G1141464 (LOC106605908)


Basic Information

Item Value
gene id G1141464
gene name LOC106605908
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048577.1
NCBI id CM023231.2
chromosome length 73332040
location 8365977 ~ 8470243 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1301533
tatcactgtacctgtaacagagtgattaaacagatcaacactatatataatatcactgtacctgtaacagacagagtgattaaacagatcaacactatatataatatcactgtacctgtaacagacagagtgattaaacagatcaacactatatataatatcactgtacctgtaacagacagagtgattaaacagatcaataccatatataatatcactgtacctgtaacagacagagtgattaaacagatcaacactatatataatatcactgtacctgtgacagacagagtgactccaggataGCCAGAATATTTCCCTCCAGTCTGATCTGTTATGAATCTGAACTTGTATTCAGCTGAGTCactctctctcagGTCTGTGATTTTCAGGGTGTGGACATTCATCCTATCACTACGGTACGTCACACGACCTTTGTAGTCTGGGTCGTCTCTCAGATTTACAATTTTAGTGAACCAGAAGGTTGTTGTGACTGTACCACTGGGATATGTGTAAAAGCAGAACAGATCCACTGATGACCCCTTCAAGGTACAGATACTCTGAGTGGTGTATGTCACACTCCAGCCATCCTGACCCAGTACCACTGAAACAGTCACGCAACACAATGGTGTCAGAATTAAGCCAGGCTAAGGGACAGATCAAGAGACAACAGATCAAGGTGTGCCATGCTACTATAGCTTGTGAAGCCTGGCCTACCGTAAATCTTCAATTAGCCTAGGTGTTTATTTGCCTACCGGTAAATCACTTAGAAACAAcaggggctttattacagacaggcttctatttgagccaggcttCTATTTTCTTAATGCACACTGCTTTCACTCATTTGCATAGTTAATCGTTTAATTCCATCGTTCATTTCcaacattttaatacatttcttaATTCCCTTCACTAATGTGATCCTACAGATCGCAATATACTGAGGGGCCCCAAAATAGCGGTGGGTTGTCAAACTTTTTGTTATTGATTTTTGAAGGGTTTTGTATTGgccacaggggagggtagtgcgtTGTTTCTCTGGTTTACATTTGCAGGTTTTACTCTAATTTCTTCCATGCTAGCTAAATGTCCTCATCTTCttgcatggcctccactacatcAAGGTGTTTCGGTACTTCCATTATACACTACGCTTTTACacagtctacctaccacaggtcagtatagtccacctaccacaggttaatatagtctacctaccacaggtcagtatagtctacctaccacaggttaatatagtctacctaccacaggttaatatagtctacctaccacaggtcagtatagtctacctaccacaggttaatatagtctacctaccacaggtcagtatagtctacctaccacaggttaatatagtcttcctaccacaggttaatatagtctacctaccacaggtcagtacagtctacctaccacaggtcaacatagtctacctaccacaggtcagtattgtctacctaccacaggtcagtattgtctacctaccacaggtcagtatagtctacctaccacaggtcagtatagtctacctaccacaggtcagtatagtctacctaccacaggtagACTATATTGTGTTTTTAGTTCTGATACTGAGATCCTCTGTCTGTTTCAGAGCGTCATTCTCCCAATGTGGCCATATATTCTCCCGGCAGACCCAGCTATTCAGGAAAGCTTAACCAGATCTGCCTCCTCTCCAGTCCGAGCGACTATTCCTCTCGTACATTAGACGTAAGGCTTCAGTATAGCCTAAAtaatcatttaaaatgtattaccttgtatatgtggcataaacacaaccagtcacaatGTTTTAATCTGATTAGGCAACTTCAGACGTCTCCTTTAGGCATGTGCACATTCGTCCAAAATGTAATTCCAGAATGCTCAAAATGGCCTGACATGAACCCGgcttccatccaacctttttatgcaaATAAAGTGCGTTGGATAAAAATGTTTATTACGATACAGTTTATTAGGATAAAGATTAAATATATTATGATggacttcacagggtggtgaaagtgcacggtgatgagcttgatgctcctttcaatAAATAGCATTttttgtctgtatctctgtaatgtgtctgtatctatgtaatgtgtctgtatctctgtaatgtgtctgtatctctgtaatgtgtctgtatctatgtaatgtgtctgtatctatgtaatgtgtctgtatctatgtaatgtgtctgtatctctgtaatgtgtctatgtaatgtgtctgtatctctgtaatgtgtctgtatctctaatgtgtctgtatctctaatgtgtctgtatctctgtaatgtgtctgtatctctgtaatgtgtctgtatctctgtaatgtgtctgtatctctgtaatgtgtctgtatctatgtaatgtgtctgtatctctgtaatgtgtctgtatctctaatgtgtctgtatctctgtatctctgtaatgtgtctgtatctctgtaatgtgtctgtatctctaatgtgtctgtatctctaatgtgtctgtatctctaatgtgtctgtatctctaatgtgtctgtatctctaatgtgtctgtatctctaatgTGTCTATctctaatgtgtctgtatctctaatgtgtctgtatctctaatgTGTCTGTATTtctaatgtgtctgtatctctaatgTGTCTGTAgactctgtaatgtgtctgtatctctgtaattgtaaatgtatttatgtaaaaCATAGGGACCACAATGTAAATAAGTCCCCGACTTTATTGTGCAATCCTTTAAAACAACAATCCTGGTCACTTTTAAAAAActctttgtatttttttaactgatcgataaaatcaatcaatcaatccaaactGAGCAGCAGCCATTTCATGAATGGAAAGAGAAACCTGTCACAAAACACCAACAAGTTGaatgacattcagagattgtCAAGCCTTCAATACTGGGTAAGACTACAAGGTAAGGAGgcatgtattttctgtttgtccAAATTGCGATCGAGTATTGATTGTGGTTTTAAAAATGCAAACCATGATATTGAAGTGCTCGAAGTCATTAGACTTTTGTGTCTGTCTTGGTTGTGTGGTGttttggcacagaaacctgttggtggaaaatgtGTTGCCTGCtattttatatactgtacatacaaatatggcatcaaaatgttgaaaatctgagTGAGCTCGGTGGTcggcgaaccctcaaccttctggccaaTAACTCTGCGTGGAAGTAACTGTGCCACAAAAACGTGTTGAAGTGGCGAAGTCAATTTTCACATTTATAAACACACAGTCGCTATATAATGATTACTaactgggtgggttgagattatcaaatataaaagcactaaaacTCTCCAAAAGCTTCACTTGTACAAAAGTTTTACttgaacccaaaatggttctcaagtagattactaagaacAGCTCATGCCTTGTTGATAAATGGCCATTTTGTCTTTGTTCAGATTGCCATGTCTGTTCGATGAATAGAAAATGAAACCTTCAAAGTATctgtctttttcaaacaagcattgcagagctggttacaatttacatttcattaaaaaagataaaccataatatttgttgtaatatttgttctaacTCAAAtatgctggttgataaaatacctgtatttatgggaaataTGTTTGAAAGgggtattttgtttttaaattatattgtGAATTGGATTGGTAGAATTATGTATTTCATGGAGTTGATCGGAATTGTATGGGAAGGTCTGCTCAGTCCAAGATGTGGAATCTAAATTCCAGCATTCACTCAAAAGTTAAAGGTCATTGTCTGGAAAACCTAATATATAAGAAAGCATAATGATAGTAAGAGAATAGCATTGTGAGGCCTAGCTTTGGTTTGATGCTGTtgctcttcagtccaggttctgtggtggttctcttcagtccaggttctgtggtgggTCTCTTCATTTCTCATAATCGGAGAGCTCAGTATCTATCTGAGGGGCTGTGTCACTGCGAAGGTCACTGCGAAGTCCCTCACA
>TU1301536
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>TU1301531
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>TU1301534
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>TU1301535
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Function

NR:

description
PREDICTED: B-cell receptor CD22-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1301533 False 4051 lncRNA 0.38 5 8365977 8467581
TU1301536 False 1053 lncRNA 0.41 2 8383052 8384160
TU1301531 False 1912 lncRNA 0.39 4 8391896 8470243
TU1301534 False 1106 lncRNA 0.41 4 8391896 8449632
TU1301535 True 738 lncRNA 0.38 3 8391896 8447248

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
atpv0e2 va0e2 coding downstream 96287 8265675 ~ 8269763 (-)
LOC110485582 LOC106591223 coding downstream 103037 8225298 ~ 8262940 (-)
LOC110485578 LOC105012087 coding downstream 164957 8180481 ~ 8201020 (-)
LOC110518530 LOC106591329 coding downstream 246834 8098509 ~ 8119143 (-)
LOC110485610 hoga1 coding downstream 285630 8058941 ~ 8080347 (-)
ncf4 p40phox coding upstream 184863 8655106 ~ 8696718 (-)
LOC110515367 LOC106591437 coding upstream 258980 8729223 ~ 8738426 (-)
LOC110515366 pla2g6 coding upstream 268492 8738735 ~ 8787152 (-)
LOC118938524 LOC106590932 coding upstream 399778 8870021 ~ 8872667 (-)
LOC118938192 NA coding upstream 403791 8874034 ~ 8878068 (-)
G1141460 NA non-coding downstream 5429 8358470 ~ 8360548 (-)
G1141476 NA non-coding downstream 25632 8338935 ~ 8340345 (-)
G1141461 NA non-coding downstream 64384 8276630 ~ 8301593 (-)
G1141458 NA non-coding downstream 89546 8276122 ~ 8276431 (-)
G1141531 NA non-coding upstream 1810 8472053 ~ 8474297 (-)
G1141532 NA non-coding upstream 4794 8475037 ~ 8475885 (-)
G1141540 LOC106591278 non-coding upstream 34679 8504922 ~ 8516728 (-)
G1141580 NA non-coding upstream 129153 8599396 ~ 8599690 (-)
G1141582 NA non-coding upstream 137262 8607505 ~ 8612332 (-)
G1141490 NA other downstream 33459 8331135 ~ 8332518 (-)
G1140367 LOC106601621 other downstream 670231 7409260 ~ 7695746 (-)
G1141579 NA other upstream 120722 8590965 ~ 8592898 (-)
G1141636 cbx6 other upstream 323614 8793857 ~ 8797212 (-)
LOC110494947 NA other upstream 490064 8960307 ~ 8972481 (-)

Expression


Co-expression Network