G1240544


Basic Information

Item Value
gene id G1240544
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048578.1
NCBI id CM023232.3
chromosome length 43310081
location 34657772 ~ 34702146 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1415871
TAAGAGACAGTtctgctatattcaccagtctacctttagactgctatattcaccagtctgctatattcaccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagtctgctatattccccagtctacctttagactactatattcaccagtctgctatattcaccagtctacctttagactgctatattcaccagtctgcctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattcaccagtctacctttagactgctatattcaccagtctacctttagactgctatattcaccagtctgcctttagactgctatattcaccagtctgctatattcaccagtctgcctttagactgctatattcaccagtctgcctttagactgctatattccccagtatacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattcaccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattcaccagtctgcctttagactgctatattcaccagtctgctatattccccagtctgcctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattcaccagtctgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctgctatattccccagtctacctttagactgctatattcaccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctgcctttagactgctatattccccagtctgctatattcaccagtctgctatattcaccagtctgctatattcaccagtctgctatattcaccagtctgctatattcaccagtctgcctTTAGACTGCAATATTCCccagtctgctatattcaccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagtctgctatattcaccagtctacctttagactgctatattcaccagtctgcctttagactgctatattccccagtctgcctttagactgctatattcaccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagtctgctatattcaccagtctgcctttagactgctatattcaccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctgcctttagactgctatattcaccagtctgctatattcaccagtctgctatattcaccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattcaccagtctgctatattcaccagtctgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctgctatattcaccagtctacctttagactgctatattccccagtctgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattcaccagtctgctatattcaccagtctgcctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattcaccagtctgctatattcaccagtctgctatattcaccagtctacctttagactgctatattccccagtctgcctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctgctatattcaccagtctgctatattcaccagtctgctatattcaccagtctgctatattcaccagtctgcctttagactgctatattcaccagtctacctttagactgctatattacccagtctacctttagactgctatattacccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagtctgctatattccccagtctacctttagactgctatattctccagtctacctttagactgctatattcaccagtctacctttagacggctatattccccagtctgccTTTagtctgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattcaccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattcaccagtctgcctTTAGACTgttatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctgccTTTagtctgctatattccccagtctaccaTTAGACTGCTATTttcaccagtctacctttagtctgctatattccccagtctaccattagactgctatattcaccagtctacctttagactgctatattcaccagtctacctttagactgctatattcccccgtctacctttagactgctatattcaccagtctgctatattcaccagtctacctttagactgctatattccccagtctgctatattccccagtctacctttagactgctatattcaccagtctgctatattccccagtctgctATATTCAGCAGTctgcctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctattttcaccagtctacctttagtctgctatattccccagtctaccattagactgctatattcaccagtctacctttagactgctatattcaccagtctacctttagactgctgtattcaccagtctgctatattcaccagtctacctttagactgctatattccccagtctgctatattccccagtctgcctttcgactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctgcctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctgcctttagactgctatattccccagtctgcctttagactgctatattccccagtctgcctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctgcctttagactgctatattccccagtctgcctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattcaccagtctacctttagactgctatattccccaatctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattcaccagtctacctttagactgctatattcaccagtatgctatattcaccagtctacctttagactactatattcaccagtctgctatattcaccagtctacctttagactgctatattccccagtctgcctttagactgctatattcaccagtctacctttagactgctatattccccagtctacctttagactgctatattcaccagtctacctttagactgctatattccccagtctgcctttagactgctatattcaccagtctacctttagactgctatagtCACCAGTCTAcgtttagactgctatattcaccagtctgctaaattccccagtctacctttagactgctatattcaccagtctgttatattcaccagtctgctatattccccagtctacctttagactgctatattccccaatctacctttagactgctatattcaccagtctacctttagactgctatagtCACCAGTCTAcgtttagactgctatattcaccagtctgctaaattccccagtctacctttagactgctatattcaccagtctgttatattcaccagtctgctatattccccagtctacctttagactgctatattcaccagtctgttatattcaccagtctgctatattccccagtctacctttagactgctatattcaccagtctgctatattccccagtctaccattacactgctatattccccagtctacctttagactgctatattcaccagtctgctatattcaccagtctgcctttagactgctatatttcccagtctgctatattcaccagtctacctttagactgctatattcaccagtctgctatattcaccagtctgctatattcaccagtctacgTTTAGACTGCTATACtcaccagtctgctatattccccagtctacctttagactgctatattcaccagtctgttatatt

Function

NR:

description
PREDICTED: circumsporozoite protein-like isoform X12

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1415871 True 4635 lncRNA 0.42 3 34657772 34702146
Loading

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110489177 pp2aa coding downstream 30102 34622630 ~ 34627670 (-)
LOC110487787 sfxn1 coding downstream 38841 34586666 ~ 34618931 (-)
LOC118938726 NA coding downstream 214815 34441064 ~ 34443131 (-)
LOC110489166 LOC106604233 coding downstream 360102 34294193 ~ 34297670 (-)
LOC110489172 LOC106604229 coding downstream 365527 34288581 ~ 34292245 (-)
ccdc69 LOC106604205 coding upstream 181245 34883391 ~ 34904800 (-)
LOC118938728 NA coding upstream 195530 34897676 ~ 34900540 (-)
gm2a sap3 coding upstream 211914 34914060 ~ 34921098 (-)
LOC118938729 NA coding upstream 323028 35025174 ~ 35028163 (-)
LOC110489216 LOC106604190 coding upstream 339945 35042091 ~ 35082780 (-)
G1240540 LOC106604211 non-coding downstream 2013 34655512 ~ 34655759 (-)
G1240541 LOC106604211 non-coding downstream 2588 34654449 ~ 34655184 (-)
G1240539 LOC106604211 non-coding downstream 3883 34653561 ~ 34653889 (-)
G1240537 NA non-coding downstream 7306 34649796 ~ 34650466 (-)
G1240535 NA non-coding downstream 12581 34644900 ~ 34645191 (-)
G1240584 NA non-coding upstream 44190 34746336 ~ 34746791 (-)
G1240585 NA non-coding upstream 46410 34748556 ~ 34749898 (-)
G1240589 LOC106612240 non-coding upstream 55673 34757819 ~ 34759021 (-)
G1240562 tmed9 non-coding upstream 60384 34762530 ~ 34767864 (-)
G1240563 NA non-coding upstream 69512 34771658 ~ 34773212 (-)
G1240534 NA other downstream 13620 34643135 ~ 34644152 (-)
G1240533 NA other downstream 15735 34641492 ~ 34642037 (-)
G1240399 NA other downstream 314881 34337823 ~ 34342891 (-)
G1239090 ogt other downstream 1961370 32695876 ~ 32696402 (-)
G1240963 NA other upstream 359777 35061923 ~ 35062319 (-)
G1240953 NA other upstream 405682 35107828 ~ 35125496 (-)
G1241697 NA other upstream 815631 35517777 ~ 35519330 (-)
matr3l1.1 LOC106604139 other upstream 881165 35578460 ~ 35589383 (-)
G1242169 NA other upstream 1713832 36415978 ~ 36418075 (-)

Expression

G1240544 Expression in all Baseline Samples

Bar chart with 20 bars.
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying values. Range: 0 to 2.
End of interactive chart.

G1240544 Expression in each Bioproject

Bar chart with 12 bars.
G1240544 Expression in each Sample
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying Expression. Range: 0 to 40.
End of interactive chart.

Co-expression Network