LOC118938837 (LOC106576594)


Basic Information

Item Value
gene id LOC118938837
gene name LOC106576594
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048579.1
NCBI id CM023233.2
chromosome length 81569517
location 70649032 ~ 70653883 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036945187.1
TATATAAATGGGATGCGAAACATTCCTTTTAGACTTGCAGAGACGAGTTGAAAACCTccctatttctttttttttttcaggttTCGTAATCCAGTGGCGATTGCTGCAAAACGAGAAGAGGAAAATGACAGGTTCTGGAGAAAAGTTAACCATCGTTCTGTTTGGAAAGAAAGGAGCTCCAAAGTGTTCAATAGGAAATCTGATCCTAGAAGAAAGAGATGGTTTTGACGATGATACGGAACTATGTGAGCGGAGAGAGAATCAATTATATGCTGCAATCAACACCCCAGACATGTTTGGAGAAGGCAATAATTCAGACCAGCAAATTATCGACTGTATGGCACTTTCATACCCCGGCCTTCATATATCCCTGCTTGTGATTCAAGATAGGCATGATACACCAGAGGAGGTTAAACAGCAAGTTGTTCACCTACAAGATACCTTTGGAGAAAATATTACAGCAAACATGATAGTTATGTTACCATGCAGGGATGAGATCTTTGCACTGAAACATTATATCAATCAAAACATAAAATATCCCCTGGAAGTCTTGAACAATTATAATGATCTGCACAAAAAGTTACGAATGGACCGTAAGTTCTTCAAGTACACCTACGAAAACTACAGTGAAAGTGTTGTACTAAAAAGAAAGGAAACACTGTCGGAAAAGAGAAAGGCCCAAAAGATGTCTATTGACTATGATGGTCATCTTGGAAAAGAGTTCAGAGGAACAAGATTCAGAGACCAATCAAAACCACAAGATGAGAGGTTCAGTGATCCTGGCAGATATCACGATGGGCCGGCAAGCAGATCTGGAAACTCAAAGACTGGTAAAAGAAACTATGAAAGCGATCCCAGCAACATTTTGAACATTGTGCTACTGGGACAGACAGGAACTGGAAAGAGCAGAAGTGGAAACACAATCCTGAAGAAAAACATTTTCCCATCAAGTGCAAGCTCTGTACCAGTTACAAAAGAGTGTCATGTAGAAAATATGAAGATGGGAGGGACAGAGGTTAGGGTCATTGATACCCCAGATTTCTTTGATGATTGTCTTAAACAACCAAGCAAACACATTGCGGATTGCTTAACGTGGTGTCAGACAGGGTTGAGTGTGTACTTACTGGTGATTCAGATTGGCCGATTCACAGATGGTGAACGAGGGATCTTGAAACAATTGAAAGGTATCTTCTCTGACATGGAACGATTTAAAGAGAGAACATGTGTCCTCTTTACTAATGGAGAGGACCTCAAACATATGAGCCTTGACACGTTCATCAATCAGGCTGACACTCACCTGAAAGAAATAGTAAGTTGCTGTGGGAGCAGACATGTGTTCAAAAACACAAAGACAGACTACCAGCAGGTGATTGAGCTGATGGAGAAAATATACAAGTTACTGGGCAATGATCAAATGTCTCGTGACTTTGAGGACTGGAAAACAAAACATACAGATGACAAGTGTACAGTGAGTTAACTTAGATCCCAGGGACAAAACTGAATTAATGTCACCAAATGATTGTTTAAGTCACATCATTGTATAATCAGAAGAATCTAAGACCGTGATGCAAAACAATTGATCTAAAATGTTCTAAATTGAGAATGAatatacaggtgtaggatcttaatttgaccacccTTTTGCAGGAGATCTTTCGTGTAATGCAGGAACATTTAAAATGTGTAAtatatttgaggttttaaaagtttgtcatttccacttttacATTTCAGACTTggttttcccttacgaaaaatgtatcaaccccttcaaccatgtccattaattataatccacatgatAATTTACATTTCCTATTGCTGCTgcattattttcctgctgtggcaaacaggctcaaattaagatcctacatctgtatactgTATTTCAGCTGAATGGCATGAACTGTTTTATTTCACTTTCCAGTTATTAAGTATGAGTGACTGCATCTGTAGTGTAATTTAAAATTTCCTTTTTGTAACTTCTGTCAGTTATGTAGATTTATGGAGACTTATTTGACCCAAAATAGTTAGAACATTTTTGTGACTTGATTCACTGTTGTTTTAAGAATCTGTCAGATCACAAACAaatttgtttttaaattgagCAACTTTGAGATTCTGTGCATAATGAAAAGTGCCATATAAAATGAAtcaattattattactattattattataatgtgGCTTATTTCCTAATGATGGGCCACAGGAATGTAACTGCATACATTCAAACAATAACTTACCTTCTGTGGAGTGAATCAGAAAAATATGTTGTGTTTTCTAATGACAATGCCTTTTCTTTTTGACTTACATTATGGTGTGTTGTTAGTCACACAGGAGTCATCTTGATTTGTTACATAAGGAAATTAAATGTTGGACTTaactgtaatttaaaaaaaaaaaaaaaacgtcataATTTACTGTGGTAAACCTTTGTAAAGTTGAGCATAAAAATAAACTATGGACATGTATACAAATAA
>XM_036945189.1
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>XM_036945188.1
TCAAATGACATTCAATACATTCTCTAATATTATCAAAATCACTAAAAGCTATTATATATGTGTTATGGTGTACTTAGGTCTATTGACTATGATGGTCATCTTGGAAAAGAGTTCAGAGGAACAAGATTCGGGGACCAATCAAAACCACAAGATGAGAGGTCTATTGACTATGATGGTCATCTTGGAAAAGAGTTCAGAGGAACAAGATTCGGGGACCAATCAAAACCACAAGATGAGAGGTTCAGTGATCCTGGCAGATATCACGATGGGCCGGCAAGCAGATCTGGAAACTCAAAGACTGGTAAAAGAAACTATGAAAGCGATCCCAGCAACATTTTGAACATTGTGCTACTGGGACAGACAGGAACTGGAAAGAGCAGAAGTGGAAACACAATCCTGAAGAAAAACATTTTCCCATCAAGTGCAAGCTCTGTACCAGTTACAAAAGAGTGTCATGTAGAAAATATGAAGATGGGAGGGACAGAGGTTAGGGTCATTGATACCCCAGATTTCTTTGATGATTGTCTTAAACAACCAAGCAAACACATTGCGGATTGCTTAACGTGGTGTCAGACAGGGTTGAGTGTGTACTTACTGGTGATTCAGATTGGCCGATTCACAGATGGTGAACGAGGGATCTTGAAACAATTGAAAGGTATCTTCTCTGACATGGAACGATTTAAAGAGAGAACATGTGTCCTCTTTACTAATGGAGAGGACCTCAAACATATGAGCCTTGACACGTTCATCAATCAGGCTGACACTCACCTGAAAGAAATAGTAAGTTGCTGTGGGAGCAGACATGTGTTCAAAAACACAAAGACAGACTACCAGCAGGTGATTGAGCTGATGGAGAAAATATACAAGTTACTGGGCAATGATCAAATGTCTCGTGACTTTGAGGACTGGAAAACAAAACATACAGATGACAAGTGTACAGTGAGTTAACTTAGATCCCAGGGACAAAACTGAATTAATGTCACCAAATGATTGTTTAAGTCACATCATTGTATAATCAGAAGAATCTAAGACCGTGATGCAAAACAATTGATCTAAAATGTTCTAAATTGAGAATGAatatacaggtgtaggatcttaatttgaccacccTTTTGCAGGAGATCTTTCGTGTAATGCAGGAACATTTAAAATGTGTAAtatatttgaggttttaaaagtttgtcatttccacttttacATTTCAGACTTggttttcccttacgaaaaatgtatcaaccccttcaaccatgtccattaattataatccacatgatAATTTACATTTCCTATTGCTGCTgcattattttcctgctgtggcaaacaggctcaaattaagatcctacatctgtatactgTATTTCAGCTGAATGGCATGAACTGTTTTATTTCACTTTCCAGTTATTAAGTATGAGTGACTGCATCTGTAGTGTAATTTAAAATTTCCTTTTTGTAACTTCTGTCAGTTATGTAGATTTATGGAGACTTATTTGACCCAAAATAGTTAGAACATTTTTGTGACTTGATTCACTGTTGTTTTAAGAATCTGTCAGATCACAAACAaatttgtttttaaattgagCAACTTTGAGATTCTGTGCATAATGAAAAGTGCCATATAAAATGAAtcaattattattactattattattataatgtgGCTTATTTCCTAATGATGGGCCACAGGAATGTAACTGCATACATTCAAACAATAACTTACCTTCTGTGGAGTGAATCAGAAAAATATGTTGTGTTTTCTAATGACAATGCCTTTTCTTTTTGACTTACATTATGGTGTGTTGTTAGTCACACAGGAGTCATCTTGATTTGTTACATAAGGAAATTAAATGTTGGACTTaactgtaatttaaaaaaaaaaaaaaaacgtcataATTTACTGTGGTAAACCTTTGTAAAGTTGAGCATAAAAATAAACTATGGACATGTATACAAATAA

Function

NR:

description
PREDICTED: GTPase IMAP family member 8-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036945187.1 False 2483 mRNA 0.36 5 70649032 70653883
XM_036945189.1 False 2709 mRNA 0.37 8 70649046 70653880
XM_036945188.1 True 1954 mRNA 0.36 4 70651155 70653883

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110490670 NA coding upstream 79308 70565742 ~ 70569724 (+)
LOC110490651 apex1 coding upstream 98503 70547485 ~ 70550529 (+)
LOC110490654 LOC106576592 coding upstream 106198 70538862 ~ 70542834 (+)
LOC110490656 LOC106576586 coding upstream 110070 70528555 ~ 70538962 (+)
LOC110490638 LOC106609738 coding upstream 121204 70523460 ~ 70527828 (+)
LOC110490812 LOC106576598 coding downstream 223261 70877144 ~ 71062055 (+)
LOC110490701 LOC106609709 coding downstream 503158 71157041 ~ 71158063 (+)
LOC110490712 nel coding downstream 641542 71295425 ~ 71400412 (+)
LOC110499746 LOC106609793 coding downstream 804924 71458807 ~ 71475849 (+)
LOC110499745 LOC106576507 coding downstream 824586 71478469 ~ 71488470 (+)
G1322620 NA non-coding upstream 69278 70579413 ~ 70579754 (+)
G1322605 NA non-coding upstream 72028 70574168 ~ 70577004 (+)
G1322618 NA non-coding upstream 77981 70570850 ~ 70571051 (+)
G1322617 NA non-coding upstream 78582 70570231 ~ 70570450 (+)
G1322663 NA non-coding downstream 42378 70696261 ~ 70696500 (+)
G1322668 NA non-coding downstream 54741 70708624 ~ 70711091 (+)
G1322670 NA non-coding downstream 62242 70716125 ~ 70716353 (+)
G1322671 NA non-coding downstream 68851 70722734 ~ 70723200 (+)
G1322672 NA non-coding downstream 70918 70724801 ~ 70725041 (+)
G1322161 NA other upstream 745374 69900944 ~ 69903658 (+)
G1322119 NA other upstream 849170 69798196 ~ 69799862 (+)
G1321053 NA other upstream 1853051 68794598 ~ 68795981 (+)
G1320834 NA other upstream 2361764 68285896 ~ 68287268 (+)
G1320366 NA other upstream 3104551 67544041 ~ 67544481 (+)
G1322725 NA other downstream 190062 70843945 ~ 70847944 (+)
G1322763 NA other downstream 282342 70936225 ~ 70937145 (+)
G1323962 NA other downstream 1536540 72190423 ~ 72191163 (+)
LOC110531894 LOC106598741 other downstream 1802334 72416050 ~ 72481441 (+)
LOC110490361 LOC106609821 other downstream 2088330 72742193 ~ 72850175 (+)

Expression


Co-expression Network