G1177643


Basic Information

Item Value
gene id G1177643
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048577.1
NCBI id CM023231.2
chromosome length 73332040
location 43877142 ~ 43880341 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1343019
cctgtctatctctcactccctctttcctcctgtctctctctcccccttttcgtcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctttcctcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctttcctcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctcactccccctttcctcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctcccccttcccccctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccctctttcctcctgtctctctcactccctctttcctcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccctctttcctcctgtctctctctcccccttttcgtcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctcgttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccctctttcctcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcttgtctctcactccccctttcctcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccctctttcctcctgtctctcgctcccccttttcgtcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctttcctcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctttcctcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcttgtctctcactccccctttcctcctgtctatctctcactccctctttcctcctgtctctctctccccctttcctcctgtctctcactccccctttcctcttgtctctcactccccctttcctcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccctctttcctcctgtct
>TU1343018
cctgtctatctctcactccctctttcctcctgtctctctctcccccttttcgtcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctttcctcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctttcctcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctcactccccctttcctcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctcccccttcccccctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccctctttcctcctgtctctctcactccctctttcctcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccctctttcctcctgtctctctctcccccttttcgtcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctcgttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccctctttcctcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcttgtctctcactccccctttcctcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccctctttcctcctgtctctcgctcccccttttcgtcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctttcctcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctttcctcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcttgtctctcactccccctttcctcctgtctatctctcactccctctttcctcctgtctctctctccccctttcctcctgtctatctcactctccctctttcctcctgtctatctctcactccccctttcctcctgtctctctctccccctttcctcctgtctatctcactctccct

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1343019 False 1496 lncRNA 0.54 3 43877142 43880341
TU1343018 True 1486 lncRNA 0.54 2 43878720 43880341

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118938309 LOC106601194 coding downstream 123839 43752130 ~ 43753303 (-)
LOC110486471 LOC106595933 coding downstream 126440 43747528 ~ 43750702 (-)
LOC118938081 LOC106591500 coding downstream 148886 43727232 ~ 43728256 (-)
LOC118938308 LOC106591500 coding downstream 179534 43695000 ~ 43697608 (-)
LOC118938553 LOC106591500 coding downstream 194142 43680432 ~ 43683000 (-)
zgc:158403 LOC106601368 coding upstream 98443 43977147 ~ 43992248 (-)
tspan35 LOC106601289 coding upstream 118111 43998452 ~ 44010679 (-)
LOC110486478 LOC106601191 coding upstream 136249 44016590 ~ 44021722 (-)
epor LOC106601362 coding upstream 143712 44024053 ~ 44029014 (-)
rab3db LOC106601190 coding upstream 149614 44029955 ~ 44043512 (-)
G1177608 NA non-coding downstream 5668 43823214 ~ 43871474 (-)
G1177610 NA non-coding downstream 7803 43868189 ~ 43869339 (-)
G1177614 NA non-coding downstream 11884 43833450 ~ 43865258 (-)
G1177634 NA non-coding downstream 12940 43858602 ~ 43864202 (-)
G1177633 NA non-coding downstream 40355 43835558 ~ 43836787 (-)
G1177707 NA non-coding upstream 92807 43973148 ~ 43973355 (-)
G1177719 NA non-coding upstream 115413 43995754 ~ 43995962 (-)
G1177897 NA non-coding upstream 134231 44014572 ~ 44014850 (-)
G1177907 LOC100136012 non-coding upstream 183810 44064151 ~ 44064964 (-)
LOC110486490 NA non-coding upstream 235699 44116040 ~ 44118663 (-)
G1177552 NA other downstream 261134 43601363 ~ 43647736 (-)
G1177238 LOC106607096 other downstream 462039 43414159 ~ 43415103 (-)
G1177175 NA other downstream 514788 43352501 ~ 43362354 (-)
G1177047 NA other downstream 800789 43059430 ~ 43076353 (-)
G1176972 LOC106607127 other downstream 827598 43039174 ~ 43049544 (-)
G1177709 LOC106601291 other upstream 93198 43973539 ~ 43974057 (-)
G1178281 NA other upstream 582613 44462954 ~ 44463226 (-)
LOC110485184 LOC106601341 other upstream 603281 44467268 ~ 44545484 (-)

Expression


Co-expression Network