G1187452


Basic Information

Item Value
gene id G1187452
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048577.1
NCBI id CM023231.2
chromosome length 73332040
location 54188567 ~ 54198015 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1354240
Gctggtacggtggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtttgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacggtggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtttgatatgttcagacagagtaatatatattctggtacggtggtgttttagtggaggtgaatggacggttagtttgatatgttcagacagagtagtatatactctgg
>TU1354243
Gctggtacggtggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtttgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacggtggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtttgatatgttcagacagagtaatatatattctggtacggtggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtctgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacggtggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtttgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacggtggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtttgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacggtggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtctgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacgggggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtttgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtttgatatgttcagacagagtaatatatattctggtacggtggtgttttagtggaggtgaatggacggttagtttgatatgttcagacagagtagtatatactctgg
>TU1354245
Gctggtacggtggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtttgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacggtggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtttgatatgttcagacagagtaatatatattctggtacggtggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtctgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacggtggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtttgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacggtggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtttgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacggtggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtctgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacgggggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtttgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacgggggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtctgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacgggggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtttgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtctgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacgggggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtttgatatgttcagacagagtagtatat
>TU1354239
gtggaggtgaatggatggttagtttgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacggtggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtttgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtctgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacagtggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtttgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacggtggtgttttagtggaggtgaatggatggttagtctgatatgttcagacagagtagtatatattctggtacggtggtgttttagtggaggtg

Function

NR:

description
uncharacterized protein LOC110539031

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1354240 False 221 lncRNA 0.40 2 54188567 54198015
TU1354243 False 650 TUCP 0.40 2 54188567 54198015
TU1354245 False 787 TUCP 0.40 2 54188567 54194138
TU1354239 True 366 lncRNA 0.40 2 54192088 54197538

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110538759 NA coding upstream 142165 54041745 ~ 54046402 (+)
cyth3b LOC105026136 coding upstream 397015 53743127 ~ 53791552 (+)
LOC110486795 NA coding upstream 460784 53724147 ~ 53727783 (+)
LOC110486793 LOC106601743 coding upstream 475874 53707323 ~ 53712693 (+)
LOC110486792 LOC106601749 coding upstream 494197 53690460 ~ 53694370 (+)
axin2 LOC105026129 coding downstream 74623 54272638 ~ 54300365 (+)
tex2 LOC106599243 coding downstream 187490 54385505 ~ 54425642 (+)
LOC110538772 ern1 coding downstream 229550 54427565 ~ 54455175 (+)
samd9l LOC106601757 coding downstream 259540 54457555 ~ 54544268 (+)
LOC118936451 LOC106606683 coding downstream 367273 54565288 ~ 54592971 (+)
G1187433 NA non-coding upstream 40869 54147198 ~ 54147698 (+)
G1187376 NA non-coding upstream 176955 54010555 ~ 54011612 (+)
G1187372 NA non-coding upstream 202217 53985631 ~ 53986350 (+)
G1187322 NA non-coding upstream 332596 53855382 ~ 53855971 (+)
G1187486 NA non-coding downstream 71304 54269319 ~ 54269899 (+)
G1187524 NA non-coding downstream 149987 54348002 ~ 54348250 (+)
G1187532 NA non-coding downstream 172597 54370612 ~ 54372602 (+)
G1187571 NA non-coding downstream 404226 54602241 ~ 54602568 (+)
LOC110538743 LOC106601732 other upstream 738103 53445335 ~ 53450473 (+)
LOC110539012 LOC106606743 other upstream 1165586 52907896 ~ 53046938 (+)
LOC110486767 alkb7 other upstream 1799371 52374824 ~ 52390015 (+)
G1185855 NA other upstream 1832626 52274330 ~ 52355941 (+)
G1185815 NA other upstream 2012062 52175266 ~ 52176505 (+)
G1187390 NA other downstream 66051 54264066 ~ 54265028 (+)
G1188344 NA other downstream 795659 54993674 ~ 54997295 (+)
G1188386 NA other downstream 923246 55121261 ~ 55122619 (+)
LOC110539040 LOC106601832 other downstream 1142709 55340702 ~ 55394765 (+)
G1187259 NA non-coding upstream 421931 53676509 ~ 53766636 (+)

Expression


Co-expression Network