G1188344


Basic Information

Item Value
gene id G1188344
gene name NA
gene type unknown
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048577.1
NCBI id CM023231.2
chromosome length 73332040
location 54993674 ~ 54997295 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1355296
GGTATATATATAAACAAGTATTTGCAATAAATGAATGTGAACCCCCAGAGGACATGCCTGAAACTCAATatgctatcaaatcaaatcaaagttgatttaTTTCACTTGACCATTTGTGATTGACCACAACTCTCTCTTGACTAAAGATCCTAGAGATCAAACCAACACATTATTCCAATGGTATTTATTGTAATgttgacaaacaaacaacacCAGTCAAATTGAGGAATTAGTTGACAACCTGCTTCAAAAGCACTAGGACAATGCATGTTTGTGTTCCGTCCCCTAATCCCATACCTTACACTGCCACCTTTGAACTCTCCCTCTCTGATCCTCTGTCCTTTGAAATGAGCTACTCCACACCTGCTCCACAGAAATATAAAGAACTAGAGACCCCCAATCCTTCCTTTGTTTGGGATTCCTCTGGAGCAGTGGCTGTAGGTGTTTAACACACATCTGCTCAGCAGTGTTGTTTAGGgtttggtactgtactgtactaatctaccatgctggtgttggtactgtactatactatactgtactactctactaTCCTAGTGTTGGTACtatgctgtactgtactatactgtactactttaCAATGCTGGTGTTGgtattgtactatactgtactactctaccatgctggtgttggtactgtactatactgtactactgtaccatgctggtgttggtactgcactgtactgtactactctaccatgctggtgttggtactatactgtactgtactactctaccatgctggtgttggtactatactgtactactctaccatgctggtgtttgtactgtactgtactactctaccatgctgttgttggtactatactgtactatactgtactgtactactctaccatgctggtgttggtactatactgtactgtactactctaccatgctggtgttggtactatactgtactactctaccatgctggtgttggtactatactgtactactctaccatgctggtgttggttctatactgtactgtactactctacca
>TU1355297
GGTATATATATAAACAAGTATTTGCAATAAATGAATGTGAACCCCCAGAGGACATGCCTGAAACTCAATatgctatcaaatcaaatcaaagttgatttaTTTCACTTGACCATTTGTGATTGACCACAACTCTCTCTTGACTAAAGATCCTAGAGATCAAACCAACACATTATTCCAATGGTATTTATTGTAATgttgacaaacaaacaacacCAGTCAAATTGAGGAATTAGTTGACAACCTGCTTCAAAAGCACTAGGACAATGCATGTTTGTGTTCCGTCCCCTAATCCCATACCTTACACTGCCACCTTTGAACTCTCCCTCTCTGATCCTCTGTCCTTTGAAATGAGCTACTCCACACCTGCTCCACAGAAATATAAAGAACTAGAGACCCCCAATCCTTCCTTTGTTTGGGATTCCTCTGGAGCAGTGGCTGTAGGTGTTTAACACACATCTGCTCAGCAGTGTTGTTTAGGgtttggtactgtactgtactaatctaccatgctggtgttggtactgtactatactatactgtactactctactaTCCTAGTGTTGGTACtatgctgtactgtactatactgtactactttaCAATGCTGGTGTTGgtattgtactatactgtactactctaccatgctggtgttggtactgtactatactgtactactgtaccatgctggtgttggtactgcactgtactgtactactctaccatgctggtgttggtactatactgtactgtactactctaccatgctggtgttggtactatactgtactactctaccatgctggtgttggtactatactgtactgtactactctaccatgctgttgttggtactgtactatactgtactactctaccatgctggtgttggtactatactgtactgtactactctaccatgctgttgttggtactgtactatactgtactactctaccatgctggtgttggtactatactgtactgtactactctaccatgctggtgttggtactatactgtactactctaccatgctggtgttggtactatactgtactactctaccatgctggtgttggttctatactgtactgtactactctacca
>TU1355298
GGTATATATATAAACAAGTATTTGCAATAAATGAATGTGAACCCCCAGAGGACATGCCTGAAACTCAATatgctatcaaatcaaatcaaagttgatttaTTTCACTTGACCATTTGTGATTGACCACAACTCTCTCTTGACTAAAGATCCTAGAGATCAAACCAACACATTATTCCAATGGTATTTATTGTAATgttgacaaacaaacaacacCAGTCAAATTGAGGAATTAGTTGACAACCTGCTTCAAAAGCACTAGGACAATGCATGTTTGTGTTCCGTCCCCTAATCCCATACCTTACACTGCCACCTTTGAACTCTCCCTCTCTGATCCTCTGTCCTTTGAAATGAGCTACTCCACACCTGCTCCACAGAAATATAAAGAACTAGAGACCCCCAATCCTTCCTTTGTTTGGGATTCCTCTGGAGCAGTGGCTGTAGGTGTTTAACACACATCTGCTCAGCAGTGTTGTTTAGGgtttggtactgtactgtactaatctaccatgctggtgttggtactgtactatactatactgtactactctactaTCCTAGTGTTGGTACtatgctgtactgtactatactgtactactttaCAATGCTGGTGTTGgtattgtactatactgtactactctaccatgctggtgttggtactgtactatactgtactactgtaccatgctggtgttggtactgcactgtactgtactactctaccatgctggtgttggtactatactgtactgtactactctaccatgctggtgttggtactatactgtactactctaccatgctggtgttggtactatactgtactgtactactctaccatgctgttgttggtactgtactatactgtactactctaccatgctggtgttggtactatactgtactgtactactctaccatgctgttgttggtactgtactatactgtactactctaccatgctggtgttggtactatactgtactactctaccatgctggtgttggtactatactgtactgtactactctaccatgctggtgttggtactatactgtactactctaccatgctggtgttggtactatactgtactactctaccatgctggtgttggttctatactgtactgtactactctacca

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1355296 False 1032 TUCP 0.41 5 54993674 54997295
TU1355297 False 1107 TUCP 0.41 3 54993674 54997295
TU1355298 True 1142 TUCP 0.41 4 54993674 54997295

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110486846 LOC106601652 coding upstream 53183 54939020 ~ 54940491 (+)
narfl LOC106606697 coding upstream 60252 54925567 ~ 54933422 (+)
LOC110486830 LOC106606695 coding upstream 68233 54907568 ~ 54925441 (+)
LOC110485227 LOC106606653 coding upstream 183546 54755882 ~ 54810128 (+)
LOC110486811 LOC106601768 coding upstream 262309 54720661 ~ 54731365 (+)
LOC110539040 LOC106601832 coding downstream 343407 55340702 ~ 55394765 (+)
LOC110538788 bri3 coding downstream 427570 55424865 ~ 56123584 (+)
LOC110538766 LOC105013005 coding downstream 836816 55834111 ~ 55915904 (+)
LOC110485236 LOC106606588 coding downstream 1038345 56035640 ~ 56088193 (+)
LOC110486855 bri3 coding downstream 1116868 56114163 ~ 56121445 (+)
G1188334 NA non-coding upstream 8894 54984466 ~ 54984780 (+)
G1188331 NA non-coding upstream 11200 54982232 ~ 54982474 (+)
G1188328 NA non-coding upstream 13785 54979619 ~ 54979889 (+)
G1187645 NA non-coding upstream 158291 54833998 ~ 54835383 (+)
G1187638 NA non-coding upstream 166716 54826415 ~ 54826958 (+)
G1188343 NA non-coding downstream 3189 55000484 ~ 55002271 (+)
G1188347 LOC106601778 non-coding downstream 16573 55013868 ~ 55016506 (+)
G1188352 LOC106606701 non-coding downstream 26128 55023423 ~ 55026525 (+)
G1188355 NA non-coding downstream 30409 55027704 ~ 55028092 (+)
G1188375 NA non-coding downstream 84920 55082215 ~ 55082736 (+)
axin2 LOC105026129 other upstream 693361 54272638 ~ 54300365 (+)
G1187390 NA other upstream 728646 54264066 ~ 54265028 (+)
G1187452 NA other upstream 795659 54188567 ~ 54198015 (+)
LOC110538743 LOC106601732 other upstream 1543210 53445335 ~ 53450473 (+)
LOC110539012 LOC106606743 other upstream 1970693 52907896 ~ 53046938 (+)
G1188386 NA other downstream 123966 55121261 ~ 55122619 (+)
G1189040 NA other downstream 941177 55938472 ~ 55939357 (+)
G1189738 NA other downstream 1839121 56836416 ~ 56836996 (+)
G1189675 srebf1 other downstream 1880633 56877928 ~ 56925607 (+)

Expression


Co-expression Network