G1179318


Basic Information

Item Value
gene id G1179318
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048577.1
NCBI id CM023231.2
chromosome length 73332040
location 45453959 ~ 45455854 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1344940
GTTTAAtttgcaattcaaataaattccaGTATGGTAATAAGCAGATATTAGAGGCAGGTACAATATATATGTTAAGTCCACTTGTGCTTTATCCTGACGTTGCTCTCTAATCAGAAGCATACATTATCTGATTTGATCATCTGGAGCCTTCAtttacataattacaaatcagGTATAAAATGTAGACTTTTACAAAAGTTGCATATAAAATATAGTCAACCCATGCCTTCCCAAGGAAAGCATCCTTCATTTAGGGTCATTTCCAAAACAAGTGCTCATTTTGGTAAACAAAGTTAAATAAGGTTGCAGAAACCAAATTGATGAGAACAAGCGAATAAAAAATAAAGGCAAAACATTTGAGCTAGTGTCATCAGACAATTTTGATGGTGTCGTGTCATCAGACAATGTTGATGGTGTCGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTCGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTCGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTAGTGTCATCAGACAATGTTGATGGTGTCGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTCGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTCGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTAGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTCGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTCGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGACGGTGTAGAGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTAGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTCGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGACGGTGTAGAGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTAGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGACGGTGTAGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTAGTGTCATCATATGGGGACACCATATGGGGCATCCAGTATATTGCATAGCTACTACTGTATGTCTGCTAACACAATCATACAGTATATGTCCTACACATTAACATTATAGTTTAGGAGAATAGTAAATGATTGTATAATTTCATTGGGTTTAAATTCTAGATAATTTCAGATACATGAAGTCAACTCAGTTGATGGCCAGTTGATGGCCTATGCTTCTCATGGGGCGATGGGCCTAAGTAATTAAGTAACTCAGAAATCTAATAGATAAATACATTTACTCGAATAGTGTTTTTCCCTTTACAGAAGCACTGTATGCCATTGTGTTGGTATTATCCGTATTACTACTACATATGTTCATATACAGTTGATGTAAGCTCAAACACATGTAACATAAAACACACATCATAGGTTTCCATCCATGGTTGCTGGGAAATATGCACTGACTAGAACATACACAGAATGTGCATATATCTGAATTGGCATGTACCCTATGGCTGACAATTAAAATGCATTACAGCACTCTATAGGAAAAGTTACTCAATGATCTTCATTTAATGTAATAGATcgtcatgtacagtggggcagaaaagtatttagtcagccaccaattgtgcaagtcct
>TU1344941
GTTTAAtttgcaattcaaataaattccaGTATGGTAATAAGCAGATATTAGAGGCAGGTACAATATATATGTTAAGTCCACTTGTGCTTTATCCTGACGTTGCTCTCTAATCAGAAGCATACATTATCTGATTTGATCATCTGGAGCCTTCAtttacataattacaaatcagGTATAAAATGTAGACTTTTACAAAAGTTGCATATAAAATATAGTCAACCCATGCCTTCCCAAGGAAAGCATCCTTCATTTAGGGTCATTTCCAAAACAAGTGCTCATTTTGGTAAACAAAGTTAAATAAGGTTGCAGAAACCAAATTGATGAGAACAAGCGAATAAAAAATAAAGGCAAAACATTTGAGCTAGTGTCATCAGACAATTTTGATGGTGTCGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTAGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTAGTGTCATCAGACAATGTTGATGGTGTCGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTCGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTCGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTAGTGTCATCAGACAATGTTGATGGTGTCGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTCGTGTCATCAGACAATGTTGACGGTGTAGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTAGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTCGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTCGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTAGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTCGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTCGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGACGGTGTAGAGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGACGGTGTAGAGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTAGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGACGGTGTAGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTAGTGTCATCATATGGGGACACCATATGGGGCATCCAGTATATTGCATAGCTACTACTGTATGTCTGCTAACACAATCATACAGTATATGTCCTACACATTAACATTATAGTTTAGGAGAATAGTAAATGATTGTATAATTTCATTGGGTTTAAATTCTAGATAATTTCAGATACATGAAGTCAACTCAGTTGATGGCCAGTTGATGGCCTATGCTTCTCATGGGGCGATGGGCCTAAGTAATTAAGTAACTCAGAAATCTAATAGATAAATACATTTACTCGAATAGTGTTTTTCCCTTTACAGAAGCACTGTATGCCATTGTGTTGGTATTATCCGTATTACTACTACATATGTTCATATACAGTTGATGTAAGCTCAAACACATGTAACATAAAACACACATCATAGGTTTCCATCCATGGTTGCTGGGAAATATGCACTGACTAGAACATACACAGAATGTGCATATATCTGAATTGGCATGTACCCTATGGCTGACAATTAAAATGCATTACAGCACTCTATAGGAAAAGTTACTCAATGATCTTCATTTAATGTAATAGATcgtcatgtacagtggggcagaaaagtatttagtcagccaccaattgtgcaagtcct
>TU1344942
GTTTAAtttgcaattcaaataaattccaGTATGGTAATAAGCAGATATTAGAGGCAGGTACAATATATATGTTAAGTCCACTTGTGCTTTATCCTGACGTTGCTCTCTAATCAGAAGCATACATTATCTGATTTGATCATCTGGAGCCTTCAtttacataattacaaatcagGTATAAAATGTAGACTTTTACAAAAGTTGCATATAAAATATAGTCAACCCATGCCTTCCCAAGGAAAGCATCCTTCATTTAGGGTCATTTCCAAAACAAGTGCTCATTTTGGTAAACAAAGTTAAATAAGGTTGCAGAAACCAAATTGATGAGAACAAGCGAATAAAAAATAAAGGCAAAACATTTGAGCTAGTGTCATCAGACAATTTTGATGGTGTCGTGTCATCAGACAATGTTGATGGTGTCGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGACGGTGTAGAGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTAGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTCGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGACGGTGTAGAGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTAGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGACGGTGTAGTGTCATCAACCAATTTGTCATGATGGTTGATGGTGTAGTGTCATCATATGGGGACACCATATGGGGCATCCAGTATATTGCATAGCTACTACTGTATGTCTGCTAACACAATCATACAGTATATGTCCTACACATTAACATTATAGTTTAGGAGAATAGTAAATGATTGTATAATTTCATTGGGTTTAAATTCTAGATAATTTCAGATACATGAAGTCAACTCAGTTGATGGCCAGTTGATGGCCTATGCTTCTCATGGGGCGATGGGCCTAAGTAATTAAGTAACTCAGAAATCTAATAGATAAATACATTTACTCGAATAGTGTTTTTCCCTTTACAGAAGCACTGTATGCCATTGTGTTGGTATTATCCGTATTACTACTACATATGTTCATATACAGTTGATGTAAGCTCAAACACATGTAACATAAAACACACATCATAGGTTTCCATCCATGGTTGCTGGGAAATATGCACTGACTAGAACATACACAGAATGTGCATATATCTGAATTGGCATGTACCCTATGGCTGACAATTAAAATGCATTACAGCACTCTATAGGAAAAGTTACTCAATGATCTTCATTTAATGTAATAGATcgtcatgtacagtggggcagaaaagtatttagtcagccaccaattgtgcaagtcct

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1344940 False 1636 lncRNA 0.37 3 45453959 45455854
TU1344941 False 1739 lncRNA 0.38 3 45453959 45455854
TU1344942 True 1305 lncRNA 0.36 2 45453959 45455854

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110486542 LOC106608160 coding downstream 120927 45300733 ~ 45333032 (-)
pik3r6b NA coding downstream 240304 45200981 ~ 45213655 (-)
LOC110485191 LOC106601377 coding downstream 257982 45194711 ~ 45195977 (-)
zgc:171844 LOC106607059 coding downstream 260644 45182660 ~ 45193315 (-)
tom1 LOC106607057 coding downstream 279937 45166694 ~ 45174022 (-)
mchr1b LOC106601409 coding upstream 25146 45481000 ~ 45484678 (-)
trnas-aga-60 NA coding upstream 70735 45526589 ~ 45526670 (-)
LOC100135782 LOC106607000 coding upstream 196042 45651896 ~ 45654777 (-)
LOC110486550 LOC106601398 coding upstream 199044 45654898 ~ 45677812 (-)
LOC110486551 fbf1 coding upstream 225004 45680858 ~ 45692892 (-)
G1179346 NA non-coding downstream 8520 45444241 ~ 45445439 (-)
G1179344 NA non-coding downstream 10383 45443237 ~ 45443576 (-)
G1179209 NA non-coding downstream 101057 45352570 ~ 45352902 (-)
G1179208 NA non-coding downstream 108533 45345215 ~ 45345426 (-)
G1179121 NA non-coding downstream 183860 45269892 ~ 45270099 (-)
G1179625 NA non-coding upstream 82414 45538268 ~ 45538793 (-)
G1179630 NA non-coding upstream 91969 45547823 ~ 45548058 (-)
G1179629 NA non-coding upstream 92671 45548525 ~ 45549374 (-)
G1179658 LOC105891918 non-coding upstream 151540 45607394 ~ 45627018 (-)
G1179685 NA non-coding upstream 184036 45639890 ~ 45640411 (-)
il-8 il-8 other downstream 366829 45085269 ~ 45087130 (-)
G1178996 NA other downstream 401935 45051576 ~ 45052024 (-)
G1178982 LOC106607046 other downstream 425346 45026515 ~ 45028613 (-)
G1178958 LOC106607010 other downstream 472759 44969210 ~ 44981200 (-)
G1179619 LOC106601391 other upstream 73582 45529436 ~ 45530114 (-)
G1179621 LOC106607015 other upstream 76004 45531858 ~ 45532662 (-)
LOC110486586 ubald2 other upstream 1057603 46510585 ~ 46535713 (-)
LOC110486590 LOC105022923 other upstream 1427574 46827752 ~ 46915018 (-)
LOC110486593 LOC106606954 other upstream 1976942 47432406 ~ 47433949 (-)

Expression


Co-expression Network