G1159717


Basic Information

Item Value
gene id G1159717
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048577.1
NCBI id CM023231.2
chromosome length 73332040
location 28446555 ~ 28453056 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1322561
atattatgacagaccagctagacctactggctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattaaaacagaccagctagatctaccttctctactatattatgacagatcagctagacctactgtccctattaattatgagagaccagctatatctactgtctttactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatatcatgacagaccagctagatctactgtagctattatagtatgacagtccagctagatctactgtctctattatattaaaacagacagctagatctaccttctctactatattatgaaagaccagctagacctactttcccttttaaattatgacagaccagctagatctactgcctctagtatattatgacagcccagctagatctattgtatctattatattatgacagaccagctagacctactggctctactatattatgacataccagctagacctactggctctactatattattacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagacgatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctactatataatgacagaccagctagacctactggctctcctatattaagacagacaagctaggtctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctactttctctatcaaattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgccagaccagctaggtctactgtctctattatattatgacagaccagctaggtctactgtctctattatattatgacagaccagctagacctactgtccatattaaattatgacagaccagctagatctactgtctctactatattatgacaggccagatagatctactgtacgTTCGATAGTattacagaccagccagatctactgtctctattatattatgacagacaatctactgtctcttttatattatgacagaccagctagatctactgtctctactatataatgacagaccagctagacctactggctctactataatatgaaagaccagctagatctactatctctattatatttgaacagaccagctagatctaccttctctactatattatgaaagaccagctagacctactttccctattaaattatgacagaccagctagacctactgtctctattatattacaacagaccagctagatcgactgtctctactatgttatgacagatcagctagatctactgtctgtactatattatgacagacaagctagatctactctctctattatattacaacagaccatctagatctactgtctctactatgttatgacagatcagctagacctactgtatctattatattatgacagaccagctagatctaccttctctacaatattatgacagaccagctagatctactgtctctagtatattttgacagacaagctagatctactgtctctattatattatgccagaccagctagatctactgtctctactatataatgacagatcagctagacctactggctctactatattatgacagacctgctagatttactgtctctattatattatgacagaccagctggacctactgtccatattaaattatgacagaccagctagatctactgtctctactatattatgacaggccagataggtctactgtatgttcgatagtattacagaccagccagatctactgtctctattatattatgacagacaatctactgtctcttttatattatgacagaccagctatatctactgtctctactatataatgacagaccagctagacctactggctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctaccttctctattatattatgaaagaccagctagacctactttccctattaaattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctactatataatgacagaccaactagatctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctaccttcgctattatattatgaaagaccagctagacctacttttCCTATtaatttatgacagaccagctagatctactgtctctactatataatgatagaccagctagacctactggctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctaccttctctactatattatgaaagaccagctagacctactttccctattaaattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctaccttcgctattatattatgaaagaccagctagacctactttccctattaaattatgacagaccagctagatctactgtaggtattatattatgacagaccagctagatctactgtctgtactatattatgacagaccagctagatctactctctctattatattacaacagaccagctagatctactgtctctactatgttatgacagatcagctagacctactgtccctattaaattatgacagaccagctatatctactgtctttactatattatgacagaccagctagatctactgtagatattatattatgagagaccagctatatctactgtatgtattatattatgacagaccagctagatctattgtagctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctattgtagctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctactgtctctactatataatgacagaccagctagacctgctggctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctaccttctctattatattatgacagacaatctactgtctcttttatattatgacagaccagctatatctactgtctctactatataatgacagaccagctagacctactgtctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctaccttctctattatattatgaaagaccagctagacctactttccctattaaattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctactatataatgacagaccaactagatctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctaccttcgctattatattatgaaagaccagctagacctacttttCCTATtaatttatgacagaccagctagatctactgtctctactatataatgacagaccagctagacctactggctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctgtactatattatgacagaccagctagatctactctctctattatattacaacagaccagctagatctactgtctctactatgttatgacagatcagctagacctactgtccctattaaattatgacagaccagctatatctactgtctttactatattatgacagaccagctagatctactgtagatattatattatgagagaccagctatatctactgtatgtattatattatgacagaccagctagatctattgtagctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctattgtagctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctactgtctctactatataatgacagaccagctagacctgctggctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctaccttctctattatattatgacagacaatctactgtctcttttatattatgacagaccagctatatctactgtctctactatataatgacagaccagctagacctactgtctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctaccttctctattatattatgaaagaccagctagacctactttccctattaaattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctactatataatgacagaccaactagatctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctaccttcgctattatattatgaaagaccagctagacctacttttCCTATtaatttatgacagaccagctagatctactgtctctactatataatgacagaccagctagacctactggctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctaccttctctactatattatgaaagaccagctagacctactttccctattaaattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattagaacagaccagctagatctaccttcgctattatattatgaaagaccagctagacctactttccctattaaattatgacagaccagctagatctactgtaggtattatattatgacagaccagctagatctactgtctgtactatattatgacagaccagctagatctactctctctattatattacaacagaccagctagatctactgtctctactatgttatgacagatcagctagacctactgtcccta

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1322561 True 5257 lncRNA 0.36 2 28446555 28453056

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110513252 NA coding upstream 98019 28338501 ~ 28698821 (+)
LOC118938258 NA coding upstream 109230 28336680 ~ 28337325 (+)
LOC110487363 LOC106594826 coding upstream 244961 28180784 ~ 28201594 (+)
LOC110487371 NA coding upstream 368953 28074969 ~ 28077602 (+)
LOC118938252 LOC106566134 coding upstream 381887 28061766 ~ 28064668 (+)
LOC110487355 LOC106561190 coding downstream 19277 28472333 ~ 28500669 (+)
LOC110487378 LOC106613297 coding downstream 142909 28595965 ~ 28603570 (+)
LOC118938254 NA coding downstream 151533 28604589 ~ 28608693 (+)
LOC110487366 NA coding downstream 254639 28707695 ~ 28713789 (+)
LOC118938259 LOC106566139 coding downstream 263762 28716818 ~ 28721736 (+)
G1159718 NA non-coding upstream 90 28438577 ~ 28446465 (+)
G1159719 NA non-coding upstream 8493 28412541 ~ 28438062 (+)
G1159716 NA non-coding upstream 14478 28411566 ~ 28432077 (+)
G1159553 NA non-coding upstream 92879 28348644 ~ 28353676 (+)
G1159699 NA non-coding upstream 108755 28337490 ~ 28337800 (+)
G1159715 NA non-coding downstream 5943 28458999 ~ 28468307 (+)
G1159741 NA non-coding downstream 25968 28479024 ~ 28494896 (+)
G1159742 NA non-coding downstream 30790 28483846 ~ 28485979 (+)
G1159779 NA non-coding downstream 91490 28544546 ~ 28550485 (+)
G1159781 LOC106561441 non-coding downstream 98786 28551842 ~ 28552803 (+)
G1159684 NA other upstream 188581 28252530 ~ 28257974 (+)
G1159631 NA other upstream 320917 28119665 ~ 28125638 (+)
LOC118938246 LOC106595566 other upstream 580848 27863508 ~ 27865760 (+)
G1159435 NA other upstream 660390 27780222 ~ 27786165 (+)
LOC110485129 LOC106591690 other upstream 664205 27768154 ~ 27788573 (+)
G1159924 NA other downstream 365678 28818734 ~ 28819448 (+)
G1161908 NA other downstream 845702 29298758 ~ 29299656 (+)
si:ch211-126j24.1 LOC106585260 other downstream 910996 29266618 ~ 29370947 (+)
G1162364 NA other downstream 1041306 29494362 ~ 29494902 (+)

Expression


Co-expression Network