LOC110538373 (LOC106601242)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110538373
gene name LOC106601242
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048576.1
NCBI id CM023230.2
chromosome length 102853256
location 75593751 ~ 75608737 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021625147.2
TAGGACCTTGTGGCAGCCAAGCAACTCAAAAAtaaactagggagggagggagttcaCTGTTCAGCTGAGGAATTGGAAGTGAAACTCACATGTAAACTGTCCATGCAAAAATACCCTTGCACTGGATGGCTGGTAGCTGTACAGCTCTAAATTCTTTGTGCTGAGATTTTCCTCTGTCCATAGCAGTAAACGTCGATTTATGTGTTTTATCACCAGTGTGCAGAGATGGACATGGACCGTCAAAAGCGCCAGGAGGGCATTCAGAACGCCCTGGGATTCATACAGTCTTCTTTGCCTTATCCAAAGCCTGAAGGCTATAAGGGGTTTCTGACCCAGTTGGTGTGTGACCTGCTGGATGAGGGAAATGCAATGTTCAGGGAGGGTGAGTGGCAGCAGGCCATAAAGGACTTCAGTGAGGGTGTTAACGTGGCCCACTATGCCCAGGCTGAGTCTCTAGAAATTCCCTCAGCCCTGCTGGAGAGTCTGTATTTCAACAGGGCAGCAGCCTACCACAGCATGgggGAGTATGAGCAGGGTGTGCAGGACTGTGACAGTGCGCTGGCGCTGTGCAAAGACAGTTGCAGGGCACTCTACAGGAAGGCTCTATGCCTGCGGGAGCTGGGCCGCTTCAGAGAGGCCTACAACTGCAGCACGGGCTGCCTGCTCACTACGCCTAACGACAAACATGTGTATGAGTTGGCACAGGAGCTAGCTAACAAACTGGGCCTGAAGATACGCAAGGCCTACGTTAGCACACAGGAGTCGGCCACATCTGAGCAAAGTAATGGGAACACAGTTCCTTTTGCAGGAGAGATGTATGGCAGTGGTCTGGATTCCTTAAGTGACATTTCATCAGTTGTTTTCTCCTGCAAGCCTCTATCTGCCACTATCCCAGTTAGTGATGAATCCTCTCCCTCTGGTCCTCTGGTCTACTCCAACCTTCTGGGTAGCCCTGTCCAAGGCCCTCGGGGGTTGCCCTTCTCTGTGCCTGAGTCAGAGCACCTGGGTGACAGTGAGCTGATGGGAGATGATctagacagcctgctggactgtATTCCCCCTCAACGTGCCTTTCCCATCATCCTCCCCAGCTCAGCTTGTGTCCCCATCCAGCTCCCGTTTCCCTCAGGCCTGCCCGCACCCTCGCCCCGGCTCCCCCCAGCCTTCTTCAACTCAGCCATCAGCCAGCTCAACTCTCTGGACACCTTCCCAGGCATGGGTGGGGAGGATGCCCTAGGTGTGCTGAACTCTTTAGATGGCCTTGATGCACTAGACTCTCTAGATACTTTAAACAACCTGGACACCCTTTCAGACCTTGGTGGTGGGGATGCCCCGGCTCCCACAACAGCACTCTATTCACTTGATGCCTTAGATGCCCTGGACAGTTTCTACCCACTTGGGGATGCAATAGCAGCCAAAccggtggggggaggggggctggACTCCCTCTCTAAGTTCAACCTGCCTGGTGCAAGAATCTCCCACAATGTTCTCTCTGCAACATGTTCGCCCAAGAAGTCCAAACGCACAGTGGTAAAGAATGGCCAGGTCTCCTCCAAGCTCTCTCAGCTTATCAAGAACCCCCTAGCAGCCACCCATGACTTCATGCAGGCCTGTGCCACGTGCTACAGCTGGATCGgtcCAGGGGTCCTGGACTACCAGCACCAGGCAGAATTGGCCCACCGTTGTAAGCGGGACATTCTTCTGTGTAGGATCAGGGCTGCAGAGCACCCTGTCTGGAACAGGGTGCGACCCCGCCCCACACACAATTTTACTGGGGCGTTTATGCTCTGCAAGGAGGTGCTGGAGACTCAGAAGTGTAAGTACAGGGCGGGCTGTACGTTTGCCTACTGCCAGGAGGAAGTAGATGTGTGGACCCTGGAGAGGAAGGGAGCCCTGAACAGAGAGCTGCTGTTTGACTCACAGAGCCCCAACAATGACAGGCCCACACTCAGCATCAAATGCCTTCTGCAGCTCCACAATGGCATGTTCATGTACCTCTGTGAGgaGTGCTATGACAGTAAGCCCAGGATCATCAGTAAGCACAGTAAGGAGGTGCCGTCCACCTGCTCCAACCCCTGCGCCCGACACCCATTCGACAAAAACAAGTGCCTGGTGCATGCGGTGAGGTCCAGCAGCGTGCACTACACTAAGATCCGCCCGCTGTATACCCAGTGCCAGTTGGACGTGTGCCGCCATGCCCGGCGCTACGGCTGCCAGCGAGAGGACAGCTGCTCCTTTGCCCACTCTGTCATAGAGCTCAAGTGCTGGAGGCTGCAGCAAGACTCTGGCATCACTCATGAAGAAATTGTTCAGGAATCCAAGCGACACTGGCATAAACAGGAGCAGAACACGCACAAACCCAAGCCGGTGTACATGCCACCACCATCTTCATCCTCAAGTGGTGGAGGAGGCTATAGCTTGAACCTGAAGAGGAAGTTTGTTTGTGGTCAGTGCTGGAGGGACGGGCTGGTCAGCGAGCCGGACAAAGCGCTTAAGTACTGTGCAGCCAAGGCCAGGCACAGttgGACAAAGGAGCGTCGGGTGTTGTTGGTGAAGTTCTTCGAGGGAAAGAAGTGGGTGATGGTGCGGACGTTGCCTTTTGCCAAGACCTACCCCCAGCAGTATGACATATGTGCTCATGTGGTGAAGCAGAAGAAGTGCCACTACATTGGGAACTGTGCCTTTGCCCACAGTGAAGAGGAGAAGCAAGTATGGACTTATATGAAGAACAATGGCTTGAAGGATATGCAGCAGATGTACGACATGTGGCTTACAAATCAAAACCGTCCGGCGGATGACACCCTGATCACCCAACACACAGAGGAGAAGCAAATTGTCATGCCAACCGACTATGCCGAGCCAATGAGCGGCTTCCACTGTCGTCTGTGTGGGAGGCATAGTAACAGTGAGCGCCAGTGGCAGCAGCACATCTCCTCAGAGAAACACAAGGACCGTGTATTCAGCTGCGAGGGAGAGGACGAGAGCCTCACCTGGACATACCGCTTCCCCGGACTCCGCCTCGCCCTTTGTCCCAGGCTGGAGAGTGGCTGTCTCGAGGGGGTGAGCTGTGACTACGCCCACAGTGCTGAGGAGCTGGTGGAATGGCAGGAGAGGCGGGAATTCCTGCGGCGGAAGCTGGCCAAGGCCCGTGAAGACATGCTCATCATGCCAGACGAGTTTGACTTTGGGAAGTACAACTTTCTCCTGCAGGACTGAAGCCCCTGTCCCCTATGTGAGACACTTGTACCTGTAAACAGACAGCAGTCGTCTGTTTTGTTGAAAACCCTGGGGGGTATTTTCTTCATTAGTTAACAGTTAATACAGTTTATACCTGTTTGAGCTGGTTAGGACTGCAAGTGCCTTATTTGTCCAATATTTTCAAAATGGCTTAACAAATGAGATCTTGGTGCCTAATTTGAGTGGGGGAAAAAGTAATTTAGCACTGCCATTTAACAAAACCGTACCGATCAAATATCTCCATTACTAGTCTGTTTACTCTATGCATGTCTTATTGAGGGATATTAAGAAATCATTTAAGCTTGCGTTCTGATTGGACTCTTTATACAACCCTCAAACATTCACAAATGTTCTTCCATCAAATGAAAACAGATTTGCTGGAAGGCACAAGTTATTCACTTTCACTTTGTTAATGTGTCTTATGTCACTTAAAGCTGCAATGTGTAACTTCGGTGACCTGAGCAAATTTACATAGAAATGTTAGTTATAGAGCTGTCATTCTCATAGAACAGATCATTCAATGTGCCCTATTTCTATGCTTAatgttcttaagttttgttttgtacaccagcttcaaacagctgaaaatactatatttttggttattggaAAGATATTTCACAAttaagatggtacaatgattctctacatttgcttgttttgtcacaaactgaaattaggcaaagtattttaattttagcaaccaggaaattgtCAGTGATTTCTGTATATTGCATCTTTAAAGAATTTGCTGCTGCCATTGTAGACAGACAAACATTACAGAATGTGATCTTAGTAATACAGGGGTACTGCAGGATGTTCATGGAAAtatataaaaacacattttatttcaatgttttattCAATATTGTGAGCAacaagattacatttttttttaaattagacaTACAATATGAGGATAATACCTTATTTCTAATGATGTGaactttatttctcaactcctaataTTGAGCTAATTGCACTCACAGGACAGTGTTTCTCCTATATTCATTTAGATATGATGAAACATTTTTGGGCTGGTAAAACGTTTTCAGTGTAAACAAAAACTAAACTAGAAAAGACATAATGGGGCTATATATTTTAAATAAGATCATTTAAGAACAACCACCAAAATAACTAACATAGAAAGGGAAAATCTAAAATTCAAAACATTTCATGGAATTAGATTTGAAGTCACTCCAATAGCATAAGAACATGTcgtaagccatggcaaaatgggtagaatttcagaatttgctttaaaactgcaaatttTCTGTCAGCGACACACGTATATGCCAGAGTTGGCGTGGGTTTGAAACCTGCCCACTATCCTTTGACTCACCCTGTCTTTCACATTGTACTCTCTTCAATAAAGCAAAAATTATGAAAGGAATGGGACTGCCACACTCTTTCCAAAAAGAATTGCTTAAACTTAATTTTCTCTCAGCCTGATGATaaaatgtgtggaattgcaggaaactagctttaaaacagtaacattttctctccgcctcatgacaaacaaaaaatacaaaatttgTCTCTGCGGTCAAGAGGAGGGCCTCTACAATTAGCGGTCGGACTCTACCACGCCTACCACTACTACTGGCTAAATAGATTGAGGATGCTAACTAAGGCCTTACCTGTGGGTATATAGTTGATCTATAATTTAATATCCAATACAAGGGAGATTGGAGGTTCCTCAAATGtgcctgtagtagtagtagttcctATCTAGCTATAGACTCACTCATGGT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>TU1264147
GTGTTAGTTTATAAGCAACACACTGGAAGTGTGTTGAATACCAGCTTTAGCCAGTATAGAGAGGTAATGGATACTCTCGGAATGAACCAAATAGAAGGTTTAGTTTGTTACTAAATACTATTTCGATGACAATTATTATGGCTATAACGATTTTGATTTACAACATTCTAAAATAATCTATAGAGTGGGAAGTGGTATGTTTCCTACTATACAAAGTCAGTGAGCTGGATCCTGTTGATTTGCCATAGGTCAGTGTTGTCCAAACTCtgaacgttttggtttttgccctgatACTACACAGCTGACTCAAATTACCAAAGTTGGATGATTCGTTTAttttttgaatcagctgtgtagtgctagggcaaaaaccaaaacgtgcaccccttggggtcccgaggaccaagtttgggaaactgTTACATAGGTTTTGTCCTGGATTAAATTATTCTAATCAAGAGTGAATCACATTGACCTTTATCACATCCATCTATGTCATTGAACTGATTGCACCACAAATATCTATCTACCTATGTTACTTTTTTTCAGGCAATTTAATCCTTGCTGGCTGGAAACAGTTCTTGAAACGGAAGTACCCCCTCTCAAAGCCATCAAAATGACCCCTTTATAAAAGTGCACCCTTGTTAAACAGTATTCACACTGCTCTCGTGACCACGCACTATTTTATTGTAGCTGCCATACTGATTGAACAGATGGTTAGAGACCGCAGCGTTTGTGCATTTAATTTCCAAAGTCATGGGTTGGTAAGAATGGGTTGTATACTAGACTTAAGAAAACAATAATTAATTTTATTTTGTGTGAGCTATTGACCAAATCTGACATGCTAAATAAAACTATTTTTGAGAGGGAATAGATGCCAGATCCTTTTTTACAGTTGACAGTTTGTTATGGTTGTGTAAAATTAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021625147.2 False 7025 mRNA 0.45 23 75593751 75608737
TU1264147 True 926 lncRNA 0.37 1 75607793 75608718

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110538377 f10a1 coding upstream 75971 75510999 ~ 75517780 (+)
LOC110538378 LOC106601246 coding upstream 130271 75443988 ~ 75463480 (+)
LOC110538383 LOC106601250 coding upstream 314209 75236926 ~ 75279542 (+)
LOC110538384 LOC106601293 coding upstream 360204 75231002 ~ 75233547 (+)
LOC110538385 LOC106607175 coding upstream 365347 75221851 ~ 75228404 (+)
LOC110538372 LOC106601241 coding downstream 10601 75619338 ~ 75623953 (+)
LOC110538366 LOC106607160 coding downstream 29517 75638254 ~ 75649590 (+)
LOC110538368 LOC106601238 coding downstream 42182 75650919 ~ 75659715 (+)
LOC110538369 csdc2 coding downstream 51228 75659965 ~ 75664321 (+)
LOC110538365 LOC106601233 coding downstream 71771 75680508 ~ 75698504 (+)
G1111914 NA non-coding upstream 4097 75589431 ~ 75589654 (+)
G1111913 NA non-coding upstream 4751 75588786 ~ 75589000 (+)
G1111911 NA non-coding upstream 6387 75587141 ~ 75587364 (+)
G1111890 NA non-coding upstream 29992 75563416 ~ 75563759 (+)
G1111874 NA non-coding upstream 53939 75539608 ~ 75539812 (+)
G1111921 NA non-coding downstream 3862 75612599 ~ 75612875 (+)
G1111922 NA non-coding downstream 4262 75612999 ~ 75613317 (+)
G1111926 NA non-coding downstream 16137 75624874 ~ 75625085 (+)
G1111928 NA non-coding downstream 17846 75626583 ~ 75627163 (+)
G1111887 LOC106601240 non-coding downstream 22581 75631318 ~ 75636032 (+)
G1111805 LOC105030512 other upstream 170588 75418789 ~ 75423163 (+)
G1111126 LOC106578813 other upstream 545395 74960266 ~ 75048356 (+)
G1109786 NA other upstream 1746957 73846255 ~ 73846794 (+)
G1109778 NA other upstream 1759145 73833643 ~ 73834606 (+)
LOC110538462 rpc11 other upstream 2207884 73384755 ~ 73386199 (+)
G1111961 NA other downstream 136402 75745139 ~ 75745620 (+)
G1111970 LOC106601177 other downstream 142133 75750870 ~ 75753593 (+)
LOC110538360 LOC104946491 other downstream 175613 75774976 ~ 75790602 (+)
LOC110538356 LOC106607146 other downstream 239868 75838066 ~ 75853712 (+)
G1111968 LOC106601158 other downstream 286875 75895612 ~ 75895873 (+)

Expression


Co-expression Network