LOC110486339 (LOC106607363)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110486339
gene name LOC106607363
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048577.1
NCBI id CM023231.2
chromosome length 73332040
location 40397261 ~ 40406809 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021557856.2
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>XM_021557857.2
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AAGAAATAAATGAATCAGGATTAA

Function

NR:

description
probable E3 ubiquitin-protein ligase MGRN1 isoform X2

GO: NA

KEGG:

id description
K10604 MGRN1; E3 ubiquitin-protein ligase MGRN1

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021557856.2 False 4979 mRNA 0.43 15 40397261 40406809
XM_021557857.2 True 5024 mRNA 0.43 16 40397262 40406809

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
polr3k rpc11 coding upstream 41287 40354342 ~ 40357833 (+)
LOC110485173 LOC106601093 coding upstream 49233 40302533 ~ 40348028 (+)
LOC118938286 LOC106585892 coding upstream 123402 40270524 ~ 40273859 (+)
LOC110486337 NA coding upstream 241040 40095953 ~ 40156221 (+)
LOC110486335 LOC106607360 coding upstream 311766 40068600 ~ 40085495 (+)
LOC110486346 LOC106601143 coding downstream 3869 40410678 ~ 40413435 (+)
aanat-2 aanat-2 coding downstream 29427 40436236 ~ 40438857 (+)
LOC110486349 LOC106607370 coding downstream 99508 40506317 ~ 40507829 (+)
LOC110486351 LOC106601078 coding downstream 127902 40534711 ~ 40535614 (+)
LOC110486353 LOC106601071 coding downstream 134002 40540811 ~ 40541737 (+)
G1173939 NA non-coding upstream 10048 40386911 ~ 40387213 (+)
G1173914 NA non-coding upstream 46240 40350590 ~ 40351021 (+)
G1173895 NA non-coding upstream 47906 40348125 ~ 40349355 (+)
G1173940 LOC106572245 non-coding downstream 1779 40408588 ~ 40408824 (+)
G1173959 NA non-coding downstream 25586 40432395 ~ 40433138 (+)
G1173964 LOC106607368 non-coding downstream 39498 40446307 ~ 40447315 (+)
G1173990 NA non-coding downstream 69779 40476588 ~ 40477442 (+)
G1173987 NA non-coding downstream 162995 40569804 ~ 40572025 (+)
G1173715 LOC106601095 other upstream 241082 40080474 ~ 40200482 (+)
G1172996 NA other upstream 923482 39473458 ~ 39473779 (+)
LOC110486302 LOC106607335 other upstream 1518882 38876161 ~ 38878379 (+)
G1170455 NA other upstream 1806554 38589772 ~ 38590707 (+)
G1174211 NA other downstream 498722 40905531 ~ 40906473 (+)
G1174245 LOC106607208 other downstream 595074 41001883 ~ 41003024 (+)
LOC110486375 LOC106601281 other downstream 648643 41055429 ~ 41065432 (+)
G1175164 NA other downstream 1132682 41539491 ~ 41540680 (+)
LOC110486395 ccd56 other downstream 1366681 41773456 ~ 41777013 (+)

Expression


Co-expression Network