LOC110486523 (LOC106607042)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110486523
gene name LOC106607042
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048577.1
NCBI id CM023231.2
chromosome length 73332040
location 44944449 ~ 44956000 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036941246.1
TCATTTATTGACCAATCACGATACCGATTGCCAAGTCGACAAACAGGAAGTTAGGCCGCTAGCTAATGATGGAATAACTTGTTCTTGAAAGTCATCTCTAATTCAGACGATTATTTCGTTGGCAGTAGTTTGTTAGTGAAACATACAAGATGACATATGTAAGTAAAGTCTGGTCGTTCAAGTCAAAGGCCCGCTTCAGCAAGACCTCTCCTCTGACCATGCTTGGACAGTCTTATCTGCTCAGTCAAGGAGtggAGAGGGAGTGCTTTCGCCGGGCCTTTGCCACTCTGCTGTGGCTGACGTACAGGCGGGGCTTCCCACAGCTGGATGGTTCCTCTCTGACCACAGACAGTGGGTGGGGCTGCATGCTGCGCAGTGGACAGATGCTCCTGGCACAGGGGCTGCTGCTACACCTGCTGCCGCCAGGctggacctggctctctgccaacCATGTGTCCAAAGATGACATGGAGGTACAGGAGTCTCGCTCCTTGGGTCCAGAGGTGActaagaagggaaggaggaagagcaTAGAGTCCTTCCTGGAGAGCCGGACTGAAGTTACTCACAGACGGGTGGTGTCCTGGTTTGGGGACCATCCCATCGCCCCGTTCGGGCTGCATCAGCTGGTGGAACAGGGCACAAGCTCAGGGAAGAAGGCAGGGGACTGGTACGGCCCCTCCATCGTAGCACACATTCTTCGtaaGGCTGTTGACGCAGCATCAGCAGAGGTGTCCAATCTGACAGTGTATGTAGCACAGGACTGCACTGTGTACATAGATGATGTGGTGAGGCTGTGTGAGAGACCTCTATCTGAGGGCTCCACAGGACCCAGTCCAGCCTGGAAGTCTGTCATCATCCTGGTCCCTGTGCGCCTGGGAGGAGAAGTCCTCAACACCACCTACATCAAATGTGTCAAAAATCTCCTGAGGTTAGAATGCTGCATTGGAATCATTGGTGGCAAACCCAAGCACTCTCTGTTCTTCGTTGGGTACCAAGATGAACAGCTGTTGTGCTTGGACCCCCACTACAGCCAGTCCACAGTGGATATTACACAGGATAACTTCCCCTTAAAGTCGTTTCACTGTAAGTGTCCCAGGAAGATCTCCTTCAGTCGCATGGATCCCAGCTGCACTATAGGCTTTTATGCCAAGAGCCAGAAGGAATTTGAGTTACTGTGCTCAGCTGTTAGCACGgCTCTCTCATCATCAACAGAAAAGTACCCCATCTTCACCATTGCAGAGGGTCAGGGACAGGATGGGGGGCAGGAGGATGAGAGCGATGCACCCCCAAACTCTATCACCCACATCCTGACCAAGGACAAGGCGAGGCTGAGAAGGACCAATAACAGCAACAGCATGGATGAGTTTGTGTTATTgtgaattaacgtagcaggtatAAAAGTTCTAAGCTAGGTTGAATTAGCTGTATCCCTGAACTGGAACATCCGGTTGTTGGCAACTCCGCTAAGGGTGCTGTGAACAGACTGACTGAATGTGGCCAGCAGGGAACATAATTCACATACCAACTCATACACACGGTTACTGAACTGAGCTTTATCAGTGGCAGCTACTGACGGGACACATGCTCCAGCATTAGCCTTTATCCCCAACCTCCACAGGCAATAACCAGGCTGGGTGAGGTGTTGCTGAATAGAACAGGCCAATGACACTATTCTTGTGTATTTATTTGTTTGGGCTAATTATTTGTTTTAAGGGGACGTGTTTATGAATTTAACAATGTTTTTAAATGAAGGTTTTTGTATAATTGATTTTAATTTAAGGTTTTGATATTAGTATGGTTTTGAGGTTCTTACGTTAAATAACCTGCCTTCAACTTGGTTGTTTACTATTCTACATGAAGTCATGGGTGACTCTATGCCTGGCTGAAAGACACTAACTGACCCCATTTCATCATTGTGTAGATAGGCTGCTCATCCCATAGTCCTCTCCACTACAACCTTTTGTTGAACTACTTTGTCCAGCATTAGACTCTGAGCTGCTGTTTGACGTCATGTGACAGGATGTCTGCTCTGTGAATGGATTAGGAAATTGGATTCCTTAGACCTTGTGATGTGCACATGGAACCGGTGAAGGAATCAATTTGTCTTAGAGATGTTGGTTTTGTGGTTGAGTGGGGAgagtataaaataatattttttaaattgctATCAGCCAACATTCTGGGCAATATGGGGTTGCATTTGCCCTGTTGTTTTTGGGATGAATATTTTTTTACATGGAAAATGAGTGGCACAATGCATTCAATAAAAGctcagtaaaaaataaataaaa
>XM_036941244.1
ATTTATTGACCAATCACGATACCGATTGCCAAGTCGACAAACAGGAAGTTAGGCCGCTAGCTAATGATGGAATAACTTGTTCTTGAAAGTCATCTCTAATTCAGACGATTATTTCGTTGGCAGTAGTTTGTTAGTGAAACATACAAGATGACATATGTTGATATGGCATTAGGAAACGACCTCCAGACAGTTGGACAAGCCCAGTAGTCATGAACCCCAGTTCTCCCTGTGAGGGCCAGAGCCCTGAGGGTGACCCTCCAGACGATTGGTTCCACCTTTCCACCATGTCTCTGGGAACTCAGGGCTCTGATGGAAGCCAGGATGACCCAGAGGAACCTGAGGAGAGAGGCAGACTCAAGTCCAAGCTGGTGTCAGCATGGAACAATGTCAAATATGTCTGGTCGTTCAAGTCAAAGGCCCGCTTCAGCAAGACCTCTCCTCTGACCATGCTTGGACAGTCTTATCTGCTCAGTCAAGGAGtggAGAGGGAGTGCTTTCGCCGGGCCTTTGCCACTCTGCTGTGGCTGACGTACAGGCGGGGCTTCCCACAGCTGGATGGTTCCTCTCTGACCACAGACAGTGGGTGGGGCTGCATGCTGCGCAGTGGACAGATGCTCCTGGCACAGGGGCTGCTGCTACACCTGCTGCCGCCAGGctggacctggctctctgccaacCATGTGTCCAAAGATGACATGGAGGTACAGGAGTCTCGCTCCTTGGGTCCAGAGGTGActaagaagggaaggaggaagagcaTAGAGTCCTTCCTGGAGAGCCGGACTGAAGTTACTCACAGACGGGTGGTGTCCTGGTTTGGGGACCATCCCATCGCCCCGTTCGGGCTGCATCAGCTGGTGGAACAGGGCACAAGCTCAGGGAAGAAGGCAGGGGACTGGTACGGCCCCTCCATCGTAGCACACATTCTTCGtaaGGCTGTTGACGCAGCATCAGCAGAGGTGTCCAATCTGACAGTGTATGTAGCACAGGACTGCACTGTGTACATAGATGATGTGGTGAGGCTGTGTGAGAGACCTCTATCTGAGGGCTCCACAGGACCCAGTCCAGCCTGGAAGTCTGTCATCATCCTGGTCCCTGTGCGCCTGGGAGGAGAAGTCCTCAACACCACCTACATCAAATGTGTCAAAAATCTCCTGAGGTTAGAATGCTGCATTGGAATCATTGGTGGCAAACCCAAGCACTCTCTGTTCTTCGTTGGGTACCAAGATGAACAGCTGTTGTGCTTGGACCCCCACTACAGCCAGTCCACAGTGGATATTACACAGGATAACTTCCCCTTAAAGTCGTTTCACTGTAAGTGTCCCAGGAAGATCTCCTTCAGTCGCATGGATCCCAGCTGCACTATAGGCTTTTATGCCAAGAGCCAGAAGGAATTTGAGTTACTGTGCTCAGCTGTTAGCACGgCTCTCTCATCATCAACAGAAAAGTACCCCATCTTCACCATTGCAGAGGGTCAGGGACAGGATGGGGGGCAGGAGGATGAGAGCGATGCACCCCCAAACTCTATCACCCACATCCTGACCAAGGACAAGGCGAGGCTGAGAAGGACCAATAACAGCAACAGCATGGATGAGTTTGTGTTATTgtgaattaacgtagcaggtatAAAAGTTCTAAGCTAGGTTGAATTAGCTGTATCCCTGAACTGGAACATCCGGTTGTTGGCAACTCCGCTAAGGGTGCTGTGAACAGACTGACTGAATGTGGCCAGCAGGGAACATAATTCACATACCAACTCATACACACGGTTACTGAACTGAGCTTTATCAGTGGCAGCTACTGACGGGACACATGCTCCAGCATTAGCCTTTATCCCCAACCTCCACAGGCAATAACCAGGCTGGGTGAGGTGTTGCTGAATAGAACAGGCCAATGACACTATTCTTGTGTATTTATTTGTTTGGGCTAATTATTTGTTTTAAGGGGACGTGTTTATGAATTTAACAATGTTTTTAAATGAAGGTTTTTGTATAATTGATTTTAATTTAAGGTTTTGATATTAGTATGGTTTTGAGGTTCTTACGTTAAATAACCTGCCTTCAACTTGGTTGTTTACTATTCTACATGAAGTCATGGGTGACTCTATGCCTGGCTGAAAGACACTAACTGACCCCATTTCATCATTGTGTAGATAGGCTGCTCATCCCATAGTCCTCTCCACTACAACCTTTTGTTGAACTACTTTGTCCAGCATTAGACTCTGAGCTGCTGTTTGACGTCATGTGACAGGATGTCTGCTCTGTGAATGGATTAGGAAATTGGATTCCTTAGACCTTGTGATGTGCACATGGAACCGGTGAAGGAATCAATTTGTCTTAGAGATGTTGGTTTTGTGGTTGAGTGGGGAgagtataaaataatattttttaaattgctATCAGCCAACATTCTGGGCAATATGGGGTTGCATTTGCCCTGTTGTTTTTGGGATGAATATTTTTTTACATGGAAAATGAGTGGCACAATGCATTCAATAAAAGctcagtaaaaaataaataaaa
>XM_036941245.1
TTTATTGACCAATCACGATACCGATTGCCAAGTCGACAAACAGGAAGTTAGGCCGCTAGCTAATGATGGAATAACTTGTTCTTGAAAGTCATCTCTAATTCAGACGATTATTTCGTTGGCAGTAGTTTGTTAGTGAAACATACAAGATGACATATGTAAGTAAAGGTTGATATGGCATTAGGAAACGACCTCCAGACAGTTGGACAAGCCCAGTAGTCATGAACCCCAGTTCTCCCTGTGAGGGCCAGAGCCCTGAGGGTGACCCTCCAGACGATTGGTTCCACCTTTCCACCATGTCTCTGGGAACTCAGGGCTCTGATGGAAGCCAGGATGACCCAGAGGAACCTGAGGAGAGAGGCAGACTCAAGTCCAAGCTGGTGTCAGCATGGAACAATGTCAAATATGtggAGAGGGAGTGCTTTCGCCGGGCCTTTGCCACTCTGCTGTGGCTGACGTACAGGCGGGGCTTCCCACAGCTGGATGGTTCCTCTCTGACCACAGACAGTGGGTGGGGCTGCATGCTGCGCAGTGGACAGATGCTCCTGGCACAGGGGCTGCTGCTACACCTGCTGCCGCCAGGctggacctggctctctgccaacCATGTGTCCAAAGATGACATGGAGGTACAGGAGTCTCGCTCCTTGGGTCCAGAGGTGActaagaagggaaggaggaagagcaTAGAGTCCTTCCTGGAGAGCCGGACTGAAGTTACTCACAGACGGGTGGTGTCCTGGTTTGGGGACCATCCCATCGCCCCGTTCGGGCTGCATCAGCTGGTGGAACAGGGCACAAGCTCAGGGAAGAAGGCAGGGGACTGGTACGGCCCCTCCATCGTAGCACACATTCTTCGtaaGGCTGTTGACGCAGCATCAGCAGAGGTGTCCAATCTGACAGTGTATGTAGCACAGGACTGCACTGTGTACATAGATGATGTGGTGAGGCTGTGTGAGAGACCTCTATCTGAGGGCTCCACAGGACCCAGTCCAGCCTGGAAGTCTGTCATCATCCTGGTCCCTGTGCGCCTGGGAGGAGAAGTCCTCAACACCACCTACATCAAATGTGTCAAAAATCTCCTGAGGTTAGAATGCTGCATTGGAATCATTGGTGGCAAACCCAAGCACTCTCTGTTCTTCGTTGGGTACCAAGATGAACAGCTGTTGTGCTTGGACCCCCACTACAGCCAGTCCACAGTGGATATTACACAGGATAACTTCCCCTTAAAGTCGTTTCACTGTAAGTGTCCCAGGAAGATCTCCTTCAGTCGCATGGATCCCAGCTGCACTATAGGCTTTTATGCCAAGAGCCAGAAGGAATTTGAGTTACTGTGCTCAGCTGTTAGCACGgCTCTCTCATCATCAACAGAAAAGTACCCCATCTTCACCATTGCAGAGGGTCAGGGACAGGATGGGGGGCAGGAGGATGAGAGCGATGCACCCCCAAACTCTATCACCCACATCCTGACCAAGGACAAGGCGAGGCTGAGAAGGACCAATAACAGCAACAGCATGGATGAGTTTGTGTTATTgtgaattaacgtagcaggtatAAAAGTTCTAAGCTAGGTTGAATTAGCTGTATCCCTGAACTGGAACATCCGGTTGTTGGCAACTCCGCTAAGGGTGCTGTGAACAGACTGACTGAATGTGGCCAGCAGGGAACATAATTCACATACCAACTCATACACACGGTTACTGAACTGAGCTTTATCAGTGGCAGCTACTGACGGGACACATGCTCCAGCATTAGCCTTTATCCCCAACCTCCACAGGCAATAACCAGGCTGGGTGAGGTGTTGCTGAATAGAACAGGCCAATGACACTATTCTTGTGTATTTATTTGTTTGGGCTAATTATTTGTTTTAAGGGGACGTGTTTATGAATTTAACAATGTTTTTAAATGAAGGTTTTTGTATAATTGATTTTAATTTAAGGTTTTGATATTAGTATGGTTTTGAGGTTCTTACGTTAAATAACCTGCCTTCAACTTGGTTGTTTACTATTCTACATGAAGTCATGGGTGACTCTATGCCTGGCTGAAAGACACTAACTGACCCCATTTCATCATTGTGTAGATAGGCTGCTCATCCCATAGTCCTCTCCACTACAACCTTTTGTTGAACTACTTTGTCCAGCATTAGACTCTGAGCTGCTGTTTGACGTCATGTGACAGGATGTCTGCTCTGTGAATGGATTAGGAAATTGGATTCCTTAGACCTTGTGATGTGCACATGGAACCGGTGAAGGAATCAATTTGTCTTAGAGATGTTGGTTTTGTGGTTGAGTGGGGAgagtataaaataatattttttaaattgctATCAGCCAACATTCTGGGCAATATGGGGTTGCATTTGCCCTGTTGTTTTTGGGATGAATATTTTTTTACATGGAAAATGAGTGGCACAATGCATTCAATAAAAGctcagtaaaaaataaataaaa
>XM_036941243.1
TTGACCAATCACGATACCGATTGCCAAGTCGACAAACAGGAAGTTAGGCCGCTAGCTAATGATGGAATAACTTGTTCTTGAAAGTCATCTCTAATTCAGACGATTATTTCGTTGGCAGTAGTTTGTTAGTGAAACATACAAGATGACATATGTAAGTAAAGGTTGATATGGCATTAGGAAACGACCTCCAGACAGTTGGACAAGCCCAGTAGTCATGAACCCCAGTTCTCCCTGTGAGGGCCAGAGCCCTGAGGGTGACCCTCCAGACGATTGGTTCCACCTTTCCACCATGTCTCTGGGAACTCAGGGCTCTGATGGAAGCCAGGATGACCCAGAGGAACCTGAGGAGAGAGGCAGACTCAAGTCCAAGCTGGTGTCAGCATGGAACAATGTCAAATATGTCTGGTCGTTCAAGTCAAAGGCCCGCTTCAGCAAGACCTCTCCTCTGACCATGCTTGGACAGTCTTATCTGCTCAGTCAAGGAGtggAGAGGGAGTGCTTTCGCCGGGCCTTTGCCACTCTGCTGTGGCTGACGTACAGGCGGGGCTTCCCACAGCTGGATGGTTCCTCTCTGACCACAGACAGTGGGTGGGGCTGCATGCTGCGCAGTGGACAGATGCTCCTGGCACAGGGGCTGCTGCTACACCTGCTGCCGCCAGGctggacctggctctctgccaacCATGTGTCCAAAGATGACATGGAGGTACAGGAGTCTCGCTCCTTGGGTCCAGAGGTGActaagaagggaaggaggaagagcaTAGAGTCCTTCCTGGAGAGCCGGACTGAAGTTACTCACAGACGGGTGGTGTCCTGGTTTGGGGACCATCCCATCGCCCCGTTCGGGCTGCATCAGCTGGTGGAACAGGGCACAAGCTCAGGGAAGAAGGCAGGGGACTGGTACGGCCCCTCCATCGTAGCACACATTCTTCGtaaGGCTGTTGACGCAGCATCAGCAGAGGTGTCCAATCTGACAGTGTATGTAGCACAGGACTGCACTGTGTACATAGATGATGTGGTGAGGCTGTGTGAGAGACCTCTATCTGAGGGCTCCACAGGACCCAGTCCAGCCTGGAAGTCTGTCATCATCCTGGTCCCTGTGCGCCTGGGAGGAGAAGTCCTCAACACCACCTACATCAAATGTGTCAAAAATCTCCTGAGGTTAGAATGCTGCATTGGAATCATTGGTGGCAAACCCAAGCACTCTCTGTTCTTCGTTGGGTACCAAGATGAACAGCTGTTGTGCTTGGACCCCCACTACAGCCAGTCCACAGTGGATATTACACAGGATAACTTCCCCTTAAAGTCGTTTCACTGTAAGTGTCCCAGGAAGATCTCCTTCAGTCGCATGGATCCCAGCTGCACTATAGGCTTTTATGCCAAGAGCCAGAAGGAATTTGAGTTACTGTGCTCAGCTGTTAGCACGgCTCTCTCATCATCAACAGAAAAGTACCCCATCTTCACCATTGCAGAGGGTCAGGGACAGGATGGGGGGCAGGAGGATGAGAGCGATGCACCCCCAAACTCTATCACCCACATCCTGACCAAGGACAAGGCGAGGCTGAGAAGGACCAATAACAGCAACAGCATGGATGAGTTTGTGTTATTgtgaattaacgtagcaggtatAAAAGTTCTAAGCTAGGTTGAATTAGCTGTATCCCTGAACTGGAACATCCGGTTGTTGGCAACTCCGCTAAGGGTGCTGTGAACAGACTGACTGAATGTGGCCAGCAGGGAACATAATTCACATACCAACTCATACACACGGTTACTGAACTGAGCTTTATCAGTGGCAGCTACTGACGGGACACATGCTCCAGCATTAGCCTTTATCCCCAACCTCCACAGGCAATAACCAGGCTGGGTGAGGTGTTGCTGAATAGAACAGGCCAATGACACTATTCTTGTGTATTTATTTGTTTGGGCTAATTATTTGTTTTAAGGGGACGTGTTTATGAATTTAACAATGTTTTTAAATGAAGGTTTTTGTATAATTGATTTTAATTTAAGGTTTTGATATTAGTATGGTTTTGAGGTTCTTACGTTAAATAACCTGCCTTCAACTTGGTTGTTTACTATTCTACATGAAGTCATGGGTGACTCTATGCCTGGCTGAAAGACACTAACTGACCCCATTTCATCATTGTGTAGATAGGCTGCTCATCCCATAGTCCTCTCCACTACAACCTTTTGTTGAACTACTTTGTCCAGCATTAGACTCTGAGCTGCTGTTTGACGTCATGTGACAGGATGTCTGCTCTGTGAATGGATTAGGAAATTGGATTCCTTAGACCTTGTGATGTGCACATGGAACCGGTGAAGGAATCAATTTGTCTTAGAGATGTTGGTTTTGTGGTTGAGTGGGGAgagtataaaataatattttttaaattgctATCAGCCAACATTCTGGGCAATATGGGGTTGCATTTGCCCTGTTGTTTTTGGGATGAATATTTTTTTACATGGAAAATGAGTGGCACAATGCATTCAATAAAAGctcagtaaaaaataaataaaa

Function

NR:

description
PREDICTED: cysteine protease ATG4D-like

GO: NA

KEGG:

id description
K08342 ATG4; cysteine protease ATG4

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036941246.1 False 2294 mRNA 0.47 10 44944449 44956000
XM_036941244.1 False 2522 mRNA 0.48 11 44944451 44956000
XM_036941245.1 False 2447 mRNA 0.48 10 44944452 44956000
XM_036941243.1 True 2527 mRNA 0.48 11 44944456 44956000

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110485188 LOC106601310 coding upstream 498 44878675 ~ 44943951 (+)
LOC110486520 LOC106607037 coding upstream 97441 44845151 ~ 44847008 (+)
LOC110486516 NA coding upstream 172125 44760430 ~ 44772324 (+)
LOC110486517 LOC106607033 coding upstream 184357 44753007 ~ 44760092 (+)
LOC110486515 LOC106586974 coding upstream 195816 44741769 ~ 44748633 (+)
LOC110486526 smarca4 coding downstream 11689 44967368 ~ 44996127 (+)
LOC100135849 LOC106607045 coding downstream 45558 45001558 ~ 45015370 (+)
LOC110486527 LOC100286593 coding downstream 63307 45019307 ~ 45025593 (+)
LOC118938604 NA coding downstream 67197 45023197 ~ 45023294 (+)
LOC110486529 LOC106607046 coding downstream 70189 45026189 ~ 45028620 (+)
G1178511 NA non-coding upstream 29609 44914608 ~ 44914840 (+)
G1178508 NA non-coding upstream 31456 44912785 ~ 44912993 (+)
G1178502 NA non-coding upstream 40728 44903085 ~ 44903721 (+)
G1178500 NA non-coding upstream 43219 44900897 ~ 44901230 (+)
G1178499 NA non-coding upstream 43815 44900331 ~ 44900634 (+)
G1178457 yo84 non-coding downstream 4089 44960089 ~ 44961764 (+)
G1178465 NA non-coding downstream 8021 44964021 ~ 44965492 (+)
G1178536 NA non-coding downstream 61677 45017677 ~ 45017927 (+)
G1178541 NA non-coding downstream 79675 45035675 ~ 45035971 (+)
G1178549 NA non-coding downstream 88951 45044951 ~ 45045202 (+)
G1178425 NA other upstream 80266 44859869 ~ 44864183 (+)
G1178363 NA other upstream 275990 44668068 ~ 44668459 (+)
LOC110486491 LOC106607082 other upstream 738879 44174050 ~ 44211083 (+)
G1177750 NA other upstream 822527 44118878 ~ 44121922 (+)
G1179156 NA other downstream 356330 45312330 ~ 45313033 (+)
G1179362 NA other downstream 506588 45462588 ~ 45462943 (+)
LOC110485192 LOC106601391 other downstream 573436 45529398 ~ 45554103 (+)
LOC118936304 LOC106601427 other downstream 1218028 46173911 ~ 46176562 (+)

Expression


Co-expression Network