XLOC_028892


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_028892
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 31957130 ~ 31960108 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00058246
CGAATGTAAAGGTTAATGAGATCATTAATCGCATTGTACGGTACTTGCTATTTAAAAGCAAACGGTTAATTTATAACGGTCAACTCGTTACGTTAGCCACTTCAGAGTCCGTTTTCTGAGGCTAACGTTATATTATCTTCTACAACCACACAAATCTATTAACTTAAACCATTTTGCAGACATAATGGTGTTAGTTTGATTTATTGTTGAACTGCTCTTCATCCAAACCTTCGAGGTGGCCATATGAGCTGGTATATTGTAGAATGGCAACtACTGAACTCCATCCAGCCCCAGTTAAGCAGAGCTGAATCAGCTGATCAAGATCTCCAGTGTTACAACAATCTGCCAGATAAACAAAGATCCATCCAGGCACAGGTTGCTGCATTTTTTTGATGTACATACAGATGAACTACCTGGCGAAGCAATCCTTGGAGCTTCTGTGCACAAAACATGAAGACAGTTCCATCAGAATGACATCTTTGGTGCCTACAGCCTAAAATGGAAAAACTAGCAAGAAATCTGAGTTGAGAAGCATTCAACTAAGTTGCTAGTTTAAAGGTGGTGATCACTGTGATTCATCGGTTAGAATGCATGAGTCTGGTTTAGTGAACTTTGGTTGCTTTATTCCACATTGGTGAATAAAAATGTGATTTGTTTATAACACACACAAATCCACCAAACAACGATAGTTAGCAACACACAACTTCACTGCCAGATGCTTCACTCAGACTGTTTTGTTCTCTCATGTGCACATCTTTAAACGGCATATGTGATTAGCAATCCGTTAGTGACCTCTACTGGACAGATTTGTGTAATGCTTTGTAACACTGAGCTTTCTAACATCTTTATATTTGTAACAtcttctatatatatttttttattattgcctaATAATAATTGTCATAAATTAAACCAAAGCCAAAAGTTTTCTAACTACTTGGAACAGTTGACTGAGGAAGCGATTTTTTTGTGGGTTTTAAGGTAAGACCCACAAAATTATAAACATTGTAAACGGACAATGCAGATAAATTTCCAATATTagatttaataaacatttcatgACATCAAGTGGTGACTTGTTTTCCACAATTGTTCTTATGTTTTTAGAAGGTTTCTCCAActcttttatacattaacatctatattattacatttaaaatatttgccaATCAATTTTGTTGCTTAAAATGTCTTATTCATATGTATTTTTTCTGCAAATGcaaattatttgaataattgaCCAATCATGGGATCTATTATTAGTGTGATTCACTAGATTTGCaacatttgttgtttaaaatgttttatttataaatgtattgttctgcaaatgcatatttttaaatgtaatttactaGTGATGGATCATACTTATATGAATATTTATCACTTGaaacatgcatgcatttattttgtttaaaatatttatctgcAAAtgctgattattttaat
>TCONS_00058247
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>TCONS_00058248
GACAGGCAGCTGGAGCTCCGCACGGAAGACCTGTCACTCACACGGCAACTCCAGCTTTATGACATCGTCGGCCAGCTGCGCTAATTAAGtACTGAACTCCATCCAGCCCCAGTTAAGCAGAGCTGAATCAGCTGATCAAGATCTCCAGTGTTACAACAATCTGCCAGATAAACAAAGATCCATCCAGGCACAGGTTGCTGCATTTTTTTGATGTACATACAGATGAACTACCTGGCGAAGCAATCCTTGGAGCTTCTGTGCACAAAACATGAAGACAGTTCCATCAGAATGACATCTTTGGTGCCTACAGCCTAAAATGGAAAAACTAGCAAGAAATCTGAGTTGAGAAGCATTCAACTAAGTTGCTAGTTTAAAGGTGGTGATCACTGTGATTCATCGGTTAGAATGCATGAGTCTGGTTTAGTGAACTTTGGTTGCTTTATTCCACATTGGTGAATAAAAATGTGATTTGTTTATAACACACACAAATCCACCAAACAACGATAGTTAGCAACACACAACTTCACTGCCAGATGCTTCACTCAGACTGTTTTGTTCTCTCATGTGCACATCTTTAAACGGCATATGTGATTAGCAATCCGTTAGTGACCTCTACTGGACAGATTTGTGTAATGCTTTGTAACACTGAGCTTTCTAACATCTTTATATTTGTAACAtcttctatatatatttttttattattgcctaATAATAATTGTCATAAATTAAACCAAAGCCAAAAGTTTTCTAACTACTTGGAACAGTTGACTGAGGAAGCGATTTTTTTGTGGGTTTTAAGGTAAGACCCACAAAATTATAAACATTGTAAACGGACAATGCAGATAAATTTCCAATATTagatttaataaacatttcatgACATCAAGTGGTGACTTGTTTTCCACAATTGTTCTTATGTTTTTAGAAGGTTTCTCCAActcttttatacattaacatctatattattacatttaaaatatttgccaATCAATTTTGTTGCTTAAAATGTCTTATTCATATGTATTTTTTCTGCAAATGcaaattatttgaataattgaCCAATCATGGGATCTATTATTAGTGTGATTCACTAGATTTGCaacatttgttgtttaaaatgttttatttataaatgtattgttctgcaaatgcatatttttaaatgtaatttactaGTGATGGATCATACTTATATGAATATTTATCACTTGaaacatgcatgcatttattttgtttaaaatatttatctgcAAAtgctgattattttaat

Function

GO:

id name namespace
GO:0007268 chemical synaptic transmission biological_process
GO:0098916 anterograde trans-synaptic signaling biological_process
GO:1903361 protein localization to basolateral plasma membrane biological_process
GO:0097025 MPP7-DLG1-LIN7 complex cellular_component
GO:0098793 presynapse cellular_component
GO:0097016 L27 domain binding molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00058246 False 1452 lncRNA 0.33 4 31957130 31959928
TCONS_00058247 False 2965 lncRNA 0.32 1 31957130 31960094
TCONS_00058248 True 1270 lncRNA 0.34 4 31957130 31960108

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_028888 si:dkey-265e15.5 coding downstream 162024 31535449 ~ 31795106 (-)
XLOC_028890 NA coding downstream 329030 31626266 ~ 31628100 (-)
XLOC_028889 NA coding downstream 399633 31555894 ~ 31557497 (-)
XLOC_028887 si:dkey-43f9.4 coding downstream 645175 31247968 ~ 31311955 (-)
XLOC_028886 NA coding downstream 710463 31245741 ~ 31246667 (-)
XLOC_028893 BX649328.2 coding upstream 81986 32042094 ~ 32042540 (-)
XLOC_028894 BX649328.3 coding upstream 136703 32096811 ~ 32097405 (-)
XLOC_028895 si:dkey-72l17.6 coding upstream 214029 32174137 ~ 32180155 (-)
XLOC_028896 CR450785.11 coding upstream 231270 32191378 ~ 32192868 (-)
XLOC_028897 CR450785.15 coding upstream 296164 32256272 ~ 32256435 (-)
XLOC_028885 NA non-coding downstream 711531 31241123 ~ 31245599 (-)
XLOC_028884 BX571711.5 non-coding downstream 729503 31227559 ~ 31227627 (-)
XLOC_028898 CR450785.7 non-coding upstream 297474 32257582 ~ 32257730 (-)
XLOC_028901 BX324003.1 non-coding upstream 756746 32716854 ~ 32718201 (-)
XLOC_028902 NA non-coding upstream 798088 32758196 ~ 32897133 (-)

Expression


Co-expression Network