LOC110490038 (LOC106590019)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110490038
gene name LOC106590019
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048579.1
NCBI id CM023233.2
chromosome length 81569517
location 38494289 ~ 38568479 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021563136.2
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>XM_021563135.2
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>TU1471857
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Function

NR:

description
WW domain-containing adapter protein with coiled-coil-like isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_021563135.2 False 4376 mRNA 0.47 13 38494291 38568479
TU1471857 True 3319 lncRNA 0.42 4 38564749 38568471

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC110490033 LOC106590025 coding upstream 476301 37974722 ~ 38017988 (+)
nrp1a LOC106590027 coding upstream 533696 37847266 ~ 37960593 (+)
LOC110490032 cul2 coding upstream 1592225 36869213 ~ 36902064 (+)
LOC110490839 LOC106588460 coding upstream 1688334 36805006 ~ 36805955 (+)
LOC110490039 LOC106590018 coding downstream 8156 38576635 ~ 38580756 (+)
LOC110490723 LOC106612786 coding downstream 286771 38855250 ~ 38856108 (+)
LOC110490726 LOC106600248 coding downstream 514335 39082814 ~ 39084700 (+)
LOC110490841 NA coding downstream 519594 39086859 ~ 39089636 (+)
brca2 NA coding downstream 978865 39547344 ~ 39589108 (+)
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G1287489 LOC106590045 other upstream 1983777 36509078 ~ 36510512 (+)
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LOC110490048 il-1racp other downstream 1551790 40089464 ~ 40132600 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000063_04310020_04338879 WACA, WAC coding CI01000063 null 4310020 ~ 4339018 (+)
bowfin (Amia calva) G32268 NA non-coding CM030124.1 CM030124.1 9163643 ~ 9222509 (+)