XLOC_028962


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_028962
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 37779856 ~ 37783475 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00058270
TTTAACCCTATTTGGGTTGAAAATCGGTCTTGATCTATAACCCAGCAGTGCTGGGTTGGGAACAACGACGTGAAAAAGCACGCACGTGACGTCAACGTCCAGACAGGCAGGACATCAGCGTGACCAACCGCCATTTTCTCTGTGCCGTCTTTAGAGGGAAGCAAGCAAAATTCTGTCTGAAGAGTAAGTTATTCGGTGTGTATTTAACAATGGTCATACGAGATAACACGTTAAGTTTActgtataatacatatatatatgcttttttttatCTAACGACTAAAAAGAGACGGCCGTGCTTCGCCCTTGTCGTCTTGACGAGAAAGCGCGCGCCAACATCGTCGTCTGAAGGAGCTTGGAAAAGATAaggtaaacattttaatattacttttgtATATGTTAAAGCTATTGTGTTGGATATGGTTTTGATACAGTGTTCACTTAAGTTATGGGTTAAAATCGGTCTTGATCTGTAACCCAGCAGTGCTGGGTTGGAAACGCATACGTGAAAGAGCGCGCACGTGACGTCACCGTCCAGGCAAGCAGGGACATCAGCGTGAGCAACCGCCATTTTGTCTGCCGTCTTTAGAGGGAAGCAAGCGAAATTCTGTCTGAAAGGTAAGTTATTCGGTGTGTATTTACCAATGTTCATACGAGATAACACATTTAGTTTCCTGTATAATACATATATACGCTTTTTTTTACCTAACGACTAAAAAGAGACGGCCGTGCTTCGCCTCACAGACGACCTTGTCGTCTTGACGAGAAAGGGCGCGCCAACATCGTCGTCAGAAGGAGCTTGGAAAAGATAaggtgaacattttaatattacttttgtATATGTTAAAGCTATTGTGTTTGTACAGGTTCACTTAAATAATTTTGTCAGCATATCCACGTACATTCCCGCTCTGCTTGTAAGGTAACGTTACATTTCGCTGAACTtaagggctgtcaaaattaagttaactttaattgTTTCGTGGATGCAACGTGACCGCCAGTACGTTATTTAAAACACTTCATCTAACCTTACTTAAAACGCAGAGACTGCAcaatttgctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgaaccccTACTGTGtcgagatatatccagctgcaagCCCggagaaccacacacgttttaggcacacacaatctaggacacacaatttatggtttcccatttcattatggtttcccatttcagtcattattattattattacatcacgatcattttaacatctctgcagtttctgaactcgaattatgtaaataaaaataattggttaaagacacttatgactttattcatgtgttcaTATACAAAGAAAACATAGACCGTCTATttgttggattaagtgtaataaactaattcaataTCTTACTATAATCATACTTGATTAAAATcactttattgtaaaatataaaaagcaaacaataatatgtcactttaaaataaattagcctactatagttaataatttaaacaatatatatatagttataaactgattatcataactgattatctgattataattataagttaatatataaactatcttttactaaactgtcacagctgttttatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatttatatatacacacacacttattttttattattaatagttaatttgttcctattactacattttggttttaaaaacaattttttgcttactataaattactacagtattaaatgtgggaaatcattaattaaaagattATTAGAAAGTTAAGCAAACAAACACTATTGaatcgcttgagtaaaatattaatatagtgttatacatttggtACATgtaaagatttttattacatataatgtattattgcctatattaacttgctattatttcctttatcataaattaatccattatataaattaaacctgtccaaattagatcgttcagcaaggccagcaaacgagtatctgctatattattgtcagataataatgactgatcagatataatgaatgattaaaaactgttcagtctattatattgaatggcgatcggaaacaatgcTCCCCTTCGGCCGTCTCGattgcaatatttgtgaaataaagtaaacgctattgtttattgtgtacaatatttattcatcatatatatcaaaatatatcgatgacgatgttcaaaaagacgttaatcacattaacatccgtcgtaaccatatatggtttgcctagattgtgtgtgcctaaaacgtgtggttctgcgggcctgcagctggatactATTGACTGTGTCTGTGCGTTTGCTAACGTTAGTCAGTCTTTCTGTGACTGATACAGCAGAACCCCCTCTTTCACTGCTGGAGAAAAGCTGAACGTTAAATTTAAtttctgcttctctctctctcactttcccCTTTGACCTGCTGTCGTGAGGTTTGTTATCCGGCTGTTACAGCCATTACGTGTGGATTTAAGGCATTTAAATTAGTTGcgttttgaatgtttctttcatgatcccgttttacatgttatatcaaataattcgattaatgtcattgcgtcatcgcgctatccacatttcctccacaGTTTCATGTTAATTTTGGGTGTTTCGTTTTTAGtttttcaactttaactgcagtttgtcactttcacctTTATTCTGGAACATTTCATCCTTATCACTCGTGacatgagatattggatgcaactatgaactgctttaagtgctgttttaatggaagttTATACCGCATGATCAATGGAAGAAAAAAACCCTCCTTTCAAcatttcacaatgcaggtgtctgtggtctgcactgacttgGTAACTTAATTTACTACTAACATGTTATTTCTTAAATCATGTAAATGGTTTGATGCAGGCGGGAATCCCTGAGCTCAGTTCAGGCTAAAAAAAGAGTTGAAACTAAGCATGTTCGACAGCTGTTTCTTAAACACCACACCAAGAACAGTTAGAATCATTTAGGAGCTTTTCctttttaataaaatgcattttgaaTGACACATTATCTTTTTCTATGTAGGTAATGGCAGCAAGTACTGTGATTAGTGATCTTTCTGAGGTGTAAACTGTAAAACAGTAGTATTTTTACTGTTGTGCTCcttaaatttattcaattaatttttttaggtcATTTTTGTAATAATGCATAAGTGTTAAATTcagcttctcttttttttctttttcttttttggtcaGAACATACTTAAAGTATTTCCTTCTATGCTTCTACAGCTGTTCATTGAATAGCAAATGTTATTCATTTACTAAGAGCATATTACATTCTACAGACATCATTTGACTTATCTTTAATTAATCCTGTACGTATGGTTAGTTTAATGCAGATGGGAATGTCTGAGCTCAGACTAAATCCAACCTAATCATCTTCGATCCCCAAAAAGAAAAGTTTGACTTCCATCTTTTGTGACACCCTGGATAATTATGATCACTTAGGAGTATTTTTGTGATAAAGTGACTTGTGGCTGAGATtatcttttttactttattaatattttgctaAAATGCTTTTATCTGTTGTTTATTTCAGATGGATGAATacgtaaaaaacaaat

Function

GO:

id name namespace
GO:0006259 DNA metabolic process biological_process
GO:0031262 Ndc80 complex cellular_component
GO:0098687 chromosomal region cellular_component
GO:0003873 6-phosphofructo-2-kinase activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03050 Proteasome
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00058270 True 3620 lncRNA 0.34 1 37779856 37783475

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_028961 si:dkey-207l24.2 coding downstream 13682 37760928 ~ 37766174 (-)
XLOC_028960 BX510935.1 coding downstream 48279 37731429 ~ 37731577 (-)
XLOC_028959 BX510935.2 coding downstream 49574 37730119 ~ 37730282 (-)
XLOC_028958 znf1139 coding downstream 71195 37701476 ~ 37708661 (-)
XLOC_028957 si:dkey-3p4.1 coding downstream 83322 37676163 ~ 37696534 (-)
XLOC_028963 CR759843.4 coding upstream 237999 38021474 ~ 38021637 (-)
XLOC_028964 CR759843.3 coding upstream 239553 38023028 ~ 38023176 (-)
XLOC_028965 si:dkeyp-82b4.4 coding upstream 249138 38032613 ~ 38033800 (-)
XLOC_028966 CR759843.1 coding upstream 252467 38035942 ~ 38036905 (-)
XLOC_028967 NA coding upstream 363521 38146996 ~ 38147927 (-)
XLOC_028956 NA non-coding downstream 172357 37606409 ~ 37607499 (-)
XLOC_028953 NA non-coding downstream 399440 37379137 ~ 37380416 (-)
XLOC_028952 NA non-coding downstream 446063 37328527 ~ 37333793 (-)
XLOC_028968 NA non-coding upstream 374864 38158339 ~ 38159864 (-)

Expression


Co-expression Network