LOC110490297 (LOC106576136)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110490297
gene name LOC106576136
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048579.1
NCBI id CM023233.2
chromosome length 81569517
location 53054846 ~ 53062315 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

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TGTGTCATTGGCATCactggtacaggttagttgagTAGTGAAGGCTGCTACGGTCTCAGGCAGTGACATGGCCAACCCTCTGAGGAGTGAGGTTAGACAGCTGTACAAGAATCTCCTGTTTTTGGGACGGGAATACCCCAAAGGCGCAGACTACTTCAGGGAACGTCTGAAGGGTGCCTTTATGAAGAACAAAGATGTCACAGACCCTAAGGAGATCAAAAAGCTAGTCGACCGTGGGGAGTTTGTGATCAAGGAACTGGAGGCCCTGTACTATCTGAGGAAGTACAGAGCCATGAAGAAGCGTTACTACGAAGAAGAATTGTCCGCCGTGCTGAATATAGGCAGACCGGTAGACTGATAACCTAGCTATTTGGTGGCTGAATCTTCAGTGTGCAAGTTTTAGTTTAGCCGTCCCTGAACAAGAGTGTTATTAGCAACACAAACGTCCTTAATTAAACAGAAATGTTAGGTATATATTACAGACAAGTGTTATGAGCCACACTTGCCACCCACCTCGAGCTGTGGAATGACATCCACCAAATGACTTCATACAGTTCAAATGACTACAGTTCTCTCGTGTACATAATTGTAAATAATACATGATAGAATGTATTGATAGCGTGTACAATGTAATTTAATTATATAAATGAGACACGGCTATTACAAATTAATGTTTATTTTAAATGTACAACACTGATAGTCCTATTTTTGAAATGAATGAGAAACAAGTCAAGTCAAAGATATTTCATTTTTAACAATCCTAACTTTGTGTCTTTTCAAGTTGATGTGATGTAGGctactacatacagtaccttcagaaagtattcacacccattgcctttttccacattttgttgtgttacagcctgaatttaaaatgtattaaatttagaTTTGTTTGTCAGTGGGCTACAGAAATTACCCTATAATGTCAATGGAATTACCCTATAATGTCAATGGAATTATCTTTGAAATTAACAGATTCATTAAAAATAAAGCTGTcatgttttgagtcaataa
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CAATGATTTGTCATTTGCTGCTGACgtcactcacaatgcacttttgcagcCAGGCACAGTGTGACAGAGAAAATCGTTTTTGTGTCATTGGCATCactggtacagTAGTGAAGGCTGCTACGGTCTCAGGCAGTGACATGGCCAACCCTCTGAGGAGTGAGGTTAGACAGCTGTACAAGAATCTCCTGTTTTTGGGACGGGAATACCCCAAAGGCGCAGACTACTTCAGGGAACGTCTGAAGGGTGCCTTTATGAAGAACAAAGATGTCACAGACCCTAAGGAGATCAAAAAGCTAGTCGACCGTGGGGAGTTTGTGATCAAGGAACTGGAGGCCCTGTACTATCTGAGGAAGTACAGAGCCATGAAGAAGCGTTACTACGAAGAAGAATTGTCCGCCGTGCTGAATATAGGCAGACCGGTAGACTGATAACCTAGCTATTTGGTGGCTGAATCTTCAGTGTGCAAGTTTTAGTTTAGCCGTCCCTGAACAAGAGTGTTATTAGCAACACAAACGTCCTTAATTAAACAGAAATGTTAGGTATATATTACAGACAAGTGTTATGAGCCACACTTGCCACCCACCTCGAGCTGTGGAATGACATCCACCAAATGACTTCATACAGTTCAAATGACTACAGTTCTCTCGTGTACATAATTGTAAATAATACATGATAGAATGTATTGATAGCGTGTACAATGTAATTTAATTATATAAATGAGACACGGCTATTACAAATTAATGTTTATTTTAAATGTACAACACTGATAGTCCTATTTTTGAAATGAATGAGAAACAAGTCAAGTCAAAGATATTTCATTTTTAACAATCCTAACTTTGTGTCTTTTCAAGTTGATGTGATGTAGGctactacatacagtaccttcagaaagtattcacacccattgcctttttccacattttgttgtgttacagcctgaatttaaaatgtattaaatttagaTTTGTTTGTCAGTGGGCTACAGAAATTACCCTATAATGTCAATGGAATTACCCTATAATGTCAATGGAATTATCTTTGAAATTAACAGATTCATTAAAAATAAAGCTGTcatgttttgagtcaataa
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GATCCCTTCTAGCCGTGACTCTGGAATCGACGCGCTGTTTGACGTAATCCTTCCATGTAGCCAGTTTTCAGCAAGACAGATAGCGTTCAGCACAGCACTGCGAGGATTTTATCGATAAGGGAGCCTAGCGATAATTAGTGAAGGCTGCTACGGTCTCAGGCAGTGACATGGCCAACCCTCTGAGGAGTGAGGTTAGACAGCTGTACAAGAATCTCCTGTTTTTGGGACGGGAATACCCCAAAGGCGCAGACTACTTCAGGGAACGTCTGAAGGGTGCCTTTATGAAGAACAAAGATGTCACAGACCCTAAGGAGATCAAAAAGCTAGTCGACCGTGGGGAGTTTGTGATCAAGGAACTGGAGGCCCTGTACTATCTGAGGAAGTACAGAGCCATGAAGAAGCGTTACTACGAAGAAGAATTGTCCGCCGTGCTGAATATAGGCAGACCGGTAGACTGATAACCTAGCTATTTGGTGGCTGAATCTTCAGTGTGCAAGTTTTAGTTTAGCCGTCCCTGAACAAGAGTGTTATTAGCAACACAAACGTCCTTAATTAAACAGAAATGTTAGGTATATATTACAGACAAGTGTTATGAGCCACACTTGCCACCCACCTCGAGCTGTGGAATGACATCCACCAAATGACTTCATACAGTTCAAATGACTACAGTTCTCTCGTGTACATAATTGTAAATAATACATGATAGAATGTATTGATAGCGTGTACAATGTAATTTAATTATATAAATGAGACACGGCTATTACAAATTAATGTTTATTTTAAATGTACAACACTGATAGTCCTATTTTTGAAATGAATGAGAAACAAGTCAAGTCAAAGATATTTCATTTTTAACAATCCTAACTTTGTGTCTTTTCAAGTTGATGTGATGTAGGctactacatacagtaccttcagaaagtattcacacccattgcctttttccacattttgttgtgttacagcctgaatttaaaatgtattaaatttagaTTTGTTTGTCAGTGGGCTACAGAAATTACCCTATAATGTCAATGGAATTACCCTATAATGTCAATGGAATTATCTTTGAAATTAACAGATTCATTAAAAATAAAGCTGTcatgttttgagtcaataa

Function

NR:

description
electron transfer flavoprotein regulatory factor 1 isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021563611.2 False 1004 mRNA 0.38 3 53054846 53056169
XM_021563607.2 False 1110 mRNA 0.38 3 53054846 53056564
XM_021563606.2 False 1246 mRNA 0.38 3 53054846 53056697
XM_036944598.1 False 1002 mRNA 0.38 3 53054846 53057122
XM_021563610.2 False 1020 mRNA 0.38 3 53054846 53057127
XM_021563605.2 False 1090 mRNA 0.39 3 53054846 53057207
XM_021563608.2 False 1120 mRNA 0.38 3 53054846 53062139
XM_021563609.2 True 1120 mRNA 0.39 3 53054846 53062315

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110490294 utp20 coding downstream 14189 53034589 ~ 53040657 (-)
LOC118938980 NA coding downstream 17387 53037332 ~ 53037459 (-)
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LOC110490288 LOC106609184 coding downstream 245135 52630838 ~ 52809711 (-)
LOC110490289 NA coding downstream 397908 52653374 ~ 52656938 (-)
lrmp LOC106576138 coding upstream 23332 53085647 ~ 53109210 (-)
etnk1 LOC106609326 coding upstream 465906 53528016 ~ 53548231 (-)
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LOC110490308 LOC106576153 coding upstream 516524 53578839 ~ 53584339 (-)
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G1306217 LOC106609171 non-coding downstream 40409 53013902 ~ 53014437 (-)
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G1304988 NA other downstream 1064673 51989711 ~ 51990173 (-)
G1304896 LOC107662719 other downstream 1132318 51921495 ~ 51922528 (-)
LOC110490744 LOC106576129 other downstream 1261492 51785488 ~ 51793354 (-)
LOC110490264 LOC106576080 other downstream 1848985 51199223 ~ 51205927 (-)
G1307309 NA other upstream 836995 53899310 ~ 53922128 (-)
G1307473 NA other upstream 1087729 54150044 ~ 54150540 (-)
G1307901 NA other upstream 1704657 54766972 ~ 54768422 (-)
LOC110490337 LOC106609287 other upstream 2086460 55148760 ~ 55155353 (-)

Expression


Co-expression Network