGTGTGCTGCACTCTTAGCTCTTCATAACAAAATATACAcacaactaaaatgaaaacagCAGTTAAGAAAGCACCTGTGAATGTTTGAACAAGCTCTGCAGTCAAGTCATGTGCCTTTAATTTAACTCATATAGCACTTTATACTGTAATTTGTAATCTTTAAAACACACAGCATTAAACTacttaacaattaaaaaaaactgttgcttTCAATTAAATGTATACTTTAATTACTTTCTGTATTTACTTCTGTATTTATTTCTGACATTCACAGACTAAAGAGagaaacaactaaataaatgtcagtgtcaAAGTAGGCGGAGTCACAGAGACACACCTACCCATTACATCATCGCCACAGCCAATATCTGGGTTTATTGGCTTTTAACATTGTAACAGTCACTACACACCATCAGGCCTTCAAAATAAGTAtatgatgacatttttttttctctttaaagcgatagtttaccccaaaaaaatctaattttctcATTATCGACTCAccctacttgttccaaacctgatttgagtttcttctgttgaacacaaaataagatatttagaaaaatgctggaaacctgtaaccattgaccttcatagtatttgttttatggaagtcaatggttgcagggtttcagctttctacaaaatatcttctgtaacgtttgaaaccacttgagagtgaataaacagttataaataaaatgtatgggTAAACTATGACTTTAAGTTAGGTTTAAAGATATTCaaccccaaaaaagaaaattacctcatcattttcTCTCCATTGTGTGGTTTTAgacctttattagtttctttcttttgttgaacacaaaagaagatattttaaagaatgtttattgCTGGCACCAATTGTTGAAAAAATACAAAGGAAGTCAGTGGTTGCcaacaaccagcattcttcaaaatatcttcttttgtgttcatctgaATAAAGAAATgataaaagtttgaaaccacttgactgaataaacagtgataaatgtatttttttgggtAATCCATCTCTTTAAATaaggtttaaagggatagttatcCCTAAAAGGAAAAttaactcatcatttactctccttcgtgtggttttaaacctttaagggtttctgttgaacaaaaatctaaatattttaacgAATGCTGATTACTGGCACCTATAGTAGAAACAAAGACTATGAAAGTAAGTGGATACcaacaaccagcattcttcaaaatatcttctttcgtgttcaacagaagaaactcaaataggttttgaataaACGATGGGTTACtagaaaaaatattgtagaagtacattttcattttttgggtgaactattcctttacatTTGCAACTCACAACCTCACTGAGGTTGACTGAGGGATTGTGATGAGAGCTGAACGCTACTTTTGCATGGTTTTGTAAAGCAAACAACCGTAAACAAAGATGACAATGATCATGCAGTCGAGAGTAAACAAACAGCATTCCGAACAGACTGCATTCGACTTACCAATACATCAAGGAGAACACATGATAATAAACAGAACAATTAGTGGAGAATACAGGTCATGTCAGTCATTGAACAACAGGGGGGATGCAGGAGCAAACAAAGCTGGAGacacattaataattaataagcaGAATCTGCATTCACATAAAGAGGGGC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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00006081 True 6179 lncRNA 0.36 2 32584685 32591462

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_002865 dgat2 coding downstream 59914 32501961 ~ 32524771 (-)
XLOC_002864 uvrag coding downstream 90186 32264857 ~ 32494499 (-)
XLOC_002863 NA coding downstream 333839 32216413 ~ 32250846 (-)
XLOC_002862 NA coding downstream 500061 32077811 ~ 32084624 (-)
XLOC_002861 vps26bl coding downstream 778762 31800212 ~ 31805923 (-)
XLOC_002868 umodl1 coding upstream 22244 32613706 ~ 32639941 (-)
XLOC_002869 atg101 coding upstream 66034 32657496 ~ 32663759 (-)
XLOC_002870 NA coding upstream 85348 32676810 ~ 32678245 (-)
XLOC_002871 NA coding upstream 188418 32779880 ~ 32780290 (-)
XLOC_002872 trim37 coding upstream 218158 32809620 ~ 32851847 (-)
XLOC_002858 NA non-coding downstream 1289679 31262852 ~ 31295006 (-)
XLOC_002854 CT737197.1 non-coding downstream 2053428 30531143 ~ 30531257 (-)
XLOC_002845 CU861448.1 non-coding downstream 2876503 29708068 ~ 29708182 (-)
XLOC_002875 NA non-coding upstream 303535 32894997 ~ 32896944 (-)
XLOC_002877 NA non-coding upstream 567127 33158589 ~ 33164573 (-)
XLOC_002883 dre-mir-454a non-coding upstream 785356 33376818 ~ 33376941 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000347_00464673_00477209 NA coding CI01000347 null 464144 ~ 477335 (-)