LOC118938848


Basic Information

Item Value
gene id LOC118938848
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048579.1
NCBI id CM023233.2
chromosome length 81569517
location 72910104 ~ 72914835 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005036229.1
TAAACGTCCGCTGTGTAGCTTATTGACTTGATTTGCCTAACGTTAGTGGTGGTTGTCAACTCCGTCTGTAGCCATGATATAACGTTTTCGAATGATACCGTGCCTTGTTATAAATAGATAGAATATATACCGAAATAGCGATGCAACACCAGAGCAGTAGCATAGGCTGTCCAGACTGTCTCCGGGATTGGTTTTAGGTGTGCGTCTGCAGCGTTTCGGAGAGAGGTGAGACGTTGGCGGTTTCAGAGACGCGGGCAACCCCGTATGTCCTTTGACCTTGTCCTTTGTATCTTTTAGAGGGGACATATTGATATACTGTCAAAATgtcaacaaaaaacaacaatctAAACGTGTTGGATGACAGAGACTAATGGAGTAGGGAGACAGTTGAGAGCTCTGGGACTGGCAGGGACACCTCATGGCTTCACACCCTCTTCTATCCCTCTTCTGCATGTATGGTGAAGGTCAGGTTTGGCAAGTTAACGGTACAAGGGTGATGGAGTTCTCATTTTTTAAACTTCGacttgatttgattaaaacaaactttaatggataaaaaaaatgtaaagaagtaaaagtaaaaaaaatcaaataaaatagagGGATTGATAGAGGATATTAACCTGGTTCAAGGGGAAGTGTTGGGTAGAGGATATTAACCTGGTTTAAAGGGAAGTGTTGGGTAGAGGATATTAACCTGGTTCAAGGGGaagggttgggtagaggatattaacctggtttaaagggaagggttgggtagaggatatTAACCTGGTTTAAAGGGaagggttgggtagaggatattaacctggtttaaagggaagggttgggtagaggatatTAACCTGGTTCAAGGGGaagggttgggtagaggatattaacctggtttaggtttaaagggaagggttgggtagaggatatTAACCTGGTTTAGGTTTAAAGGGAATGGTTGGGTAGAGGATATTAACCTGGTTTAGGTTTAAAGGGAAGGGTTGTGTAGAGGATATTAACCTGGTTTAGGTTTAAAGGGAAGGGTTGTGTAGAGGATATTAACCTGGTTTAGGTTTAAAGGGaagggttgggtagaggatattaacctggtttaaagggaagggttgggtagaggatatTAACCTGGTTTAGGTTTAAAGGGAAGGGTTGGGTAGAAGATACCAACTGCCAACCCGGTTCATGGTAAGGGTCCTTGATTAAAATGAGAAAGTAGGGGATGGAAACTTATTCTTCAGGATACTGGAAGGGGAGTGGTGGTTTGTGATTTTTGAGTGGTGGGATGAATGTTTGTGGTTATCGTTGATTTTGTTTGGGAGACAGTCAAGATGGACAGTAGCTTTTTATATGGGGGACACAGGTAGATCTCCGATCTGGATTGATCAATACTGCCATGTCATCAATGAGAATTAAACTTAGTGAATGTGTATGCTATAGGTTATGTGAGCACGAGCACCTGTATAGGTCAAGTAGAGTAGATCATTGGAGGGACTTATTGGCATAATATGACTGTTAGGACTGTATCCCCACTGCCCTTAAAACAGCATCCCAGTAAGCGTTTTGATGTCTTTTGGACATCTCTTTTTGGTCCTCAgtctttaattaaaaaaaaaaatgttttatttcatcccCCAGGGATGTTGAATTTTggtccggaccaaatctgaaccaatcatagacatctatgtttcacaGGTTTGGACAGCAGTGTACAGTAACTTAGTACAGAAAAGTAAAGTAtagtgtactctactgtactgtactgaattaaactatactgtactgaattaaactatactctactgaattaaactatactctactgtactctactgaattaaactatactgtactgtactctactgaaatAAAATGTATTGTACTGAATTAAACTATACTTTACTGTAGTGTACTCTAATGTACTCaattactctactgtactctactgtaattaAACTCTACTGTATTGTGCTCGACTGAATAaaactactgtactctactgtgctaaactgtgccgtactgtactgtgatgttcaaacttgtgaaacagCCTAGACGTCTATGATTCGTTCAGATTTGGATCTGGTTTGCACCGGCCAAATTTTTACTTGTTTGGgggcggagctcattagaataatatccagcatgctttgcaagtgtttttgtttttacatttacattttggtcattcagcagacgctcttatccagaggaaCTTACTGCATGTGATAGATAAATATTTGGTTGCGATCTACAATTGGTTCCTCTTTCCTATTAAAACCTGTCTAAGCCAGAGGGTGGGGGTTCTACTAAGGATCATTTAGCTGTTTgaattttgaattttaagaccccttgaagaataaaaaaaaacagaagaaaaaCATGATTGGATGAATTTTTGGggaccttactgctattagcatATTCAAATGCCTCGAATAatagattcactacatggaacaacagatctaaaggaagtttgttctgaagtgtctgtccaatATCTGAGAGAAATATGAAAGATCAGgatttttttacatgtttttaaccccttatttttgtcactaaacagtctccataccTCCGttcattttttcaactggtaccatgggaccttcagacaagtcttgtgTTAACTGTAATATAATGCTTACTTATTATAATTGAGAATGTATATCAGTTGAAATTTGGCCATGGAATTAATGATcgaaaaataagtattttcaaATGCCCCTGATTTCAACGTCCAGAAAATTGGTTATTTTCAATGTCCGGAAGATTCATATTTTCATCACCTAAAATGTACCTGATGTCAATGTCTGAAAAATAGTTGTGAAATATGTATTTTCAATGGCCTTTTGCTTATTGGGATATGGTTGTCCTCTTAAATGTGAGTTTGATAAGTTTATAGAAGTTAGCATCCTTCCTCTTGACCTGATTTATGTTGATTTATGCGTTACCTGTCCACCCATGCAGTGGCAGACTGTAACCAGCAGGTGGAGACAAAGTTCAGGAATTCTGATGGAATTAGAATTGTCACCTTTTTTTCCCTACTTTTTCAAACTGTTTTACCTGCAGGCTGCATGCTCGGTTGGAAATAACACGGCACTAACACtagctcattattattattatgttgggTGCTGTGGGTAGTAATGGTCAGGACTGAGTGTTGCCCTGGTGCCAGTCAGTGTGACTGGGATGAGTGAGTTAGTGTTGGGTGTCCTCCTGCATTATCTTGGATCAGGGTTAGTTTTCACTTGGGGAACTTCCTGCTATCTGTTTACACAGTGGTGATGGCAGGGAGCCCACTCATGTTACTACTAGAGACCaggtggagagaagggggaggtagagagcgagatgagagaggggaagactagagtgagagagagaacaatagagaaAGGAAGTCAAGAGGCAGAGAATCCTAGAGCAGGTCCAGAGATGAGAGGGAGCAGCCGCAGCCCAGATGACATCTCCATACCAGGGTTTGTTCCTGGTACCCgagaggttggatggaaacctgtgGAATTACAGCCTAGAGCAGCAGACTTTAAGCAGGGGATTGGCTGTAAAGCTGCTGTGTGCCTTTCGGCTGTTCTGTCAGCTGTGACTGTGTGATGTGGTGTCCAGGACTAGAGCCTGGGACCGCGGCCAAGTCTGACTTCTGACTGGCCATTGGCCCAGAGTGGCAGGTGGAACAGGGGCTGTAGCCAGTAGCCAGACAGGTGACAGGAGAGAGGCCAGGAACATCAGAACACTCCATGGAGCAGAGTTGAGTCATAGCAGAGTCATTCGAGTAACTTGGGCAATGCAATCATATTTAATTAAGTTCTACATAAATTATTTACTATACATTGCCTATATTTTTTAGCAAGAACATTGTGAACAAATGAACAGCATATGTAGTTAGCCCCCTCCCTATAGTTACAGTATAGATACAATCTTCTGTTTTAGATTCTGTTGAAACATTCTCTGACTTATTCTGATGGTTCAGTTCATTGGGTGTGATTACTGTCTGAAATATGAAGGGTTGAGAATATAGAAACATCAAGCACGTGTGATGTTTTGAGGTTTGAGTCGGGCACCTCCTCGGCTACCTCGGCTAGACTCGTTCATGAGGACCCGTCGTCTGTTTTATGCGGAGGATCTCAAGCACCTCTTTAGGGAGTTTCATGGAAGAGAATCAAGTGTctcactacagtgtgtgtgtgtgtggtgactacACCCCTATTCATTTAATTATAATATTTTATTGGGTAGGAGTGCTGAGCTGCCACCTCTCTGGCATCCGTCAGAAGGTACCCAGGATGCACCctgtccccatccctctctctgtctgccttggAATATATTGATGTCTCTGGTTTGATCTCCAAACATTTTGGTTGGCCCTGCATTCCAGGCTCTCTATGACCTCCACTGTGATGAGAAACAGACGGACGGTCAACTAGAAGACTGGATTTAAGTCTATTATGTAAAACGCCTGATGCCTCTGAAAGTAGTGTAGCTAATGTTGTAGTGTCAGACACTAGCTTTGAGTCTCTGAGAATGTAAAGTCCAAATCTCTGAGTAAACCACGACTTAAACATGTTTCCATGTACCATCTGCCGTAGTAGAATGGCCCCTTTATTTCAATGAACTTGTTGACCTCAGTTCTTTGATCTAGTCGACAGA
>TU1512590
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>TU1512591
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005036229.1 False 4689 mRNA 0.41 2 72910104 72914835
TU1512590 False 581 lncRNA 0.42 2 72913277 72914226
TU1512591 True 618 lncRNA 0.42 2 72913277 72914226

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110499730 LOC106609820 coding downstream 172666 72735016 ~ 72737438 (-)
LOC118938847 NA coding downstream 317931 72591662 ~ 72592173 (-)
LOC110531910 gsap coding downstream 376966 72500414 ~ 72533138 (-)
LOC110531900 LOC106576463 coding downstream 416817 72481939 ~ 72493287 (-)
fgl2a fgl2 coding downstream 483147 72421569 ~ 72426957 (-)
LOC110490803 LOC106591178 coding upstream 44381 72959216 ~ 73142970 (-)
LOC118938934 LOC106594503 coding upstream 422190 73337025 ~ 73338361 (-)
mgst1.1 LOC106590880 coding upstream 969448 73884283 ~ 73902168 (-)
LOC118938851 LOC106575061 coding upstream 976083 73890918 ~ 73902131 (-)
LOC118938901 NA coding upstream 1005618 73920453 ~ 73929800 (-)
G1324794 NA non-coding downstream 34794 72874683 ~ 72875310 (-)
G1324793 NA non-coding downstream 36729 72872879 ~ 72873375 (-)
G1324792 NA non-coding downstream 37534 72872231 ~ 72872570 (-)
G1324790 NA non-coding downstream 40275 72869308 ~ 72869829 (-)
G1324749 LOC107569940 non-coding downstream 86211 72785464 ~ 72823893 (-)
G1324812 NA non-coding upstream 2193 72917028 ~ 72918638 (-)
G1324823 NA non-coding upstream 27502 72942337 ~ 72942639 (-)
G1324828 NA non-coding upstream 34330 72949165 ~ 72949371 (-)
G1324829 NA non-coding upstream 36466 72951301 ~ 72951545 (-)
G1324831 LOC105030512 non-coding upstream 39270 72954105 ~ 72954541 (-)
G1324805 NA other downstream 3753 72905449 ~ 72906351 (-)
G1324604 NA other downstream 428935 72480405 ~ 72481169 (-)
G1324569 NA other downstream 502335 72407421 ~ 72407769 (-)
G1325752 NA other upstream 760503 73675338 ~ 73677653 (-)
G1325780 NA other upstream 819846 73734681 ~ 73735097 (-)
G1325863 LOC106584099 other upstream 1087612 74002447 ~ 74002749 (-)
LOC110513406 LOC106576618 other upstream 1253308 74167198 ~ 74213128 (-)
LOC110511321 lemd3 other upstream 1310581 74218902 ~ 74256009 (-)

Expression


Co-expression Network