XLOC_031608


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_031608
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 65670605 ~ 65674635 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00062147
ttacgaacacctgacctgcagtgcagcagaattcagaggtaagcgtgtttttagatgctttaatgttttatttacccccccaattttgttttacacacagtgtATCTTAAATGTGACTTAGTGTAGTATTTCGAActttgaagcatttaaaactttccagtttggtttagtttgcgctccggtgacgcagataacctcgaggtaatgtcacatgtttaacgttagtctaaatgagcgtttttatggcaaattcaaagcgataaactccaaacgcagtttaaagttactgagcaatgttataaaacaatatcatttttatacgctgtataattattgttattattacaaggTGAACTGCTttcgtttcactgttgttgtttttgcttttagacatGTAACTTAACGTACTCCAGAGACGCAAtaacttgcacagcattgaatggaaaaggctttgtccatgtaagtttactttacctttaactaAGCTAGCctatctgttaaatcttcttggtgctttggttggtgatattctctttctaatctgtttgtttattgattgttaggctatgttgtgatattatattgttatattgatattattattgtgaaatcatgttgtgatgttactatgtgacagtattggggagcaaatatgtatttagtgagaaattaatgtttaaattacactttgtatagtaGCAGATAAGAGGTGTAATGGGATTTAACTTTCTGGgttttctggaaggtccagttgagggcatcaagaacacgcagatagcctaaacctgtgtcagcctggacagactTCAGTTCTGCTATTCAACGccaaggcttttgtatggatgtctgactactactgtgttctctaaaggtattactggagcaaaacaatagcacctgttacagtgaaatttgtatacataaaaatagtgatacatgtgtagcaggtccagtacatgtgatgtcattgagaagttgtttttattaaatgtcattaaaacaaataaataaacatgctatttaaataaatctaaatattaaaaacttgaggattaagaagaaattaaatgcatcatctgtcttgcgaaaagggtctacttaagaattctggtgtttcccaactgaaagggatagttcacccaagaatgaaaatttactcacattttacttcccaaatggtttaaaaccattatgagtttattttgttgaacacaaaagaggctattctgaaaaaaaactaaaaacctgtaaacattgacctccatagtagaaaaaaatactatagaattcAATTGTTATAGAtctgcagctttcttcaaaatatcttcttttgtgttcaacgtggtcagtaaatgacgacagaatacaaattttaaactatccctttagttTTCTGTCCTACTGTACATGCAGACTTTTGCAGAAGTGCTACTCcttctagagtttttctcaaccatatgtctaaagctttaaacagcttttacagtaaatgtaatggttcacaacaacttgtaattattaaatgtgttgaatgtttcatggttctttactgcagcctttgttaaaaaaaaaaaaaaaagaaattttttcgagaatctgaaatttgaattctggaaatgctggcaccagtagtggcgaagggcttcctgacgatatcacacctaattcttcacttctcttagttaggaatattcagatgtatgagtcaaaattattgagtgtggCGATTATTATAAgacaaatttggattcaataaaaaataaatatttgaatttcactttgtataatagcAGATACCAACTTAATTGTAACCtcttatttcatttattgcaggttttctggaagctccatttgagggcatcaaggacatactgatggcctaaaccagtgtcagcctagacagacagacatctattgcagttctgctacacaagaccaaactctctgcttttgtatggatgtctgactagtacggtgttctctaaaggtataactggagcaaaacaacagcatccgttacagtgaaatttgtgttcataaaagatagtgatatgtgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgtttgcctctgccacaacaggtcatggtgtgtgcttactgctcgtagtaaacacacacgctgatctgatgcgggagagatatatgcaaacatatttgtatttactgttttgttttgcctcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaatcactaaagtcacatggaacgttttgacaatgtgttttgtgccttatctggacaatgaccatcttgggaccattgctgtctgtagaggatgaggagcatttaatctaaaatattttagtttgtgttctgaagattaacaggtctctgggatgacacaagtaattaataacagaacctatatgaacacttaatgtgacatgtaatagtgaaatagtggtcctacattcacaaatgtgagccattattataagacccatgtgaacatgcaatttttatgatactaataataatggaataacaaattgctattactgttgtgtttgtgagagagaatcaaaccatatattctacacattttcttgatgatttactgaaatatttgtctacatgttccactgtcacaggtgctcagttttgctgcagtaatgctaaacacaatagatgtactttatgcaaaaaaaaaaaaaaaactactaaatatttagcatgcagacctgcaaagtgaaggagtaatgtcaggtttagattatagcatgagttttcactattgtgaatgtgaagccattcattcacaatgaattggaatagcaaacctcattattgattttgtaggaaactcacctggtgtttgagaaataaatatgtatttaactgctagactgatatagatgttttagtgttttacacttcattctttgtccccagtgccatcttttacctcaagtgtttctctcaacctataaaacctcaaacagatgtaatgtatttcacttgtgattcttagttgtgagtgatgttttttatattatttttttttactgcagccactttaaaaatgggtattttgtaaactttgtaaactttgtaaacggaattgtattttggagactgtgatggttgaagcgtagtttagttacttagtttaatttagttagcatctgtctttctgaagacggtaacactttacaaaaaggttgtattagtaagtgttaatgtatttactaacatgaacaaagaacaatgaagtatctttcatataaagaaagtacagttcatgtcagctcagtgcattaatgttaacaagcatacattttgattttaatagcatcgggacatatttcaattaattaaatgattaataaatgctgtacaagtatttgttctttgttcatgttagtaaacattaactaactttaattcatgaaacctaattaaaaagtgactatttaattgtatgcctttttctgtatttgagtgtacagcatgtatagtaacctgcatggttttGATGAActgtatgctgtaaatgttgctgtatatttagaataaatgaaataatgaggtgtgtattaaataaattgatacacaggctaa
>TCONS_00061223
CTCacccagccggcacacgaccgaccttcaacgttgaaatatggttgaaataaggtcagatgcgttttgaacgttgaaataatgttgatagaacgtttaatgttgaacggttgaaaaacagcctgcatatgacaaggcttcaacgttgaaatgtggttgaaaatacgtcagttgttgctttaatgttgaaacaatgttgaatgataaatggttgaaaaaagttacagaaatccttgtacaaatcaacgttggcattttttttatcatgatctgtatgttgaattaacgtcatggcttcacccaatattcaacatgtttggttaccatggtatcggaggactcggcgcacgcggccacgcgcagcgcttcacttcacttaattacgaacacctgacctgcagtgcagcagaattcagagacatGTAACTTAACGTACTCCAGAGACGCAAtaacttgcacagcattgaatggaaaaggctttgtccatgtccagttgagggcatcaagaacacgcagatagcctaaacctgtgtcagcctggacagactTCAGTTCTGCTATTCAACGccaaggcttttgtatggatgtctgactactactgtgttctctaaaggttttctggaagctccatttgagggcatcaaggacatactgatggcctaaaccagtgtcagcctagacagacagacatctattgcagttctgctacacaagaccaaactctctgcttttgtatggatgtctgactagtacggtgttctctaaaggtataactggagcaaaacaacagcatccgttacagtgaaatttgtgttcataaaagatagtgatatgtgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgtttgcctctgccacaacaggtcatggtgtgtgcttactgctcgtagtaaacacacacgctgatctgatgcgggagagatatatgcaaacatatttgtatttactgttttgttttgcctcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaatcactaaagtcacatggaacgttttgacaatgtgttttgtgccttatctggacaatgaccatcttgggaccattgctgtctgtagaggatgaggagcatttaatctaaaatattttagtttgtgttctgaagattaacaggtctctgggatgacacaagtaattaataacagaacctatatgaacacttaatgtgacatgtaatagtgaaatagtggtcctacattcacaaatgtgagccattattataagacccatgtgaacatgcaatttttatgatactaataataatggaataacaaattgctattactgttgtgtttgtgagagagaatcaaaccatatattctacacattttcttgatgatttactgaaatatttgtctacatgttccactgtcacaggtgctcagttttgctgcagtaatgctaaacacaatagatgtactttatgcaaaaaaaaaaaaaaaactactaaatatttagcatgcagacctgcaaagtgaaggagtaatgtcaggtttagattatagcatgagttttcactattgtgaatgtgaagccattcattcacaatgaattggaatagcaaacctcattattgattttgtaggaaactcacctggtgtttgagaaataaatatgtatttaactgctagactgatatagatgttttagtgttttacacttcattctttgtccccagtgccatcttttacctcaagtgtttctctcaacctataaaacctcaaacagatgtaatgtatttcacttgtgattcttagttgtgagtgatgttttttatattatttttttttactgcagccactttaaaaatgggtattttgtaaactttgtaaactttgtaaacggaattgtattttggagactgtgatggttgaagcgtagtttagttacttagtttaatttagttagcatctgtctttctgaagacggtaacactttacaaaaaggttgtattagtaagtgttaatgtatttactaacatgaacaaagaacaatgaagtatctttcatataaagaaagtacagttcatgtcagctcagtgcattaatgttaacaagcatacattttgattttaatagcatcgggacatatttcaattaattaaatgattaataaatgctgtacaagtatttgttctttgttcatgttagtaaacattaactaactttaattcatgaaacctaattaaaaagtgactatttaattgtatgcctttttctgtatttgagtgtacagcatgtatagtaacctgcatggttttGATGAActgtatgctgtaaatgttgctgtatatttagaataaatgaaataatgaggtgtgtattaaataaattgatacacaggctaa

Function

GO:

id name namespace
GO:0022402 cell cycle process biological_process
GO:0051301 cell division biological_process
GO:0051302 regulation of cell division biological_process
GO:0019887 protein kinase regulator activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000093732

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00062147 False 3651 lncRNA 0.33 1 65670605 65674255
TCONS_00061223 True 2431 processed_transcript 0.35 4 65670605 65674635

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_031607 camsap1b coding downstream 7609 65613292 ~ 65662996 (-)
XLOC_031605 col27a1b coding downstream 351218 65180792 ~ 65319387 (-)
XLOC_031606 dre-mir-455-1 coding downstream 420131 65250379 ~ 65250474 (-)
XLOC_031604 sh2d3cb coding downstream 511347 65124168 ~ 65159258 (-)
XLOC_031603 tor2a coding downstream 548858 65112481 ~ 65121747 (-)
XLOC_031609 notch1b coding upstream 4960 65679595 ~ 65782785 (-)
XLOC_031610 adamtsl2 coding upstream 206255 65880890 ~ 65921536 (-)
XLOC_031611 ttc16 coding upstream 282283 65956918 ~ 65969959 (-)
XLOC_031612 NA coding upstream 348029 66022664 ~ 66024944 (-)
XLOC_031613 nrarpb coding upstream 350701 66025336 ~ 66028729 (-)
XLOC_031594 NA non-coding downstream 890381 64774973 ~ 64780224 (-)
XLOC_031593 AL929048.1 non-coding downstream 999043 64656728 ~ 64671562 (-)
XLOC_031590 NA non-coding downstream 1281273 64377044 ~ 64389332 (-)
XLOC_031585 AL845507.1 non-coding downstream 1685045 63985444 ~ 63985560 (-)
XLOC_031616 NA non-coding upstream 565280 66239915 ~ 66244132 (-)
XLOC_031620 CU929288.1 non-coding upstream 862582 66537217 ~ 66537334 (-)
XLOC_031627 BX897741.1 non-coding upstream 1486807 67161442 ~ 67164419 (-)
XLOC_031644 NA non-coding upstream 2289872 67964507 ~ 67972342 (-)

Expression


Co-expression Network