G975605


Basic Information

Item Value
gene id G975605
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048575.1
NCBI id CM023229.2
chromosome length 86280908
location 38685682 ~ 38726531 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1111067
caccctaaaagtgttttgaaacacataacctgtcattatgaaaatcactgtattcaaacctgtgtagatcagtcaattcttaacttaaagactttaaactcaggattctgtaagagaataccccaagcaagatatgtgtttacgtatagcttcctgtgccaaccggaagtgcctttaattgggtcacactgtctgttttgaagggttaaaaaagtcacatctttccaaaacttcatatgtgtgactaggtaaccctcctaaactgtaaatcagtcatttctcccagcagatgtcaaagaaaagctctcacacacacagcaaggatggagtgaaaaagtgcggtgctgaaaaagtaggcccaaaatgaagcctagccctaaatgtcatttgttttgggtgacagtgagagaactgctagggtgagaagcacaattcaacctcaggtacgttcctgaggtcctcccgatccgtgcaagcctaaccttgaccgtgtggcattaacccttagcagttaaaagaaggtgtttacttcaaacagtttgcattgacttctctccccataggaatacattgcctgcacctctaaattcaacctgaagcctatgtgggttatgaatgccttatgaacctgtcttctatgacagtccatcagaccactatgaggtctacctgtgtcgaatctaagcttcctggagcaaccggaagtggttaaattcacccaaaaggtattttgatgtacataacctgcaaatgtgaaaatgactgcattcaaccctgtgtagatcagtcaatttttaacataaagactttaaactcaggattctgtaagagaataccccaagcaagatatgagtttcctgtgccaaccggaagtgcctttaattgggtcacactgtctatTTTGAAGGGTTaaagcaatagaaataaccacttttccataaacaaggtctaaaatcatgtttggttgcactccggatacaatgttttaagcataactgttcaaactagatgattagggacattattatggacaattttcagcaaattgcagcaattgaactacagaaataaccacttttcctaaaacaaggtctaaatcatgtttggttgcactccGGAtacgttttaaacataactgttcaaactagatgattagggacattattatggacaattttcagcaaattgcagcaattgaactacagaaataaccacttctccataaacaaggtctaaatcatgtttggttgcactccggatacaatgttttaaacataactgttcaaactagatgattagggacattattatggacagttttcagcaaattgcagcaattgaacaacaaaaataaccaattttccataaacaaggtctaaaatcatgtttggttgcactccggatacaatgttttaaacataactgttcaaactagatgattagggacattattatggacaattttcagcaaattgcagcaattgaactacagaaataaccaattttccataaacaaggtctaaaatcatgtttggttgcactccggatacaatgttttaagcataactgttcaaactagatgattagggacattattatggacaattttcagcaaattgcagcaattgaactacagaaataaccacttttccataaacaaggtctaaatcatgtttggttgcactccggatacaatgttttaaacataactgttcaaactagatgattagggacattattatggacaattttcagcaaattgcagcaattgaactacagaaataaccacttttccataaacaaggtctaaatcatgtttggttgcactccggatacaatgttttaaacataactgttcaaactagatgattagggacattattatggacaattttcagcaaattgcagcaattgaactacagaaataaccacttttccataaacaaggtctaaaatcatgtttggttgcactccggatacaatgttttaaacataactgttcaaactagatgattagggatattattatggacagttttcagcaaattgcagcaattgaacaacataaataaccaattttccataaacaaggtctaaaatcatgtttggttgcactccggatacaatgttttaaacataactgttcaaactagatgattagggacattattatggacagttttcagcaaattgcagcaattgaactacataaataaccacttttccataaacaaggtcaaaaaatcatgtttggttgcactccggatacaatgttttaaacataactgttcaaactagatgattagggacattattatggacagttttcagcaaattgcagcaattgaacaacaaaaataaccaattttccataaacaaggtctaaaatcatgtttggttgcactccggatacaatgttttaaacataactgttcaaactagatgattagggacattattatggacaattttcagcaaattgcagcaattgaactacagaaataaccacttttccataaacaaggtctaaaatcatgtttggttgcactccggatacaatgttttaagcataactgttcaaactagatgattagggacattattatggacaattttcagcaaattgcagcaattgaactacagaaataaccacttttccataaacaaggtctaaatcatgtttggttgcactccggatacaatgttttaaacataac
>TU1111070
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>TU1111099
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>TU1111105
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>TU1111094
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>TU1111103
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>TU1111077
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1111067 False 2717 lncRNA 0.36 3 38685682 38694642
TU1111070 False 1438 lncRNA 0.38 2 38685682 38687528
TU1111099 False 2248 lncRNA 0.36 4 38685682 38696041
TU1111105 False 238 lncRNA 0.32 2 38702931 38709798
TU1111094 False 358 lncRNA 0.33 2 38719384 38720174
TU1111103 False 1617 lncRNA 0.34 2 38720453 38726531
TU1111077 True 639 lncRNA 0.33 2 38722215 38724148

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110535673 enkur coding upstream 53979 38626261 ~ 38631703 (+)
LOC110535674 LOC106578734 coding upstream 188571 38351571 ~ 38497111 (+)
LOC110535669 impa1 coding upstream 468424 38199126 ~ 38217258 (+)
LOC110535015 LOC106578726 coding upstream 639969 37866715 ~ 38045713 (+)
LOC110535665 LOC106578656 coding upstream 835256 37847147 ~ 37850426 (+)
LOC118937440 NA coding downstream 106631 38833162 ~ 38834976 (+)
LOC118937441 NA coding downstream 111636 38838167 ~ 38840060 (+)
LOC110535679 LOC106580199 coding downstream 224761 38951292 ~ 38954353 (+)
LOC110535680 LOC106580198 coding downstream 263323 38989854 ~ 39004586 (+)
LOC110535681 mapkapk5 coding downstream 473205 39199736 ~ 39237016 (+)
G975600 NA non-coding upstream 38933 38646319 ~ 38646749 (+)
G975412 NA non-coding upstream 105172 38575726 ~ 38580510 (+)
G975372 NA non-coding upstream 137908 38502760 ~ 38547774 (+)
G975330 NA non-coding upstream 260048 38425402 ~ 38425634 (+)
G975319 NA non-coding upstream 277493 38407679 ~ 38408189 (+)
G975631 NA non-coding downstream 15201 38741732 ~ 38742160 (+)
G975632 NA non-coding downstream 16260 38742791 ~ 38758067 (+)
G975701 NA non-coding downstream 108701 38835232 ~ 38913447 (+)
G975723 NA non-coding downstream 149326 38875857 ~ 38877069 (+)
G975740 NA non-coding downstream 176665 38903196 ~ 38906766 (+)
G974184 NA other upstream 622582 38057798 ~ 38063100 (+)
lztfl1 LOC106590188 other upstream 850347 37813177 ~ 37835340 (+)
G973918 NA other upstream 1006314 37651138 ~ 37679368 (+)
LOC110535658 NA other upstream 1142480 37542062 ~ 37543202 (+)
G976017 NA other downstream 331145 39057676 ~ 39058011 (+)
G978255 NA other downstream 2041305 40767836 ~ 40768229 (+)
G978396 NA other downstream 2276545 41003076 ~ 41016088 (+)
G979689 NA other downstream 3351961 42078492 ~ 42078855 (+)
G979965 NA other downstream 3801989 42528520 ~ 42533308 (+)

Expression


Co-expression Network