XLOC_003187


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_003187
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 5955265 ~ 5966389 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008520
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KEGG:

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ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008520 False 10394 lncRNA 0.41 2 5955265 5966389
TCONS_00008521 False 9836 lncRNA 0.41 2 5955286 5966389
TCONS_00008523 False 10372 lncRNA 0.41 2 5955287 5966389
TCONS_00008522 False 10724 lncRNA 0.40 2 5955287 5966389
TCONS_00008524 False 10199 lncRNA 0.41 2 5955288 5966389
TCONS_00008525 False 9948 lncRNA 0.41 2 5956063 5966389
TCONS_00008526 False 9759 lncRNA 0.41 2 5956080 5966389
TCONS_00008527 True 9897 lncRNA 0.41 2 5956128 5966389

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_003186 rps15 coding upstream 23643 5926850 ~ 5931622 (+)
XLOC_003185 dazap1 coding upstream 29748 5880562 ~ 5925517 (+)
XLOC_003184 ndufs7 coding upstream 102550 5842632 ~ 5852715 (+)
XLOC_003183 ctdspl3 coding upstream 118979 5817202 ~ 5836286 (+)
XLOC_003182 arid3a coding upstream 144307 5681762 ~ 5810958 (+)
XLOC_003188 gtpbp3 coding downstream 43595 6009984 ~ 6037759 (+)
XLOC_003189 CT573239.2 coding downstream 103486 6069875 ~ 6074783 (+)
XLOC_003190 ushbp1 coding downstream 110257 6076646 ~ 6101104 (+)
XLOC_003191 nr2f6b coding downstream 149232 6115621 ~ 6134583 (+)
XLOC_003192 tax1bp3 coding downstream 169831 6136220 ~ 6145158 (+)
XLOC_003250 BX324177.11 misc downstream 5379414 11345803 ~ 11346099 (+)
XLOC_003255 BX324177.14 misc downstream 5406497 11372886 ~ 11373182 (+)
XLOC_003257 BX324177.13 misc downstream 5419973 11386362 ~ 11386658 (+)
XLOC_003260 BX324177.2 misc downstream 5451644 11418033 ~ 11418323 (+)
XLOC_003262 BX324177.15 misc downstream 5463004 11429393 ~ 11429689 (+)
XLOC_003180 NA non-coding upstream 352544 5602340 ~ 5602721 (+)
XLOC_003178 CU855733.1 non-coding upstream 423689 5531443 ~ 5531576 (+)
XLOC_003176 CR559931.1 non-coding upstream 473381 5481753 ~ 5481884 (+)
XLOC_003170 NA non-coding upstream 2172140 3771266 ~ 3783125 (+)
XLOC_003169 NA non-coding upstream 2219462 3615750 ~ 3735803 (+)
XLOC_003195 BX248501.1 non-coding downstream 239580 6205969 ~ 6224120 (+)
XLOC_003198 AL840638.1 non-coding downstream 356609 6322998 ~ 6324302 (+)
XLOC_003199 AL840638.2 non-coding downstream 361589 6327978 ~ 6328093 (+)
XLOC_003203 CU062501.1 non-coding downstream 477068 6443457 ~ 6444163 (+)

Expression


Co-expression Network