G1286648 (LOC106590042)


Basic Information

Item Value
gene id G1286648
gene name LOC106590042
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048579.1
NCBI id CM023233.2
chromosome length 81569517
location 36035583 ~ 36093396 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1468667
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>TU1468668
ACAACAGGGTTGGTTCTACAGTTACCTGAGCAGGATAAACATACTGTTACTGGAAATAAATATGAATTGATTTATTATCTTGTTAGATATCATCACACAGTTCTCGTCATCTTCAATAAAGCATACGTTTGTATCATTCTGAGAAAGGTAAGGTTTTCAGGTTCACTAACAGCTACGACCACAAACACTTTCAGGCAAGTTTTGACAGTCACCATTTTGTGAAACAGACATATTAGCTATGTGATTACTTTCACACCATTGATTTGTTTGTGCTGCAAGACACTGTGCCAGACACAAGCAAGGAGAGCTATGCTCAGCTTAAGTTGCCGGTTTGACGATAATAAACAAATTCCTTTCTAGTTAGTTTCCTCCATTAGAACAAAGCAGCATATTCACTATATATTCTATGCAAATATATATTctcaatatactgtatctatacatagctatacatatatatatatataatctaactATAGAAGTCTATattcaatatgtatatatagaatTTGGTAGGGTTTTAAAACATTCAAGGTACATTCACTTACCATGTGATTTCTTTTCATACGAAAAAGGTTACACAGTCTGACAAATGTTTAAACCACATCTACCATCCCTCTACAAGTCAATCTCCCAACCAAGAAACACAACATTGAACATCCCCCATCATAAGAAGCAAACAGAAGAGAAAACAAGCTTTTCTGCTCAGTTTCCAATGACCAATCATAGCATTAAGAAAATGTACATACAAGTTTGCTTCAGTCaggtattcacaccctttgacttttcccacattttgttgagttacagcctgaatttaaaatggattaaatggagATGTTTTGTCAGcggcttacacacaataccccataatgtcaaagtggaattatgttttgaaATGAATTCAGAATTTAAAGTGgaaatgtctcgagtcaataagtatacaacccatttgttatggcaagccaaaataagttcaggagtacaaatgtgcttaTCAACAAgtcccataataagttgcatggattctgtttgcaataatagtgtttaacattgttTTTGAAAGCATTAATGGAATATCCGTTTGGGCATTACACTTCGGATGGTGTGTATATTCATTTCCATAAAGtgcattaattacactttggacggGTGTAGAGGAAGggaaccgctcagggatttcaccatgaggccaatggtgactaaaGCAATTAAGgagtttattggctgtgataTGGGAAAACTTGAGGATGGACCGACACCATTGTAGTTATTTAttactttatttaacctttatttaactaggcaagtcagttacaatgccttgcaaatgtattgacctcccccttggcgtttttcctattttgtttcattacaacctgtaatgtaaattgatttttatttggatttcatgtaatggacaaacaTAAAATAGTCCACATTGGTGacgtgaaattaaaaaaatagcaaataattaaaaacaaaaatggaaaagtggtgcgtgcatacagtcagttgaagttggaagtttacatacacttaggttggagtcattaaaacttgtttatcaaccactccaaaaatgtcttgttaacaaactatagttttggcaagtcggttaggacatctactttgtgcatgacacaagtaatttttcaaacaattgtttacatattatttcactgtttcacaattccagtgggtcagaagtttacatacactaaattgactgtgtctttaaacagcttagaaaataccagaaaatgatgtcatgagtCCATTGGAGGTCTACCTTTGAATgtatttcaaactcagtgcctctttgcttgacaccatgagaaaatcaaaagaaatcagccaaaattgtagacctccacaagtctggttcaaccttgcgagcaattttcaaacgcctggaggcacaacgttcatctgtacaaacaatagtacgcaagtataaacaccatgggaccatgcagccgtcataacgctcaggaaggagacgcattccgtctcctagagatggtgcgaaaagtgcaaatcaatcctagaacaaaaGCAAAGgtctttgtgaagatgctggagtaaacaggtacaaaagtatctatatccacagtaaaacgagtcctatatcgacataacctgaaaggccactcaggaaGGAagcagccactgctccaaaaccgccataacaaagacatactacggtttgcaactgcacatggggacaaagatcgtacttcttggagaattgttatgtttggaggaaaaagggggacgcttgcaagccgaagaacaccatcccaaccgtgaagcacgggggtggcagcatcatgttgtgggggtgctttgatgcaggagggtctggtgcccttcacaaaatagatggcatcatgaggcatgaaaattatgtggatatattgaagcaacatctcaagacaacagtcaggaagttaaagcttggttgcatatgggtcttccaaacggacaatgaccccaagcatacttccaaagttgtggaaaaatggcttaaggacgacaaagtcaaggtattggagtggccatcataaagccctgacctcaattccataTACATtttgagggcagaactgaaaaagcatgtgtgagcaaggaggcctacaaacctgactcagttacaccagctgtcaggaggaatgggccaaaattcacccaacttattgtgggaaggttgtggaacaTTTGAACCAAGTTCAACTATTTAAAGGCCatggtaccaaatactaattgagtgtatgtaaacttctgacccactgggaaagtgatgaaagaaataagagctgaaataaatcactttactattattctgacatttcacattcttaaaataatgtggtgatcctaactgacctaagaccgggaatttttactaggattaaatgttaggaattgtgaaaaactgagtttaaatgtatttggctaagatgtatgtacactgacttcaactgtatgtattcaccccctttgctatgaagcccctaaataagatctggtgcaaccaattaccctcAGAAGTcacaattagttaaataaagtccacctgtgtgcaatctaagtgtcatatgagctgtcacatgatctcagtatatatacacagagtcaataacaccactaagcaaggggaaccaccaagcaagcggcaccatgaagacgaggagctctccaaacatatatttaatccattttgaattcaggctgaaacaacaaaatgtgtaataagtcaagggatatgaatactttctgaaggcactataaaaagttatatttttgaaGACAGTTGTATTTTGTTGTACACAGACCTCAAGTGCACCAATTCCACAGGTTTATACTGAATAATAGTTGGCAGCATTAGTTCAACATTTATGTAAAGTCTTTAATGTAATAGTAACAAATTGAGCTAGTTTTGTCAGTAGTCAATCAATCACCCTTTCCATTACCACAGAGTacacaaacaaatatatataataatatatcatcTGTTTATGAGTCCTTTATTGATTATTAGCCAGAAATAAGGTTCTCAATCTATTTTCAGAAGGCCTCAGATGTTTCAGTCAGGTGCTGGTGTACTGAGAAGGTTTTCCTCTAGGTCAAAATAGCTAGACATATACCATGTACCGTACTCATATACCATTTACCGTACTCATTTCACTGAGGGCAGAGTGgctgcgggttttcgctcctcccgtGTACTTGATTAATTAAAGTCACTAATTAGGGCTTAATTGAAGGAAAAAACTAAAACCTGCAGACACAAGGCCCAACattgaatgagtttgacacaagGTCTATAATTAGTTTTCAACCAAAAAGTACTTTCAAATTACTCACGTCATTTAACAAACAGTTTCACTGTGTCTGTGGCCAATAATGTatctaaaatttaaaaaaataaaatacacaatacAAAAAAACCCTATCCTTTCCATTTTATTAAACAAAATATTAAAACACACAACTCAAAACCTAAACACAAAATCAGAACTAACAAAAAACAGTGCAGTCCATAAAATACCATATAATAATTACTAATCTATCAAGAGGATTCTCAAACAAACTAACCTGTGCTATAACTGACCTCTGTACGGCCTAATACCATTTACACACTACTGAGCTGAGctgcactgtactgcactggCCTGGTTAGGAGGTTAGGCATCCACCATTCCATAGTTGCTGGAACTGTGgcgcaaaggaccatgtgaaaataaaatgtccccactgtatgtttggGGTCAGCTCGATAGTGTAGAAATGGAATAACTGCGTGTGTTTGAGAGCAGCCCACTGTGCAGGATGggctcagacagacacagacagtgagtGCGGTGCGTTCCAGGTTGTCTTTATTGCAGTCATGCTGCCCCGATTATTAGCTCTCACAATGCCTGGAGATCGGAAACCATGTTAATATGCTTTAGCAATCTTCTGATGCACTGTTTGGAACCGTCGCTTCATTAGAAGCTAAAAAGAATCAGTAAAGTCAATCTTCTGAGATGTGCAACGTGACTGCAATGGAAACAACCTGAAACGTGTCCAGTGCCATGTTAATGTGGGCTGTGAGAGGGCAAGTCCATCTCCCTGTCCCCTGAGTAGGAGCTGAGGGCCTCCCAGAGTACCTGGGTCTCCTCACAGTGGTGGTGGACCGCCCAGTGCTCCATCACTTCCTCCTTACTGTCCAGGACCTGGCTGCACAGCACACAGTTAAACACTGAGCCCTGCCCGaggacccctctctctccccgggCTGAGCAGCCGGTCGGCTCTCCATTCCCACCGTCCTCTGTCCCCCCCTGGTGGTGGGAGAGGATATGACGCTTCAGCTTGGAGAAGGAGAAGAACTCTTCGTCACAGCTCCCACAGCGGACTAGGTTCCTCTTCTCATTGAGCTGCCGCCAGTAGTGCGCAGCGTGTTTCACCAGCTCGTCCTCGGCCTCCCGGCCCCCTTGGAGTGCCCCTCCCAGCCCGCCAGCCCCGTCCCGCAGGCGCACCTGCACCTCCTCCCCGTGCACGTAGAGCAGGTGCAGCTTCATGTCGGCGAAGGTGGGGGTGATGGCCTGACAGCGACCACACTTGATCTGGAGCTCCACCGGGTCCTCGCGCTCCTCCTGGCCCTGCTCGTC

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1468667 False 3244 TUCP 0.38 2 36035583 36093396
TU1468668 True 5162 lncRNA 0.41 2 36035583 36040764

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110490021 LOC106590041 coding upstream 47334 35897274 ~ 35988249 (+)
LOC110490020 LOC106590040 coding upstream 140476 35847886 ~ 35895107 (+)
LOC110490019 LOC106578561 coding upstream 219968 35736382 ~ 35815615 (+)
LOC118938916 NA coding upstream 416063 35616824 ~ 35619520 (+)
LOC110490018 LOC106578564 coding upstream 674244 34992423 ~ 35361339 (+)
LOC110490024 LOC106590043 coding downstream 125743 36166507 ~ 36264082 (+)
LOC110490026 m3k8 coding downstream 582692 36616159 ~ 36635732 (+)
LOC110490839 LOC106588460 coding downstream 764242 36805006 ~ 36805955 (+)
LOC110490032 cul2 coding downstream 828449 36869213 ~ 36902064 (+)
nrp1a LOC106590027 coding downstream 1806502 37847266 ~ 37960593 (+)
G1286651 NA non-coding upstream 39416 35995699 ~ 35996167 (+)
G1286624 NA non-coding upstream 103449 35830857 ~ 35932134 (+)
G1286564 NA non-coding upstream 322480 35712811 ~ 35713103 (+)
G1286563 NA non-coding upstream 323569 35711621 ~ 35712014 (+)
G1286552 NA non-coding upstream 330998 35703977 ~ 35704585 (+)
G1287264 NA non-coding downstream 265194 36305958 ~ 36306184 (+)
G1287276 NA non-coding downstream 273554 36314318 ~ 36315509 (+)
G1287285 LOC106590044 non-coding downstream 284374 36325138 ~ 36328721 (+)
G1287487 NA non-coding downstream 455716 36496480 ~ 36496682 (+)
G1284354 NA other upstream 1923312 34111807 ~ 34112271 (+)
G1282302 NA other upstream 3337547 32687558 ~ 32698036 (+)
G1281462 NA other upstream 4039070 31996167 ~ 31996513 (+)
G1279833 NA other upstream 5088253 30944171 ~ 30947330 (+)
htr5ab htr5a other upstream 5627566 30395817 ~ 30416375 (+)
G1287489 LOC106590045 other downstream 468314 36509078 ~ 36510512 (+)
G1289491 NA other downstream 2142672 38183436 ~ 38184003 (+)
G1289710 NA other downstream 2554116 38594880 ~ 38600241 (+)
G1290549 LOC106590036 other downstream 2996241 39037005 ~ 39061248 (+)
G1290614 NA other downstream 3085508 39126272 ~ 39127009 (+)

Expression


Co-expression Network