XLOC_030871


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_030871
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 11576673 ~ 11663328 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00061949
ccagcatctacccacttccctaaacctaatcgacagttttaaaaagcaatccagaaaaagaaaagccctcccctaatttttaccacatttttagattttaccacattctcaccctgttattcacttgtttattttatcttttggcttctgtttttgtcttatttgctttctggaaccattttttatcggactcgaaccccatcatcggagtcaactcctctctacatCTCTCTAAGTCCGCTGACATACATGGCGcactactggacaaactggtaacagcagaaaagtcgtccacacggagatgagttTCCATTCGAGAGATGCCAGAGGAGATGGAGTCTGTCCCTGCTCTGCGAAAAACACCACtcacatctgttttgtttaaGGGGGATCTGGGAATCATGGTTGCCTGTGGAGAAATGTATGCACTGaaatgaatgagagtgaatgaagGAGAGGAGTTTTTGTGTGCACATAGAATGCAGCATTGGGGGGCGTTCATAAACAATACTGTATATTCATTCGCTGCTGTTTCTCATTCATGACATGTTCCTGTCTGTGCATTCTTTGCTTGTTTATATCAGGGTCAGAAAATGTTAGAAATGCTTATACACACAAGATCCAAAAAATAATGGGTTATTCAAGGGAAAATACGAAACATTTGCAGCAGTCTTTATCAATAAGTCATTACATTTTTGGAGAAACAAACCTTTTATGTATAAGCTTGTATAAGCTGGTTTGCTTTGTGGCTTATGATGCTTCAAAGggtacctatgatgaaaatcatcttttggaagctgttaaGACAGAaccgtgtgtaggtatagtgtgtccacggtcatactggggtgataaagacaataagtcttaaatttcctgatgttaaaagtAGGATACAAATCCCTACGATTTTGGGGCCGACCACAGCGTGATGTACAATAGTACGTTGCTTTCTTATAAATTTTTACCCGAAATGTTAATTACATGCTGCTAATGAATTTTCACACGCAGTGTCAATTATACGCTGCTTTTTAAGGAGTTTTCACACAAAATGTCAATTATACGCTGCTTTTTATGGAGATTACACGTGAAATGTCAATTATATGCTGTTTTGTTAGAAATTTCACGCGAAATGTCAATTATACGGTGTCAATTTTACGCTGCTTTTTGAGGAGATTTCACCCGAAATGTAAATTATATGCTGTTTTCTTACAAATTTTCATGCACAATGTCAATTATATGCTGCTTTCTAAAGAATTGTCATGTGCAATGTCAATTATATGCTGCTTTATACATTTTACGCACTGTCAATTATACGCTGCTTTCTAAGGAATTGTCACGCACAATGTCAATTATACGCTGCATTCTTACGAATTTTCACACGCAATGTCAATTATATGCTGCCTTTTGAATTTTCATGCGCAATGTCAATTATACGTTGCTTTCTTGCGAATTTGACATGCAATGTCAATTATATGCTGCCTTATGAATTTTCATGCGCAATGTCAATTATATGCTGCTTTCTTACAATTTTTTTACGCACAATGTCAATTATATGCTGCTTTCTAAAGAATTATCACGTGCAGTGTCAATTATATGCTGCTTTATAAATTTTACGCACTGTCAGTTATACGCTGCTTTCTAAGGAATTGTCACAC
>TCONS_00061950
GGCTGAGATCCCCAGGGCAGATggctaatatatttttaaaagtgcacAGCTGCTCTCCATCATTTCGCAGCGAGGGATGCAAAAATGTGAGCGGTGCACAGCATGTGGATGGTGGGTTGAGAGATACCGTGGCAAGGCTGGAAATGGCCCGCAGatgagttTCCATTCGAGAGATGCCAGAGGAGATGGAGTCTGTCCCTGCTCTGCGAAAAACACCACtcacatctgttttgtttaaGGGGGATCTGGGAATCATGGTTGCCTGTGGAGAAATGTATGCACTGaaatgaatgagagtgaatgaagGAGAGGAGTTTTTGTGTGCACATAGAATGCAGCATTGGGGGGCGTTCATAAACAATACTGTATATTCATTCGCTGCTGTTTCTCATTCATGACATGTTCCTGTCTGTGCATTCTTTGCTTGTTTATATCAGGGTCAGAAAATGTTAGAAATGCTTATACACACAAGATCCAAAAAATAATGGGTTATTCAAGGGAAAATACGAAACATTTGCAGCAGTCTTTATCAATAAGTCATTACATTTTTGGAGAAACAAACCTTTTATGTATAAGCTTGTATAAGCTGGTTTGCTTTGTGGCTTATGATGCTTCAAAGggtacctatgatgaaaatcatcttttggaagctgttaaGACAGAaccgtgtgtaggtatagtgtgtccacggtcatactggggtgataaagacaataagtcttaaatttcctgatgttaaaagtAGGATACAAATCCCTACGATTTTGGGGCCGACCACAGCGTGATGTACAATAGTACGTTGCTTTCTTATAAATTTTTACCCGAAATGTTAATTACATGCTGCTAATGAATTTTCACACGCAGTGTCAATTATACGCTGCTTTTTAAGGAGATTTCACACAGTGTCAATTATACGCTGCTTTTTAAGGAGATTTCACACAAAATGTCAATTATACGCTGCTTTGTTACGAATTTTCACGCTAAATGTCAATTATACGATGTCAATTTTACGCTGCTTTTTAAGGAGATTTCACACGAAATGTAAATTATATGCTGCTTTCTTACGACTTTTCACACAAAATGTCAATTATACGCTGCTTTTTATGGAGATTACACGTGAAATGTCAATTATATGCTGTTTTGTTAGAAATTTCACGCGAAATGTCAATTATACGGTGTCAATTTTACGCTGCTTTTTGAGGAGATTTCACCCGAAATGTAAATTATATGCTGTTTTCTTACAAATTTTCATGCACAATGTCAATTATATGCTGCTTTCTAAAGAATTGTCATGTGCAATGTCAATTATATGCTGCTTTATACATTTTACGCACTGTCAATTATACGCTGCTTTCTAAGGAATTGTCACGCACAATGTCAATTATACGCTGCATTCTTACGAATTTTCACACGCAATGTCAATTATATGCTGCCTTTTGAATTTTCATGCGCAATGTCAATTATACGTTGCTTTCTTGCGAATTTGACATGCAATGTCAATTATATGCTGCCTTATGAATTTTCATGCGCAATGTCAATTATATGCTGCTTTCTTACAATTTTTTTACGCACAATGTCAATTATATGCTGCTTTCTAAAGAATTATCACGTGCAGTGTCAATTATATGCTGCTTTATAAATTTTACGCACTGTCAGTTATACGCTGCTTTCTAAGGAATTGTCACAC
>TCONS_00061951
AGAGATTCAGTGCATTGGCGGCCATCAGCCTATtatattgagcagagcaaagaaattgacgGTTGACGTTCCAcaacaagatggcgacagaaactGTATAAAGCTGAAAAATCATACAGCTGaagaaatcattataaaacaggggTAGACTTGGgagccctaagcaattccagTCCGCTGACATACATGGCGcactactggacaaactggtaacagcagaaaagtcgtccacacggagatgagttTCCATTCGAGAGATGCCAGAGGAGATGGAGTCTGTCCCTGCTCTGCGAAAAACACCACtcacatctgttttgtttaaGGGGGATCTGGGAATCATGGTTGCCTGTGGAGAAATGTATGCACTGaaatgaatgagagtgaatgaagGAGAGGAGTTTTTGTGTGCACATAGAATGCAGCATTGGGGGGCGTTCATAAACAATACTGTATATTCATTCGCTGCTGTTTCTCATTCATGACATGTTCCTGTCTGTGCATTCTTTGCTTGTTTATATCAGGGTCAGAAAATGTTAGAAATGCTTATACACACAAGATCCAAAAAATAATGGGTTATTCAAGGGAAAATACGAAACATTTGCAGCAGTCTTTATCAATAAGTCATTACATTTTTGGAGAAACAAACCTTTTATGTATAAGCTTGTATAAGCTGGTTTGCTTTGTGGCTTATGATGCTTCAAAGggtacctatgatgaaaatcatcttttggaagctgttaaGACAGAaccgtgtgtaggtatagtgtgtccacggtcatactggggtgataaagacaataagtcttaaatttcctgatgttaaaagtAGGATACAAATCCCTACGATTTTGGGGCCGACCACAGCGTGATGTACAATAGTACGTTGCTTTCTTATAAATTTTTACCCGAAATGTTAATTACATGCTGCTAATGAATTTTCACACGCAGTGTCAATTATACGCTGCTTTTTAAGGAGATTTCACACAGTGTCAATTATACGCTGCTTTTTAAGGAGATTTCACACAAAATGTCAATTATACGCTGCTTTGTTACGAATTTTCACGCTAAATGTCAATTATACGATGTCAATTTTACGCTGCTTTTTAAGGAGATTTCACACGAAATGTAAATTATATGCTGCTTTCTTACGACTTTTCACACAAAATGTCAATTATACGCTGCTTTTTATGGAGATTACACGTGAAATGTCAATTATATGCTGTTTTGTTAGAAATTTCACGCGAAATGTCAATTATACGGTGTCAATTTTACGCTGCTTTTTGAGGAGATTTCACCCGAAATGTAAATTATATGCTGTTTTCTTACAAATTTTCATGCACAATGTCAATTATATGCTGCTTTCTAAAGAATTGTCATGTGCAATGTCAATTATATGCTGCTTTATACATTTTACGCACTGTCAATTATACGCTGCTTTCTAAGGAATTGTCACGCACAATGTCAATTATACGCTGCATTCTTACGAATTTTCACACGCAATGTCAATTATATGCTGCCTTTTGAATTTTCATGCGCAATGTCAATTATACGTTGCTTTCTTGCGAATTTGACATGCAATGTCAATTATATGCTGCCTTATGAATTTTCATGCGCAATGTCAATTATATGCTGCTTTCTTACAATTTTTTTACGCACAATGTCAATTATATGCTGCTTTCTAAAGAATTATCACGTGCAGTGTCAATTATATGCTGCTTTATAAATTTTACGCACTGTCAGTTATACGCTGCTTTCTAAGGAATTGTCACAC
>TCONS_00061952
CACCAAACTGGCCCCAGGACacaaaatgcaagatttacagatGACACATTCATTATTCTTCACTCGGAATATGCATAAGaaaaaagaaagtaagtTTTGGAATgatgagttTCCATTCGAGAGATGCCAGAGGAGATGGAGTCTGTCCCTGCTCTGCGAAAAACACCACtcacatctgttttgtttaaGGGGGATCTGGGAATCATGGTTGCCTGTGGAGAAATGTATGCACTGaaatgaatgagagtgaatgaagGAGAGGAGTTTTTGTGTGCACATAGAATGCAGCATTGGGGGGCGTTCATAAACAATACTGTATATTCATTCGCTGCTGTTTCTCATTCATGACATGTTCCTGTCTGTGCATTCTTTGCTTGTTTATATCAGGGTCAGAAAATGTTAGAAATGCTTATACACACAAGATCCAAAAAATAATGGGTTATTCAAGGGAAAATACGAAACATTTGCAGCAGTCTTTATCAATAAGTCATTACATTTTTGGAGAAACAAACCTTTTATGTATAAGCTTGTATAAGCTGGTTTGCTTTGTGGCTTATGATGCTTCAAAGggtacctatgatgaaaatcatcttttggaagctgttaaGACAGAaccgtgtgtaggtatagtgtgtccacggtcatactggggtgataaagacaataagtcttaaatttcctgatgttaaaagtAGGATACAAATCCCTACGATTTTGGGGCCGACCACAGCGTGATGTACAATAGTACGTTGCTTTCTTATAAATTTTTACCCGAAATGTTAATTACATGCTGCTAATGAATTTTCACACGCAGTGTCAATTATACGCTGCTTTTTAAGGAGATTTCACACAGTGTCAATTATACGCTGCTTTTTAAGGAGATTTCACACAAAATGTCAATTATACGCTGCTTTGTTACGAATTTTCACGCTAAATGTCAATTATACGATGTCAATTTTACGCTGCTTTTTAAGGAGATTTCACACGAAATGTAAATTATATGCTGCTTTCTTACGACTTTTCACACAAAATGTCAATTATACGCTGCTTTTTATGGAGATTACACGTGAAATGTCAATTATATGCTGTTTTGTTAGAAATTTCACGCGAAATGTCAATTATACGGTGTCAATTTTACGCTGCTTTTTGAGGAGATTTCACCCGAAATGTAAATTATATGCTGTTTTCTTACAAATTTTCATGCACAATGTCAATTATATGCTGCTTTCTAAAGAATTGTCATGTGCAATGTCAATTATATGCTGCTTTATACATTTTACGCACTGTCAATTATACGCTGCTTTCTAAGGAATTGTCACGCACAATGTCAATTATACGCTGCATTCTTACGAATTTTCACACGCAATGTCAATTATATGCTGCCTTTTGAATTTTCATGCGCAATGTCAATTATACGTTGCTTTCTTGCGAATTTGACATGCAATGTCAATTATATGCTGCCTTATGAATTTTCATGCGCAATGTCAATTATATGCTGCTTTCTTACAATTTTTTTACGCACAATGTCAATTATATGCTGCTTTCTAAAGAATTATCACGTGCAGTGTCAATTATATGCTGCTTTATAAATTTTACGCACTGTCAGTTATACGCTGCTTTCTAAGGAATTGTCACAC
>TCONS_00061953
CACGCCTCAGACTACGTTTGATAAACAAAACGTTTTCCAGTGATACAACAACAGTGATAATTTTCCTCCCTTAGTAATTTTTAGTGTATATTTCACTTACTAGgaatgtgggacttttattttgaaaacgcgAGCGCCAATTTGTTTACTGTGCGTCACTGGGCAACGACTGCACCAAACTGGCCCCAGGACacaaaatgcaagatttacagatGACACATTCATTATTCTTCACTCGGAATATGCATAAGatgagttTCCATTCGAGAGATGCCAGAGGAGATGGAGTCTGTCCCTGCTCTGCGAAAAACACCACtcacatctgttttgtttaaGGGGGATCTGGGAATCATGGTTGCCTGTGGAGAAATGTATGCACTGaaatgaatgagagtgaatgaagGAGAGGAGTTTTTGTGTGCACATAGAATGCAGCATTGGGGGGCGTTCATAAACAATACTGTATATTCATTCGCTGCTGTTTCTCATTCATGACATGTTCCTGTCTGTGCATTCTTTGCTTGTTTATATCAGGGTCAGAAAATGTTAGAAATGCTTATACACACAAGATCCAAAAAATAATGGGTTATTCAAGGGAAAATACGAAACATTTGCAGCAGTCTTTATCAATAAGTCATTACATTTTTGGAGAAACAAACCTTTTATGTATAAGCTTGTATAAGCTGGTTTGCTTTGTGGCTTATGATGCTTCAAAGggtacctatgatgaaaatcatcttttggaagctgttaaGACAGAaccgtgtgtaggtatagtgtgtccacggtcatactggggtgataaagacaataagtcttaaatttcctgatgttaaaagtAGGATACAAATCCCTACGATTTTGGGGCCGACCACAGCGTGATGTACAATAGTACGTTGCTTTCTTATAAATTTTTACCCGAAATGTTAATTACATGCTGCTAATGAATTTTCACACGCAGTGTCAATTATACGCTGCTTTTTAAGGAGTTTTCACACAAAATGTCAATTATACGCTGCTTTTTATGGAGATTACACGTGAAATGTCAATTATATGCTGTTTTGTTAGAAATTTCACGCGAAATGTCAATTATACGGTGTCAATTTTACGCTGCTTTTTGAGGAGATTTCACCCGAAATGTAAATTATATGCTGTTTTCTTACAAATTTTCATGCACAATGTCAATTATATGCTGCTTTCTAAAGAATTGTCATGTGCAATGTCAATTATATGCTGCTTTATACATTTTACGCACTGTCAATTATACGCTGCTTTCTAAGGAATTGTCACGCACAATGTCAATTATACGCTGCATTCTTACGAATTTTCACACGCAATGTCAATTATATGCTGCCTTTTGAATTTTCATGCGCAATGTCAATTATACGTTGCTTTCTTGCGAATTTGACATGCAATGTCAATTATATGCTGCCTTATGAATTTTCATGCGCAATGTCAATTATATGCTGCTTTCTTACAATTTTTTTACGCACAATGTCAATTATATGCTGCTTTCTAAAGAATTATCACGTGCAGTGTCAATTATATGCTGCTTTATAAATTTTACGCACTGTCAGTTATACGCTGCTTTCTAAGGAATTGTCACAC
>TCONS_00061954
TTTTAACCAATGGGGCCATCAAACCATTAATCATATTTACAATCTTAATTTCATGTCATTCATCAAAATGACTCATTCTCTACTACCACTGTTACAAATGCACGCCTCAGACTACGTTTGATAAACAAAACGTTTTCCAGTGATACAACAACAGTGATAATTTTCCTCCCTTAGTAATTTTTAGTGTATATTTCACTTACTAGgaatgtgggacttttattttgaaaacgcgAGCGCCAATTTGTTTACTGTGCGTCACTGGGCAACGACTGCACCAAACTGGCCCCAGGACacaaaatgcaagatttacagatGACACATTCATTATTCTTCACTCGGAATATGCATAAGAGATTCAGTGCATTGGCGGCCATCAGCCTATtatattgagcagagcaaagaaattgacgGTTGACGTTCCAcaacaagatggcgacagaaactGTATAAAGCTGAAAAATCATACAGCTGaagaaatcattataaaacagatgagttTCCATTCGAGAGATGCCAGAGGAGATGGAGTCTGTCCCTGCTCTGCGAAAAACACCACtcacatctgttttgtttaaGGGGGATCTGGGAATCATGGTTGCCTGTGGAGAAATGTATGCACTGaaatgaatgagagtgaatgaagGAGAGGAGTTTTTGTGTGCACATAGAATGCAGCATTGGGGGGCGTTCATAAACAATACTGTATATTCATTCGCTGCTGTTTCTCATTCATGACATGTTCCTGTCTGTGCATTCTTTGCTTGTTTATATCAGGGTCAGAAAATGTTAGAAATGCTTATACACACAAGATCCAAAAAATAATGGGTTATTCAAGGGAAAATACGAAACATTTGCAGCAGTCTTTATCAATAAGTCATTACATTTTTGGAGAAACAAACCTTTTATGTATAAGCTTGTATAAGCTGGTTTGCTTTGTGGCTTATGATGCTTCAAAGggtacctatgatgaaaatcatcttttggaagctgttaaGACAGAaccgtgtgtaggtatagtgtgtccacggtcatactggggtgataaagacaataagtcttaaatttcctgatgttaaaagtAGGATACAAATCCCTACGATTTTGGGGCCGACCACAGCGTGATGTACAATAGTACGTTGCTTTCTTATAAATTTTTACCCGAAATGTTAATTACATGCTGCTAATGAATTTTCACACGCAGTGTCAATTATACGCTGCTTTTTAAGGAGTTTTCACACAAAATGTCAATTATACGCTGCTTTTTATGGAGATTACACGTGAAATGTCAATTATATGCTGTTTTGTTAGAAATTTCACGCGAAATGTCAATTATACGGTGTCAATTTTACGCTGCTTTTTGAGGAGATTTCACCCGAAATGTAAATTATATGCTGTTTTCTTACAAATTTTCATGCACAATGTCAATTATATGCTGCTTTCTAAAGAATTGTCATGTGCAATGTCAATTATATGCTGCTTTATACATTTTACGCACTGTCAATTATACGCTGCTTTCTAAGGAATTGTCACGCACAATGTCAATTATACGCTGCATTCTTACGAATTTTCACACGCAATGTCAATTATATGCTGCCTTTTGAATTTTCATGCGCAATGTCAATTATACGTTGCTTTCTTGCGAATTTGACATGCAATGTCAATTATATGCTGCCTTATGAATTTTCATGCGCAATGTCAATTATATGCTGCTTTCTTACAATTTTTTTACGCACAATGTCAATTATATGCTGCTTTCTAAAGAATTATCACGTGCAGTGTCAATTATATGCTGCTTTATAAATTTTACGCACTGTCAGTTATACGCTGCTTTCTAAGGAATTGTCACAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00061949 False 1658 lncRNA 0.37 3 11576673 11580017
TCONS_00061950 False 1687 lncRNA 0.37 2 11576673 11603180
TCONS_00061951 False 1771 lncRNA 0.37 4 11576673 11606710
TCONS_00061952 False 1637 lncRNA 0.36 3 11576673 11663056
TCONS_00061953 False 1608 lncRNA 0.37 3 11576673 11663228
TCONS_00061954 True 1848 lncRNA 0.37 4 11576673 11663328

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_030870 CABP7 coding downstream 3183 11502578 ~ 11573490 (-)
XLOC_030869 NA coding downstream 110520 11356637 ~ 11466153 (-)
XLOC_030868 CABZ01077121.1 coding downstream 293152 11278426 ~ 11283521 (-)
XLOC_030867 prodhb coding downstream 305464 11242291 ~ 11271209 (-)
XLOC_030866 NA coding downstream 538368 11037177 ~ 11038305 (-)
XLOC_030872 nf2a coding upstream 61100 11724428 ~ 11809710 (-)
XLOC_030873 fbxw8 coding upstream 201101 11864429 ~ 11905920 (-)
XLOC_030874 rnft2 coding upstream 253600 11916928 ~ 11944398 (-)
XLOC_030875 osm coding upstream 301785 11965113 ~ 11971946 (-)
XLOC_030876 castor1 coding upstream 319036 11982364 ~ 12031921 (-)
XLOC_030865 NA non-coding downstream 605072 10967799 ~ 10971601 (-)
XLOC_030863 CR790366.3 non-coding downstream 852008 10720894 ~ 10724665 (-)
XLOC_030880 CR735143.1 non-coding upstream 529570 12192898 ~ 12193014 (-)
XLOC_030881 BX276096.2 non-coding upstream 702881 12366209 ~ 12366325 (-)
XLOC_030888 NA non-coding upstream 1172198 12835526 ~ 12836607 (-)
XLOC_030893 NA non-coding upstream 1613913 13277241 ~ 13306705 (-)

Expression


Co-expression Network