LOC110500955 (cpsf6)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110500955
gene name cpsf6
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048579.1
NCBI id CM023233.2
chromosome length 81569517
location 65987246 ~ 66009466 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

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>TU1505232
TTCAattgattttatagggccctagcaATGTCTGTTTGCGTGTAAATGTGAGGCCAATTTGATTACTATTCTTCCCTTAATACTGGGCGTCACAATGTGCTGATCCCGTAAACGAATAAGAAAACCATAAAATATTTTTGCCAGAGGGTAGAGTACTTGGAAAAGATGCTGATAATATCAATCCATACAGGTACAGCACTTATCTGATATGTCAATGAGGACTAAAGAATCATCACTATTGTCCACAATTcaacggcagccattttgttaatGTGGATATTTTAATGTTTCTAATGGTACACCTATTTTGAAGTGGATCTCGAGATTTCACTGTCGGTTGTCTTGTTTTTAGGCTGTAGTTTGAAATAGACAGCCAGACAATTTTGACTTGGCACCAAATATCTTGTAGGAATTGAAGGTCGATGGGTGTTTCACTGAAATGGTGAAGTCACGAAAATAATTGTGGTATTTGTCTCAAATTTAATGTTGCCGTTTGTAAATCCCAGTAGTGATTTGAATGTATACCCCAACATCTGTGTTACCGGTAACTGATATATGTTATTTTGTATTGGATTGGTTAGTTTGCTGAGTAGTGACTCCATGCTTGCATTAAATGGGAAAACTCCTTTGGAATGTACATGTTTGATTGCAGTAACTTtTTAAATGGCAATAGCATTTTGTTAAATTATTCAAATAAATGTAAGACTTTTAAATAATACAACTCACAAAATCAATCTAAAAGGTTTGGTCATTACTTTTTAAATGACAAGGAAACCAAGTGAAGAGAGGTTACTTTATTAACCTGTACTCCTATTGGTCTCACTTCATGGTAAAGGAAATGCTTTGATCTACGCTTACTACCTGTCAATCTATGTTCACAGATCCTCAACATTTTGTTTCATTTAGCGTTGGGATCATATGTGCCCGCTTACAGGGAAGAAATGACTAGCTATTTTTCCAATTTTGTCTATAGGTGTCAGTGATGTTTTGCAGGCATGGAGAAAGCAGCGCTGATTTCCTGATAACATATTTCTGCGTCTGTttttaactgtctctctctctctctggtgtgttCATCCTTCACAACTACACATCATGTGGTTCCTAAAACACTCATTGGTGTCCACACCATCTCAAGAAGGTTCATTTTGACCACCTTAAACTCGTTCAATGTCTCCAGCAAAAATAGACTCTGCAGGAAGTTAGTACCAAAAACAGCAACTGGTCACATTCTTTAGTCCATTAGTTATAATTCTAATTGTTAAGTGTTTTGAGAACATGTCTTGGTGATGCTGTGGGCCCTTTGAGATGCTCAATGGATCTGAAATGATTGTGCGAAGGGTGATGGGGTTCAATGACATGTTGGTTTGTATTAACTTTTAAAAAATGTGATATTGCCAACTATGCACCATGTAAATTCACTAATTGAGCAAAACCTGGcttcaatttgatttaaaaatgATATTGATAAACAATTAAACTAACAATTACTACTAGGCTATTAActatagttaaaaaaaatatatataaatgtaaatTGTCATTGACAACCAAAACGTACAGAATATTCCTTTTACCTGGTGTATCAGTTTGAAACTGTCTGGGGGGTGATCTATGAACTGAAATATTAATGAATGGTTATGTGGTTTGCAACTCCAATGAATTGTCAGTGTGATGTTGATCCTGTGCATGCCAGGCTCTGGCTGTGAGAGTTGTTTCAGACTACTGATACATGTGTGTAGGGATAAGCGTGTGTTTTTCTACATTTTATCCTGATGTAATAATACCATTCCTCTATGGAGATCTGACCATGTTTGTCCTCTGCTTTTCCCAGTGCTCCGGGCACAAATGTTATCTGATTGGATTTCACCTATCGGATAGGTTTAAATGCATAGCTGTAGAATGACTAGAACGAGGGTCTGCATTCAAGTCAATGACTCGTCTGTTCtatttattatttctatgtgttttTAAATCCTATCCAATCGGTAAAATCCGCGTTAATGTTTGGGGAGAACTATTGCCCTCGTCACCTCTCAGACTAGGGGACCGATTCCCCCAAACTGGCCGCTAACACCTTTTTGGTTTTATGGACTTGTTGAAAATCTGAGAGGATTTGATAGGTGGAAGTAAATGTGAGAATTCCACCTATCAGAGGACAAGGTAGACTTAATACCACATTGTGTCCATCTGTGTTAATCCTCTAAAGATATTGAGAAGTACGTTCGGTCTAGGGGGTTGGGATTGAGCGTTCTGTAGATACCATCTTCTGCCCAAGGACTTTCAGATTAGATTATAATATGTTCTGTGAGCACCCTTTAAACAGGTTTATCCAATCCACACAAATTGATTGTAAAACCTTGTCTGAAATGAGTTGAGTACTTAGTGCATGACACACTTGAGTACATTCTAAATTCAGATCTCAACAGTATAGCAGGGTCAGTCATTGTGGGCCACTACGTAGTTCTTACTCACTGTAATGTGGAATCACTCTCTTGACAAGTTGACTACCATTAGAAAGAACAGTGCCTGCATGTATTTGTTTAGtgtcctctgtgtgtctgtgtgtgtgtgctgtaaaaTTAGAGGGGATTATGACACAAACAACAAACTGTATATTGTTGGGCTGCCCCAAACCAAACTCCACCCTTCGTTTTCACACATTTCAGCCTACGGAAGAGGACAGGGACGAGGACGCCTCTTCACAACCAGCAGGCCCTACATCAGGATCGCCTTGTcaactagcccccccccccccccctctctgtctgtgtctccatggttaccaggggACTGACTACCTGGGAATCGCTCACAGCTGTGTAAGGTTATAAGTAGTGTTCTTTAAAATCATTCTcatggtataaaaaaaaaatactcaacagctatttttattttactgaaATTTTATTTGATGTGAACGAAAAAATGATTACCTACCTGTGTTGACAGGCTTCTTTCAAGCTTAGCGAAAATAACAAATGACTACATTTGCCTGCTCTATTCCAAAACGGACAACTTTTGACTGCTATAATGTGTACATTTTGTCAGGTTAAAGCTGGTTTTTACAGGGagggttttttgtttttttcatctTCATTTCCTCTCGTGCCCCTCCCTACTTTTCTCGTTTAGGATAATGTTTGTAAATGTCTCTGCTTTGAATATTAAAATAGATTCTGTGTTGTAATAAACTGTTTACTGGGGT

Function

symbol description
cpsf6 Predicted to enable mRNA binding activity. Predicted to be involved in mRNA alternative polyadenylation; positive regulation of RNA export from nucleus; and protein-containing complex assembly. Predicted to act upstream of or within mRNA processing. Located in paraspeckles. Is expressed in several structures, including blastomere; central nervous system; digestive system; eye; and yolk. Orthologous to human CPSF6 (cleavage and polyadenylation specific factor 6).

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036944982.1 False 5021 mRNA 0.48 12 65987932 66009466
XM_036944984.1 False 5015 mRNA 0.48 12 65987932 66009466
XM_036944985.1 False 5006 mRNA 0.48 12 65987932 66009466
XM_036944987.1 False 4982 mRNA 0.48 12 65987932 66009466
XM_036944988.1 False 4883 mRNA 0.47 11 65987932 66009466
XM_036944989.1 False 4868 mRNA 0.47 11 65987932 66009466
XM_036944990.1 False 4862 mRNA 0.47 11 65987932 66009466
XM_036944983.1 False 2451 mRNA 0.59 11 65996639 66009466
XM_036944986.1 False 2436 mRNA 0.59 11 65996639 66009466
TU1505250 False 1307 lncRNA 0.34 1 65987246 65988552
TU1505252 False 1241 lncRNA 0.35 1 65987312 65988552
TU1505251 False 1130 lncRNA 0.35 1 65987423 65988552
TU1505232 True 3208 lncRNA 0.38 2 65990378 65993631

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110499707 LOC106609801 coding downstream 1497 65981641 ~ 65986435 (-)
LOC110511371 LOC106597280 coding downstream 8497 65901742 ~ 65979435 (-)
LOC110511373 LOC106592131 coding downstream 89113 65892448 ~ 65898819 (-)
LOC110512490 LOC106592130 coding downstream 95567 65878010 ~ 65892365 (-)
LOC110517393 LOC106576623 coding downstream 684798 65268990 ~ 65303134 (-)
LOC110499708 LOC106576651 coding upstream 23595 66033061 ~ 66047899 (-)
LOC110519161 NA coding upstream 403869 66413335 ~ 66416251 (-)
LOC118938831 LOC106609809 coding upstream 407988 66417454 ~ 66513524 (-)
LOC110515929 ptprr coding upstream 510252 66518773 ~ 66553585 (-)
LOC110519130 LOC106609628 coding upstream 555452 66564918 ~ 66638625 (-)
G1319128 NA non-coding downstream 27901 65959651 ~ 65960031 (-)
G1319126 NA non-coding downstream 34677 65952931 ~ 65953255 (-)
G1319120 NA non-coding downstream 55632 65932088 ~ 65932300 (-)
G1319119 NA non-coding downstream 57003 65930679 ~ 65930929 (-)
G1319116 NA non-coding downstream 63684 65922192 ~ 65924248 (-)
G1319142 NA non-coding upstream 9603 66019069 ~ 66019359 (-)
G1319188 NA non-coding upstream 49007 66058473 ~ 66059044 (-)
G1319189 NA non-coding upstream 49824 66059290 ~ 66060760 (-)
G1319213 NA non-coding upstream 105710 66115176 ~ 66115643 (-)
G1319215 NA non-coding upstream 107951 66117417 ~ 66118092 (-)
G1318935 NA other downstream 514768 65469967 ~ 65473164 (-)
G1318477 NA other downstream 836532 65068277 ~ 65153287 (-)
LOC110499867 LOC106576572 other downstream 1502614 64481916 ~ 64636502 (-)
G1318164 LOC106576481 other downstream 1760257 64216504 ~ 64227675 (-)
G1318092 NA other downstream 1904044 64083037 ~ 64083888 (-)
G1319357 LOC106593594 other upstream 269579 66279045 ~ 66282108 (-)
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G1319781 LOC106576551 other upstream 846713 66856179 ~ 66862281 (-)
G1319847 NA other upstream 951485 66960951 ~ 66961304 (-)
LOC110511902 LOC106609654 other upstream 1071315 67079306 ~ 67084695 (-)

Expression


Co-expression Network