LOC118938820


Basic Information

Item Value
gene id LOC118938820
gene name NA
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048579.1
NCBI id CM023233.2
chromosome length 81569517
location 62126538 ~ 62130465 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005036163.1
gggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaaTGTGTGAAGAGAGCCTTGTTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGAAGAGAGGCTTGTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGGggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtctagttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtcttgttgtgggggaacagtaactatgatgttAAGGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGGggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGAGGAACAGTAGctatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtctagttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacGTGTGAAGAGAGCCTTGTGTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTTGTTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtctagttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtcttgttgtgggggaacagtaactatgatgttAAGGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGGggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtctagttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtcttgttgtgggggaacagtaactatgatgttAAGGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGGggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGAGGAACAGTAGctatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtctagttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGAGGAACAGTAGctatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtctagttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGCAGAGTCTTGTTGTGGGggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtcttgttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGCAGCAGTGGTAAGAGAGGATTGGAAGCTACATTCTTTCACTGGCCTTCTGACACGTTTATCTACTGCAACTTGAGAAATGTCCTCCCACTtcctgacagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtggttacctGCTGC
>XR_005036162.1
TGTTTAGGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGGggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtctagttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtcttgttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacGTGTGCAGAGAGTCTTGTTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaaTGTGTGAAGAGAGCCTTGTTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGAAGAGAGGCTTGTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGGggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtctagttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtcttgttgtgggggaacagtaactatgatgttAAGGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGGggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGAGGAACAGTAGctatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtctagttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacGTGTGAAGAGAGCCTTGTGTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTTGTTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtctagttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtcttgttgtgggggaacagtaactatgatgttAAGGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGGggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtctagttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtcttgttgtgggggaacagtaactatgatgttAAGGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGGggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGAGGAACAGTAGctatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtctagttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGAGGAACAGTAGctatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtctagttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGCAGAGTCTTGTTGTGGGggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtcttgttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGCAGCAGTGGTAAGAGAGGATTGGAAGCTACATTCTTTCACTGGCCTTCTGACACGTTTATCTACTGCAACTTGAGAAATGTCCTCCCACTtcctgacagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtggttacctGCTGC
>XR_005036164.1
TGTTTAGGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGGggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtctagttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtcttgttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacGTGTGCAGAGAGTCTTGTTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaaTGTGTGAAGAGAGCCTTGTTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGGggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtctagttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtcttgttgtgggggaacagtaactatgatgttAAGGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGGggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGAGGAACAGTAGctatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtctagttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacGTGTGAAGAGAGCCTTGTGTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTTGTTGTGGAggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtctagttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtcttgttgtgggggaacagtaactatgatgttAAGGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGGggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtctagttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtcttgttgtgggggaacagtaactatgatgttAAGGTGTGGAACGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGGggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGAGGAACAGTAGctatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtctagttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacGTGTGCAGAGAGTCTAGTTGTGGAGGAACAGTAGctatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtctagttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGCAGAGTCTTGTTGTGGGggaacagtaactatgatgtttagatgtggaacgtgtgcagagagtcttgttgtgggggaacagtaactatgatgtttagatgtggaagTGGTGTGTGGAACGTGTGCAGCAGTGGTAAGAGAGGATTGGAAGCTACATTCTTTCACTGGCCTTCTGACACGTTTATCTACTGCAACTTGAGAAATGTCCTCCCACTtcctgacagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtggttacctGCTGC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005036163.1 False 1691 mRNA 0.45 3 62126538 62129743
XR_005036162.1 False 1896 mRNA 0.45 3 62126538 62130465
XR_005036164.1 True 1759 mRNA 0.45 3 62126538 62130465

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110490561 LOC106576375 coding downstream 42726 62080971 ~ 62083812 (-)
LOC110490558 NA coding downstream 64015 62058610 ~ 62062523 (-)
LOC110490536 NA coding downstream 265277 61850367 ~ 61861261 (-)
LOC110490521 LOC106576387 coding downstream 284449 61836836 ~ 61842089 (-)
LOC110490520 zn12 coding downstream 303880 61804053 ~ 61822658 (-)
LOC110490564 LOC106609562 coding upstream 35255 62165720 ~ 62169335 (-)
LOC110490568 LOC106609566 coding upstream 505173 62633205 ~ 62712367 (-)
LOC110490570 LOC106609586 coding upstream 598759 62729224 ~ 62740135 (-)
LOC110490571 LOC106596632 coding upstream 624491 62754956 ~ 62767499 (-)
LOC110490778 fut9 coding upstream 644231 62774696 ~ 62776771 (-)
G1316052 LOC106609550 non-coding downstream 83988 62040640 ~ 62042550 (-)
G1315582 NA non-coding downstream 91061 62035061 ~ 62035477 (-)
G1315579 NA non-coding downstream 94381 62031945 ~ 62032157 (-)
G1315578 NA non-coding downstream 95049 62031133 ~ 62031489 (-)
G1316122 NA non-coding upstream 156 62130621 ~ 62132344 (-)
G1316145 NA non-coding upstream 60699 62191164 ~ 62191587 (-)
G1316142 NA non-coding upstream 91349 62221814 ~ 62224615 (-)
G1316174 NA non-coding upstream 119728 62250193 ~ 62250404 (-)
G1316178 NA non-coding upstream 126633 62257098 ~ 62264093 (-)
G1316051 LOC106609550 other downstream 70515 62042770 ~ 62056023 (-)
G1315518 NA other downstream 152843 61874995 ~ 62006707 (-)
G1315519 NA other downstream 235117 61865030 ~ 61891421 (-)
G1315509 NA other downstream 290332 61834626 ~ 61836573 (-)
G1315398 LOC106609523 other downstream 514422 61610420 ~ 61612116 (-)
G1316323 NA other upstream 403823 62534288 ~ 62537470 (-)
G1316451 NA other upstream 772394 62902859 ~ 62904682 (-)
G1316904 LOC106609576 other upstream 1156042 63256527 ~ 63287904 (-)

Expression


Co-expression Network