G1134048


Basic Information

Item Value
gene id G1134048
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048576.1
NCBI id CM023230.2
chromosome length 102853256
location 100194261 ~ 100196221 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1291305
TGGTCTAATAATTACACAGCACTGTGTTGTGGGTTTATAGTACCCCATTTTACCCccacctcccctccatctctctatcccatcACCTGGTCTAATAATGACACAGCACTGTGTTGTGGGTTTATAGTACCCCATTTTACCCccacctcccctccatctctctctatcccatcaCCTGGTCTAATAATGACACAGCACTGTGTTGTGGGTTTATAGTACCCCATTTTACCCccacctcccctccatctctctatcccatcACCTGGTCTAATAATTACACAGCACTGTGTTGTGGGTTTATAGTACCCCATTTTACCCccacctcccctccatctctctatcccatcACCTGGTCTAATAATGACACAGCACTGTGTTGTGGGTTTATAGTACCCCATTTTACCCccacctcccctccatctctctctttcccatcacCTGGTCTAATAATTACACAGCACTGTGTTGTGGCCCATTTTACCCccacctcccctccatctctgtctttcccatCACCTGGTCTAATATctattttaactttatttaactaggcaagtcagttaagaacaaattcttatttacaatgacggcctaggagcagtgggttaactgccttgttcaggggcagaacgacagatttttaccttgtctgcaGTGGgactcgatcttgcaacctttcggtgcCTTTCTAATGCCCCATTTTACCCCCAcctccccaaccctaaccttaatcctaaccctaaacttcagccctaacctaaccccaaccttaaccctaatcctaaacatAACACTTGCCCAGTCCTTAActttaaccctaatcctaacctaacctaaccccaacctaATCCCAACCTTcaccctaatcctaacctaaccccaaccttaaccataATCCTAACCTAATCCTAACACTTGCCCAGTCCTTAACTTTAACCCCaatcctaacctaacctaaccccaaccttaaccctaatcctaacctaaccccaaccttaaccctaatactaacctaaccccaaccttaacccaaatcctaacctaaccccaaccttaaccctaatcctaacctgatcctaaccctaacacttgCCCAGTCCTTAACTTTAACCCCgttcctaatcctaaccccagTAGCTAGGAAACAACGTAGATGCTAACAGAGAGGAATGTCAAAGGAATCCGAACCCTAGAATCATGTAAACACTCTTACGAAACGGGATCACATTCATTCTACGATGTATTTTACAGGATTGGTTTGTCTTTTCACGAAGCCCTAACAGttgaaaatgtgttgttttacaatgGTAAGGTTTTAAATCTAGTAGCTCTTCTGTAGCTCTACCAACACGGACAATCTACTAACCTTTACAAATTAAAAACCCACCGTATCAAAATGAACAGCACACAACATCTGAGGTATAAATATCCTTATTTTTAGTTGACTGACTTCCCTCTCTCTTAGGAGCTGCTAAAATCATGCTCGACAGCATATATTGCAATACCCAGGCCTCAAagttatttctctgtctctctctctctctgtctctcactctctctctctgtctgtctcactcacaTACTGGTTTGTTGGTTGTGTGGTTTGTTTGTTGGTTGGTCGGTAGGTTGGTTGCTCGGTTGTATCCCTGTCAGAAAGGATTTGAAGTTGTTTGGTTGTGGGGAGGTTGGTTGGTTGGTAGGGTAGTAATTGGTTGTTGTATGGTTTTAGGGAGGTTGGTTGGTTGGTAGGGTAGTAATTGGTTGTTGTTTGGTTGTGGGGAGGTTGGTTGGTGGGTTAGTATGGGGCGAAGCGGCTGTAACCTCCCCTGTATATACTAGCCTGCAGGGAGGACAACACCAGCCCCACGTCGTCTGCATGACTCCTCGTCTTGGCATCAGCCAACGGGGC
>TU1291306
TGGTCTAATAATTACACAGCACTGTGTTGTGGGTTTATAGTACCCCATTTTACCCccacctcccctccatctctctatcccatcACCTGGTCTAATAATGACACAGCACTGTGTTGTGGGTTTATAGTACCCCATTTTACCCccacctcccctccatctctctctatcccatcaCCTGGTCTAATAATGACACAGCACTGTGTTGTGGGTTTATAGTACCCCATTTTACCCccacctcccctccatctctctatcccatcACCTGGTCTAATAATTACACAGCACTGTGTTGTGGGTTTATAGTACCCCATTTTACCCccacctcccctccatctctctatcccatcACCTGGTCTAATAATGACACAGCACTGTGTTGTGGGTTTATAGTACCCCATTTTACCCccacctcccctccatctctctctttcccatcacCTGGTCTAATAATTACACAGCACTGTGTTGTGGCCCATTTTACCCccacctcccctccatctctgtctttcccatCACCTGGTCTAATATctattttaactttatttaactaggcaagtcagttaagaacaaattcttatttacaatgacggcctaggagcagtgggttaactgccttgttcaggggcagaacgacagatttttaccttgtctgcaGTGGgactcgatcttgcaacctttcggtgcCTTTCTAATGCCCCATTTTACCCCCAcctccccaaccctaaccttaatcctaaccctaaacttcagccctaacctaaccccaaccttaaccctaatcctaaacatAACACTTGCCCAGTCCTTAActttaaccctaatcctaacctaacctaaccccaacctaATCCCAACCTTcaccctaatcctaacctaaccccaaccttaaccataATCCTAACCTAATCCTAACACTTGCCCAGTCCTTAACTTTAACCCCaatcctaacctaacctaaccccaaccttaaccctaatcctaacctaaccccaaccttaaccctaatactaacctaaccccaaccttaacccaaatcctaacctaaccccaaccttaaccctaatcctaacctgatcctaaccctaacacttgCCCAGTCCTTAACTTTAACCCCgttcctaatcctaaccccagTAGCTAGGAAACAACGTAGATGCTAACAGAGAGGAATGTCAAAGGAATCCGAACCCTAGAATCATGTAAACACTCTTACGAAACGGGATCACATTCATTCTACGATGTATTTTACAGGATTGGTTTGTCTTTTCACGAAGCCCTAACAGttgaaaatgtgttgttttacaatgGTAAGGTTTTAAATCTAGTAGCTCTTCTGTAGCTCTACCAACACGGACAATCTACTAACCTTTACAAATTAAAAACCCACCGTATCAAAATGAACAGCACACAACATCTGAGGTATAAATATCCTTATTTTTAGTTGACTGACTTCCCTCTCTCTTAGGAGCTGCTAAAATCATGCTCGACAGCATATATTGCAATACCCAGGCCTCAAagttatttctctgtctctctctctctctgtctctcactctctctctctgtctgtctcactcacaTACTGGTTTGTTGGTTGTGTGGTTTGTTTGTTGGTTGGTCGGTAGGTTGGTTGCTCGGTTGTATCCCTGTCAGAAAGGATTTGAAGTTGTTTGGTTGTGGGGAGGTTGGTTGGTGGGTTAGTATGGGGCGAAGCGGCTGTAACCTCCCCTGTATATACTAGCCTGCAGGGAGGACAACACCAGCCCCACGTCGTCTGCATGACTCCTCGTCTTGGCATCAGCCAACGGGGC

Function

NR:

description
LOW QUALITY PROTEIN: RNA binding protein fox-1 homolog 1-like, partial

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1291305 False 1909 lncRNA 0.45 2 100194261 100196221
TU1291306 True 1811 lncRNA 0.45 3 100194261 100196221

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110539073 LOC106606306 coding downstream 208356 99969674 ~ 99985905 (-)
LOC118937866 NA coding downstream 225798 99966423 ~ 99968463 (-)
LOC110539071 LOC106602020 coding downstream 229014 99946736 ~ 99965247 (-)
LOC110538873 NA coding downstream 337005 99850156 ~ 99857256 (-)
LOC110485298 LOC106603827 coding downstream 521623 99639639 ~ 99672638 (-)
LOC118937853 tmem114 coding upstream 62009 100258230 ~ 100295591 (-)
carhsp1 LOC106592621 coding upstream 238030 100434251 ~ 100462726 (-)
nat15 natu coding upstream 277333 100473554 ~ 100499497 (-)
LOC118937869 NA coding upstream 294434 100490607 ~ 100491915 (-)
eci1 LOC106596253 coding upstream 333963 100530184 ~ 100543453 (-)
G1134045 NA non-coding downstream 4593 100187588 ~ 100189668 (-)
G1134003 NA non-coding downstream 123388 100070567 ~ 100070873 (-)
G1133998 NA non-coding downstream 153866 100039330 ~ 100040395 (-)
G1133054 NA non-coding downstream 168384 100025469 ~ 100025877 (-)
G1133047 NA non-coding downstream 188692 100005352 ~ 100005569 (-)
G1134050 NA non-coding upstream 737 100196958 ~ 100197982 (-)
G1134052 NA non-coding upstream 9105 100205326 ~ 100205734 (-)
G1134072 NA non-coding upstream 52081 100248302 ~ 100252231 (-)
G1134073 NA non-coding upstream 52520 100248741 ~ 100252743 (-)
G1134106 mettl22 non-coding upstream 122415 100318636 ~ 100330277 (-)
G1133028 NA other downstream 269135 99924060 ~ 99925126 (-)
G1132625 NA other downstream 867337 99326512 ~ 99326924 (-)
LOC110538845 LOC106606260 other downstream 1011346 99178086 ~ 99183106 (-)
G1132569 LOC106606209 other downstream 1018353 99173665 ~ 99177478 (-)
G1132564 NA other downstream 1027654 99165948 ~ 99166607 (-)
G1134054 NA other upstream 14236 100210457 ~ 100211148 (-)
G1134117 NA other upstream 224736 100420957 ~ 100423066 (-)
G1134183 NA other upstream 307384 100503605 ~ 100504088 (-)

Expression


Co-expression Network