hcn1 (hcn1)


Basic Information

Item Value
gene id hcn1
gene name hcn1
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048576.1
NCBI id CM023230.2
chromosome length 102853256
location 9018507 ~ 9206417 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005034825.1
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>TU1179630
AAGAGGAAGTAAAATATCTTCTCACATTACGCAGCTTTGTCACCACTGTGGAATAACTGACGCAAGCGAACCTTGATACtgtcaaaaaaaaagaaaagcacaCACTCAAACATAAATCTAATGACAGAACTTGTGGGACCTTAATCTTAGCAATCAACACAGGTACAATAGCTAGGTGTTCCATTGCTCTCAGCAATACATCCTCTTGAGCCACAGTGTCCTCACACAGTGGTCGGTGAACACCACGACAGTGTTATGGGTCCAAAGGAATGATGTAAATAGAAGTGATGCTCTTTTTTTGTTTCTAGAAGGATGATGTTGTGAGCGAAGAATGGATGATGCTGTTTTTAGTCCTAATTTCAGACAGTGATAGACGTTATGTAATGTTGCTTAACAAAACTATGTGTACATTTATAATATTTATAAACTAAAGATTATCACCATTATGCAATAGACTGTGATATAAAGATTATCTATATGTGTGTTGTAAATAGTTTTGTAGATCTAGTATttacagatactgtgtggtgcaTTCTCAATCATAACAATGTCTTACTTCTTTCAGGAACCTTGATATCTTCATCATCATCTATATGTGAGAAAAAAAGTTAATAAGTGACAACAATGCATATATTCATTAGAGATAAGAAAACCTTAACGCAATAGCAAGCACTACTTGACACTGAGAAATGCCTGTCATACTGAGAATCTTCATTAGTCTGCATAGTCCTTGTTTCTTTCTTCATTTTAACCATCTAGCAAGCAAAAGAGAAGCGAATGagggattaaatatttttttaacgcTGAGGTTACAACACTTTTCAACACATTTAACGCTGAGGTTACAACACTTTTCAACACATTTAATGCTGAGGTTACAACACTTTTCAACACATTTAACACTGAGGTTACAACACTTTTCAACACATTTTAACACTGAGGTTACAACACTTTTCAACACATTTAACACTGAGGTTACAACACTTTTCAACACATTTAACACTGAGGTTACAACACTTTTCAACACATTTAACACTGAGGTTACAACACTTTTCAACACATTTAACACTGAGGTTACAACACTTTTCAACACATTTAACACTGAGGTTTCAACACTTTTCAACACATTTTAACACTGAGGTTACAACACTTTTCAACACATTTAACACTGAGGTTACAACACTTTTCAACACATTTAACACTGAGGTTACAACACTTTTCAACACATTTAACACTGAGGTTTTAACACTTTTCAACACATTTAACACTGAGGTTTCAACACTTTTCAACACATTTAACACTGAGGTTACAACACTTTTCAACACATTTAACACTGAGGTTTCAACACTTTTCAACACATTTGTAGCATGGACTCCGTAACACCTGTTACTATACACTTCAAACACGTCTCCCCTGTACGTACATCTCCTTTGCAACCATGTTATTTGTAGAGATGCTATATTTTACTTCAGTCACACGCTACACAATACAGTAATACCCTTTTACAGTGTGTTTTTCTTACTGTGGGTGTGCCGGGTGAGTAAACCTACCCATTCCTTACAGCAATTAAGAGTTATTGTATGTTTGACTACCCATACACAATGTGACACTTTAGAATTACTGTAAATATGAATCATTGTTGAATCTATCATATCTTGACTCCAAATTATTTAGTTAGTTTTGACATCTTTTGATTTCCGAGGGTACGGATGGCCTGTTTGGATGGTTTAGACAggctttctgtttttttttttttatgtcttttTCATATTTCATTTCATTGACTCACCTTCCATATCATGTTTTCAAATAATGTGATCGTCTAGTGTGGCAGTGGAATGGAAAGGAAAGTTTTCATACCGACAGAAAATTTATAAATTCAGTCTTTTTCTGCAATACGCCCATCTGCTGTAGGTTTGCAATCATGACGTATGAATTTTCCAGTCAAAGTTAATGTTGAAGAAGACTGACATGACCTTTTCCAGACACCTCTCTTTTTGAGTAGGTCATGTTATAAGTCAAGTGTTTGGGCCCCGTTTTAAAAACAATCACCGTGTGTGAATCAGAGCGAGAGTAACATATGCTGGGTTGCATTAAGGTTTCTGTCTCTTGTGTGTCTGAATCCATCATAGTAACTGTAACAATATCAACAAAATTACAATGTTTAAGCTTATTTATTttgtgtcctggggggggggggggggggggtccagaaATGTGACTAAACTTTGAGACAATTCATTAAGGTCAGTCATTCTAACACAGCTTACCCTCATGTGGTTGCAGACTATTTGACATGCTTATGAATTGATGTGTATGTTTGCTAGAGACCCCCCCCCCTGTATTGTGTATAGTAACCATGTGAgtaattagtatgatatgttccTCACAGACAACCACCTCTCATGGTTTTAGAGTCACAATCTTCATGGCGGCAAACATGCTCCATCAGTCGGCTCTGAGTATCTaagccccccccctcccttcttaGAGATACACCTAAAAAAGATGAGCAGTGCTTCAATACAGACAACGTGTGTGAACATTCTTCCGATAGAgtccaccccccccaaaaaaaaaaaaatgtctcatAAAAAGCATGCACTTCTCACAAATACTTAAAAAGATACTATATACAAAACGGTTAACGTTAAATGTACTGTGAGATTATGTTTTCATTGTCTGTCTAGACGTTATTTGTGTGCAACGAAAGCGTTAACATTTTCACAAAAGGACACTTAAGTATTTGTGCCTAAAACTGTAGCCATGTCATTTActtcttttttgtttgttttgagtGGGAGGAGCTATAATGTGCATATGCACCTATACAACACATATATTACTTATCATATGTGTTCTATGtttcaatattattatttttttgagaGGAAGATGTAACCAATGAAGATGATGGCCAAATGTCTCAGTTTAACAATTGGAATCTTTGAAGACAATTGCGAACTTCTATGAAAAGGCTCTCTCATTCTGATATAGAACTCTCTGAATTACAGTAATGACTAGTACAGTCTCTACAGAACTGGGAGGATACTAACACGTCGACGAGACATTGTAAAAAAATTTGAAGCACCTTTTGTAACTTCCTTTGTAGCTAGCCACTGATGTTTTGTTGATTGTTAATGTTGCGCGGAATGAAACTGGCCAAAGCAAAACATTCAAAGTAATTTTCTTTGTTTTGAATTGCACtttctgatgaaagaaaaatacgATACAGACTCTTCAGTCGGTTATTTTAAGTGAATAGAAGGTTTAAAGGGAGACGTATGATCTAGATTGGAACTCTCTAAACATGGAGAAATGTTCTATTCCAAGACTGCTTAATCCTGATCTGCCATGGTGAATGTATTCATGGGTTGCACCTCCGTCTCGTCGTTGCCATTGTAAACGTTTTACAGACGCCGCAGCCATACTGGTGCCCAAAAAGGACAGTCATGCCCAGTCATTCTGAACGGGGCTAATGACTGTTTCATCTAAATTACACTATAGTGGCCGGGAAATACGATGACATTACTAAAGTAGGCAAATGTTTAGTAGGAATCAGCTTTGCCATCGTCATTAATGTAGTCAAACTTACTTTAGACAGATGacaatgttgtcattagctagcAAAGATTGTCCAAAATAGTTAGCaaagctaactttagctagcttaATTCCGGTGGTctcccctcaatcttagctagctagctaatgttacaccgcatctaaagtcaatctggtgaCACCATTTTCTCCTTATTTcgccaggtaaattgactgaaaaCAAATgttcatttacagcaatgacctggggaatagttacaaggTAGAGAAAGGggggtgaatgagccaattggacaATGATGACAAACCTGCAAATGATTTGCCTCTACaaatgtcattgtatttccaaGCCACTGTCATTGCACATTTGATGAAATCTTCATCAGAGCCAATTGACAATGCATTGAGTAGAGCGCTCGGTCGGGCATCAGTCCTAAAACGAACGTTCAAAACAACATTGTGACGAAATTTGCAACCCACGAATAGGAACTATTCCACGGTTCGGATGGATAGCAGCGCTGTTGGTTTGTGCTGTTTTTGACACTTGCCTTTGGAGGGGAAAGCTTCCCAGCTATGtgctttttttctctcacaaTAATTCCGACCACAGCTGTCTAGCATTCTGGAATGGGCATTATGACGTATGTAGTACAACACGAACGGACGAATCAGCTTACAGTTTTAGCAGTATGGAGAACTCTCAATTAACCAGCACATAtatttgtacatttattttgttgtgtttttaaataaaaattgcTAAAATGAACCAAGCCCAGTGCCCAGAGAAAGGAAACTAGGGTCTTTATTcacaaagcctctcagagtaggactgctgacCTAGTATTAGTTTGACCTTTTGGATAAATTCATGTGATTATTTGGACAAAAGGAAAAACTGATTTTAGATCAGTACCCCTAAACTGTTGTtttgtgaatacgggccctggACTTTTGGGTTCTGAACCTTGACAGTGCAGGTGTAATATGTTAACTGATAATGTGCGATAATGTTCATCTTGGAGAGATTATGGTGTAGATAATGCTGTAAGTTACGAGCCACACGTACGTTCCTCTTAAACCCCGCTGACAGATTCATGTTAATAAAACAAGCTTGGTAAAAAATGAACAGTTAGTTGGTTACTTGACACAGAGTTCTTACAACTATATGCAGACAAATGGTGTTTGTCAAAAAAATTATTTTGATTTCTGTTTgaattttgttttgtttgtaaataatAAACCTTTAACATGTAGAAAATAAAAGACATATTGTCATTTAGCTGCTGAGTTTACGTGTAATTTTGTTTCTGAATgtttctagacagaca

Function

symbol description
hcn1 Predicted to enable cAMP binding activity; sodium channel activity; and voltage-gated potassium channel activity. Acts upstream of or within neuron-neuron synaptic transmission and posterior lateral line neuromast hair cell development. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of plasma membrane. Is expressed in neuromast hair cell.

NR:

description
PREDICTED: phosphofurin acidic cluster sorting protein 2-like

GO:

id name namespace
GO:0071805 potassium ion transmembrane transport biological_process
GO:0034765 regulation of ion transmembrane transport biological_process
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0005249 voltage-gated potassium channel activity molecular_function

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XR_005034826.1 False 8393 mRNA 0.43 9 9037636 9206417
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TU1179602 False 4464 lncRNA 0.37 3 9037587 9042680
TU1179609 False 4597 lncRNA 0.37 3 9037587 9042680
TU1179610 False 4862 TUCP 0.37 4 9037587 9042680
TU1179624 False 4550 TUCP 0.37 4 9037587 9042680
TU1179630 True 4895 TUCP 0.37 3 9037587 9042680

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC118937621 NA coding downstream 749098 8278541 ~ 8288538 (-)
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G1035245 NA non-coding downstream 59589 8977847 ~ 8978047 (-)
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G1035170 NA non-coding downstream 171945 8863113 ~ 8865691 (-)
G1035168 NA non-coding downstream 185379 8851866 ~ 8852257 (-)
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G1035406 NA non-coding upstream 44504 9250921 ~ 9251979 (-)
G1035466 NA non-coding upstream 137769 9344186 ~ 9344978 (-)
G1035578 NA non-coding upstream 226263 9432680 ~ 9433250 (-)
G1035536 NA non-coding upstream 252922 9459339 ~ 9459880 (-)
G1035160 NA other downstream 198802 8836256 ~ 8838834 (-)
G1034667 NA other downstream 757770 8279339 ~ 8279866 (-)
G1034443 yo84 other downstream 1203058 7827880 ~ 7834578 (-)
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G1032941 NA other downstream 2837302 6197017 ~ 6200334 (-)
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G1035295 NA non-coding upstream 37386 9080066 ~ 9081371 (-)
G1035301 NA non-coding upstream 51474 9094154 ~ 9095023 (-)
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G1035335 NA non-coding upstream 116465 9159145 ~ 9160350 (-)
LOC100136343 LOC100136343 coding downstream 765593 8246010 ~ 8252914 (-)

Expression


Co-expression Network