G1157292


Basic Information

Item Value
gene id G1157292
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048577.1
NCBI id CM023231.2
chromosome length 73332040
location 25082584 ~ 25105138 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1319787
TCACAAAAGAAACGTCTCGTTGGGTCTCACTTTCTCGTTTGCACTAGaagctttgattatttttttAACACGAGGCTATATCCGCTTGCCATGGATCAATCACCACCATACCAGCCAGAGTTTGTCCCAATGAAAGAAAATAAGTACACTCACGGAGTGGCCAAGTTCCAACATACCGTCGTCTTGGGACAGCCACAGCCCGTTGTACCTCAGCCCAGGGATCACATTATCTGGTCACTTTGCAGCCTCGTGTACGGCAACCCATTCTGTCTCGGAATGTTAGCGGTGTATTTCTCCATAAAGTCCAGGGATAGGAAGATGGTTGGAGACTTGGAGGGAGCAAGAAAACTCGGGAAGACTGCATGCTGCTTTAATACTGTGACTCTGACTTTGACAATCCTCGGGCTGCTCTTCTTCTTCATCACCTATGGTATCATCATCTACCAAGTTGCACACTGAGGAGATCCAGTCTTtgcttttgaaaaaaaaaatgttcattTGAAGTCTTGGCAGGTGTTATACATCTCTAGGATTGTGTCCTGATATACATTCCAGCTCATCTCTTTAATACACACACGCCACAGATGTTCCTTCAGCACTGTGTACCAGATCTTATTTGCTCTTCTTTAGTTTTGTGTTTTAAGGACGCAAGATGAATCTTCTGAAGTTCCattcaaatgtaatttttttatGAATAAATTAAACATTTTTGTAAATGCATTACATTTCAGTTTTTATAGCTGTGAATGGATGTTAACGACTCTGTGAGACATACACTCACTTAACAAGAACACAATTCCCATGGCTTTGTATCTACTTGGCAGAGACAGCGTAACAGAACTTGTCTCGGGTCAGCATTTAAACTGTTTACTGAATCTGAGAGGTCAATGAACATACATATCCTGACATGGCTTGTCTTTGTTGTCGCTCTCCAACCAAGTTTAAGCCACAATCTGTACTATTTATGGTTGCTAAGATTACTTGTCCTTGTGTGATATAAAGATGTAGGAATTAGAGTATGTTGAACAACTTTATCAACCCCAAGAATGAACAGTATTAGGTGTTTTTGACCTATTACTCTGATTCAACATCTGTTAATAATTTGTTAAAGTGGAATTTCCAGCGGTGTAGAAAGTCCAGGCCTGGTTTCCGGAGACAAGCTATGTCACCAGGAATCCCTGGCTGGCTGTGTACTGTGGTACTCTTGAATATCTATTTTCCCTCTGGATAAATATACTGTGTAGGTTTGATGGGTAAAAAAACCCACTATTAAATTCATGGCCCTGTTAAAATACTTACATTTATCATTCCTTCTATCCTTCCCCTTCTTTCTGCCTTATCTGACAAAGGTGGATTGGTGAAAGCAATAGCTGCAGACTTTATCCATTTATACACAGCGATTGCTTACTTTaagatggggaggaaggagacAGTAGGGCTTGTAACAAGGATGCATTTTTATAGGGATTCACACAGGTTTCCTCTTGTCAGTATAGTTATTGAAGGGAAGCAGATCAGTAGAGTGAGTTGATCTAGATCAGATGATTGGGACAAAGCTAAAACaagatatatataaaaacatctcCAGGAAATGATGGCATTATCAGTGAATTCTATAAATATTTTCAGGGGGATATTATTGAGTTTCTATTCAATGTTTTTAAGGAGGCAATTGATTTAGGGGTCCTGCCTGTTTCTATGACACAATGCCTAATTTCTGTAATACCCAAACCAAACAAAGATTCTATGATGTTAGAAAATTGGAGACCAATCACATGAATGAACAATGATGGAAAGCCACTTGCATCCATCTTTGCAGAAAGTTCTTGACCAAATCATTGATGAAACCCAGTCTGGTTTTATTAAGGGCAGACCTATATGTAATAATATTTGACTAGTATTGTACTTGATAGACTACAATGAGCACACTATGGAAGATAGCTTAATTTTATTTGTAGACTTTTACAAGGCATTTGATACCGTTGAACATAATTTTATTTTTGAGACTGTTCGATTGTTTGGTTTTGGTCAATattttcaaagtgtaattaagacACTTTACAATAGTAAAGTCTCTGTTAAATTATCCCATGGAACTTCACAAAGATTGGACATTAGACGTGGAATTAAACAGGGATGCCCAATTTCTCCtttcttatttttattggtcacacaagTTATGGCACCGCATATAAATAAGAATAGTTTTAGGGGTATTCAGATACAAGACAAAGAGATAAAATGTTCACAATTGGTTGACGACACCACCATTTTTTTGAAATATTATAATGAAGTCAAGAAAGCTATTGAGTGTATTAATGCCTTCACACATGTATAAGGTTTATCTTTGAATattaggaaatgtgaattatttgcTTTGAAAAGATGTGACTTAAACTCAGTATGTAATATACCTGTAAAAGATGTGACTTaaactcagtatgtaatatcCCTGTAGATGATGGGACTTaaactcagtatgtaatatcCCTGTAGATGATGGGACTTaaactcagtatgtaatatcCCTGTAGATGATCGGACTTaaactcagtatgtaatatcCCTGTAGATGATCGGACTTAAACTCAGTATTTAATATCCCTGTAGATGATCGGACTTaaactcagtatgtaatatcCCTGTAGATGATCGGACTTAAACTCAGTATGTAATTTCCCTGTAGATGATGGGACTTaaactcagtatgtaatatcCCTGTAGATGATCGGACTTaaactcagtatgtaatatcCCTGTAGATGATGGGACTTaaactcagtatgtaatatcCCCGTAAAAGATGTGATCACATATCTTGGTGTTACAGTTAGCAAAGATCAGAAAGAAAGGGCCAACTTAAATGTCTCTCCTATTGTAGAGAAAATTGGAAAGAGATTTAACTCCTGGTTATTAAAAGATCTTTCTTTATCTGGATGTGTACTTTTATTAAAATGTGAAGGTCTGTCCAGATTAGTTTATACCTCCCTTGCCTTGGATGTTCCTCTGTCAGTAACTAAAATGGTTGATCCTAAATTATTTAACTTCATATGGAGGAATAAACATCATTATTTAAGAAAAGCGGTAATATGTAGCACCCAAGGTGAGGGAGGGTTGAATACTCTGGATTTTAAAACCTCTAATATAATATTTAAGTTTAAATGGATACAAAACTACTTAAGAgattgtcacgactcctaccgaaggtggctcctcttcctgttcaggcggtgctcggcggttgtcgtcaccggtctactagctgccaccgatcccttttctattttctgttttgtgtctttctgcacctgacaggactgtttcggttttcgttcattctctttgttatttttgttatttcagtgttcagttctaaTAAAAG
>TU1319792
AAATTTCTCGTTTGCACTAGAGCTTTGATTATTTTTTTAACACGAGGCTAAATAAGTAGCAATATTCGCTTGCCATGGATCAACCACCACCGTACCAGCCAGAGTTTGTCCCAATGAAAGGAAATAAGTACATGCGTCTTGAAGACACTCACGGAGCGCCCAAGTTCCAACATACCGTCGTCTTGGGACAGCCACAGCCCGTTGTACCTCATCCCAGGGATCACATTATCTGGTCACTTTGCAGCCTCGTGTACTGCAACCCATTCTGTCTCGGAATGTTAGCGGTGTATTTCTCCATAAAGTCGAGGGATAGGAAGATGGTTGGAGACTTGGAGGGAGCAAGAAAACACGGGAAGACTGCATGCTGCTTTAATACTGTGACTCTGACTTTGGCAATCCTCGGGCTGCTCTTCTTCATCACCTATGGTATCATCATCTACCAAGTTGCACACTGAGGAGATCCAGTCTTTgcttttgtaattttttttaaatttgaagTCTTGGCAGGTGTTATACATCTCTAGGATTGTGTCCTGATACATTTCAGCTCATCTCTTTAATACACACACGCCACAGATGTTCCTTCAGCACTGTGTACCAGATCTTATTTGCTCTTCTTTAGTTTTGTGTTTTAAGGACGCAAGATGATTTTTTTTAAGTTCCattcaaatgtaatttttttatGAATAAATTAAACCTTTTTGTAAATGCATTACATTTCAGTTTTTATAGCTGTGAATGGATGTTAACGACTCTGTGAGACTCATCCCATATAGACATACACTCACTTAACAAGAAAACAATTCCCATGGCTTTGTATCTACTTGGCAGAGACAGCGTAACAGAACTTGGCTCGGGTCAGCAATTAAACTGTTTACTGAATCCGAGAGGTCCATGAACATACATATCCTGACATGGCTTGTCTTTGTTGAATGAACAGTATTAGGTGTTTTTGACCTATTACTCTGATTCAACATCTGTTAATAATTTGTTAAAGTGGAATTTCCAGCAGTGTTGAAAGTCCAGGCCTGGTTTCCGGAGACAAGCTATGTCACCAGGAATCCCTGGCTGGCTGTGTACTGTGGTACTCTTGAATATCTATTTTCCCTCTGGAGAAATATGCTGTGTAGGTttgatgggtaaaaaaaacactATTCAATTCATGGCCCTGTTAAAATACTTACATTTATCATTCAGCAGGGCTTGTAACAAGGATGCAAATTTATAGGGATTCACACAGGTTTCCTCTTGTCAGTATAGTTCTTGAAGGAAAGCAGATCAGTAGAGTGAATTGAACTAGATCAGATGATTGGGACAAAGCTAAAAATAAATAGTGTGAGCTGGGGGCCATTTTCAGGCTCCTTGCAAAGCtcgatagcctgcagagttctgggCCCTTTCGGGGCTAAAAGGAGGAGGAGACTATGGCTTAATGTTTttatgccaagagtgtgccaagctgtcatcaaggcaaagggtggctactttgaagaatctcaaatataaaatatatttagagttGTTTCAAAGGATCGGGTtccttttttaaaactttttctcTTATGTAATATGATatatccaaatctaactgcctgtagctcaggacctgaagcaaggatatgcatattcttataCTTTTATttagtaccatttgaaagaaaataatTTCTAGCTGCCATCCATATGTTtccactgtgctgtgatgtttcaaaAACCTTTATAATCTCAGAGTATTATATGATTGATTGACTTTTCCAATCAcacagcagtgctatttgcagagttagctgcaagtaaatgttgcaatttttcTGCCTTTCCTGtgcctgcgaccaaaaacaagctgcATATGGGCATTACCAcaagtgatctaatgattctATCTCTTCGAAGCACAAtgtgcagagctgggatggttgtatcccccatctataacattctattagttgcaagaattttgtataataatttaaatagaaAAACTCAACATTTTGAATCTGTCAtcattttgtgtatcagttcataaaccatgtgccatggaattggtacattgaaaatctcctcccaactattttgcaacctTTATGGTGCAGCTGtgaattttttggtccttaaattaaacaggtatactttattatttataaaaaaaatgtgtttagccTATTTTGCTCTTTAATGCTGGGCCGACAAACACATTCCTTACCTTCTCCAcgttccacttgcctcctccgtgtttgcggtaatgctgcaaaCAGTTCGTTGTCattttggatagagcagacatttccacaTTTCCCTACAAACTATGGGTATTGATCATATTCCGGCCTCTAATAGAAAAGGGGGCCCATCTTAAACAGTTAAACCATGGGGAAAGTTttgggatttacaaactacaggccactaaataccctggtttaaatgaagatatggatttctcaCCCTTCCTGTAGGGTCGTGATGGATCCATTTGCTGTCATCTTGTGGACATTTTGCTCAATTGGCCTCAGCTATGGTTagactgttgttgttcatgttttgctgtgttctagtgtactatggaatatatagctttcttattcttgacacttctcccagtcatatttaaggttagaactaccttttagtgttctgatacttctagtttggagttgtatttttatgataacatagctacagtatttcaccttttaatgtgtatagtattgcttactaggtgtgtccaatcaattgtgtaaccactccctcttccaatTAGGGCTAATTGAAAAACTTAAAAAAGAGGACCTTGTATTCCTTTTTTTGTACTCCCTggcgaaggccatgcagccgaaactcGTCGGTTTTTAAAAAacgttgtttctattgaacatgccatactaaaAGGCATTTTAaatcaattatatgaagagtgccttggtcctcctttctttttgatgcactgtatatgtaactTGAAATCACCTGAGATCACAATTTTGTTATAATTTGGATGAATGATTAACAGAAATTCTGAGAAATCAGCTAAGCAAAGTGGGACATGGCTTTCGTGGTCTATAGAGGGTTTCGACAAGCACAGATCATTGTCATTTTAACAATACAGCATGATGTTTAAAGTAACTGAGGTGACCGACAGATGTCCCTGCCATTTAGAGCATTTGAAAAATAGTGACTGTCACTCcacctttttt

Function

NR:

description
Interferon-induced transmembrane protein 3

GO: NA

KEGG:

id description

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1319787 False 3382 lncRNA 0.37 3 25082584 25086410
TU1319792 True 3191 TUCP 0.39 2 25101540 25105138

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
iip iip coding upstream 9908 25071552 ~ 25072676 (+)
LOC110486039 LOC106586175 coding upstream 16992 25047841 ~ 25065592 (+)
LOC110486038 LOC106586164 coding upstream 86148 24904051 ~ 24996436 (+)
LOC110486034 LOC106586144 coding upstream 364047 24707147 ~ 24719985 (+)
LOC110486033 LOC106564832 coding upstream 458396 24554945 ~ 24624188 (+)
LOC110486040 ifm3 coding downstream 4155 25090565 ~ 25091740 (+)
LOC118938245 NA coding downstream 7135 25093545 ~ 25104730 (+)
ifm3 ifm3 coding downstream 15114 25101524 ~ 25102652 (+)
LOC110486044 LOC106586224 coding downstream 54789 25141199 ~ 25143963 (+)
LOC110486045 s5a2 coding downstream 81755 25168165 ~ 25188384 (+)
G1157309 NA non-coding upstream 11561 25070642 ~ 25071023 (+)
G1157286 NA non-coding upstream 56119 25026262 ~ 25026465 (+)
G1157284 NA non-coding upstream 58750 25023473 ~ 25023834 (+)
G1157282 NA non-coding upstream 60922 25021366 ~ 25021662 (+)
G1157266 NA non-coding upstream 85113 24997259 ~ 24997471 (+)
G1157617 NA non-coding downstream 105948 25192358 ~ 25192584 (+)
G1157643 NA non-coding downstream 109935 25196345 ~ 25196646 (+)
G1157653 NA non-coding downstream 120053 25206463 ~ 25206703 (+)
LOC110486047 tmem63b non-coding downstream 134406 25220536 ~ 25319211 (+)
G1157667 NA non-coding downstream 235817 25322227 ~ 25322831 (+)
G1157117 NA other upstream 318238 24764102 ~ 24764346 (+)
G1156247 NA other upstream 753621 24326783 ~ 24328963 (+)
G1156089 NA other upstream 1078616 23998646 ~ 24003968 (+)
LOC110485992 LOC106585723 other upstream 1483581 23595876 ~ 23608606 (+)
pitpnc1a LOC106585713 other upstream 1510804 23511706 ~ 23591433 (+)
G1157292 NA other downstream 15130 25082584 ~ 25105138 (+)
LOC110486053 polr3f other downstream 326699 25410869 ~ 25419361 (+)
G1157952 LOC106584892 other downstream 376517 25462927 ~ 25463458 (+)
G1157972 NA other downstream 386712 25473122 ~ 25473978 (+)
LOC110516920 LOC106578598 other downstream 770222 25813029 ~ 25872772 (+)
LOC110486051 LOC106584925 coding downstream 257691 25362829 ~ 25376936 (+)
LOC118938060 NA coding downstream 285358 25390496 ~ 25392938 (+)
G1158563 NA other downstream 1005358 26110496 ~ 26115864 (+)

Expression


Co-expression Network