G1314798 (LOC106576442)


Basic Information

Item Value
gene id G1314798
gene name LOC106576442
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048579.1
NCBI id CM023233.2
chromosome length 81569517
location 61005663 ~ 61094637 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1499934
ttattttagtgttccctttatttttttgagcagtgtatatatatctaggacaaaacacacatcacaataagagagacaacataacagtacataaagagagacctataagacaacaacatagcaaggcagcaacacaacatgacaatacaacatggtagcaacacaacatggtaacaGCACAAAAcacggtacaaacattattgggcacagacaacaacacaaagggcaagaaggtagagacaacaatacatcacgaaatgcagccacaactgtcagtaagtgtttTATTTATGTCACAACACACAGGACAAGATAGGTGTTCCTCCAGGAGAGACAAGCTGGCTTCCAATTTAATGAATCATTCTGTGTGCTACTCTGTCTTGGTTAAGGCTAGAATCCATCAAGCAGGCTGACTGGGTTGTGGCGCAGGGGGCAGGTTATACTGGTTATAAAGGCATGATACAGACCAAAACTCCACCCACAGTTAAGTTTTCATATTCCAGGAAACTAAACTACCACATTTCCCTCTGTGTCCTGGCAGGAACCCAGATGTGTGTAGTGTTCCGACCAACAATAACGAGTGATCTAACACAGCCATGTATTAATAAGTCTTGTCTTGTCATAGCAGCTTTTACACATATCATATAATACATAGTAAAGTAAATATGCAGCTGTCACCTTTCCAATATCTATTAGGAAATACACTGTACAGACTAGTGACCTTTTTGTTATTAATCAAACTAGTGATGTGCCAATTAGTACCTGTGTTGTGAGAACAATACTTTACCACTAGATGTCAGTAAGGGTCCAGACATTAAAAAGAGAAACAGTTATTACTGTGAAACTAATTGTAAAACTACATTGTAGACTGTTACTTACTGATGGTGAAGATATCGTAGTATTGCTTAACAGTTTATAAGTATACAGACATGGTCGTCCAATGAGATATGCTGCTATTATATGTTACATCATTTCAACTCTAGTCTGAAAATAGTCCTACAGTAAATCCCATTTACTTTTAACCTGTCCTTTCTGCTTTTTAGTATCTTCTGCTTTTTCCCACAACCCCTccgatatacacacacacatacacaaacacacattaggTTGGAGAGGCTGGAGCAGAGGGACTCCGCAGTGCAGCGCCCAATGAGCAGATTTGCCTCGTGCCCCAGCTCACGTCTCAGTTACCTTAGTGAGGGGTCTCTTACAAAGGCGCAGTGGGCTTTTAAGACTGCCTATACTAAAGTATGGGAACAGCTTTTCAGTAAATGTGTGTTTGAAGGTGTACAGAGTATTGCTCATAGTGGGGTCGGAGAATGTGACCTCCCCCTTGTCACAGTCCAGATATACTCGGATCACTTGTGGGCATTCATCTACCTTGATCTCTTTGCGTGATTTCACACCTGCTTTGTATTTCCCATTAATATATCTGATGGTCCACAATCCACTCTCAGGATCCAGTTTTACTAGCTTCTTCCGCACAATGGACTCTTTGGCTACTCCCAGAGACCAGTTATCGCTGTCTCCTACCTCAACGTCCCAGAAATGTTTGCCTTTAATGAAGCCCTCAGACCCCAACACTCCTACATGAAACCTTTCAGGATTGTCTGGAAGACTCTGCTTTTCCTCACAGCACGTCACAGTGGTGAGGTCATCAGTGAGGATGAGCTTTGTGGACACTGTGTTTGGATCCATGGTTACAGGATTGTAGTCAACAATCTTAATCAGACTGTTCCAGACTTTGAACGTCAGACATCCAACATGCTTGGCCATGTCAATGAATGCTCCTGGCCCCATCTCAGCATTTGCAGCAGTGTCTGGAGGTGTGCACTCGGCTCTAGGGTAATCATTTAACTTTAGTGATTCCATTCAATGGAATGGAAAAGTATAGAGATACAATAAAATGGGACTTACCTGACAAGTATGGCCTCGTAGTTCTGCAGGAATGTGATATCATCAGTCTCCATGTCCTTTTTGATAAGTCCGATAGTCTCAGAAAGCATTGAGATATTCTTGGTCAACTTCTCCATTCTTTCTCTCATCACTTCATATTTCAGCTGTTGTTCCTTTTTCAGAGCAGCTATCCTGGCAGCCTCTTCTTCTTCTAGGAACTGGTAAAATTTCTTAAACACCCCCCTTATCTGCTCCTCTCCAAGTTGGCCCTGGACCATTAAGTGTTCCACACAGTTTTCCTCTTCCAGTTTGGCGGTGGTCATTTTTCCCAATTTGTTCTGCAAAGGAGCCTTGATTTCACTCTTCAAATCAGGCAGAGCCTCCTCAATGGGATAGCAGTCATGGCCTTTATGTTTCTTTGATATGTGACAGACAACACAGATGAGCTGTTTGTCATCAAAACAGAAGAGTTTGAGTTTCTCTCCATGCAGCTGGCAGATATCCTGAGATCCTTTCTCCTTTTCACTTCCTCTCTGGAACGATTCACAGAGACTCTTTAAGGCCAAACTTTGGCTCGGTTCCTCAGGAGAACACTCTCTCCTGCATACAGGACACAGGAAAATCTCCAAGTCCTTCCAGTATTTCCGGAGACACTCCTCACAGAAGCTGTGGCTGCATTTGAGGACGACGGGGTTGCTGAATATGTCACAACACACGGGACAAGAGAGGTGTTCCTCCAGGAGAGACAAGCTGGCTTCCATTATTATTTATCACTCTGTGTGCTATTCTGTCTTGGTTAAGGCTAGAATCCATAAAGAAAGTTAACTGAGT
>TU1499935
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>TU1499936
tataagataaagacctataagacaacaacatagcaaggcagcaacacaacatgacaatacaacatggtagcaacacaacatggtaacaGCACAAAAcacggtacaaacattattgggcacagacaacaacacaaagggcaagaaggtagagacaacaatacatcacgaaatgcagccacaactgtcagtaagtgtttTATTTATGTCACAACACACAGGACAAGATAGGTGTTCCTCCAGGAGAGACAAGCTGGCTTCCAATTTAATGAATCATTCTGTGTGCTACTCTGTCTTGGTTAAGGCTAGAATCCATCAAGCAGGCTGACTGGGTTGTGGCGCAGGGGGCAGGTTATACTGGTTATAAAGGCATGATACAGACCAAAACTCCACCCACAGTTAAGTTTTCATATTCCAGGAAACTAAACTACCACATTTCCCTCTGTGTCCTGGCAGGAACCCAGATGTGTGTAGTGTTCCGACCAACAATAACGAGTGATCTAACACAGCCATGTATTAATAAGTCTTGTCTTGTCATAGCAGCTTTTACACATATCATATAATACATAGTAAAGTAAATATGCAGCTGTCACCTTTCCAATATCTATTAGGAAATACACTGTACAGACTAGTGACCTTTTTGTTATTAATCAAACTAGTGATGTGCCAATTAGTACCTGTGTTGTGAGAACAATACTTTACCACTAGATGTCAGTAAGGGTCCAGACATTAAAAAGAGAAACAGTTATTACTGTGAAACTAATTGTAAAACTACATTGTAGACTGTTACTTACTGATGGTGAAGATATCGTAGTATTGCTTAACAGTTTATAAGTATACAGACATGGTCGTCCAATGAGATATGCTGCTATTATATGTTACATCATTTCAACTCTAGTCTGAAAATAGTCCTACAGTAAATCCCATTTACTTTTAACCTGTCCTTTCTGCTTTTTAGTATCTTCTGCTTTTTCCCACAACCCCTccgatatacacacacacatacacaaacacacattaggTTGGAGAGGCTGGAGCAGAGGGACTCCGCAGTGCAGCGCCCAATGAGCAGATTTGCCTCGTGCCCCAGCTCACGTCTCAGTTACCTTAGTGAGGGGTCTCTTACAAAGGCGCAGTGGGCTTTTAAGACTGCCTATACTAAAGTATGGGAACAGCTTTTCAGTAAATGTGTGTTTGAAGGTGTACAGAGTATTGCTCATAGTGGGGTCGGAGAATGTGACCTCCCCCTTGTCACAGTCCAGATATACTCGGATCACTTGTGGGCATTCATCTACCTTGATCTCTTTGCGTGATTTCACACCTGCTTTGTATTTCCCATTAATATATCTGATGGTCCACAATCCACTCTCAGGATCCAGTTTTACTAGCTTCTTCCGCACAATGGACTCTTTGGCTACTCCCAGAGACCAGTTATCGCTGTCTCCTACCTCAACGTCCCAGAAATGTTTGCCTTTAATGAAGCCCTCAGACCCCAACACTCCTACATGAAACCTTTCAGGATTGTCTGGAAGACTCTGCTTTTCCTCACAGCACGTCACAGTGGTGAGGTCATCAGTGAGGATGAGCTTTGTGGACACTGTGTTTGGATCCATGGTTACAGGATTGTAGTCAACAATCTTAATCAGACTGTTCCAGACTTTGAACGTCAGACATCCAACATGCTTGGCCATGTCAATGAATGCTCCTGGCCCCATCTCAGCATTTGCAGCAGTGTCTGGAGGTGTGCACTCGGCTCTAGGGTAATCATTTAACTTTAGTGATTCCATTCAATGGAATGGAAAAGTATAGAGATACAATAAAATGGGACTTACCTGACAAGTATGGCCTCGTAGTTCTGCAGGAATGTGATATCATCAGTCTCCATGTCCTTTTTGATAAGTCCGATAGTCTCAGAAAGCATTGAGATATTCTTGGTCAACTTCTCCATTCTTTCTCTCATCACTTCATATTTCAGCTGTTGTTCCTTTTTCAGAGCAGCTATCCTGGCAGCCTCTTCTTCTTCTAGGAACTGGTAAAATTTCTTAAACACCCCCCTTATCTGCTCCTCTCCAAGTTGGCCCTGGACCATTAAGTGTTCCACACAGTTTTCCTCTTCCAGTTTGGCGGTGGTCATTTTTCCCAATTTGTTCTGCAAAGGAGCCTTGATTTCACTCTTCAAATCAGGCAGAGCCTCCTCAATGGGATAGCAGTCATGGCCTTTATGTTTCTTTGATATGTGACAGACAACACAGATGAGCTGTTTGTCATCAAAACAGAAGAGTTTGAGTTTCTCTCCATGCAGCTGGCAGATATCCTGAGATCCTTTCTCCTTTTCACTTCCTCTCTGGAACGATTCACAGAGACTCTTTAAGGCCAAACTTTGGCTCGGTTCCTCAGGAGAACACTCTCTCCTGCATACAGGACACAGGAAAATCTCCAAGTCCTTCCAGTATTTCCGGAGACACTCCTCACAGAAGCTGTGGCTGCATTTGAGGACGACGGGGTTGCTGAATATGTCACAACACACGGGACAAGAGAGGTGTTCCTCCAGGAGAGACAAGCTGGCTTCCATTATTATTTATCACTCTGTGTGCTATTCTGTCTTGGTTAAGGCTAGAATCCATAAAGAAAGTTAACTGAGT

Function

NR:

description
zinc-binding protein A33-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1499934 False 2727 lncRNA 0.42 5 61005663 61009332
TU1499935 False 3612 lncRNA 0.43 6 61005663 61094637
TU1499936 True 2639 lncRNA 0.43 6 61005663 61034816

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110490490 ptn coding downstream 32591 60926634 ~ 60973072 (-)
LOC110490487 LOC106576424 coding downstream 309076 60676532 ~ 60696587 (-)
LOC110490486 LOC106576425 coding downstream 402345 60594114 ~ 60603318 (-)
LOC110490773 LOC106576426 coding downstream 439061 60521273 ~ 60566602 (-)
LOC100301656 LOC107590838 coding downstream 504346 60469892 ~ 60501317 (-)
LOC110490499 NA coding upstream 12476 61107113 ~ 61117104 (-)
LOC110490500 NA coding upstream 30028 61124665 ~ 61132530 (-)
LOC110490501 LOC106609509 coding upstream 49150 61143787 ~ 61177047 (-)
LOC110490503 LOC106609511 coding upstream 84571 61179208 ~ 61187540 (-)
LOC110490506 med21 coding upstream 93733 61188370 ~ 61194701 (-)
G1314792 NA non-coding downstream 11343 60989032 ~ 60994320 (-)
G1314773 NA non-coding downstream 59756 60944769 ~ 60945907 (-)
G1314727 NA non-coding downstream 165055 60840341 ~ 60840608 (-)
G1314723 NA non-coding downstream 168998 60836430 ~ 60836665 (-)
G1314720 NA non-coding downstream 173781 60831666 ~ 60831882 (-)
G1314876 NA non-coding upstream 131926 61226563 ~ 61290216 (-)
G1314961 NA non-coding upstream 312244 61406881 ~ 61407809 (-)
G1314967 NA non-coding upstream 327174 61421811 ~ 61422016 (-)
G1314969 NA non-coding upstream 330456 61425093 ~ 61426132 (-)
G1314304 NA other downstream 233175 60772145 ~ 60772488 (-)
G1312865 rps16 other downstream 1581356 59420247 ~ 59424344 (-)
G1312023 NA other downstream 2314281 58634282 ~ 58691382 (-)
LOC110490770 NA other downstream 2376833 58627298 ~ 58684968 (-)
G1311995 NA other downstream 2485084 58519957 ~ 58520579 (-)
G1315398 LOC106609523 other upstream 515783 61610420 ~ 61612116 (-)
G1315509 NA other upstream 739989 61834626 ~ 61836573 (-)
G1315519 NA other upstream 770393 61865030 ~ 61891421 (-)
G1315518 NA other upstream 798034 61874995 ~ 62006707 (-)
G1316051 LOC106609550 other upstream 948133 62042770 ~ 62056023 (-)

Expression


Co-expression Network